对于搞宗派的人，参与了林彪集团阴谋活动的人，就要注意清查。即使是宗派关系，也要进行分析。他强调指出：打击面不要过大，要少抓人，更要保留活的证据，活的材料。要抓敌我矛盾，不要把斗争方向搞偏了，否则，会犯新的错误。叶剑英的这个讲话，指明了军队系统批林斗争的政策和方向，使人们进一步加深了对林彪反革命集团罪行的认识，解除了一些人心中的疑虑，对全军批林斗争的健康发展，起到了重要的指导作用。以后，叶剑英又对全军的批林整风问题，作了多次重要指示和讲话，推动批林整风工作不断深入发展。
二、筹备军委扩大会议
叶剑英清醒地看到，林彪主持军委工作12年，对人民解放军建设的干扰和破坏是十分严重的。许多单位的问题已经达到了积重难返的程度。叶剑英紧紧抓住整顿军队，肃清林彪流毒和影响，提高部队战斗力这个中心环节，大力开展各方面的工作。
从1971年底开始，叶剑英即根据毛泽东的指示，同军委办公会议的成员一起，着手筹备召开一次中央军委扩大会议。他打算通过军委扩大会议，讨论解决全军存在的一些重大问题，制订有关方针政策，以指导全军各项工作的开展。为此，他夜以继日地工作。他指示：军委办公厅、三总部和军事科学院要分别组织专门小组，研究与自己有关的问题，为会议的召开准备文件和材料。他认为，会议的重点，是围绕贯彻毛泽东“军队要整顿”的指示，整顿与解决军队建设中存在的突出问题。
为此，可以先征求各军兵种、各大军区的意见，在集中各大单位意见的基础上，写好会议文件，特别要写好会议的主报告和会议决议两个文件。1972年1至2月，他多次主持召开军委办公会议和文件起草小组座谈会，了解工作进度，听取汇报，提出意见。有时，会议从晚上8时开始，一直持续到第二天凌晨，长达五、六个小时之久。叶剑英不顾年迈有病，仍然坚持参加会议，认真听取大家的汇报，细致地研究文件中的各种问题。这种忘我工作的革命精神，使参加文件起草小组的同志们深受教育。
在军委扩大会议筹备过程中，叶剑英还十分注意征求军内一些老同志的意见。他指示工作人员，将收集整理的各大单位对召开军委扩大会议的建议等有关材料，呈送徐向前、聂荣臻阅示。徐向前、聂荣臻看过材料后，对如何肃清林彪流毒及加强军队建设问题，提出了许多很好的意见。叶剑英很重视两位老帅的意见，要求工作人员将意见写进会议的主报告和决议之中。
到1972年2月底，由叶剑英主持起草的《在军委扩大会议上的报告》、《中共中央军委扩大会议决议》两个文件的初稿形成了。在这两个文件中，对林彪主持军委工作12年中推行的一套错误的东西，进行了系统批判，同时，提出了整顿军队的内容和措施。文件中指出，整顿军队，主要是：整顿思想作风，肃清林彪推行的形式主义、实用主义、教条主义、军阀主义的流毒，恢复和发扬人民解放军政治工作的优良传统，坚持党对军队的绝对领导，坚持民主集中制的原则；整顿各级组织，理顺编制、体制，改革部队装备；整顿军事训练，肃清林彪制造军政对立，在军事训练中推行取消主义、形式主义的流毒，对部队进行严格训练，严格要求，提高部队的军事素质；整顿和健全规章制度，加强部队管理；整顿军队院校，恢复必要的指挥院校和技术院校。
军委扩大会议原定于1972年3月召开。但是，由于当时的政治形势等方面的原因，特别是由于江青一伙的干扰，会议未能按原计划召开。中央军委扩大会议，一直延至3年以后，即在1975年夏季才得以举行。
三、整顿军队领导班子
从筹备中央军委扩大会议开始，叶剑英就同办公会议的成员一起，大力开展调查研究工作，着手对部队进行整顿。叶剑英先后直接调查了军委各总部、各军兵种、军事科学院、军政大学、11个大军区和北京卫戍区以及国防工办、6个国防机械工业部、全国人防领导小组等单位的情况。他一个单位一个单位地听汇报，问情况，提问题，并就一些带普遍意义的问题同大家一起进行讨论研究，提出解决的办法。
军队各大单位领导班子的建设，是军队整顿过程中必须解决的重点问题。叶剑英认为，军队的领导班子，特别是大单位的领导班子，是军队的“上层建筑”，而基层部队可以看作是军队的“基幢。“上层建筑”的作用能够巩固、促进基础，也能破坏、衰变基矗军队必须坚持党指挥枪的原则，军队的领导权必须掌握在可靠的人手里。加强领导班子建设，主要从两个方面着手：一是狠抓政治思想教育，提高班子成员的马列主义水平；二是进行组织调整。①
①叶剑英在总政治部召开的全军批林整风座谈会上的讲话，1973年1月30日。
他布置总政治部派出工作组，到各军区了解领导班子的情况，同时要求大军区负责摸清军、师领导班子的情况，做到心中有数，及时调整。
为了加强中央军委的领导，叶剑英曾多次向周恩来、毛泽东建议，迅速改善邓小平的境况，恢复他的工作。1973年2月，邓小平被解除“流放”，从江西回到北京，叶剑英便登门看望，问寒问暖，解决生活上的困难，为他创造良好的工作条件，征求他对军委扩大会议筹备工作的意见。他特意去找毛泽东，建议说：“小平同志回来了，我提一个要求，让他来参加和主持军委工作。”毛泽东又同周恩来商议，决定恢复邓小平的国务院副总理职务，并参加军委工作。
为了进一步加强军队大单位领导班子建设，1973年12月12日，毛泽东亲自主持召开中央政治局会议，讨论全国各大军区司令员互相调动问题。
他说：“我和剑英同志请邓小平同志参加军委，当委员。”然后他指着叶剑英说：“你是赞成的，我赞成你的意见。我代表你讲话。”最后，他让叶剑英把各大军区司令员、政治委员都找来，参加议军，叶剑英负责具体主持这项工作。12月22日，中央军委发布命令，令北京与沈阳、南京与广州、济南与武汉、福州与兰州军区司令员相互对调。在召集这些军区司令员开会宣布中央和军委的决定时，毛泽东主席作了重要讲话，他指着邓小平介绍说：“现在，我请来了一个军师，叫邓小平。发个通知，当政治局委员、军委委员。政治局管全部的，党政军民学，东西南北中。我想政治局添个秘书长吧，你不要这个名义，那就当个参谋长吧。”并亲自指挥司令员们唱《三大纪律八项注意》歌。叶剑英也在会上讲了话，说明工作调动的重要性和必要性，要求大家认真贯彻党中央、中央军委和毛泽东的指示，在规定的时间内到职上任。各军区司令员们坚决执行命令，很快都按军委的要求奔赴新的工作岗位。
在进行军队领导班子的调整过程中，叶剑英还根据政治局势的发展情况，审时度势，果断地采取措施，解放一批被打倒的老干部。1973年1月1日，军委炮兵副司令员苏进写信给叶剑英，反映了他被林彪迫害的情况。叶剑英立即派秘书去看望了苏进，并在秘书整理的一份谈话纪要上作了批示：“德生同志，苏进同志是1931年参加宁都暴动的同志，请分配他的工作。”①
①《党的文献》1990年第5期。
总政治部主任李德生接到批示后，很快作了安排，使苏进重新恢复了工作。
在此前后，叶剑英先后同总政副主任梁必业、刘志坚、徐立清，炮兵司令员吴克华、副政委欧阳毅等人谈话，了解他们受林彪集团迫害的情况，关心他们的生活和工作，倾听他们的意见和要求。②
②访问梁必业谈话记录，1990年9月：访问吴克华谈话记录，1983年4月。
经军委研究并报毛泽东、周恩来批准，这些老同志都先后重新分配了工作，在军队的高级领导岗位上继续发挥作用。叶剑英还尽最大努力保护和帮助一批自己熟悉的地方领导干部，使他们获得解放。
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