太平洋战争爆发前后，中共中央和中央有关主管部门曾一再指示党在敌占区的对敌隐蔽斗争系统，派人打入敌伪组织，相机开展工作。潘汉年执行上述指示，利用各种社会关系开展这方面的工作，并且取得了成效。他还利用各种社会关系，掩护一批同志潜伏在敌人内部工作，并掩护了一些同他有联系的领导同志。太平洋战争爆发后，中共派在香港几位从事对敌隐蔽斗争的同志和秘密电台处境危险，潘汉年主动报请中央同意，利用他的特殊社会关系，从上海派人去香港，掩护他们全部安全撤到上海和内地。
太平洋战争爆发后，日军占领了上海的公共租界，上海从孤岛变成了沦陷区。党中央指示江苏省委领导机关撤退到华中抗日根据地去。这时，潘汉年也奉命撤退。1942年11月初，江苏省委领导同志刘晓、王尧山等，都在潘汉年所发展的特殊关系掩护下，同潘一起，从上海到淮南顾家圩子。到达华中抗日根据地后，潘汉年担任了华中局情报部部长。
在华中抗日根据地参加整风学习期间，潘汉年参加了审查扬帆的工作。在审查过程中，他坚持实事求是的原则，通过认真调查了解，确认对扬帆的审查是错误的。后来扬帆被平反。这个时期，潘汉年还为根据地干部作过一些报告。他还在新四军出版的《拂晓报》上发表了《梦游玄武湖》、《探海东同志病》等诗词，表达忧国愤敌的心声、抒发对战友的感情。
1943年，潘汉年领导建立起两条通向解放区的交通线：一条通淮南华中局，一条通皖北新四军七师。这两条交通线的建立，保证了上海和抗日根据地之间人员和物资的安全输送。同年夏秋之交，党中央电告潘汉年，需要保存在上海中央文库的六届三中、四中全会文件。潘汉年指示张唯一取出密藏在上海中央文库中的有关文件，拍成35毫米胶片，送往华中根据地报党中央。
1944年6月，潘汉年离开淮南新四军军部去延安参加党的“七大”。大会期间，潘汉年看望了毛泽东，毛泽东和他共同举杯，庆贺胜利。
毛泽东在“七大”所作的政治报告《论联合政府》中提出：“我们的大会应向各解放区人民提议，尽可能迅速地在延安召开中国解放区人民代表会议，以便讨论统一各解放区的行动，加强各解放区的抗日工作，援助国民党统治区人民的抗日民主运动，援助沦陷区人民的地下军运动，促进全国人民的团结和联合政府的成立。”根据这一要求，党中央开始积极筹备召开解放区人民代表会议。1945年7月8日。新四军军长陈毅致电陕甘宁边区政府和参议会，表示选派潘汉年等六位同志，代表新四军参加会议的筹备工作。7月13日，中国解放区人民代表举行集会，会上宣告正式成立中国解放区人民代表会议筹备委员会。会议选举周恩来、林伯渠等25人当选为筹委会常务委员会委员，潘汉年也是常委之一。8月10日，纲领起草委员会举行会议，组成政治、军事、财政经济、文化教育和组织法五个专题起草小组，潘汉年出席会议，并参加政治专题小组工作，还担任组织法专题小组组长。中国解放区人民代表会议原定10月举行，日本投降后，因时局变化，会议没有召开。
1945年11月，潘汉年奉命从延安到沈阳，在中共中央东北局领导下，参与领导该地区的文化工作、统战工作和党的隐蔽战线工作。1946年2月，董慧也到达沈阳。是年4月底，因东北地区党的情报系统被国民党特务机关破坏，潘汉年又被调到北平。同年夏天，他回延安汇报工作，不久，奉命到南京，接受新的任务。
七
1946年夏天，根据周恩来的指示，潘汉年回到上海继续领导党的隐蔽战线工作和统一战线工作。
回到上海后，潘汉年立即与刘晓、刘长胜、夏衍、华岗和冯雪峰见面，还会见了情报系统的一些同志，向他们传达了党的“七大”基本情况，阐述了国内外形势。随后，他又指示一部分同志去香港。一部分同志继续留在上海开展情报工作。
在上海期间，潘汉年还经常参加中共南京局上海工委的会议，参与一部分领导工作。同时，他和周恩来保持着经常联系，直接接受周恩来的领导。这段时间，他继续同在上海的民主党派和其他爱国人士接触往来，代表中国共产党从各方面关心照顾他们。1946年7月，陶行知逝世后，他根据周恩来关于“今后，对进步朋友的安全、健康，我们应该负责保护。……在经济方面多给以经济和物资的帮助，在政治方面亦须时时关照”的指示，加强了对这方面工作的领导，组织有关同志落实具体措施。
在上海，他还应上海地下党同志之邀，忙里偷闲，重操笔墨，用“荆溪”笔名在《联合日报》发表了40余篇杂文。这些杂文抓住人民最关心的民主与和平问题，猛烈抨击国民党政府坚持独裁内战，出卖国家主权的罪行，反映了人民要求和平民主、自由幸福的强烈愿望。
1946年10月30日，潘汉年奉命离开上海，和夏衍一起乘飞机去香港。1947年1月16日，中共中央发出调整蒋管区党组织的指示，决定成立中共香港分局，由刘长胜、方方、林平、潘汉年、刘宁一、梁广、章汉天、夏衍、连贯组成。从这时开始，到1949年3月，根据党中央的指示，潘汉年在参与香港分局的领导工作中，主要负责同民主党派和其他爱国人士联系接触。
从1947年开始，各民主党派的一些领导人及文化界人士陆续从内地、上海和海外来到香港，到1948年，总数已达千人以上。因此，做好党的统一战线工作，就成为一项极其重要而艰巨的任务。当时，各民主党派和爱国民主人士中的大部分人与中国共产党团结合作，共同商讨推翻蒋介石的反动统治、建立新中国的斗争方略。但同时也有极少数上层人士对形势认识不清，主张中国建立资产阶级国家。还有一些亲国民党的党派如国社党、青年党还在香港活动，破坏统一战线。面对纷繁复杂的现实，潘汉年坚定地贯彻执行党的统一战线方针政策，提出凡是愿意与我党合作，反对蒋介石卖国政府的人，我们都要团结争取，进行耐心细致的工作，做到多争取一个朋友，少一个敌人。
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