彭德怀看过这封信，立即批示：“蔡铁根同志给邓小平同志的信，应发给军委主席、委员及总参谋长、副总参谋长、各部首长、国防部各副部长阅。”看来，他已感到学习苏军经验这个问题，到了迫切需要解决的时候了。
与此同时，主管全军院校工作的副总参谋长张宗逊，率领一个工作组到了南京，在军事学院和总高级步兵学校举行一系列座谈会，写出一份调查报告。在报告中肯定了几年来院校学习苏军经验的成绩，同时指出学习中的片面性，把许多不适用于中国军队的东西也学来了。彭德怀看过这份调查，感到南京军事学院的问题，很有必要亲自前去进行了解，以便着手解决。
1957年2月21日，彭德怀写信给毛泽东，专门报告他准备同副总参谋长陈赓、总政治部主任谭政等10余人，到南京军区检查国防工事和勘察地形，另外了解一下学院工作、军事训练、军内关系、军民关系等。毛泽东于25日批复“同意”并附注：“请注意军中思想动态，政治教育情况。”
彭德怀一行于27日到达南京，住西康路33号。第二天即开始了解军事学院的教学情况。他和陈赓、谭政一起，上午听取高级速成系和战役系部分学员的汇报，下午听取学院政治部两个领导干部的汇报。3月1日，同学院训练部门和其他机关干部交谈，听取他们对教学中一些问题的看法。每日听完汇报，在吃饭时间和晚土，彭、陈、谭3人交换意见。3月2日听取学院领导干部集体汇报，刘伯承院长由于在上海休养，没有参加。彭德怀在听取汇报后，谈了自己对学院教学工作的意见。这次讲话，便是后来引起很大争论的那篇《在听取军事学院汇报中的谈话》。
在这篇讲话的前一部分，他肯定了学院的成绩，并详细列举了学院的各种成果。接着他具体指出学院教学工作中的缺点说：“根据汇报的情况来看，在学院教学中，不是有教条主义的问题，而是教条主义相当严重。最主要的表现是教学内容和我国我军实际情况不相适应。”“当然就军事学院的历史和客观情况来看，就现在的事实来看，产生了现在这种相当严重的教条主义现象，也不是意外的，不能把责任归咎于哪一个人。要论责任，我也是有责任的。”
彭德怀讲话的后半部分，主要是阐述学院的教学方针应当是“以我军现实装备技术情况为主，照顾将来可能发展的情况作为依据”。
关于学习苏军经验的问题，他认为“学习苏联先进军事经验，我们是坚定不移的，但应坚决贯彻‘批判地学习’方针。在这个方针之下，就全军范围来说，应当以学习苏联的军事技术和合同战术为重点，对于苏军的战役、战术，应当从我军的现实情况出发，在以我军经验为主的基础上加以学习和参考”。
彭德怀回到北京，对这篇讲话记录加以斟酌修改，于4月24日送给毛泽东，并附信说：“这次我在南京着重了解了军事学院的情况，同他们的教职学员分别座谈了3天，感到该院在教学工作中教条主义倾向相当严重。因为这个学院是训练我军高级干部的学校，对于全军的学校和部队影响很大，所以我特别向该院党委讲了一次话，着重提出该院应当展开反教条主义的工作”。毛泽东在25日批复：“退彭。此件已阅，同意。”
彭德怀还把这篇讲话稿送给了邓小平，邓阅后转送周恩来。后来对这篇讲话，他又稍加整理（把其中“工作是有成绩的”改为“成绩是显著的”） ，作为《视察南京军区工作向党中央和军委的汇报》中的一个部分，分送中央政治局和军委。尽管彭德怀这次讲话慎之又慎，后来事实证明，学院有的领导干部并不完全同意他的看法。这一点，在军事学院的《关于深入开展反对教条主义的决定》中表现得很清楚。这个决定是在他讲话后的第4天，即3月6日，学院党委召开的扩大会议上，经过6天热烈讨论作出来的。决定中对于学院的工作成绩写的是：“会议认为学院成立以来的工作成绩是基本的、主要的”，而没有采用彭德怀所讲的“工作是有成绩的”或“成绩是显著的”写法。对于工作中的缺点和错误，《决定》中也仅仅是写作“教条主义倾向”，而没有同意“教条主义相当严重”的提法。彭德怀看后，没有不满的表示，用肯定的语气批复道：“你们关于开展反对教条主义的决定很好，同意你们这个决定，望按照决定的精神贯彻执行。”又叮嘱，在执行中“应坚决执行和风细雨的精神，以便达到真正提高认识和改进教学工作的目的”。“要反复向群众讲清楚，不要追究责任，追究责任就会更不好。同时教条主义现象，不但是在学院教学工作中存在，而且是在全军许多工作中存在。如果要论责任，军委的责任更大”。
彭德怀对于军事学院的某些干部一时思想不通，以及北京有的干部说他的讲话是错误的，当时他都未予理会，认为把那些不顾实际情况照抄照搬的教条主义倾向反掉，他最终是会被人理解的。
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