1941年下半年，叶剑英与王稼祥根据毛泽东的指示，结合当时各根据地对敌斗争的实际，共同主持起草了《关于抗日根据地军事建设的指示》，经毛泽东、朱德审阅、修改后，于11月7日以中央军委名义正式下达。“指示”明确规定：每个根据地的军事机构均应包含主力军、地方军、人民武装（即不脱离生产的自卫队及民兵）3个部分。军事建设的中心注意力，应放在地方军及人民武装的扩大与巩固上。主力军应采取适当的精兵主义，其工作重心是提高其政治军事技术的质量。“指示”对地方军及军区的职责、自卫队及民兵的组织、活动方式以及军队与民兵的武器等问题，都提出了具体要求。
在贯彻落实军委指示的过程中，叶剑英十分注重整理和总结各根据地斗争经验。他同军委总部的同志一起，从群众的实践中，逐步摸索出根据地军民在困难时期对付敌人的办法。主要的有：（1）实行主力兵团地方化，地方兵团群众化，大力发展民兵，广泛开展游击战争；（2）采取内线与外线相结合、分散与集中相结合的作战方法，歼灭敌人的有生力量；（3）“敌进我进”，派遣短小精干的武装工作队深入敌后之敌后，发动群众，摧毁伪组织和伪政权；（4）争取与瓦解伪军，巩固与扩大地方武装（县大队、区小队、游击小组），恢复和扩大根据地等等。这些办法，为广大军民所掌握，变成强大的力量，使八路军、游击队在敌后站稳了脚跟，有力地打击了日本侵略者。
为了准确及时地获取情报，指挥战争，根据叶剑英的提议，中央军委于1941年10月29日，正式作出了《关于建立情报网的决定》，决定在十八集团军总部、各敌后根据地新四军，首先建立起10个情报网的联络基点。叶剑英对每个联络点抓得很紧，使各地同延安总部的情报联络渠道畅通无阻，保证了中央、军委准确及时地掌握情况、指挥作战。
在各地建立情报网的同时，叶剑英组织各根据地设立气象观察所，建立健全气象观察制度，不但保证了当时作战指挥的需要，也为根据地的气象观察和农业生产提供了方便条件。
为了及时反映敌、伪、友、我的军事动向和各方面情况，叶剑英组织总参谋部人员汇编《军委战况通报》、《作战室周报》等，每期都亲自审批。
随着第二次世界大战形势的发展，他又在总参谋部成立了资料研究室，编辑《国际资料》，负责收集、整理各交战国的战况，研究外国军事动态和军事著作。毛泽东看了这些材料后很高兴，说这样做“大有帮助”，并且嘱托叶剑英对作战局和资料研究室的同志在生活上多加照顾。叶剑英非常重视通信联络工作，组织出版《通信战士》，并为之题词：“革命的马达在飞转，产生出解放人群的热，幸福的光。”总部的通信工作受到各战区的赞扬。有一次，胶东军区司令员许世友因与中央恢复了中断很长时间的电讯联络，高兴地派人专程到延安，送给中央一根黄璨璨的金条。毛泽东亲自把这根“进贡”的金条，奖给了总参谋部作战部门。
三、科学预测苏德战争爆发后日军动向
1941年6月22日，苏德战争爆发。德军突然袭击，攻势猛烈，很快逼近列宁格勒，苏军处于极其被动的地位。在这种严重形势面前，中国战场上的日军会如何动作？八路军、新四军的战略方向应如何确定？这是关系到中国抗战和全世界反法西斯战争前途的一个值得认真思索的问题。叶剑英及时组织总参谋部人员进行讨论，召开时事座谈会（邀请当时在延安的日共党员野坂参三参加），分析了日军北进、南下的两种可能性，认为中共的战略思想和战争准备的重点应当放在对付日军南下方面。叶剑英将这个倾向性意见及时上报中央，以供决策参考。这时日本统治集团内部对南下与北进问题也存在着争论。
9月6日，日本“御前会议”秘密地采纳大本营和政府联席会议制订的《帝国国策实施要领》，决定发动太平洋战争，“不惜对美（英、荷）一战”。后来战争的发展，特别是日本偷袭珍珠港事件证明，叶剑英对日军动向的分析预见是正确的，对中共中央制订有关方针决策起了重要作用。
这一年11月9日，叶剑英与李克农为重庆召开的国民党爱国志士张冲追悼会送挽联：“豺虎尚纵横，大局岂堪重破坏。巴渝多雾瘴，忠魂何忍早游离。”①
这一年12月，中共中央决定在太行山抗日根据地，为刘伯承50诞辰举行庆祝活动，以表彰他的革命功绩，鼓舞敌后军民的士气。16日，叶剑英从延安特发来两首祝寿诗：
（一）
太行游击费纠缠，
撑住平辽半壁山。
遍体弹痕余只眼，
寿君高唱凯歌旋。
（二）
细柳营中寂不哗，
枪垣炮堵即吾家，
将军五十人称健，
斩得倭酋不自夸。②
①叶剑英谈话记录，1982年4月8日。
②《叶剑英诗词选集》，人民文学出版社1983年4月版，第5—6页。
1942年，日军华北方面军对中共华北抗日各根据地进行更为残酷的“扫荡”和“蚕食”。为了消灭中共华北局和八路军总部机关和部队，从5月中旬开始，采取铁壁合围、捕捉奇袭等战法，对太岳、太行抗日根据地进行夏季“扫荡”。在反“扫荡”中，中共北方局机关和八路军遭日军合围，经奋勇战斗，虽突出重围，但八路军副参谋长左权于25日英勇牺牲。噩耗传来，叶剑英无限悲痛。为悼念和歌颂这位抗日英雄写下了《满江红》壮烈词章：“试看那，汉家旗帜。剩水残山容我主，穿沟破垒标奇迹”，“风起云飞怀战友，屋梁月落疑颜色。”①
①访问伍修权谈话记录，1992年5月。
左权牺牲后，彭德怀曾向中共中央提出，要文韬武略兼备的叶剑英来前方协助作战指挥。毛泽东和朱德、王稼祥经过研究，认为叶剑英不能离开军委，未能成行。
叶剑英在延安最高统帅部继续密切注视着苏德战场战局的发展。1942年7月，德国法西斯军队在苏德战场南翼实施突击，集中重兵进攻斯大林格勒。
有些人被德国法西斯得逞于一时的表面现象所迷惑，看不出其外强中干的虚弱本质。叶剑英提醒大家观察成局要着眼于发展，透过现象看本质，对苏军转败为胜，要有充分的信心。果然，苏军于是年11月即在斯大林格勒粉碎了德军的进攻，转入反攻，次年2月取得了扭转整个苏德战争局势的巨大胜利。
怎样估计这一胜利？是一般性的，还是带决定性的？当时延安各界对此众说纷纭，认识不一致。叶剑英再次组织总参谋部人员展开讨论，正确分析苏德战场上两军力量的对比及消长趋势。他得出结论说，这次胜利是整个苏德战争的转折点。
他把这一意见亲自整理成书面材料上报党中央，受到了毛泽东和朱德的赞扬。
四、打一场政治宣传战
1943年夏，国民党政府借“共产国际”解散之机，妄图发动第三次反共高潮，调动50万大军准备进攻陕甘宁边区。6月9日，何应钦、白崇禧、胡宗南等在陕西光天县举行军事会议，策划进攻陕甘宁边区。18日，胡宗南在洛川召开军事会议，部署进攻陕甘宁边区，准备分9路闪击延安。7月2日，胡宗南电令各部于10月前完成一切准备，待命行动。这时八路军主力部队大都在抗日前线，党中央、毛泽东等领导人所在的延安地区只有三、四万留守部队。面对这种大兵压境的形势，叶剑英沉着冷静，同总参谋部的同志昼夜不停地商讨对策。他考虑到，根据敌我兵力对比，动用武装力量打退国民党军队的进攻，难以取胜。
经过反复研究，他根据孙子兵法“实而备之，强而避之”，想出了一个类似诸葛亮“空城计”的作战方案，破例使用中共内线所掌握的敌情，公开揭露国民党的进攻阴谋，发动全解放区军民以至全国进步力量，奋起反对和制止反动派破坏抗日、挑起内战的罪行。他的这个以智取胜的退兵之计得到参谋部“高参们”的赞同，但是又考虑到公开发表采用特殊手段所获得的敌军情报，可能会给中共的情报工作带来不利的影响。为此，他特意找来军委主管情报部门的戴镜元等人征求意见。经过再三研究，大家认为，从斗争全局出发，权衡利弊，应当公开揭露，我方情报工作虽然会受到一些影响，但只要采取必要措施可以挽救。①
①访问戴镜元谈话记录，1992年5月。
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