中共七届二中全会结束以后，陈毅、饶漱石、邓小平、谭震林在返回徐州途中，特地到济南看望正在疗养的粟裕，商谈军事问题，并于3月18日将商谈结果报告中央军委。中央军委原来指令三野于3月中旬或下旬攻占浦口并炮击南京，以促成国共两党的和平谈判。粟裕等认为，攻占浦口及炮击南京以及夺取江北敌人据点应同时进行，而且应紧接着开始渡江作战，否则既可使敌人在战役战术上作比较从容的部署，又会使潜伏在江南敌军内部的地下工作者遇到很大困难，我们则会丧失可能的战役战术突然性而增加渡江的困难。因此建议将攻击浦口作战推迟至4月1日开始，以便与4月10日开始的渡江作战相衔接。中央军委采纳了他们的建议，指示以1个兵团监视浦口、浦镇之敌，其他兵团于4月2日开始攻占长江北岸敌军据点，4月13日或14日开始渡江作战。
3月下旬，粟裕停止疗养，由济南经徐州返回三野指挥机关。这时，三野指挥机关已与华东局、总前委一起南下，进驻蚌埠东南的孙家圩子。3月28日早晨，粟裕到达孙家圩子，当天下午就听取了张震参谋长的汇报，进一步研究渡江作战方案。他们分析渡江作战准备情况和客观条件，认为在我军占有绝对优势的条件下，在1000多公里战线上实行宽正面渡江作战，敌人防线空隙甚大，兵力强弱不等，防不胜防，我军一处成功，其他各处即可继续生效。只要准备更充分，组织得更好，对各种意外情况有应付办法，则渡江成功是有保证的。渡江成功以后，力求苏南和皖南两方面迅速东西对进，打通联系，集结兵力，形成对南京的包围，对沪杭及赣东警戒，先争取解决南京问题，再逐步解决沪杭问题。决定将主渡方向选择在江阴、扬中地段，以求迅速截断京沪交通，切断南京周围之敌退路。总前委与华东局决定，三野前委继续由粟裕主持，并率领三野指挥机关按原计划东移苏中泰州地区，统一指挥三野全部渡江作战。3月30日，以三野前委名义将三野渡江作战准备情况和作战部署上报中央军委并二野，同时发出《第三野战军京沪杭战役作战命令》（京字第2号）。
3月31日，总前委制定了《京沪杭战役实施纲要》，决定于4月15日全线渡江作战，整个战役分为3个阶段：第一阶段达成渡江，实行战役展开；第二阶段达成割裂包围敌人之任务，并确实控制浙赣线一段，断敌退路；第三阶段分别歼灭包围之敌，完成全战役。第一阶段作战，分为三个突击集团，东路突击集团由三野第八、第十两个兵团组成，中路突击集团由三野第七、第九两个兵团组成，西路突击集团由二野3个兵团组成。东、中两路（4个兵团）统归粟裕、张震指挥。两路之具体作战部署，第七、第九两兵团之东进路线，均由三野首长以详细命令规定之。
《纲要》强调指出，无论敌人采取何种处置，情况发生何种变化，中、东两路主力必须实行东西对进，力求迅速会合，达成割裂包围敌人之目的，“此着实为全战役之关键”。这个《纲要》于4月1日上报中央军委并告刘伯承、张际春、李达。4月3日，中央军委复电“同意《京沪杭战役实施纲要》”。邓小平和陈毅率领总前委机关转移到合肥以南的瑶岗村主持全局，刘伯承主持二野前委指挥西集团作战，粟裕主持三野前委并直接指挥东集团作战，谭震林指挥中集团作战。
4月1日，粟裕率领三野指挥机关冒雨东移，于4月5日到达江苏泰州东南的白马庙。在三野司令部作战室，系统地谈了他对渡江作战和解放京沪杭的3个设想。
第—，“在我大军展开战略追击中，对于国民党的一些杂牌军队，争取局部或地区性的和平解决的可能性是存在的。但对于国民党统治中心的南京、经济中心的上海来说，对于像汤恩伯集团这样的蒋介石嫡系军队来说，这种可能性极小。只有采取天津方式，即用战斗去解决敌人，只有在战场上敌人眼见就要被消灭的情况下，才会有局部的被迫投降。因此，对三野面前解放南京、上海的任务，应着眼于战斗来解决问题”。
第二，“国民党已失去主力部队，剩下的绝大部分是被我军歼灭后重建或受到我军歼灭性打击后重新补编的军队，战斗力非常之弱。当我大军渡江成功后，敌人处于危急情况下，会被迫转入战略总退却，长江不守，退守沪杭及浙赣线；浙赣线不保，退守华南、西南及沿海岛屿。因此，在我军部署上，要时刻注意防敌逃跑，必须采取战略包围、战役合围，各级指挥员必须有大踏步前进猛打猛追的思想准备。也就是要有战略追击不顾疲劳的准备，不让敌人有喘息机会退守第二、第三道防线”。
第三，“根据中央军委一贯要求的攻取大城市，必须保持城市完整，不能只从军事着眼打烂城市，严格规定在攻城战法上少用大炮，在部署上采取迫敌投降或诱敌离开城区和重要建筑物而歼灭之”。
这三个设想，辩证地处理战斗方式与和平方式、消灭敌人与保全城市、争取战争胜利与战后恢复建设的关系，进一步明确和深化了京沪杭战役的指导原则，是一个争取军政全胜的指导思想。
4月6日和19日，粟裕先后两次召开东集团军、师以上干部会议，听取第八、第十两兵团渡江作战准备情况汇报，并作会议总结报告，传达中共中央和总前委的战略意图，反复阐述京沪杭战役的指导思想，进一步明确了三野两个集团4个兵团的作战部署。
当时国共两党的和平谈判已经开始，政治斗争和军事斗争进入关键时刻。如何处理渡江作战与和平谈判的关系，实现进军江南解放全国的战略目标，是战略指导和战役指导的首要问题。为了配合和平谈判，中共中央决定推迟渡江时间。当时有些同志认为，1946年的国共和谈，我们吃了和平亏；现在的国共和谈，不能再上当了。
粟裕指出，这种看法是不对的，1946年的和平谈判我们也没有上当，党中央决定与国民党进行和平谈判是正确的。那时候，我们的军事力量在数量上只有现在的九分之一，装备技术比敌人更差，又刚从分散到集中；政治上虽然有利，但还不像现在这样占有优势，蒋介石还有一部分群众。我们利用争取到的短暂的和平时间，克服我们的弱点，集中我们的力量，将解放区打成一片，赢得了这个时间是非常有意义的。现在我们无论在政治上还是军事上均处于优势，同国民党进行和平谈判，是为了增加我们政治上的优势，进一步分化敌人，使我们更好地团结争取各方面力量以孤立主要敌人，便于军事上解决敌人，并不是对国民党抱有什么幻想。在这个问题上，要反对两种偏向，一是根本不相信和谈，二是过分相信和谈。战争是达到政治目的的手段，战争服从于政治。七届二中全会提出，今后解决国民党剩余军事力量有天津、北平、绥远三种方式。虽然和平渡江的可能性不大，我们也不放弃和谈，如果能以小的让步换取大的胜利，这对人民是有利的。《孙子兵法》说过，不战而屈人之兵是上策。但是，我们要保持清醒的头脑，自己有力量才能保证真正的和平。如果我们胜利渡过长江，迅速包围敌人，在军事上逼其就范，就有可能争取北平式的局部和平解决。现在和谈已进入决定性阶段，虽然延长了渡江时间，但在政治上取得了很大胜利，起到了团结人民、分化敌人的作用，在军事上渡江作战的准备更加充分。主动权完全掌握在我们手中，不管敌人是否在和平协定上签字，我们都要过江。
粟裕指出，这次渡江战役是中国历史上最伟大的一次大进军，等于最后挖取敌人心脏，对完成中国革命有决定性的意义。敌人现在集结江岸的番号、兵力相等于淮海战役参战兵力的总数，大部是被歼重建者，战斗力很弱，但是我们仍然应当作强敌来打。
粟裕分析渡江作战发展趋势，估计在我军全线渡江以后可能出现三种情况，并提出了相应的对策。
第一，敌以南京、芜湖地区的兵力，对付我中集团，阻止其向东发展，同时集中南京至上海之间的兵力，寻求在京沪之间与我军决战。如出现这种情况，则要求东集团在渡江成功之后，主力控制在江阴、武进、无锡三角地带，下决心在京沪线上打一个恶仗，打上三五天，打出一个好局面来。这就要求中集团在渡江成功之后，除留足够兵力歼灭沿江当面之敌外，主力迅速向东发展，与东集团打通联系。
第二，南京、镇江等地区之敌向杭州、衢州撤退，在浙赣线上组织第二道防线；京沪线之敌向上海收缩，固守上海。如出现这种情况，则三野先集中兵力协同二野解决浙赣线上之敌，然后再围攻上海之敌，各个击破之。
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