粟裕当时并没有离开第四分区。他在作出反“清乡”斗争的具体部署以后，先将区党委、行政公署和军区机关转移到一、二分区，自己则率领十几名工作人员留在四分区吸引敌人，具体指导四分区的反“清乡”斗争。同时，还选派中层领导干部轮流进入“清乡”区，直接参加反“清乡”斗争。
从1943年4月起，日伪军首先在第四分区发动“第一期清乡”。他们封锁长江大小口岸，占领沿海集镇，切断海上与陆地交通，在“清乡”区边界构筑了长达175公里的竹篱笆封锁线，集中1.5万余人的兵力，加上大批警察、特务，采取军事进攻、政治欺骗、特务破坏、编查保甲、策动自首等手段，企图用6个月时间消灭抗日武装力量，摧毁抗日民主政权，建立起彻底的伪化统治。
粟裕与苏中区党委诸同志一起，以坚定彻底的革命精神和巧妙灵活的斗争艺术，领导和指挥苏中军民进行了艰苦卓绝的斗争。他密切注视形势的发展，及时提出切合实际的行动口号，把握斗争方向，进行具体指导。
在反“清乡”斗争初期，粟裕发出了“每乡每支部每月捕杀一个敌人”的号召。这个口号切实可行，得到广大群众的响应，迅速发展为乡与乡、支部与支部之间的杀敌竞赛。群众发动起来以后，有的地方组织成千上万群众围困伪军据点，发动政治攻势，劝告伪军投降，迫使伪军撤退。粟裕为此又专门发出《领导群众性对日伪斗争应注意的问题》的指示，肯定群众斗争的积极性和创造精神，同时提醒各级领导干部：组织成千上万的民兵围攻敌人据点，是在特定条件下的一种人民武装斗争方式，不能作为经常的战术，那是危险的。对群众性斗争要加强领导，防止自流，不要提过高的要求，以免招致不必要的损失，挫伤群众的积极性。
1943年6月下旬到10月初，日伪军逐步把“第一期清乡”转为“延期清乡”。这时，粟裕奉命到新四军军部汇报工作。临行之前，他特别提醒大家，在对反“清乡”斗争的领导上，要力求正确判断和把握形势，“必须防止轻敌与骄傲，以防止敌人的反袭”。果如粟裕所料，1943年10月，日伪军“第一期清乡”失败，紧接着发动了更加残酷的“延期清乡”。由于第一期反“清乡”斗争的胜利，第四分区领导干部产生了某些松懈情绪，对敌人的“延期清乡”缺乏应有的思想准备和工作准备，致使一些地区一度受到严重损失，干部、群众情绪波动，斗争陷入被动。一些人认为，敌人军事力量过于强大，群众斗争情绪出现退潮，对坚持公开的武装斗争、依靠群众性游击战争战胜敌人表示怀疑；另一些人则主张搞大规模的群众行动来回答敌人的暴行，认为只有硬打硬拼才能解决问题。在这个关键时刻，粟裕从军部回到苏中。他与苏中区党委诸同志一起，反复研究了第四分区的情况，作出了《关于提高群众反“清乡”斗争情绪的指示》。
这个指示正确分析群众情绪波动现象，指出反“清乡”是长期和艰苦的斗争，越是接近胜利，斗争越是尖锐。面对严重的形势、敌人的残暴行为和狡猾手段，我们一方面要坚定胜利信心，教育干部、群众继续作顽强的斗争；同时要采取更加巧妙的策略和方式，把公开的武装斗争与合法斗争、秘密斗争结合起来。指示强调：“武装斗争仍是最主要的斗争方式，决不能因为采用其他复杂的斗争方式而减轻武装斗争的比重，相反地更应加强对武装斗争的领导；采取其他复杂的斗争方式，也正是加强武装斗争的有力步骤”（《粟裕军事文集》，解放军出版社，1989年7月，第1版，第158页。）。
这个指示及时指明了继续斗争的方向。第四分区党政军民统一思想统一行动，经受住了敌人“延期清乡”的严峻考验，达到了坚持原地斗争、保存有生力量的目的。
从1943年2月到1944年2月，在持续1年的“清乡”与反“清乡”的激烈搏斗中，粟裕和苏中区党委诸同志一起，不断总结群众的实践经验，创造了许多独具特色的斗争方式，丰富和发展了对敌斗争的政策和策略。
在对武装斗争的指导上，粟裕强调充分发挥主力部队的骨干作用和三结合武装力量体制的威力。这时，第三旅和第四分区已经完成武装力量的整编，第三旅除保留第七团作为主力部队外，其余各团分别编人第四分区地方团，并抽出2000多人作为区游击队和民兵骨干，形成了适应反“清乡”斗争需要的武装力量体制。反“清乡”斗争开始后，按照粟裕的指示，主力部队实行“敌进我进”的方针，时而跳到“清乡”区外围攻击敌人守备薄弱的据点，时而突入“清乡”圈内直接掩护和配合群众斗争，仅4、5两月进行的主要战斗就有42次，先后袭击和攻克金沙、余东、六甲、悦来、麒麟、岔河、凤凰桥等重要集镇的日伪军据点，平毁碉堡108座。“清乡”区内的武装斗争，以地方武装和民兵开展群众性游击战争为主，以武工队对日伪军的重点打击为辅，坚持原地斗争。
早在“清乡”开始以前，粟裕就指示从军队和公安部门抽调一批政治坚定、机智果敢、有作战经验的指战员，配备短枪，组成精悍的武工队（又称短枪队），开展城镇游击战，专门对付“清乡”的急先锋特工人员，并以第四专员公署名义颁布《反“清乡”期间紧急治罪条例》，规定对“国人皆曰可杀”的汉奸、特务就地处以极刑。反“清乡”斗争开始后，武工队神出鬼没，常常突然出现在敌人据点内，采取“扎粽子”、“包馄饨”、“背娘舅”、“老鹰捉鸡”等办法，开展锄奸斗争。据不完全统计，仅4、5两个月就处决汉奸、特务274人，敌人从苏南调来的“清乡”骨干被捕杀过半。敌“清乡”人员胆战心惊，许多人开小差，请长假，躲在南通城里不敢上任。原来准备增调的两个“清乡”大队也不敢再少，就这样，主力军、地方军与民兵相结合，内线作战与外线作战相结合，形成了不同层次不同形式的波澜壮阔的人民战争，使游击战争的战术技术发展到空前的水平。
在坚持以公开的武装斗争为中心的同时，粟裕指示要更加有效地开展其他各种形式的斗争，使武装斗争与非武装斗争相结合，军事斗争与政治斗争、经济斗争、文化斗争相结合，公开工作与秘密工作相结合，尽量团结、争取；利用一切力量，集中打击敌伪主持“清乡”的势力。在这个策略思想指导下，反“清乡”斗争发展为各个阶层、各种力量的最广泛的人民斗争，接连取得反封锁、反保甲、反抽丁、反维持、反自首、反伪捐等斗争的胜利。
构筑竹篱笆封锁圈，是日伪军在苏南“清乡”的法宝之一。他们企图在苏中如法炮制，吹嘘：“篱笆打成功，清乡便成功”，“篱笆打好了，新四军跑不了”。粟裕针锋相对地提出“不让敌人打篱笆”的口号，号召群众拆毁敌人的封锁线。这个口号，既符合反“清乡”斗争的需要，又符合群众的切身利益，迅速变成群众的自觉行动。当时流传的民谣说：“插篱笆，硬分家，南边田，北边家，有粮有菜收不到它。老百姓，本领大，你插下，我来拔，扛起毛竹回到家，编篮子，做扁担，用处实在大得野！”群众用绳索套在固定竹篱的木桩上把竹篱成片拉倒，在竹篱上扎油箍放火焚烧。开始是小规模的分散活动，后来发展为几个乡几个区的联合行动。苏中区党委因势利导，统一组织领导第三、第四两分区军民，于1943年6、7两月连续发动两次大规模的破袭战。仅7月1日夜间就出动4万余民兵、群众，在各级领导干部带领下，在主力部队和地方武装掩护下，在100多公里的封锁线上展开声势浩大的破袭战，火烧竹篱，挖毁公路，锯断电杆，把日伪军苦心经营3个多月的封锁线破坏殆尽。日伪军龟缩在据点里一动也不敢动，眼睁睁看着用500万根毛竹构成的篱笆在烈火中化为灰烬。绵延百余公里的冲天火光，噼噼啪啪的爆炸声响，响彻云霄的群众呐喊，构成具有典型意义的人民战争的壮丽景观。
“编查保甲”，是敌人进行“政治清乡”的重要手段，先是和平编查，后是强制编查。他们调集大量日伪军包围一个地区，强迫群众编查保甲，对反抗者血腥镇压，仅在南通县十总店一地就活埋53人。第四分区军民采取各种巧妙灵活的方式进行反保甲斗争。敌来我走，共产党员、干部和民兵临时转移，留下老弱群众敷衍敌人。群众说：“铁将军把门，灶王爷看家，鬼子编保甲，请他编菩萨。”他们利用面对日伪、心向抗日的“两面派”乡保长，用慢编、乱编、假编应付敌人，动员群众把编好的保甲门牌烧掉，再向敌人报告是新四军烧掉的。他们布置秘密监视哨，及时发现内奸、特务，惩处伪保甲指导员，除掉敌人的耳目和爪牙。经过几个月的反复斗争，日伪军的“强制编查保甲”不得不停顿下来。
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