叶剑英和教官们一起，借鉴黄埔军校的一些做法，确定独立营实行军事训练与政治训练并重的原则，强调“军以党化，党以军成”，要求革命军人服从革命政党，贯彻革命党的主张和政策，不闹个人意气，不耍军阀作风，不坑害老百姓，努力使自己成为革命军的基层骨干。
叶剑英在创建独立营期间，还时常回到黄埔军校讲课，或到二师指导训练。他身兼数职，日夜奔忙。
后来，独立营与驻在前山的二师缉私营合并，扩大为新编团。叶剑英于1925年5月26日被任命为建国粤军第二师新编团团长，廖鸣鸥、练惕生任副团长，邓良等分别担任各营营长。新编团开始了更加严格的军事训练。
在军事训练中，叶剑英经常以身作则，讲解示范，手把手传授军事技术，和士兵一起摔打。他还十分重视士兵的政治教育，经常到课堂发表政治演讲。
他那生动活泼的言谈，精辟独到的见解，大大启发了士兵的政治觉悟，使他们进一步懂得了“非革命不足以图存”的道理。
香山是广东农民运动发展比较早的地区之一。廖仲恺和谭平山等曾多次去香山参加农民代表会议，发动群众组织农民协会。叶剑英根据廖仲恺的训示，组织独立营部分官兵帮助香洲地区开展农民运动。他经常到乡村访问，了解农民疾苦。他派出陈雨荣、曾繁凯等军官到夏美村与贫农甘金星一起组织香洲地区的农民协会，并参加东坑一带的农会活动。其后又帮助前山、湾仔等地相继建立了农民协会。不久，共产党特派员梁桂华到香山发动上下栅和九区农民，组织农民协会，举行有万余人参加的农民代表会议。廖仲恺和彭湃等特意赶来参加盛会，并在大会上发表了热情洋溢的演说。
叶剑英平时很注重改善部队与驻地政府和民众的关系，严肃军纪，并经常组织军官和士兵到学校和农村、码头宣传孙中山的革命主张，宣传国共合作后的新形势，帮助贫苦农民、渔民做事。当地一些老人至今回忆起来，仍赞不绝口：“当年时参谋长在香洲的队伍不打人，不骂人，不拉伕，不勒索，纪律严明，买卖公平。那样好的军队在当时是很少见的。”
六、参与平定商团叛乱
1924年7月，陈炯明指使林虎进攻广州的计划失败后，并未放弃做“粤中王”的企图。他与广州大买办头子陈廉伯勾结，阴谋再一次推翻广东革命政权。陈廉伯联合广州及附近县镇98个商团成立“联防总部”，在各地组织武装，向外商购买大批枪支弹药运往广州。这一情况被孙中山发现。孙中山于是下令扣留了他们的一部分枪械。陈廉怕以此为借口，出动2000多名团丁包围大元帅府，煽动罢市，明目张胆地要颠覆孙中山的革命政权，建立商人政府。
在这种紧迫的形势下，廖仲恺于8月23日以广东省长名义下令通缉陈廉伯，并电请蒋介石速派学生军前来广州市维持治安，同时命叶剑英从香洲迅速返回二师，协助张民达，率部队准备对付商团叛乱。
局势越来越严重。广州盛传：陈炯明、林虎、洪兆麟等反革命军队准备从石龙、东莞进袭虎门，与商团会师。10月10日这一天，广州群众为纪念武昌起义13周年，在观音山举行盛大集会，警告反动商团。担任中共广东区委委员长兼宣传部长的周恩来，出席了大会，并以广东民族解放协会代表身份发表演讲。群众大会结束后，即开始示威游行。不料，反动商团军在太平南路突然向游行队伍开枪，打死20余人，打伤100余人。商团还到处张贴布告，公开要求孙中山下野，欢迎陈炯明回省主持政事。广大工农群众对此义愤填膺，坚决支持孙中山，要求与商团决一死战。叶剑英和二师官兵、黄埔军校革命师生眼看无辜群众受害，心急如焚，一致要求对商团发起反击。
孙中山在中国共产党和工农群众支持下，成立了镇压商团的革命委员会，自任会长，廖仲恺、汪精卫、蒋介石、许崇智、陈友仁和谭平山为全权委员。同时成立有周恩来、杨匏安参加的临时军事指挥部，统一指挥平叛。
10月15日拂晓，孙中山令革命军向商团发起攻击。陈炯明为配合商团的行动，下令叛军进攻虎门。商团军有恃无恐，在西关依托街坊堡垒作为防御阵地，在滇军的暗中支持下，向政府军进行还击，顽强固守。战斗有旷日持久之势。军事指挥部决心以非常手段速战速决，下令各部调炮兵集中火力向西关一带猛烈轰击，同时命步兵迂回至敌人侧后夹击。张民达、叶剑英指挥二师部队担任迂回任务，他们沿观音山麓西南角的德泥路、盘福路、丰宁路至西瓜园一线向西关发起攻击；并派出小分队从横街小巷用竹木梯爬上屋顶越入西关，猛击商团军之背。友邻部队还采取火攻战术，使西关街坊堡垒变成一片火海。商团军的防御阵地被突破以后，纷纷弃械逃窜。陈廉伯等见势不妙，逃至沙面租界英国领事馆，请求避难。至此，商团叛乱被彻底平息。
平定商团之后，叶剑英回到香洲，不时还到黄埔军校讲课，教授兵器学等课程。没过多久，周恩来调黄埔军校任政治部主任。从此，两个出身不同、经历各异的年轻革命者在国共合作的旗帜下走到了一起。周恩来到军校后，立即投入政治部组织建设和思想建设，派优秀的毕业主任连党代表，向教职员和学生灌输革命精神，教育他们不贪财，不怕牺牲，精诚团结，救国救民，实现孙中山提出的武力与民众相结合的建军宗旨，使军校的政治工作日趋活跃，卓有成效。叶剑英在和周恩来的首次共事中，虽然接触不多，但他从周恩来的举止言谈中，看到了共产党人的磊落胸怀和远大抱负，从而由衷地产生了敬佩之情。
※第五章 东征之役
一、淡水之战
孙中山指挥革命武装平定广州商团叛乱以后，广东革命政权得到进一步巩固。这时，中国北方的政局正发生着剧烈的动荡。在第二次直奉战争中，直系将领冯玉祥在革命浪潮的推动下，率部倒戈，发动“首都革命”，导致直系军阀全线溃败。北方出现了冯玉祥、段祺瑞、张作霖三派势力既妥协又争斗的局面。
冯玉祥是一个有头脑的、同情革命的军人。他与孙中山早有书信来往，并深受其影响。北京政变后，他立即电请孙中山赴京共商国是。1924年11月，孙中山发表《北上宣言》，毅然偕夫人宋庆龄乘舰离粤赴京。
孙中山北上后，盘踞在惠州的陈炯明认为反扑时机已经到来，遂自任“救粤军总司令”，于1925年1月7日发布大举进犯广州的命令。他得到英帝国主义和段祺瑞的帮助，并联络驻在广州的滇桂军阀和反动势力作内应，妄图一举成功，实现其统治广州的美梦。
孙中山到达北京后，由于积劳成疾，肝病恶化，卧床不起。北伐军谭延闿部和朱培德部出师不利，兵败江西。广州留守府群龙无首，内外交困。
面对这种严峻的形势，1925年1月15日，广州大本营决定东征，并发布《东征宣言》。2月1日，在中国共产党的推动和支持下，广州大本营发出总动员令，并作出东征陈炯明的部署。中共广东区委发表了“檄告广东工农群众，保卫革命，打倒陈炯明”的文告。此次东征的主力是黄埔军校学生军（一般称为黄埔校军）和粤军。粤军由许崇智任总司令，蒋介石任参谋长，周恩来作为黄埔军校政治部主任，随军东征，负责军中政治工作。在粤军二师任参谋长的叶剑英，于1月16日奉命从香洲返回广州，全力投入东征作战。
参加此次东征的还有滇军、桂军、湘军等部队，滇军总司令杨希闵担任联军总司令。东征部队分兵三路，滇军和桂军分别担任左翼和中翼，粤军主力张民达第二师、许济第四师和黄埔校军等部，担任右翼。叶剑英所在的第二师下辖第三旅和第四旅约8000人。粤军经过一年整训，在士气、纪律和装备、技术等方面都大为提高。尤其是第二师的战斗力较强，充任东征右翼军的开路先锋。
编入右翼军的黄埔校军两个教导团约3000人。教导团仿照苏联红军的建军原则，建立了政治工作制度。教导团的军事装备几乎都是由苏联供给的。
武器精良，士气高涨，军纪严明。
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