日伪军又集结兵力侵占了悦来镇、三阳镇。
与此同时，日军为了解决其兵力不足的问题，再次变换手法，运用“交通政策”，加紧修筑公路，以提高机动能力，加强对点和面的控制，在战术上采取步步为营、稳扎稳筑、推进一段、巩固一段的战法，企图分割、缩小抗日根据地，寻歼苏中区指挥机关和主力部队。
针对日伪军的战法，粟裕提出：坚持原地斗争以粉碎敌人的进攻，尽一切可能保持和巩固现有根据地。他命令地方武装、民兵和广大群众展开交通破击战，迫使敌人打通如（皋）黄（桥）公路、启（东）海（门）公路的计划推迟数月，建成以后也常常不能全线通车。他组织精干部队和短枪队袭击敌人腹背，迫使敌人不敢把大量兵力调到第一线，小分队不敢单独离开据点活动；主力部队则机动作战，选择有利战机，采取突然袭击动作，猛扑敌人一路，或攻其一点，屡战屡胜。三阳镇战斗，争取1个团伪军反正。一仓战斗，歼灭伪军200多人，迫使敌人放弃已经占领的地方。陆家庄战斗，全歼伪军王杜山部。悦来镇战斗，伪旅长徐承德毙命。金沙镇战斗，歼敌100多人，沉重打击了最顽固的伪军张圣伯部。据不完全统计，在3个月时间内，以破袭战、袭击战为主的战斗就进行了168次，攻克据点20余处，粉碎了日伪军的“扫荡”。
就在这一年春天，粟裕还巧妙利用日伪军与国民党顽固派之间以及国民党军队之间的矛盾，胜利地反击国民党顽固派的进攻。
1942年初，蒋介石策动第三次反共高潮。国民党第三战区司令长官顾祝同指令“忠义救国军”2000多人，乘日伪军对苏中区发动“扫荡”之机，由江南侵入江北的靖江、泰兴地区，勾结伪军进行破坏活动，并且企图继续北上打通与韩德勤（驻曹甸、车桥地区）、张星炳（驻溱潼镇地区）等顽固派军队的联系，胁迫倾向新四军的李明扬、陈泰运等部（驻泰州以北周家庄地区）改变态度，在江北建立反共基点。
粟裕识破了他们的阴谋，随即作出军事斗争和政治斗争部署。他指出：“目前苏中反顽斗争中心，首在歼灭‘忠救’。因此举不仅可以打断顽方与苏南之联系及形成韩（德勤）、张（星炳）之孤立，且可更有力争取李（明扬）、陈（泰运）。”在军事上，他集中4个团的主力部队全力歼灭“忠救军”，并以第二旅、第十八旅（原属第六师，1941年底由苏南撤到苏中，归第一师指挥）和“联抗”部队监视韩德勤，相机打击张星炳，隔断他们之间的联系。在政治上，利用顽军各部之间的矛盾，揭露“忠救军”假抗日真反共的阴谋，孤立韩德勤和张星炳，使中间势力保持与新四军合作的态度。
经过几个月的斗争，“忠救军”无法实现打通南北联系的计划，而它与伪军公开勾结又激化了日顽之间的矛盾，引起日军对它发动进攻。“忠救军”被迫回窜江南。
“忠救军”到达江南镇丹武地区后，企图长期占据这一战略通道，蚕食苏南抗日根据地。粟裕认为，这一战略通道对坚持大江南北抗日斗争极为重要，绝对不能让“忠救军”控制。他电令在苏南的第十六旅把打击“忠救军”作为中心任务，指示他们“集中绝对优势之兵力，迅速加以歼灭”。第十六旅集中全旅最强的部队连续作战，终于迫使“忠救军”退回江苏省溧阳县以南的蒋管区。
国民党顽固派企图在江北建立反共基点、在江南控制战略通道的阴谋统统破产了。
日伪军对苏中的全面“扫荡”、分区“扫荡”以及乘虚跃进、交通政策等等手段都失败后，决定实行军事、政治、经济、文化的“总力战”，从1942年夏天开始，对苏中实行持续半年的“清剿”。6月上旬，对第四分区的海门、启东地区进行第一期“清剿”。7月到8月，对第三分区的靖江、泰兴地区进行第二期“清剿”。9月到11月，对第一分区的江都、高邮、宝应地区进行第三期“清剿”。
这次“清剿”，又叫“机动清乡”。日本侵略军提出“三分军事，七分政治’’的口号，妄图同苏中新四军进行全面较量。在军事上，他们组成以日军为主的机动部队，配以特务队和“清乡”队，对“清剿”区实行水陆封锁，然后分进合击或多路合围，寻歼苏中主力部队和地方武装。在政治上，采取欺骗和镇压并用的手段，宣传“只打新四军不打老百姓”以离间军民关系，对上层士绅和乡保长采取笼络争取和威胁利用政策，对基本群众和抗日军人家属先是胁迫为敌人办事，不从者格杀勿论，企图摧毁抗日基层政权和群众基础。在经济上，设立统制委员会，统制一切物资，对抗日根据地实行封锁，并在一些重要地区实行杀光、抢光、烧光的“三光政策”。苏中的形势进一步严酷起来。
华中局和新四军军部于1942年7月几次致电苏中区，指示适应新的斗争形势，采取新的斗争方针，指出苏中斗争是长期的，至少准备苦斗一年到两年，苏中工作应以领导武装斗争、建立敌伪军工作、组织领导革命两面派、领导民兵为中心；认为全线大的突击作战不可能改变敌人的部署，而小型的武装挺袭与群众交通破坏战则起了积极作用，全军全师的全线出击不甚适宜。
粟裕认真研究华中局和新四军军部的指示，认为指示的基本精神是要求对敌情作充分估计，对形势作最坏的打算，给予苏中区的任务是留有余地的。他分析苏中当前形势，认为日军这次“清剿”是在其整个战略重心逐渐转向敌后的情况下进行的。日军对苏中的方针不再是伪化问题，而是殖民地化问题。敌人有可能在苏中增加兵力，进一步加强对苏中根据地的分割和封锁，形势将比过去任何时期更加严重。但是，我们不能因此得出不能坚持原地斗争的结论。回顾浙南三年游击战争，那时的条件比现在困难得多，都坚持过来了。当前，国际局势比过去任何时期对我们更为有利，德国法西斯在欧洲战场上、日本军国主义在太平洋战场上连连失利。
在力量对比上，敌人虽然占有相当优势，但我们并不是绝对劣势，而在社会基础和群众基础上占有强大的优势。经过两年来的残酷斗争，我们的武装力量得到锻炼和发展，抗日民主政权更加巩固，广大人民群众经受了血与火的考验，这将是摧毁敌人“清剿”的决定因素。他认为，苏中抗日民主根据地是能够长期坚持的，是能够对全局作出较大贡献的。能不能粉碎敌人的“清剿”，决定于我们主观力量的强弱与斗志坚定与否，以及指导的是否正确。关键是既要防止对敌情缺乏清醒的估计，不顾实际地盲目硬拼；更要防止在严重形势下看不到有利因素，丧失坚持原地斗争的信心，消极地化整为零。因此，他强调提出了“坚持武装斗争，坚持原地斗争”的方针，确定以武装斗争为主，进一步处理好武装斗争与非武装斗争、公开斗争与秘密斗争、合法斗争与非法斗争的关系，打破敌人的“清剿”。
在作战指导上，粟裕认为，日军虽然将军事重心转向敌后，但并未停止对正面战场的进攻，势必会分散它的军事力量，用于“清剿”的兵力不足，不可能在苏中全区同时进行“清剿”，使我们有可能选择敌人的弱点和后方予以突击，迫使它推迟或局部改变部署，将敌人进攻的重点压缩到更小范围以内。敌人的主要战术手段是分进合击、多路合围，需要高度协同，但它是深入我根据地作战，如同瞎子、聋子，又受改造后地形的限制，加上沿涂受我民兵、游击队袭扰，很难达成合击，反而会给我军造成有利战机。敌人集中兵力于一个地区“清剿”，势必造成其他地区空虚，给我军以可乘之机。只要我们扬己之长，击敌之短，运用灵活机动的战略战术，充分发挥人民战争的威力，就可以取得反“清剿”斗争的胜利。因此决定：在“清剿”区内以地方武装和民兵就地坚持，县不离县，区不离区，对敌不断予以袭扰，捕杀敌特汉奸；主力部队适时跳到“清剿”区外，实施机动作战，特别是向敌人的后方和弱点进攻；同时加强敌占区、接敌区和对日伪军的工作，把公开斗争与秘密斗争结合起来。
根据这样的方针和部署，苏中党政军民团结一致，各个分区的攻势作战此伏彼起，互相策应，互相支援，先后举行了石港攻坚战、海门袭击战、如西反击战、二鸾歼灭战等较大的战斗，接连粉碎敌人的一、二、三期“清剿”，取得了坚持原地斗争的胜利。
在反“清剿”过程中，粟裕为了取得实践经验以指导全区斗争，带领一个精干的指挥所，包括警卫部队共100多人，留在“清剿”区内，领导全区的反“清剿”斗争，并多次亲临前线指挥一些重要战斗。
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