1940年3月26日，南洋华侨回国慰劳团发起人、华侨筹赈总会主席陈嘉庚、副主席庄西言等一行5人，自仰光飞抵重庆，代表南洋近800万华侨，回国慰劳和考察，准备将广大民众和各党派团结抗战等材料，带回南洋，增加侨众的爱国热心，更好地以财力援助祖国抗战。4月初，叶剑英同林伯渠、董必武至嘉陵宾馆访晤陈嘉庚，又在八路军办事处举行茶话会，欢迎陈嘉庚一行。叶剑英等相继在会上致词。5月，陈嘉庚率领慰劳团第一组到达延安，受到毛泽东、朱德等中共领导人及广大军民的热烈欢迎。
7月24日，叶剑英会见从延安等地返重庆的陈嘉庚，就国共两党关系和谈判情况再一次进行了交谈，促进了团结抗战大业。叶剑英在重庆期间，在周恩来领导下，与董必武、徐冰等建立南至香港、东至上海、西至西康，包括江西、两湖、两广、云贵川各省的秘密交通线。他通过中共在香港的地下组织，与港澳以及海外侨胞取得联系，进行团结抗战。①
①访问鲁明、袁超竣苏惠、李静谈话记录，1991—1994年9月。
1939年和1940年夏，越南胡志明（胡光）曾来重庆，与叶剑英等会晤，就国际形势以及印度支那共产党的活动、越南国内建立根据地、开展武装斗争等问题交换了意见。胡志明在红岩八路军办事处住了一个多月，叶剑英和办事处同志给以热情帮助。叶剑英和秦邦宪在重庆还热情接待来访的印度国大党领导人尼赫鲁，洽谈抗日救国和维护世界和平问题。
国民党顽固派发动第一次反共高潮被打退后，尽管中共方面一再表示出改善国共两党关系，继续团结抗战的诚意，然而蒋介石并没有停止制造反共磨擦。他继续在国共双方已经达成协议的问题上无理纠缠，在华北、山东、华中等地连续制造了一系列袭击八路军、新四军部队，杀害共产党员及其家属的严重事件。
为了克服国民党顽固派的反共逆流，挽救时局危机，1940年6月上旬，刚刚从苏联疗伤回国经延安返渝的周恩来偕同叶剑英，与国民政府军委会正副参谋总长何应钦、白崇禧，就共产党的合法地位、陕甘宁边区的承认、十八集团军和新四军的扩编以及作战地区的划分等问题进行了多次谈判，并向他们递交了中共关于解决目前危局，加强团结抗战的提案。提案要求国民党政府保障各抗日党派之合法存在；释放一切在狱之共产党员；停止查禁各地之书报杂志，给《新华日报》的出版发行以法律保障，允许其登载中共之文件及领导人之言论文章；承认陕甘宁边区（23县）隶属行政院，以林祖涵为边区政府主席；准许十八集团军（八路军）扩编为三个军九个师，新四军增编为七个支队；军械粮饷及医药卫生、交通器材供给应与中央军同等待遇，并划分国共军队的作战区域。7月2日，国民党方面将一复案交与周恩来、叶剑英。接着，双方代表围绕两案中所涉及的各项问题，反反复复地展开了一场拉锯式的谈判。
6月以后，国民党驻苏北的韩德勤部、江南冷欣部及皖南的五十二师迭次包围袭击新四军，并切断交通，事态日益严重。7月7日，周恩来、叶剑英两次致函何应钦，要求国民党最高军事当局立即制止韩德勤等部袭击新四军，制止石友三集团军对第十八集团军的进攻。同一天，国民党战时新闻检查局无理扣压了叶剑英撰写的《第十八集团军抗战三年的几种统计数字》及新四军政治部主任袁国平所写的《三年来坚持大江南北敌后抗战之新四军》两文，《新华日报》即日发表启事，声明两文“奉命免登”，揭露了国民党当局进行新闻封锁的丑行。鉴于国民党顽固派在皖南及其他地区制造反共磨擦呈有增无减之势，叶剑英在周恩来领导下，同国民党政府展开了一连串的谈判和斗争，并将所了解的顽军动态及时报告中央。
7月8日，周恩来、叶挺、叶剑英、袁国平联名致电毛泽东、朱德、王稼祥、项英并转刘少奇等：鉴于顾祝同正趁重庆国共谈判的机会，企图切断江北、江南新四军的交通，制造磨擦；李品仙也在压迫李先念部退过平汉路西，建议此时宜专打顾祝同和李品仙，以分散中央军和广西军联合逼我的阵势。7月17日，周恩来和叶剑英就国民党军陈长捷部3个团在日军掩护下，分两路由晋西东渡汾河，向晋冀豫边区所辖之安泽县晋家山一带进犯事，再次致电何应钦，要求予以制止。
9月6日，周恩来、叶剑英电告中共中央、中央军委：国民党军令部已向第三战区司令长官顾祝同发出扫荡长江南北新四军的命令。当天，中央军委即将周、叶所报情况转告中原局、新四军，正式发出《关于新四军应准备自卫行动的指示》，指示强调：“请叶（挺）、项（英）、胡服准备自卫行动。皖南尤须防备。”
此时，国内的政治局势由于受到国际形势影响而急剧恶化。9月27日，德、意、日在柏林签订协定，正式结成三国同盟。与此相应，英、美也签订了协定。这两大集团势力，此刻都在重新衡量中国这个破码，极力拉拢蒋介石。一方要蒋放弃抗日，加入德、意、日同盟，德国出面劝和，日本加紧诱降；另一方则许以厚利要蒋加入英美同盟。同时，蒋介石还在继续得到苏联的援助。如此一来，蒋介石身处国际上的三大势力之间，自感左右逢源，举足轻重，便有恃无恐，为所欲为，急欲在国内再度掀起反共高潮。对于这种乌云滚滚、风雨欲来的险恶形势，中共中央和南方局都作了充分的估计和准备。根据中央的部署，南方局决定把重庆整个党的组织由公开、半公开状态转入地下，彻底改变领导方式。10月4日，南方局讨论了内部组织分工，根据周恩来的提议，南方局设立统一战线工作委员会，董必武任书记，叶剑英任副书记，下分军政、党派、社会、青年、妇女5个小组，分别由叶剑英、秦邦宪、董必武、蒋南翔、邓颖超负责，并专设“叶剑英工作处”。10月16日，南方局致电中央，就此作了专题报告。局势果然急转直下。
10月19比在蒋介石操纵下，何应钦、白崇禧向朱德总司令、彭德怀副总司令、叶挺军长发出“皓电”，诬蔑八路军、新四军，自抗战以来“不守战区范围，自由行动”，“不遵编制数量，自由扩充”，“不服从中央命令，破坏行政系统”，“不打敌人，专事并吞友军”等，并迫令八路军、新四军之各部队，“限于电到一个月内全部开到中央提示案第三问题所规定之作战地境内，并对本问题所示其它各项规定切实遵守，静候中央颁发对于执行提示案其它各问题之命令”。（所谓“中央提示案”，即将活动在江南和整个华中的八路军、新四军全部赶到黄河以北）。这个“皓电”成为第二次反共高潮的信号和起点。
中共中央严正驳斥了“皓电”的反共诬蔑，在揭露国民党反共投降的阴谋的同时，为了顾全大局，缓和同蒋介石的关系，制止或延缓国民党反共内战的爆发，决定将新四军军部和皖南部队北移。同时，通知全党在思想上准备应付最黑暗局面的到来，对可能出现的某种形式的内战要有高度精神准备，对国民党掀起的反共高潮，将实行“政治进攻、军事防御”的斗争策略。
11月中旬，毛泽东速电致周恩来、叶剑英对付国民党掀起反共高潮的具体斗争部署。
根据中央的指示精神，周恩来、叶剑英等常常是彻夜不眠地分析形势，对如何答复“皓电”的内容、时机和形式等重大问题，以及共产党在政治上、军事上应采取的策略措施等，都及时地向党中央、毛泽东提出了很多切实、有益的建议。
11月30日，周恩来和叶剑英根据毛泽东对国民党采劝表面和缓，实际抵抗，有软有硬，针锋相对”的斗争方针，就新四军北移问题，同国民党代表、军令部次长刘为章（即刘斐）谈判。刘称蒋介石表示可以将北移限期推迟，但各地冲突必须停止。周恩来、叶剑英表示，江南新四军决定移动，其余有困难；停止冲突必须由国民政府军队“立即停止军事行动”。
12月5日，周恩来、叶剑英致电中共中央，建议以朱德、彭德怀、叶挺、项英名义电复刘为章，要刘顾全大局，停止桂军和霍守义师对江北新四军的进攻。12月中旬，又电告毛泽东、朱德：李品仙歼灭新四军渡江军队的计划是经何应钦核准的。
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