在执行过程中，又几经周折，发生矛盾。在给两航人员发薪金时，工作人员误发一半银元。蒋天然将此事报告粟裕，请示如何处理。一位领导干部大发脾气，严厉批评蒋天然违犯财经纪律，要他立即把发出的银元收回。粟裕正好来到，插话说：“这件事由我负责。我视察龙华飞机修理厂时，他们请示民航职工能不能发薪金。我答复马上可以发，原职原薪，但是没有注意交代不发银元，也没有想到他自作主张发了一半银元。已经查明，蒋部长事先不知道。我已经同陈老总研究决定：将办事处主任调离民航，给予批评教育。银元不能退回，这涉及共产党的信誉。我们刚刚与民航打交道，不能朝令夕改，失信于民。”
与此同时，上海空军部接收了四五十名国民党航空工程技术人员。粟裕认为这是建国建军的宝贵人才，几次接见他们，并决定成立华东军区航空处航空工程研究室，组织他们参加修建机场、修理飞机、建立航空站、气象站、雷达站以及编写航空知识教材等工作，有的则到航空教导总队担任教员。不料又有人提出不同意见，说这些人在未得出审查结论以前不能使用。粟裕当即出面制止这种干扰。他说：“我和陈老总已经报请周副主席批准，对于高级知识分子，只要他爱国，愿意为新中国服务，不反对共产党，就既往不咎，要看他们的现在和将来。我们欢迎他们，信任他们，这就是我们的政策。目前需要的是他们热情工作，而不是等待他们的审查结论。此事分工由我负责，不要干预。”这批工程技术人员得到了妥善安排，其中许多人后来担任研究所所长、大学教授、总工程师，为新中国航空事业的发展作出了重要贡献。
1949年10月，周恩来副主席在中南海西花厅召开会议，听取粟裕和蒋天然关于争取两航起义的汇报，并传达中共中央书记处的决定：“中央同意：中国、中央两航公司起义归来后，我们采取原封不动地保留两航机构、资金和财产的政策。允许中国、中央两航公司在上海、南京、北京、天津、武汉、广州、沈阳、西安、重庆等地开设分公司或营业部。允许他们的总公司设在北京，北京西郊机场划归民航使用。起义时间和飞行安排，按军委批准的上海计划。华北和中南地区由聂（荣臻）老总安排，华东六省二市由粟司令安排”（《一代名将》，上海人民出版社，1986年8月，第1版，第201页。）。
11月9日，两航全体员工在刘敬宜、陈卓林两位总经理率领下起义，毅然脱离国民党反动势力，投入祖国人民怀抱。他们的爱国行动顿时轰动世界。毛泽东主席在贺电中指出：“这是一个有重大意义的爱国举动”。
蒋天然回忆这一史实，满怀深情地说：在争取两航起义的复杂斗争的各个环节，粟裕表现出令人敬服的领导气魄和政治家风度。
1950年年初，蒋介石在台湾草山召开高级军事会议，决定加紧对上海及沿海城市、港口的空中轰炸，破坏新中国的经济恢复和建设，阻挠解放军解放沿海岛屿，将轰炸的重点置于上海。他们自恃占有海空军优势，扬言：“共产党能攻占上海，但保卫不了上海”。蒋介石穷凶极恶地叫嚣：“要毁掉上海，臭掉上海，叫上海瘫痪！”
当时蒋军还盘踞在舟山群岛。舟山距离上海140公里，只有20分钟空中航程。蒋介石的轰炸机利用定海基地向沿海城市狂轰滥炸。从1949年10月到1950年2月，对上海市区轰炸26次。其中2月6日一天出动几十架次的轰炸机和战斗机，轮番轰炸、扫射上海电力公司、水电公司等重要目标，造成大范围停电，人民群众1400多人伤亡，导致不少工厂企业停工，市场物价波动，群众恐慌不安。迅速建立上海及华东沿海的空中防务，保证上海的安全和建设以及解放沿海岛屿战备工作的顺利进行，成为一项急迫的战略任务。
中共中央、中央军委决定，成立上海防空司令部，组建上海防空军，紧急抽调原拟用于首都防空的两个高射炮团到上海，又聘请苏联一个混合空军防空集团协助，进行上海防空战。上海防空军司令员由陈毅兼任。中共中央决定，粟裕暂时放下南京方面的工作，到上海协助陈毅指挥作战。陈毅担任上海市市长，政务工作很忙，军事方面的事务主要由粟裕处理。
有些干部存在着盲目轻敌情绪，对中共中央的决定不理解。有人说：“上海有个陈老总还不够，还要把粟司令请来？究竟有多大的事，大惊小怪，制造紧张空气啊！老子小米加步枪打出了天下，一个上海有什么了不起！”针对这些思想，粟裕首先对干部进行新形势新任务的教育。在上海防空军干部会议上，他作了一个论述“五个新”的报告。第一，面对新的情况，采取新的对策。过去我们打了几十年地面战争，现在要同敌人在空中进行轰炸反轰炸的军事斗争，必须使用新的防空手段。第二，新的思想。我们必须改变墨守成规的老皇历，纠正保守思想，具备新的现代化作战思想，才能适应新的情况，走向现代化。第三，新的武器。上海防空战使用的是苏联援助的最新防空设备，必须提高科学知识水平，努力学习，熟练掌握，才能发挥它的有效功能。第四，新的作战方法和新的技术。诸兵种协同对空作战，每一个动作都要经过战术设计、精确计算，因而要求我们研究、学习新的作战方法、新的合同战术。第五，在新的地点上海，打一场新的防空战争。上海不同于野外战场，目前只解放了领土，没有解放领空，只能说解放了一半。没有制空权的大上海，如果遭到敌人空袭是不能生存的。因此，我们要同美蒋争夺制空权，必须打赢这场新的战争。一切和平麻痹思想都是错误的。他的报告，高屋建瓴，深入浅出，摆事实，讲道理，对于解决部队中的思想问题起了重要作用。
粟裕把上海防空战同华东空军建设、国防建设有机地结合起来，大处运筹帷幄，小处周密计划，重点具体指导，而且走一步看几步。上海防空军创建初期，他就预见到空军将有更大发展，提出上海防空指挥所和训练大队要同时培养三套指挥人员，为以后的发展作准备。在上海防空战期间，中央军委指示，由第三野战军和华东军区负责组建华东军区空军。粟裕到北京请示周恩来副主席，并与军委空军协商，计划第一批建立5个空军师，第二批组建4个空军师。组建上海防空军和华东空军，进展比较顺利，特别是没有发生干部缺少的困难，这与他早有预见和准备是分不开的。
与此同时，粟裕又抽调160个连的部队参加防空基地建设，在上海、南京、浙江、徐州、济南、青岛建成一级机场9个、简易机场1个，还有5个飞行基地、6个场站、1个飞机修理场。其中上海虹桥机场1个月完成1年半的工作量，建成为一级机场，创造了机场建设史上的奇迹。苏联空军中将巴基斯基到现场参观以后感叹：“陈毅就是力量，粟裕就是力量的支柱。”的确是这样，每一个机场都留下了粟裕的足迹，关键的机场建设他亲自指挥，哪里遇到了困难他就出现在哪里。有一天，他一夜未睡，天亮才回到住处。陈毅问：“不是分工你睡觉吗？你到哪里去了？”原来他到江边码头去了。那里为机场运输砂石的船只堵塞，他到那里组织指挥，疏通船只。
从1950年2月到5月，历时3个多月的上海防空战，由于新中国空军夺得了部分制空权，又由于舟山的解放端掉了蒋介石的空军基地，而胜利结束。在此期间，我空军共击落了美制蒋机16架，锻炼出了我军第一支空军战斗部队以及王海、张积慧、刘玉堤等一批著名的优秀飞行员，同时完成了华东空军和基地的建设，再次展示了粟裕驾驭全局、掌握未来的战略远见和战略才能。
三、毛泽东主席两次点将，
要粟裕担负解放台湾和抗美卫国之战指挥重任。
从解放战争末期到建国初期。随着国内形势和国际形势的发展，人民解放军的主要战略方向由东南沿海转向东北边疆，主要作战任务由解放台湾、统一祖国转变为抗美援朝、保家卫国。
在这个战略转变过程中，中共中央和中央军委主席毛泽东两次点将，要粟裕担任主要战略方向的指挥员。
毛泽东第一次点将，要粟裕担任解放台湾的指挥重任。
解放台湾之战，早在渡江战役开始以前就开始筹划了。1949年3月中共七届二中全会以后，在一次关于华东任务和人事安排的座谈会上，中共中央确定粟裕担任华东局常委，分管军事。在讨论华东局的管辖范围时，毛泽东提出“还要加上台湾”。他说：这地方很应该注意，有海军、空军及其他军队，有资材，很有生意做。在上海战役过程中，粟裕和张震建议提早入闽，就是与解放台湾联系在一起考虑的。粟裕说：解放上海以后，我们的主要任务是解放沿海岛屿和台湾，进军福建是肃清残敌的问题。
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