这期间，国民党军队对苏区的第四次大规模“围剿”已全面展开。叶剑英根据军委部署，指挥东南战区军民，积极开展袭敌、扰敌活动，配合北线主力红军打击敌人。1933年2月，叶剑英组织闽西、赣南独立师、团，以及闽西、上杭一带地方武装，破坏道路，断敌交通，迟滞由闽入赣的国民党军队的行动。①
①访问方志纯谈话记录，1990年12月。
3月，叶剑英获得国民党军第十九路军及部分福建地方军阀部队准备进犯长汀的情报后，随即将战区所属武装及红军学校第五期学员统一编成五个纵队，以迎击敌军的进犯。具体部署是：以一、二、三纵队为主力，向进占闽西清流县城一带之敌出击；四纵队打击连城、龙岩之敌；五纵队在赣南钳制广东方向可能来犯的敌军。叶剑英直接指挥对清流之敌的进攻作战。清流一带的敌军为福建军阀卢兴邦、张贞部所属的三个团。为了牵制其增援进攻主力红军的敌人，叶剑英根据军委意图，率部主动向清流之敌发起进攻，给敌以沉重打击，使敌军在较长时间内不敢轻易出动。战斗中，红军缴获了8挺德国造的勃朗宁轻机枪和一部分捷克造的自动步枪。这些武器在当时是比较新式的，叶剑英命部队将这些武器保管好，战后将带回红军学校，作为教学用的实物。
叶剑英身在东南前线，胸中始终装着整个苏区反“围剿”战役的全局。
他根据战局的发展，多次主动向军委建议将南线的部队抽调到北线。1933年2月，他将南线的两个师输送到北线。不久，又建议军委将南线的红十二军抽调到了北线。他将闽西4县的地方武装升级为正规部队，建立起红十九军，亲自兼任军长，负责东南战区的防御。他还将红校第四期毕业的400多名连级干部，全部输送到北线主力红军部队，并决定将红校看护连的80多名学员提前毕业，分配到前线部队工作。
在此期间，叶剑英还多次就整个反“围剿”战役的战局，向军委提出建议。他在致军委的《对目前战局及战略意见》中指出：目前应紧紧抓住西南反蒋的有利时机，集中全力在北线与敌军决战，以结束四次战役，开展新的战局；为确保北线决战的胜利，当将南线的红军部队全部秘密集中到北线，参加战斗；在南线另外组建新的独立师，在地方游击队配合下行动，麻痹闽、粤之敌；汀州、瑞金一带的防务，直接由红军学校师生担任。叶剑英的这些建议，均得到了军委的赞同并被采纳。叶剑英率部在东南前线的积极防御和在兵员、物力等方面对主力红军的支援，对于取得粉碎国民党军对中央苏区第四次“围剿”的胜利，起到了重要的作用。
五、在闽赣军区
从1933年5月开始，蒋介石又调集50万兵力，策划对中央革命根据地进行第五次大规模“围剿”。
为了反击这次“围剿”，根据中共中央局提议，中华苏维埃临时中央政府下令将中央革命军事委员会由前方移至瑞金，增加博古、项英为委员，由项英代理主席。同时，在前方另组中国工农红军总司令部兼红一方面军司令部。5月8日，任命朱德为中国工农红军总司令兼第一方面军司令员，周恩来为中国工农红军总政治委员兼第一方面军政治委员，叶剑英为中国工农红军总参谋长兼第一方面军参谋长。
叶剑英受命以后，先是在沙洲坝的乌石垄村组建起一个精干的司令部机关。不久，又奉命调往前方协助朱德、周恩来指挥红一方面军作战。9月25日，蒋介石乘红一方面军主力分头作战之际，以北路军3个师由南城、硝石向黎川发动进攻，开始对中央革命根据地进行“围剿”。中共中央局继续推行军事冒险主义，提出“御敌于国门之外”的错误方针，要求红军在根据地外战胜敌人，并争取苏维埃在全中国的胜利。
根据敌情的变化和作战任务的需要，中革军委决定成立建宁警备区和广昌警备区。1933年12月4日，任命叶剑英为建宁警备区司令员，滕代远为建宁警备区政委。叶剑英到建宁后，又兼任闽赣军区司令员。
他领导各部队积极扩大根据地，开展游击战争，确保军区的后方安全、道路通畅、供给充足。樟村战斗后，他在军区召开黎川地区各级负责人会议，要求黎川武装“迅速经秦拗、九坊一带大山，靠紧新桥、泰宁创造巩固侧面根据地”，并指示要在黎川东南广泛发展游击战争，挺进胡坊侧面，骚扰黎川东面之敌。同时派出干部领导黎川西南武装，进攻敌人。
1934年1月，红一方面军总部与中革军委合并，方面军所属部队由中革军委直接指挥，称中央红军。2月3日，中革军委进行了改组，主席仍为朱德，副主席为周恩来、王稼祥，刘伯承任总参谋长，叶剑英任副总参谋长，但实际指挥权仍操纵在博古和李德手里。1934年1月22日至2月1日，中华苏维埃第二次代表大会在瑞金沙洲坝召开。叶剑英被选举为中华苏维埃共和国第二届中央执行委员会委员。
1934年1月30日，军委要求闽赣军区“应坚决把自己所属范围内的地主武装彻底肃清，巩固与发展新的苏区”。叶剑英随即部署以主力肃清建宁、安远、梅口三区内的地主武装大刀会、保卫团等，打通建宁通往宁化的道路，保障兵站、医院的交通安全。各独立团、警备区机关、各部队、工作团、兵站医院等，到指定地区开展游击活动，肃清地主武装。他夜以继日，忙于指挥部署战斗，调动各方面力量，巩固后方安全。经过一个月的艰苦努力，建宁、安远、均口、依口、官仓、梅口、鱼潭等地相继建立了革命委员会，并进行了分田活动。作为战区司令员的叶剑英，不仅负责前线指挥，还要照顾后方供应。他发动群众筹粮，为部队准备了充足的粮食，在北线存米520多担，谷1170担，南线存粮5200多担，保障了主力红军的粮食供应。
不久，叶剑英主持成立了闽赣军区司令部。在他的指挥下，军区所属武装积极地配合主力红军行动。整个闽赣地区一度成为巩固的作战基地。
六、关心战士疾苦
1934年4月，叶剑英奉命到中华苏维埃共和国福建军区任司令员。不久，个别部队因疏忽警戒，发生被敌袭击事件。他和政委万永诚总结事件的经验教训，及时发出训令，要求部队加强行军、宿营时的警戒工作，随时准备打击敌人。
为了打破敌人的“围剿”，叶剑英组织福建军区野战司令部、政治部，领导地方武装开展游击战争，坚壁清野，断桥断路，骚扰敌人。一次，敌人拼凑了一个军的兵力向福建军区的前沿阵地龙燕镇一带和扁山要地进犯。当时，红军只有一个师守卫在龙燕镇一带，一个团守卫在扁山。在敌我力量悬殊的情况下，叶剑英为保存有生力量，命令部队暂时放弃龙燕镇和扁山，有计划地往福建的长汀方向退却。同时，他命令一部分红军部队利用山地的有利地形，声东击西牵着敌人的鼻子在山里兜圈子。在扁山通往长汀的一条河边，叶剑英直接指挥部队，伏击了敌军一个营，将敌全歼，缴获了一批枪枝弹药。
叶剑英在指挥部队转战过程中，十分重视伤病员的救护工作。对身负重伤的指战员，只要他看到时，都要亲自察看。在撤出扁山的途中，叶剑英亲自率队在最后面阻击敌人，同时，命令一个班的红军战士边退却，边收容伤员。有两个负责收容的战士以为一名重伤员已牺牲了，就把他放在路边上。
恰好叶剑英骑马赶来。他翻身下马，认真地检查了伤情，又摸了摸脉搏，发现这个伤员还活着，便立即要他们将伤员送到后方抢救。这时，追敌已近。
在这个危险关头，他仍坚持要战士将这个重伤员抬走，命令道：“你们抬着这个伤员先走，我来阻击敌人，掩护你们。”后来，他经常教育部队说：在收容伤员时一定要仔细，不能粗心大意。每个红军战士都是我们的阶级兄弟，只要还有一口气，我们都要设法抢救，多救出一个红军战士，就为革命多增加一份战斗力量，要爱护我们自己的阶级兄弟呀！
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