1959年4月24日，彭德怀出国访问，叶剑英到飞机场去送行，彭总交代要尽快把战斗条令搞出来。据蒋顺学、郭树枋等回学、战术学、军制学、军事地理学和其他军事学术著作，不断完善各种条令条例，并随着情况的发展变化，适时进行修改和补充。在谈封如何撰写这些学术著作时，叶剑英主张要分主次先后，进行科学安排。他和彭德怀都曾设想先编写一本《中国人民解放军作战纲要》。为编写战略学的著作，叶剑英认为，可以考虑先编写出一部高质量的战役学著作，这不仅对指导当前的战役训练和今后的战役作战有非常重要的意义，同时，也是我军高级干部传经交班、培养接班人的重要工作之一，使我们目前的高级战术指挥员迅速成长为战役指挥员。1964年5月，在南京召开全军编写战役学会议，他亲自定下编写纲目。经过全军积极努力，终于编成了一本战役学初稿。
编写条令是军事科研的一个重要课目，也是一项长期的艰巨的系统工程。叶剑英全力以赴，为在一两年内完成毛泽东和中央军委赋予的此项重大任务，同全院全军专业人员一起，投入了紧张的条令起草、汇稿和修改工作。
他规定编写工作一定要经过“定目、定稿、汇稿、审稿、合稿”等5道工序，在文字上要求准确、明快、简明，避免艰涩难懂。
根据叶剑英的要求，承担编写条令的各大单位陆续写出人民解放军战斗条令概则初稿。叶剑英先后在大连、南京主持编写战斗条令专业会议。南京夙有“大火炉”之称，适逢炎夏，挥汗如雨。叶剑英组织大家进行审修书稿。
他白天主持会议，晚间躲在地下室里，穿着裤衩，审阅稿子，亲自动手起草和修改条令。6本概则，上百个条文，数十万字，他边看边改，逐字逐句推敲，经常熬到深夜。
1959年4月24日，彭德怀出国访问，叶剑英到飞机场去送行，彭总交代要尽快把战斗条令搞出来。据蒋顺学、郭树枋等回部队广大科研人员，进行了抵制和斗争。他亲自主持军事科学院党委会议并作出决定，强调毛泽东军事思想是人民解放军条令的统帅和灵魂，不要提以林彪的战术思想为指导思想，继续坚持科研工作的正确方向，取得新的学术成果。他向军委提出了“组织检验我军战斗条令试验性演习的建议”，确定在甘肃或内蒙指定一个师和一个军的架子进行演习，但后来由于遭到林彪反对没有搞成。尽管如此，军事科学院还是根据叶剑英的建议，与部队协商，使步兵战斗条令经过83个连队和4个步校的实验，在实验的基础上，又进行了反复多次的修改。
1961年4月，叶剑英在广州主持召开中央军委条令验收会议，由军委条令验收委员会验收三本条令：《合成军队战斗条令概则》、《连以下步兵战斗条令》、《空军飞行条令》。会前，林彪对条令本来是肯定的。但会议一开始，他就变了调，妄图全盘否定。他暗中组织一个班子，重新编写条令，强行塞进他的私货。结果使会议出现了大的争论，造成思想混乱，拖延了时间。在这种情况下，叶剑英亲自进行大量艰苦细致工作，说服到会的同志，坚持以毛泽东思想为指针，结合实际进行审修并验收条令。凡是合理的正确的意见，尽量吸收进来，使条今日臻完善。在会议总结时，他针对林彪妄图推翻原稿的阴谋，对上述几本条令作了充分肯定，指出：“大家都承认原稿是一个很好的基矗这个看法是对的，不看到这一点是不完全的。”他联系条令的主要内容，进一步说明条令是中国人民及其军队同国内外敌人打了几十年仗的基本经验总结，并同国际上一些军队的条令加以比较，肯定我们的条令是有特色的。
叶剑英回来后，立即找军事科学院有关领导商量，决定组织力量，“兵分三路”来突击进行：一路搞军师条令；一路搞团营条令；一路搞连以下条令。各路“兵马”立即按照计划行动起来。到年底陆续拿出了初稿，随后，他亲自在武汉、吉林、北京等地主持审修专业会议进行修改，并印发到部队征求意见。
在叶剑英指导下，各军区、各军兵种、各院校分工负责编写各种条令和教材的工作进展也比较快。截至1959年年底，总共编写出空军、海军、炮兵、装甲兵、防化兵、通信兵、铁道兵战斗概则和条令，以及司令部、后方勤务条令等20余种，编写出各种专业的条例、教程、教范、教材等1.5万余份。
有些条令和教范在完成初稿后，还送到部队，通过训练、教学和试验性的演习，检验效果，再进行审修，使之符合实战要求。编写各种条令和教材等，是一项庞大的艰巨的工程。在这项工程里面，凝聚着叶剑英和广大科研人员、指战员的无数心血和辛勤劳动。叶剑英对这项工作给予了很高的评价。他说，这些条令和各种教范、教材，基本上体现了毛主席关于人民军队、人民战争的思想，反映了现代战争的特点，尽管还有某些缺点，但具有一定的学术价值，更重要的它是我们军队自己创作的第一批成果。
三、排除林彪的干扰
但是，任何工作都不是一帆风顺的。在军事科学领域，也充满着尖锐复杂的斗争。1959年庐山会议以后，林彪开始主持军委工作，直接插手军事科研，把持审修条令工作。他撤销了各军区的军事科研机构，并以“反对教条主义”为名下令收书、烧书、多方进行干扰。叶剑英在十分困难的条件下，领导军事科学院和在叶剑英亲自主持下，经过军事科学院和全军共同努力、反复修改的《合成军队战斗条令概则》、《合成步兵战斗条令》、《合成军队军师战斗条令》、《合成军队团营战斗条令》以及《内务条令》、《纪律条令》，《队列条令》、《政治工作条例》等，从1961年至1964年先后经军委批准颁发全军试行。但叶剑英并未满足，他认为编写军队战斗条令和其他条令、条例是人民解放军军事科学研究一项经常的长期的重要工作，并对进一步编写各种条令工作做了新的部署，要求各种条令能够统一配套，争取早日完成。
四、摸索符合科研规律的研究方法
研究军事科学需要有科学的方法。叶剑英一贯重视军事科研的方法问题，他曾多次引用毛泽东关于“桥”和“船”的比喻，来说明掌握正确的科研方法的重要性。1959年1月，他在全军科学研究工作会议开幕式上说：“我们要用科学的方法，马列主义、辩证唯物论和历史唯物论的思想方法，自然科学试验的方法，来整理我们几十年斗争的经验，整理成为科学。”他在长时期领导军事科学院工作中，同大家一起逐步摸索和总结出一套符合军事科学研究规律的、行之有效的研究方法。他强调最根本的是要树立实事求是的科学态度，掌握联系实际、联系群众的方法。
（一）“不孤不空”。叶剑英反复告诫大家，研究机关有两怕：一怕孤立，孤立起来研究；二怕空洞，连篇累牍，没有物质的东西。他指出：“研究军事学术最根本的方法是不断深入实际，密切联系群众。学术研究是为了谋求真理。真理来自实践。离开了实践，离开了群众，把自己封在‘象牙塔’里去研究学术，那就会变成‘无的放矢’、‘闭门造车’的老学究，对革命非但无益，甚至是有害的。”他要求一切做研究工作的同志必须严格地遵循毛主席的教导，深入到军队训练实践和各项战备实践中去，去开发军事科学理论的源泉。
（二）“上山采药”。叶剑英劝导大家要重视各方面知识的积累，收集资料。他说，资料是学术研究的基础，资料主要来源是实际，书本则是次要的。我们要以李时珍上山采药写《本草纲目》的精神深入到连队的士兵群众、下级干部中间去收集资料。同时，要有目的地收集整理历史的现实的有关研究资料。只有充分占有资料，才能发现问题，说话才能有根据。否则所研究的东西就失去了实际意义，变成无源之水、无本之木，而只是主观空想的东西了。
（三）深钻探宝。叶剑英形象地说：“从事研究工作，就好比地质学家的钻探一样，从一点上深入，针对一点，深入钻研下去，取得我们所需要的宝藏。钻，就是对占有的大量资料加以‘去粗取精、去伪存真、由此及彼、由表及里’，进行综合分析研究。不仅一个问题一个问题、一个侧面一个侧面地去钻，还必须以毛泽东思想为指针，有选择地进行分析研究。把问题一个一个地排列起来，找出关键，否则就会陷入复杂的资料迷雾中，一无所得。”
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