叶剑英冷静地分析了当时的敌我态势，同意加伦的意见。他对王柏龄一再申明自己的看法：孙传芳的精锐部队都集中在南昌。南昌三面环水，地势险要，即使我部孤军深入，打到城里，一旦敌人断了我军的退路，进去了也出不来。况且我军刚退，士气消沉，还是缓攻为好。
一向刚愎自用的王柏龄拒不采纳叶剑英的意见，贸然下令部队攻击，孤军突进。一部分部队突入城内，遭到敌军猛烈反扑，被分割包围，无法立足。
王柏龄见势不妙，贪生怕死，率先逃跑。叶剑英和团长薛岳等只好组织部队仓猝撤退，部队损失惨重。叶的护兵司徒发回忆说：“当时好险呀！多亏参谋长救了我一条命。”
10月中旬，北伐军再次发起攻打南昌的战役。叶剑英与第一师代师长王俊奉命率部参加南昌西北的王家铺战斗。
战斗经过是这样的：10月上旬，李宗仁的第七军与孙传芳的部将陈调元所率三个师在王家铺南约10里处，鏖战几天几夜，不分胜负。蒋介石闻讯，恐第七军独力难支，即派第一师前去增援。叶剑英协助第一师代师长王俊指挥部队，从白山绕出昆仑台侧背，迅速赶到山脚下。他观察战场情况，看到交战双方已打得精疲力竭，战斗接近尾声，便向王俊建议说：“他们已经打三天三夜了，我们稍加砝码，敌人就退了。”他提议将部队主力迂回到敌人侧后去，正面用一小部分兵力佯攻，命炮兵向山上开炮，迫使敌军退却，然后在运动中拦头截尾，一举歼灭之。
工俊急于立功，不听劝告，将部队全部拉到正面，发起进攻。双方刚接上火，敌军看到北伐军援兵到来，连忙撤出阵地向后逃跑。王俊得意地喊起来：“敌人退了，我们追吧！”叶剑英看到这种不讲战术的愚蠢打法，气愤地说：“还追个啥！等你追下去，人家已经跑出几十里了，什么也缴不到。”
这次战斗，由于王俊不听叶剑英的意见，打了一个消耗仗。结果只缴到一个炮筒子。参加战斗的黄埔学生军怨气横生，把这件事报告了蒋介石。
第二次攻打南昌，北伐军又遭受重大损失，被迫撤围。
10月下旬，武昌方向的北伐军主力兼程驰赴江西前线，参加第三次攻打南昌。11月8日，北伐军终于攻克南昌，全歼敌江西总司令邓如琢防守南昌的部队。9日，蒋介石率总司令部移驻南昌。由于王柏龄临阵脱逃，叶剑英率总预备队指挥部，随一师驻守南昌。①
①在南昌八一起义纪念馆查阅的资料，1990年12月。
南昌之役，费尽九牛二虎之力，使蒋介石深感自己的嫡系部队问题严重。
他“痛诫”一、二师长官，责骂王柏龄、王堪根本不是带兵人才”，提出对二王要惩办、撤职。他听说在南昌战役中二王不听叶剑英的劝告，以致连连失利，于是特意召许叶剑英佩剑晋见。
蒋介石见到叶剑英，先是夸奖一番，然后摊出了此次召见的底牌，说：“现在一师没人指挥，我看你就去一师当师长吧！”
叶剑英丝毫没有思想准备。他想到一师是蒋的嫡系，有些部下目空一切，很难管束，同二王的关系也很难处，而且对蒋介石的面目还看不清楚，所以婉言谢绝说：“谢谢校长好意，只是我身体不大好，待打完仗再说吧，我还愿意继续当参谋长。”蒋介石立即吩咐军医官给叶剑英看玻军医官煞有介事地检查了半天，拿不准是什么玻叶剑英便风趣地说：“我还没吃早饭呢，等你检查确诊，人都要饿死了。”军医官没有办法，只好胡乱开个药方子。
叶剑英懂得一点中医，看了看方子，是些“太平药”，便叫护兵煎几付吃下去，应付了事。②
②叶剑英谈话记录，1981年1月13日。访问刘复之谈话记录，1994年9月。
三、新编第二师代师长
南昌之役，北伐军俘虏了孙传芳的军官数百名，士兵数万人。蒋介石为了扩充实力，决定将收编过来的赣军组成新编军，任命叶剑英为新编军第二师代理师长。叶不便再推辞，只好受命。他在组建师部机构时，选调了一部分云南讲武学校、黄埔军校的老同学、老同事。蒋介石又从其他部队抽调黄埔军校出身的军官，充当师部和团、营、连的骨干。同时，叶剑英还招收一些有志革命的青年学生充实到机关和部队。
不久，师部机关、教导队和三个团都成立起来，营和连的兵员也基本补齐，全师总共有6000多人。从师到连各级，都仿效苏联红军的编制，设立党代表，多由左派国民党员和地下中共党员充任。叶剑英提出“不要钱，爱百姓，不怕死”的口号，还规定了军官不准打骂士兵等军纪。部队成份虽然复杂，经过一段整训，政治素质有所提高。
新编二师组成后，很快就奉命开赴吉安。
叶剑英率部开进吉安城后，安顿好了部队，就召集各团军官开会，布置教育和训练。他利用总理纪念周这个讲坛和其他机会，每周向军官们至少作一次政治演讲，讲时局，摆敌情，号召大家北伐到底，统一中华。他提倡部队教唱革命歌曲，开展各种革命活动，支持男女青年军人演活报剧，进行街头演讲。
在吉安这一段时间里，叶剑英虽然与共产党组织没有直接联系，但时常能接受到部队左派军官和秘密共产党员的思想影响。他以极大的热情出席地方上的总工会、商民协会等组织、团体的会议，支持革命和进步的活动。他还让党代表、进步的军官与学生联合会、妇女联合会等进行联欢，演出节目。
当时，中共地下组织领导的吉安县青工学徒联合会副主席吴富善就与叶剑英有过交往，得到过他的支持。吴富善谈起对叶剑英的印象，说：“他那时才三十岁，高高的个头，瘦条条，白白净净的面孔，不大穿军服，经常穿一身中山装。人很帅，也很威风。他的卫队，每人都带着二十响驳壳枪。但他为人和蔼可亲，思想进步，是个左派。我们常在县里开会碰头，见面。”
那时当个国民革命军的师长既神气，又阔气。出门不是骑马，就是坐轿子，前呼后拥，威风凛凛。在经济上实行委任经理制，即包干制。一个月全师军饷15万块银元。叶剑英当师长，从不克扣军饷。他告诫军需处长，不能贪污，每个月发完饷要清理帐目，向他报告。叶剑英一向宽厚待人，关心部属疾苦，经常用自己的薪俸接济有困难的人，不论是谁，有求必应。每个月他都接到许多来信，有些老同学、老同事、老下级，这个结婚，那个报丧，每有所求，他都寄给几十元或上百元。他与身边的人平等相处。公务之余，常教他们骑马、射击，没有一点“官架子”。
四、通电反蒋与吉安暴动
叶剑英身在吉安，时刻关心着全国政局的发展，尤其关注着武汉与南京两个方面的政治动向。蒋介石在上海发动“四一二”反革命政变后，江西也很快陷入一片白色恐怖之中。吉安的反动分子，也在全城实行戒严，查封工会、农会、学生会、报馆等革命机构，强行押送国民党左派和革命团体负责人出境，并收缴了县农协自卫队的武器。共产党人被迫转入地下活动。①在这种严峻的形势下，摆在叶剑英面前有两条路：一条是荣华富贵的路。这就是继续留在蒋介石嫡系部队，为蒋效命，升官发财。那时，蒋介石很赏识叶剑英。他不单单看重叶剑英年轻有为，才华出众，更重要的是因为这个出生在广东的“儒将”，曾经追随和保卫过孙中山，在广东地区和粤军中很有些影响。他想把叶剑英拉过来，利用其威望和才干，笼络人心，控制南粤。这就是蒋介石为什么几次给叶剑英封官晋爵，甚至允许他佩剑直入其私邸的缘由。
①在吉安市委党史办，吉安军分区查阅的资料，1990年12月。
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