（五）8月16日，23日，叶剑英主持军委常委会继续强调军队与地方不同，军队运动一定要在各级党委领导下进行，不能乱，不能随便揪斗、处分干部。“罢官”问题要等运动后期处理。不能不经过批准查阅军委和总部机关档案，要严格控制。
（六）9月3日，经叶剑英批准，总政治部发出不准军队院校师生来京串连的三条指示。
（七）9月23日；叶剑英主持军委常委会讨论通过《关于干部战士亲属被斗被抄情况及处理意见》，在会上提出，各大军区目前工作重点应即转向抓好部队工作，保证部队正常秩序。由于及时采取了这些措施，在“文化大革命”初期，军队开展“四大”仍由各级党委领导，在党委领导下设立文化革命小组及其办事机构具体掌管，并限定“四大”只在宣传，文化、院校科研等少数部门和单位开展，从而使军队基本上保持了稳定的局面。
在此期间，叶剑英还派出联络小组出席海、空军党委扩大会议，交代联络员“只带耳朵，不带嘴巴”，进行大量调查。当发现林彪暗中指使李作鹏等人搞派性，制造混乱，妄图夺取海军领导权时，叶剑英即报告刘少奇、邓小平，在中央、军委常务联席会议上，对海军问题作了专题研究。他根据总书记邓小平的指示，亲自到海军党委扩大会议上讲话，明确指出：一、萧劲光等是好同志，有错误可以检讨！二、军队不能罢官夺权，会议本身作决议撤换领导是错误的；三、按党的民主集中制办事，不准搞地下活动，强调分清是非，搞好团结，批评了某些人“抢班夺权”的错误。对空军也是如此，他亲自打电话给空军司令部参谋长何廷一，告他“不要卷进去”，站稳立常由于采取了相应措施，从而有效地抵制了林彪一伙夺取海、空军领导权的阴谋活动。①
①访问问廷一、胡友之、朱军、莫阳、李文芳等谈话记录，1986—1993年。
但是，林彪、江青一伙出于乱军夺权的卑鄙目的，对叶剑英等抵制“文化大革命”、稳定军队的做法怀恨在心，多次密谋要槁乱军队。在钓鱼台中央文革小组的一次碰头会上，陈伯达叫嚷：军队已经跌到了修正主义的边缘！
江青质问列席会议的总政治部负责人：你们军队为什么按兵不动？对军队那些“走资派”为什么不揪？我看就是有人压着。她说的“有人”，首先指的就是叶剑英。他们经过精心策划，10月1日在天安门城楼上，由第二军医大学群众组织“红色造反纵队”的一个头头向毛泽东、林彪告状，说军队镇压群众，与地方做法不同，搞了许多条条框框，限制太多等。林彪下令要全军文化革命小组立即发一个紧急指示，让军队院校的“文化大革命”完全按地方的做法搞。
于是，10月5日发布了《关于军队院校无产阶级文化大革命的紧急指示》：“根据林彪向志的建议，军队院校的文化大革命运动，必须把那些束缚群众运动的条条框框取消”，明令取消军委、总政关于“军队院校文化大革命运动在撤出工作组后由院校党委领导”的规定，以及不在军种、兵种院校范围外的地方院校串连等其他许多规定。要求军队院校完全按照“十六条”的规定办，开展“四大”。同一天，中共中央向全国转发了这一文件，并要求全国大中学校坚决贯彻执行。这个“紧急指示”发布后，军队院校和某些机关中的一些“造反派”到处“踢开党委闹革命”，乱冲乱闯。军队受到了很大冲击，战备训练受到了影响。
叶剑英目睹“造反派”自毁长城的破坏活动，又无力制止，甚为焦虑。他在西山住所同军委、总政的领导同志个别接触，商量对策。随后，即以总政治部名义，起草了《关于各总部、国防科委、军种兵种机关必须经常保持战备状态的通知》，要求“我军必须经常保持高度的警惕和战备状态，随时准备对付敌人的突然袭击。各总部、国防科委、各军种的主要领导同志，在完成上述任务中担负着重要的责任。必须保证他们对部队实施经常的指挥，不能中断。未经军委许可，他们不能离开指挥岗位”。“对于机关的办公室、通信设施、保密设备要妥为保护，以免影响他们对部队的指挥和日常工作的进行。”这个通知，林彪看后转送给“中央文革”，被陈伯达以“借战备压革命”的罪名加以扣压。为了控制由于林彪下令炮制的《紧急指示》所造成的日益混乱的局面，刘志坚根据叶剑英的指示精神，曾先后起草过5份电报，但都被陈伯达扣压了。
二、在两个“十万人大会”上
紧接着，在北京召开的10月中央工作会议上，双方又展开了针锋相对的斗争。在这次会上，陈伯达作了题为《无产阶级文化大革命中的两条路线斗争》的报告，点名攻击刘少奇和邓小平，大肆批判所谓“资产阶级反动路线”。
林彪亲自出面讲话，抛出了所谓“群众运动天然合理”的谬论，说：“一个是群众路线，一个是反群众路线，这就是我们党内两条路线的尖锐的对立。”
并把斗争矛头对准刘少奇、邓小平，说刘、邓搞了另外一条路线，对抗毛主席的路线。
针对林彪、陈伯达的谬论，叶剑英在会议期间作了多次发言，反复提出这样的问题：军队怎么搞？农村搞不搞？小学如何搞？哪些可以办，哪些一时不好办？请大家考虑。他在发言中极力坚持军队师以下单位不搞“四大”，进行正面教育；要抓组织纪律，抓思想，抓政策；主张对干部的缺点错误，要靠后期自己整风纠正，总结经验教训。他坚决反对“造反派”随便揪人和抄家。他强调指出，不论是社会上抄家，还是对机关干部抄家，都要提到政策上考虑。①
①叶剑英在中央工作会议上的发言，1966年10月9日。
林彪、陈伯达无视叶剑英的正确意见，他们利用手中的权力，向全国大量印发他们的“报告”和“讲话”，流毒甚广。自从他们提出了批判所谓“资产阶级反动路线”之后，林彪、江青一伙的追随者们到处煽风点火，迅速在全国各地掀起批判的浪潮，军队的形势急转直下，院校师生“造反派”纷纷外出串连，参与造反活动。总部和各军区机关不断被冲击，许多负责干部被揪斗。到11月，进入北京的军队院校师生已达10万人。林彪、江青一伙唆使一些不明真相的人带头冲击国防部，冲击中共中央和国务院所在地中南海。局势一发不可收拾。
叶剑英感到，事态的发展越来越严重，如果听任年轻学生盲目的行动，可能酿成更大祸害，使军事首脑机关完全陷入瘫痪状态。他同军委、总政的领导人紧急磋商，决定动员军队院校师生员工离京回校复课闹革命。经报毛泽东批准，11月13日，总政治部在北京工人体育场召开军队院校和文体单位来京人员大会（即第一次“10万人大会”），周恩来、陶铸、贺龙、徐向前、陈毅、叶剑英、萧华、杨成武以及各总部负责人同时出席。大会由总政主任萧华主持。几位军委副主席作了重要讲话，强调稳定军队，军队不能乱，对“文化大革命”中出现的许多非正常现象和错误作法提出了严肃批评，动员大家离京返校。
叶剑英在讲话中，首先“检讨”去年院校整风问题，然后谈到军队院校在“文化大革命”中的任务和政策。他说，同志们要掌握党的政策，使运动沿着正确的方向发展，我们不仅同情，还支持。但是真理是有限度的，列宁说过，真理跨过一步就成了谬误，越过了一定的量就会发生质变。叶剑英批评一些单位揪斗领导干部，外出串连，搞打砸抢，败坏军队的名声等错误行为。他说，我们是睁着一个眼睛，闭着一个眼睛。闭着一个眼睛放手，睁着一个眼睛看情况。
叶剑英引证毛泽东的话说，鲁迅的《阿Q正传》中有个人，是不准别人改正错误、不准人家革命。要允许人家犯错误，允许人家改正错误，允许人家革命。毛主席说，过去旧戏是《三娘教子》，文化大革命是“子教三娘”。
我们要向青年学习。但是我们奉劝青年同志们，不要把毛主席著作当圣经念。
不要再犯教条主义错误。
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