为了贯彻中央新的战略方针，周恩来、朱德、刘伯承、叶剑英研究制定了抢渡乌江、占领遵义的行动方案。1935年1月7日凌晨，先头部队占领遵义城。9日，中共中央、中革军委在当地人民群众的欢呼声中进入遵义城。1月15日至17日，党中央在遵义召开政治局扩大会议。会议集中批判了王明“左”倾冒险主义在军事上的错误，通过了《中央关于反对敌人五次“围剿”的总结的决议》，重新肯定了以毛泽东为代表的正确军事路线。会议改组了党的中央领导，增选毛泽东为政治局常委。遵义会议结束了王明“左”倾冒险主义在党中央的统治，实际上确立了毛泽东在红军和党中央的领导地位，在最危急关头，挽救了红军，挽救了党，挽救了革命，成为中国革命的一次伟大历史转折。
遵义会议期间，中央纵队未单独设立司令部，由总司令部兼理。据黄鹄显、曾三、吕黎平等回忆，叶剑英在总司令部协助周恩来、朱德指挥作战，日夜守候在作战值班室，处理紧急军务。他拖着带伤的身体，不分昼夜地工作，有时一天只能休息三、四个小时。他负责军委纵队的工作，还要领导军委一局的工作，每天不但处理大量上报下达的文电，有时还亲自起草电报。
工作严肃认真，一丝不苟。他起草电报喜欢用毛笔写，一笔一划，工工整整。写完后又一字一句点着看，认为准确无误了，然后写上“剑英”二字。
他常对军委总部的参谋人员说，一字之差，可能会关系到部队同志的生死存亡，写好后一定要多看两遍。参谋起草的电报，他一字一句修改，有时只留下头尾，内容几乎全部改写，改完后，送给参谋重抄，然后他还要认真看两遍，才签字发出。有的参谋人员不懂电报中的韵目代日，地支代日代时，他不厌其烦，把着手教，帮助参谋人员提高工作能力。叶剑英十分关心遵义会议的进展情况，当他得知会议的结果时，十分高兴。他衷心拥护会议的正确决定，拥护毛泽东的领导，连夜向部队传达会议精神。遵义会议后，中央红军决定北渡长江，与红四方面军会合。1935年1月19日，中央红军向川南上城赤水方向开进。一天，中央机关行军到一条山谷时，突然从北边半山坡上冲来敌军一个连的兵力，向中央机关人员猛烈开火。毛泽东、周恩来、朱德等都在敌射击圈内，情况非常危急。中央机关人员只好躲进一条流水沟里。
过了一会儿，敌军吹起冲锋号，冲下山来，高喊：“活捉朱毛！”在这千钧一发之际，叶剑英率队从后面跟了上来。他当即下令：“通信排跟我来！”
亲自带领一个排迅速冲上南面的高山，集中火力向北边压下来的敌人还击。
敌军遭到阻击，摸不清底细，不敢再往下冲。双方对峙了一阵，敌军退去。
中央机关转危为安。大家说：“好险呀！要不是叶参谋长及时赶到，我们就要吃枪子了！”①
①访问范希贤、李质忠、颜太龙谈话记录，1987—1994年。
四、艰难的雪山行军
1935年2月28日，在第二次占领遵义的老城老鸦山战斗中，三军团参谋长邓萍不幸牺牲。三军团向中央发电报，指名要求叶剑英去接任。中央考虑战斗正在激烈进行，前方需要派得力的人，便同意了三军团的要求。叶剑英在危难之际奉命前往三军团任参谋长，协助彭德怀、杨尚昆指挥三军团作战。
3月上旬，中革军委在打鼓新场附近召开重要军事会议，研究成立军事指挥小组问题。出席会议的有军委委员以及一、三军团负责人、纵队司令员、政委等。三军团参谋长叶剑英和政治部主任刘少奇也出席了这次会议。会议经过讨论，确定由毛泽东、周恩来、王稼祥组成三人小组，负责指挥全军的军事行动。就在会议讨论下一步红军进军方向时，敌机突然袭来。在危急时刻，叶剑英第一个想到的是毛泽东，他眼疾手快，拉着毛的手，急忙跑出屋子，隐蔽到山脚边的茅草地里。敌机空袭过后，继续开会。会后，叶剑英在三人小组和彭德怀、杨尚昆的领导下，制定三军团的作战计划，指挥部队趁夜经潭厂、两路口，袭取仁怀，三渡赤水。然后攻占铁厂、大村，在二郎滩四渡赤水，南渡乌江，直趋贵阳。①
①在遵义会议纪念馆查阅的资料，1985年10月3日。
部队人不歇步，马不停蹄，翻山越岭，来到金沙江畔。金沙江的支流很多，过每一道河，叶剑英都要亲自勘察地形，指挥架设浮桥，或组织人员向敌军夺船渡河。行军作战中遇到问题，他总是找几个科长来一起商量解决办法后向彭德怀汇报，最后再作决定。有一天，部队行军80里，到宿营地时已经很晚了，走在前边的部队突然来电说，行军前方有一座桥被水冲断了，需要连夜架修。这时大家经过一天的行军，人困马乏，已经很疲劳，叶剑英带伤走路，更是周身酸痛，但他仍然连夜召集司令部李天佑、孙毅等几个科长碰头研究办法，并要亲自带工兵连夜去赶修。几位科长看到他身体虚弱，坚决不让他去。叶剑英接受了大家的意见，将架桥任务交给孙毅。临走前，他对可能遇到的问题，又作了具体交代，才放心地让孙毅带工兵连20多个战士前去。他们走了几十里路，在河边整整奋战了一夜才把桥架通。
彭德怀、杨尚昆和叶剑英率领三军团渡过金沙江、大渡河后，乘胜继续北进。经林坪，从二郎山旁越过人迹罕至、野兽成群的深山老林，指挥部队击溃四川军阀杨森所部6个旅的堵截。于6月初，占领了天全、芦山、宝兴，为后续部队扫清了道路，迅速赶到夹金山脚下。
夹金山是红军长征翻越的第一座海拔4000米以上的大雪山。它位于四川宝兴县西北，懋功东南，高耸入云，气候寒冷，空气稀薄，山顶积雪终年不化。红军指战员从云南一路转战来到四川，每人只有一套单衣，要过雪山了，想补充点衣服也无处可寻。最初他们想带些烧酒御寒，但山脚下人烟稀少，哪里去找这许多烧酒？叶剑英找大家商量，布置部队要多准备生姜、大蒜、大葱、辣椒，以备上山冷时咀嚼压寒，并对爬雪山提出了一些具体要求。
上午八、九点钟，部队开始上山。叶剑英拄着拐棍，口里含着姜片，与警卫员范希贤一起向山上攀登。雪山上的气候，变幻莫测，刚才还是阳光灿烂，过不多久就下起了鹅毛大雪。暴风夹着雪，打到脸上、手上，像刀割似的疼痛。叶剑英和大家一样穿着单薄的军装，冻得浑身直打哆嗦。人们用手捂着脸，冒着暴风雪，踉踉跄跄，艰难地行进着。如果不小心，掉进雪窝里或雪崖下，就永远也爬不起来了。好不容易走到山顶，叶剑英远远看见有三个人坐在那里，走近一看，三人都已冻僵牺牲了。他默默地摘下军帽，含着热泪向这些战友告别，陷入了沉思：自从离开中央苏区，一路上牺牲了那么多好同志。他情不自禁地低吟：“越过千山与万水，红军西游何时还？……爬过雪山，部队吃粮非常困难，只好靠野菜充饥。有的连野菜也吃不上，只好吃草根、树皮。为了搞到粮食，叶剑英率三军团教导营与藏民联系买粮。
可是，沿途藏民多受国民党的欺骗宣传，都藏匿起来，不肯把粮食卖给红军。
在这种情况下，叶剑英教育部队要爱护少数民族兄弟，不能违反群众纪律。
他带头执行纪律，遵守少数民族的风俗习惯，并且规定了一些具体的政策和措施。叶剑英要求大家宁肯搞不到粮食，饿着肚子，也不准随意侵扰藏族兄弟。有的藏民因受反动宣传的欺骗，拿起大刀长矛对付红军。叶剑英教育部队，绝对不准还击。由于他带头执行中国共产党的少数民族政策，许多藏民很受感动，积极动员躲在山上的群众陆续回家，纷纷把余粮卖给部队，有的甚至乐于为红军带路。
经过艰苦、顽强的行军，叶剑英同部队一起到达四川西部懋功县（今小金）的达维镇。在这里，中央红军一部与红四方面军先头部队会师了。叶剑英估计，随着两军会师后力量的增强，全军在战略上将会很快打开一个新的局面。他衷心地期望着这种新的局面能够早日出现。
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