在诉苦和讨论提高认识的基础上，转入“查阶级、查思想、查斗志”的三查阶段。在群众发动起来后，有的更主动地查经济、查纪律、查领导以及查支部与党员的作用，开展严肃认真的批评与自我批评。群众称“三查”运动是“过秤”——看你够不够党员标准、干部条件；“照镜子”——找出自己的缺点、错误。彭德怀指出：通过三查，揭露了思想作风上的不纯问题，检查了违反群众纪律的具体事件和有关人员，批判了个人主义享乐思想、贪生怕死的思想和官僚主义作风；清查出暗藏在部队中的敌军军官和混进党内来的坏分子；撤换了一些斗志不强，坚持地主、富农立场的干部，达到“纯洁思想、纯洁组织，加强工作效率，提高战斗力”的目的。
在三查过程中，也存在着运动发展不平衡，有的一度发生过火的捆、吊、打和逼供信的错误。彭德怀指出，虽时间很短，共有几天即行纠正，但真正的奸细不易除根，其罪恶也未充分暴露，不易教育群众。针对那种过多地把注意力放在追查成分，忽视思想教育的情况，彭德怀明确指出：查阶级、查思想、查斗志的二查运动是有联系的。查阶级查思想，查的目的是为提高阶级觉悟，坚定斗志，提高战斗力。过分的强调成分，就会走上唯成分论的偏向。
1948年1月，彭德怀和前委召开团以上干部会。各纵队首长汇报前一阶段诉苦、三查的情况，交流了经验。会后，部队在诉苦、三查的基础上，转入第三阶段，即开展群众性的练兵运动。通过练兵，使勇敢与战术、技术密切结合起来，进一步提高了指战员的战术、技术水平和干部的指挥能力，为转入外线进攻作了思想上、军事上的准备。
关于这次运动，彭德怀在整军报告中总结道：经过诉苦和三查，“部队中的气象焕然一新”，党在部队中的威信大大提高了。过去解放兵、子弟兵间的隔阂和不团结的现象，被阶级友爱代替了。它提高了指战员的阶级觉悟和战斗意志，增强了部队团结，加强了群众纪律，更加密切了军民关系，发扬了群众创造性，提高了部队战斗力。同时，发扬了民主作风，部队中的管理教育方式，亦有很大改善。这“是我军有史以来第一次伟大的群众运动”，是继承了古田会议的精神，是我军新的整军方式，是毛主席建军思想的坚持和继续。
1948年1月底，毛泽东和周恩来等中央领导人，听取了野战军进行诉苦三查的汇报。毛泽东高兴地说：我们从中央苏区起，就想找到一个教育俘虏兵的好形式，这次诉苦三查的办法把这个问题解决了。毛泽东把它称为新式整军运动。经过他的倡导，全军都开展起来了。其后，西北野战军取得宜川战役的胜利，毛泽东又指出：“这次胜利，证明人民解放军用诉苦和三查方法进行了新式整军运动，将使自己无敌于天下。”周恩来则赞扬诉苦三查做得很好，是“壮大军队”的法宝，说这是“创造了政治工作的新方式”。
部队开展新式整军运动过程中，彭德怀于1947年12月还参加了中共中央在陕北米脂县杨家沟召开的会议。这次会议讨论并通过了毛泽东所作《目前形势和我们的任务》的报告。报告阐明了革命战争转入战略进攻以后所需要解决的军事、政治、经济等方面的方针政策，提出了著名的十大军事原则。
彭德怀以实事求是的态度，联系当时党内军内存在的偏向和政策上的具体问题，提出了很中肯的意见。他在26日发言说：在贯彻中央指示时，要注重调查研究，区别对待。革命斗争在胜利中易于轻敌，在受挫时易于怯敌，军事上如此，地方工作也是如此。土改中“左”倾是当时要解决的主要错误倾向。对此，彭德怀又说：土地问题已上轨道。“团结中农是一个十分重要的问题”。“城市工商业一定不要破坏，即使政治上必须没收的，也不必性急”。他特别强调发扬民主，指出：部队要放手发扬民主，政治教育靠民主，军事上也要民主。战役检讨也必须充分民主化，何以胜，何以败，这个教育最有效。彭德怀预计西北的军事形势在1948年将发生根本变化。
根据十二月会议的精神，1948年1月，彭德怀在杨家沟主持召开西北野战军前委扩大会议。彭德怀在报告中回顾了从延安以南抗击战到二次攻打榆林的战斗历程，简明扼要地总结了4点经验：“指挥者对敌、我、民情及地形要熟悉”，这“是下决心的根据”；“要善于根据敌人之企图来诱惑敌人，以达到自己的目的”；“要善于各个击破敌人，先打弱的后打强的，不要想一口吞”；“兵不要太大，只要齐心；要练得好，用得法”。会上，彭德怀强调要执行好党的城市政策，指出：我们城市政策执行的好坏，将影响西北大中城市工商业家的向背。在农村“宁肯饿肚子也不能动中农”。要求各纵、旅党委一定要注意纪律教育。
前委扩大会议提出西北野战军转入外线作战的基本任务，一是大量消灭敌人；一是建立根据地。会议从方针政策上为在西北开展新区和城市工作，作了具体规定和必要准备。
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