军调部刚开展工作不几天，叶剑英就同国、美代表开始了关于停止国共双方军事冲突的具体原则的谈判。国、美代表的主张是，停战以后双方部队必须实行隔离，才能防止冲突再起，而隔离则以城市为基准，占城者不动，城外者撤退一日行程（60里）。叶剑英则提出，停战以后主要是恢复1月13日24时的位置，谁非法侵占则由谁退出，被侵占者回到原来位置，双方均复位，冲突自无。这个争执由美方折衷后，把两方意见都容纳进去，拟定了“和字”第二号命令，三委员于1月20日签署后予以发布。这一协议从表面上看双方互有让步，双方意见均有采纳，似是公平合理，其实对中共方面不利。
“和字”第二号命令第一条实施停战的原则这样规定：“所有冲突的双方部队，接到本执行部的停战指示以后，必须立即停火，并施行双方冲突部队的隔离，以保证冲突不再发生。”这一条中并具体规定，双方撤离冲突地点一日之路程至少为60华里。这一命令发布不久，各地小组均发生了争论，国、美方代表到处要中共军队撤退。听命于蒋军的伪军从被围的城镇出来扰乱，蒋军并越出点线故意向解放区军队挑衅，其阴谋在于迫使各地解放区军队都向后撤退60里。叶剑英很快发现了这些问题。同时，中央也来电指示，要求纠正这一规定。叶剑英立即动员中共方面人员，围绕执行“和字”第二号命令问题，开展新的斗争。1月24日，他致电陈毅、饶漱石、刘伯承、邓小平，提出：“执行部‘和字’第二号命令关于停战隔离之规定分为原则与办法两项，原则是要停战，要隔离，要恢复联合命令中所规定的时限以前的位置。隔离之办法必须按照当时当地的情况适当规定……各地区在实施停战隔离之时，必须根据情况决定。各停战小组的中共代表，在实际执行隔离时有自己的否定权，可以坚决抵抗并将办法中实际行不通的情形电告我们，以便根据实际材料作新的规定。”
1月27日，叶剑英又致电各解放区负责人，对如何执行“和字”第二号命令提出一些具体的变通办法，供各地在同国民党方面交涉时参考。与此同时，在执行部三委员会议上，叶剑英对国、美方面要求解放区军队撤退的无理要求坚决予以驳斥。他指出：（一）对包围中的伪军（如：枣庄、德州、兖州、聊城、永丰、元氏、保定等）应是解放区军队受降问题而非部队隔离问题：（二）同蒲路南段未发生冲突事件，没有实行隔离的必要；（三）大同等地阎锡山军出城挑衅，是破坏停战令行动，应予以处罚，不应令解放区军队撤退。否则赏罚不明，鼓励了挑衅的一方；（四）集宁虽暂有冲突，现已停止并且已经隔离（傅作义军已撤至旗下营）。
集宁原为解放区军队驻地，无再撤出的必要。同时，为证明“和字”第二号命令本身的缺点，并使国、美方面也感到有不利之处，叶剑英具体指出两个地区，国民党方面应当撤退：一是平绥路青龙桥地区的蒋军，应离康庄60里（如此必须撤至南口附近）；二是豫北蒋军应撤离孟县60里（如此即退到黄河以南）。国、美代表无法答辩，终于同意修正原令。2月4日，三委员发布“和字”第二号命令的修正指示，其主要内容是：拟定“和字”第二号命令之际，执行部各委员会曾商定停止冲突及撤退一日行程（60里）之办法，但凡有执行小组在场或虽无执行小组在场，而双方部队已建立联络机构之处，前述议定办法可经双方同意就地按照情况加以变更。
在“和字”第二号命令修正案发布前后，叶剑英向各执行小组中共方面代表发电指出，坚持恢复1月13日位置是实施停战的基本原则，必须切实监督执行，反对强调隔离部队而取消原来目的，对各地蒋军拒不执行者必须严肃处理。与此同时，叶剑英同饶伯森单独进行多次谈话，说明中共方面对恢复1月13日位置有最大诚意，只要蒋军肯撤出非法占领地区，解放区军队1月13日以后占领的地方均可全部退出。中共方面并拟出解决这一问题的草案事先交美方考虑。美方这时正为战斗序列问题未达成协议而焦虑，便借机提出，在此命令草案中加入战斗序列的内容，要双方指挥官召开会议，在小组监督协助之下，提出双方战斗序列，以便具体商讨1月13日位置问题。这显然是一种交换条件。叶剑英权衡利弊，认为利大于弊，于是表示同意。随后经反复讨论，于3月22日签订了“和字”第六号命令。这一命令的主要内容是：为彻底停止冲突起见，政府及中共军队必须停驻于1946年1月13日下午12时整所在之位置，任何部队曾越过上述位置者，应立即退回。任何指挥官如不遵令撤退至1月13日下午12时之位置或双方同意之改正位置，将以违反停战令论罪。
自此以后，在停战问题的谈判上，中共方面便完全转入主动，国民党方面在政治上完全处于被动。
后来，叶剑英曾就“和字”第二号命令发布前后的情况回忆说：“军调部刚刚开始工作时，我们没有经验。美国人起草了个协议条文，送给三方委员，说是已经讨论过的东西，各方的意见都吸收了，要求签字。
那时黄华做我的翻译。当时我想，刚一开始就闹僵了不好。于是我采取灵活的办法，在协议上签了字。协议公布以后，很快发现问题比较大。我立即给我方各战略区部队打电报，告诉他们，在执行中要坚持有理有利的原则。我一连发了几个电报给部队。后来中央领导对这个事情也有批评。六号命令发布以后，中央领导又来电报，给予了表扬。那时，我们同美国人和国民党代表一起谈判，一开始确实缺乏经验埃”①
①叶剑英谈话记录，1982年4月15日。
四、执行小组的使命
调处各地军事冲突，主要是通过向冲突地区派遣执行小组的方式来进行。执行小组是军调部领导下的基层组织。1946年1月15日军调部三委员经过协商，确定其任务是执行军调部的协议，对国共双方军队执行停战令和军调部协议的情况实行监督。
既然派遣执行小组是履行停战的主要手段，那么，往哪些地区派出执行小组，就成为国共双方争论的突出问题。国民党方面拼命要求向对他们有利的地区派小组，以便谋取军事上的好处。面对这种情况，叶剑英根据中共中央和周恩来的指示，同中共方面人员一起，商定了对付国民党和美国人的基本办法：在解放区军队力量薄弱的地区，要争取派遣执行小组，防止敌人进攻，在蒋军集结重兵的地区，要配置执行小组，以监视敌军的调动；在敌人可能利用的港口，应争取派小组，以防对方通过港口运兵；在敌人准备进攻的重点地区，必须派出小组，以便制止敌人的进攻和揭露他们的阴谋。
同时，叶剑英还提出，要充分利用建立军调部协议中“三委员各有否决权，一切事宜均须经三人一致通过”的规定，来对付国、美方面的勾结，遇到国、美双方联合对付我们的时候，我们即可使用否决权，使他们的阴谋无法得逞。
在半年多的会谈斗争中，军调部先后向各地派出29个执行小组，7个交通小组。这些小组，是由三方协议派遣的。尽管国民党方面有美国代表的帮助和支持，但是，由于叶剑英和中共方面人员针锋相对的斗争，结果，双方提议派遣成功的停战小组的数目大体相等。①
①访问耿飚谈话记录，1991年3月。
军调部的第一个执行小组，是派往绥远（今属内蒙古）集宁地区的。停战令发布时，集宁县城在解放区军队手中。国民党方面为了抢夺战略据点，于停战令生效后的1月14日凌晨2时，向解放区军队驻守的集宁县城发动进攻，并于上午11时占领了该城。解放区军队调整部署，包围了该城，同国民党军展开了争夺战。郑介民得知这一消息，立即提议军调部派一执行小组去集宁，监督停战。叶剑英根据集宁前线发来的情报，严正指出，集宁在1月13日前，为解放区军队驻守，国民党军队进占，违犯了停战令，必须立即退出。郑介民狡辩说，1月13日24时停战令生效时，国民党军队就在集宁城内。他反诬共产党军队挑起冲突，向集宁城的国民党军队进攻。美方委员饶伯森见双方争执不休，遂以“中间人”的身份予以调解。他判定，1月13日24时国共双方军队均在集宁城内。
因此，要实现集宁的停战，双方军队均撤出集宁一日行程（60华里），划集宁为中立县城。但是，郑介民仍坚持要解放区军队单方面撤退。叶剑英则严词拒绝。事情就这样僵持着。到了1月17日，叶剑英得到解放区军队在18日前有把握夺回集宁的情报，于是，表示同意国、美方面关于派执行小组去集宁的提议。1月18日上午11时，当由国民党、美国和中共代表组成的执行小组乘飞机在集宁降落时，集宁已无战事。小组代表们看到的情景是：共产党军队驻防在这座县城，社会平静，秩序良好。小组的美方代表耸了耸肩，摊开双手，无话可说。国民党代表虽然窝着一肚子火，但也无可奈何。
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