在这个历史转折的关键时刻，粟裕时刻保持着清醒的头脑，自觉地适应战略转变的要求，组织指挥进军浙闽和解放华东沿海岛屿作战，用相当多的精力抓新解放区的恢复和建设，同时把新中国华东方面的国防建设和军队现代化正规化建设提上议事日程。
当渡江战役还在进行的时候，粟裕就把注意力转移到如何争取解放战争的全部胜利上。他认为，从战略全局来考虑，第三野战军下一步的作战任务，主要是解放沿海岛屿和解放台湾，以及肃清华东沿海地区的国民党残余军事力量。5月22日午时，即发出淞沪战役攻击命令的第二天，粟裕和张震发出向中央的请示电，提出第三野战军部队提前人闽问题。
军委：
依据蒋匪整个局势观察，已全线溃退，福建守敌不多。遵照军委予四野相机进入粤桂任务，如此我入闽部队是否可能提早？应准备何时出动？以便淞沪战后进行准备，调整部署。如何，请示。
粟 张
养午
（《从延安到北京——解放战争重大战役军事文献和研究文章专题选集》，中央文献出版社，1993年5月，第1版，第519页。）
中央军委于5月23日复电，同意三野部队提早入闽，同时对各个野战军向全国进军作出新的部署。中央军委指示三野：“你们应当迅速准备提早入闽，争取于六七两月内占领福州、泉州、漳州及其他要点，并准备相机夺取厦门。入闽部队只待上海解决，即可出动。”（《毛泽东军事文集》第五卷，军事科学出版社、中央文献出版社，1993年12月，第1版，第591页。）
上海战役结束当天，5月27日中午，粟裕下令：不担任警卫任务的各军于战斗结束后撤至市郊休息，第十兵团全部进行入闽准备。
这一战略决策，使一些指挥员感到突然，因为比中央军委原定进军福建的时间整整提前了一年。
毛泽东为中共中央起草的党内指示《目前形势和党在一九四九年的任务》指出，“一九四九年和一九五〇年将是中国革命在全国范围内胜利的两年”。“一九四九年夏秋冬三季，我们应当争取占领湘、鄂、赣、苏、皖、浙、闽、陕、甘等九省的大部，其中有些省则是全部”（《毛泽东军事文集》第五卷，军事科学出版社、中央文献出版社，1993年12月，第1版，第472—474页。）。对于福建，中共中央决定在1949年相机占领靠近浙江的闽北地区，1950年再解放全省。中共中央所以作出这样的决策，是因为占领京沪杭地区以后，需要一段巩固和恢复时间，然后依靠这里的资源向南方各省进军；同时，还考虑到对付美帝国主义直接出兵干涉中国的解放战争。这在当时都是必要的。但是，战争的发展比预料的要顺利得多，渡江战役一举成功，国民党政权土崩瓦解，美国不敢轻举妄动。面对这种形势，中共中央决定，一鼓作气歼灭国民党的残余军事力量，提前一年解放全中国。粟裕的提早人闽建议，来得适当其时，中共中央立即采纳。
根据中共中央、中央军委的指示，粟裕于6月7日主持召开第三野战军军事会议，对进军福建和加强华东沿海地区守备作出全面部署。他把这次会议称为“国防部署会议”。会议决定，第十兵团3个军进军福建，第九兵团等7个军集结上海、南京地区，第七兵团3个军集结浙江地区，第三十二军2个师驻守青岛，第二十四军2个师驻守徐州、1个师驻守连云港，第二十五军2个师驻守海门、启东，1个师驻崇明。会后，粟裕就组织指挥各部队，进行解放福建和长山列岛、舟山群岛等沿海岛屿作战。
进军福建之战，由叶飞率领的第十兵团3个军承担，并且得到在福建坚持斗争的闽浙赣游击纵队、闽粤赣边区纵队等人民武装力量的配合。开头几仗打得比较顺利。8月11日发起福州战役，只用7天时间就解放福州，全歼4万逃敌于闽中山区。9月16日发起漳厦战役，解放泉州、漳州和闽中、闽南广大地区以及平潭岛等沿海岛屿，形成了对厦门、金门两岛三面包围的有利态势。10月17日解放厦门和鼓浪屿，除坐镇厦门的新任福建省主席汤恩伯和40叩多蒋军侥幸逃窜外，守敌大部被歼。至此，第十兵团取得了歼敌10万的重大胜利，福建全省除金门、马祖等几个岛屿外全部解放。但是，进攻金门一战却严重失利。
金门岛位于厦门与台湾之间，以“金汤永固，雄镇海门”而得名，战略地位十分重要。蒋介石把它视为“重要的反攻基地”，说“无金门便无台（湾）澎（湖），有台澎便有大陆”。为了保住这个“反攻基地”，给台湾留下一个屏障，蒋介石决定不惜一切代价“挫败共军之行动”。他急电汤恩伯固守金门，严令“必须就地督战，负责尽职，不得请辞易将”。同时，不顾李宗仁的广州国民党政府安危，严令胡琏兵团北开金门，并令第二舰队少将司令黎玉玺急率旗舰太平号增援金门。
第三野战军从战略上考虑，认为金门扼大陆与台湾交通要冲，是东南海防重地，必须予以攻占，为解放台湾创造条件，决定发起解放金门之战。
金门之战，是从9月下旬开始准备、10月中旬开始发起的。在这段时间内，粟裕一直在北京参加全国全军的重要活动，先是率领三野代表团出席中国人民政治协商会议第一次全体会议和中华人民共和国开国大典，后又奉命参加中央军委召开的军事会议，直到10月23日才返回南京。在此期间，留在南京主持三野日常工作的是华东军区党委第三书记唐亮、代参谋长袁仲贤、副参谋长周骏鸣。但是，重要的作战部署，都由唐亮、袁仲贤、周骏鸣转报陈毅、粟裕。
第十兵团在9月底、10月初提出的作战方案是“金厦并取”，决定于10月13日“同时发起攻歼金厦两岛”战斗，以第二十九军两个师、第三十一军3个师共5个师进攻厦门，以第二十八军率一八二师并指挥第二十九军两个团，“首以两个团于齐日（8日）攻歼大嶝小嶝之敌，尔后于山后（金门东海岸）古宁头间，与攻厦门之同时择点登陆金门岛。得手后，继以一部兵力攻歼小金门之敌”。10月7日，第十兵团将上述方案报告三野。
10月10日，粟裕在北京收到袁仲贤、周骏鸣转来第十兵团7日的金厦战斗部署。粟裕认为，这个“金厦并取”的方案表现有轻敌情绪，用于攻取金门的兵力不足。他在11日的复电中提醒第十兵团指挥员，注意分析金厦两地敌军情况和我军准备程度（尤其是船只），同时攻取金厦两地是否有把握，明确指示“总以充分准备有把握的发起战斗为宜”，“首求攻歼厦门之敌”。复电全文如下：
七日电十日收悉。同意你们来电部署，依战役及战术要求最好是按来电同时攻歼金厦两地之敌。但请你们考虑：根据金厦两地敌之兵力及敌之内部情况（刘汝明、王修身之关系如何）及我方准备程度（尤其是船只），如以五个师攻厦门（有把握）同时以两个师攻金门是否完全有把握？如考虑条件比较成熟，则可同时发起攻击，否则是否以一部兵力（主要加强炮火封锁敌舰阻援兵与截逃）钳制金门之敌，首求攻歼厦门之敌。此案比较稳当，但有使金门之敌逃跑之最大坏处。究如何，请你们依实际情况自行决定之，总以充分准备有把握的发起战斗为宜。
10月17日，唐亮、袁仲贤、周骏鸣报军委、华东局电，改变了第十兵团“金厦并取”的方案，“决定先攻厦再攻金”，“俟厦门之敌肃清后再歼金门之敌”。战斗发起时间推迟到10月下旬。
这时敌情发生重大变化。10月9日，在金门附近的大小嶝岛战斗中，抓获有胡琏兵团主力第十一师的俘虏。俘虏供称，胡琏兵团已有两个师到达金门。10月12日，又得到确实情报：原在广东的胡琏兵团奉命增援金门、厦门。同时我军的准备尚未完成，第二十八军只收集到运送3个团的船只。可是第十兵团指挥员没有重视这些情况，仍决定按原定计划发起进攻，强调要抓住战机，抢在胡琏兵团尚未全部到达金门之前发起进攻。第二十八军于24日黄昏发起进攻，第一梯队3个团登上金门岛。第十兵团向三野司令部报告：已登陆3个半团，25日晚可解决战斗。不料第一梯队到达金门海滩，所有船只就因为落潮而搁浅，随即被敌人炮火摧毁。第二梯队无船可渡，不能增援，只能隔海观战。登上金门岛的3个团指战员，在孤立无援的形势下，与3个军的敌人浴血奋战两昼夜，大部壮烈牺牲。
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