解放初期的上海社会，的确是够复杂的了。而复杂的根本原因，主要是来自于敌对势力的破坏。当时，国民党潜伏特务、反动会道门骨干、地痞、流氓、恶霸等大批反动分子，趁革命秩序尚未建立之际，纷纷跑出来，勾结作乱，破坏社会安定。上海市人民政府成立前后这几天里，一批批穿着各式各样服装的不速之客，在大街小巷许多地方，挂起了各种牌子，什么“中共华中局行政办事处”啦，“四大军区政治部联合办事处”啦，以及形形色色的“接收委员会”，还有一些持有武器的组织，如“人民自卫队”、“淞沪机动队”、“中共地下军耀字纵队”等等，他们声称准备去接收银行、仓库和其他企业，甚至公然闯进人民解放军指挥机关伺机闹事。不仅如此，国民党特务机关还不断地派遣特务来沪，与潜伏的特务分子联系，进行侦察、暗杀、爆炸等一系列颠覆活动，美蒋反动派还直接派飞机前来轰炸、扫射，并公然对上海实行军事封锁。新生的革命政权面临着严重的挑战和威胁。
面对如此尖锐而复杂的上海社会，作为分管政法、公安工作的常务副市长，潘汉年的主要任务，首先是协助陈毅市长，做好这个最难管的大城市的治理工作。“接、管、清、改”，先接后管，迅速而有力地肃清残余敌人，建立革命秩序，保护人民民主自由，恢复生产，稳定政局，把这个被喻之为“黑色大染缸”的旧上海，改造成为人民的新上海。
潘汉年以极大的精力，在上海社会治理这出重头戏里出任主角。他根据陈毅的指示精神，与政法、公安部门的各级领导一起制定全市的治安防范措施，具体指导公安、政法工作的开展。在他的领导下，上海公安机关会同人民解放军驻军集中清理了一批残敌，抓获了那些浑水摸鱼、公开破坏社会秩序的敌对分子和其他坏分子。在打击残敌的过程中，潘汉年一再强调，上海解放不久，群众还没有真正发动起来，专政力量不足，镇反队伍尚未组织好，对暗藏的反革命分子情况尚不明了，在这种情况下，在步骤上应先打击现行破坏活动的反革命分子，然后清理历史反革命。
发动群众、依靠群众，贯彻执行党的群众路线，是潘汉年在政法、公安工作中始终坚持的一个重要原则。1950年10月10日，中共中央《关于镇压反革命活动的指示》（即“双十指示”）发布后，潘汉年按照市委的部署，全面动员，层层贯彻落实“双十指示”的精神。翌年4月，潘汉年进一步提出了在镇反工作中如何依靠群众、发动群众的具体步骤。在他的倡导下，全市掀起了“人民群众擦亮眼睛，检举揭发反革命”的热潮。仅4月底的一次大逮捕中，全市就组织发动了军、警、政府干部、工人学生、市民组成的4445个行动小组，共3．6万余人，逮捕了8000余反革命分子，取得了赫赫战果。
人民政权建立之后，历史发生了戏剧性的变化：过去在国统区或沦陷区，我们是地下工作者，敌人在明处，我们在暗处；现在位置转换了，我们成了执政者，敌人在暗处，我们在明处，因此，对敌斗争的策略也必须随着环境的变化而变化。为了彻底消灭暗藏的反革命，必须充分发动群众。潘汉年特别强调要做好反革命家属的教育和争取工作。事实上，上海这部分人的数目很可观，如果把他们发动起来，就必然会收到事半功倍的效果。
根据上述指导思想，上海公安机关在贯彻执行群众路线方面做出了出色的成绩，广大群众发动了起来。在镇反高潮中，全市召开揭发控诉反革命罪行会议3200余次，收到群众检举信4万余封。特别是绝大多数反革命家属，都站到了人民的一边，起来揭发自己亲人的罪行。有的反革命分子在家属陪同下，投案自首，有的家属将反革命分子搜刮的财物缴公，有的交出了藏匿的枪枝弹药等，反革命分子成了人人喊打的过街老鼠。
作为长期战斗在敌人白色恐怖之中，周旋于各类魔鬼之间的地下工作的领导人，作为具有丰富隐蔽战线斗争经验的老资格的情报人员，潘汉年坚信肃清残余的反革命势力，维护社会治安，不仅要靠政法保卫机关强大的打击手段，也要依靠一系列行之有效的政策和策略，要充分发挥党的政策和策略的威力，分化和瓦解敌人，才能更加有效地和敌人作斗争。
发挥党的政策和策略的力量，关键在于正确对待那些来自敌人营垒中的起义投诚分子和自首立功者，并且将他们为我所用。这方面的工作可以说是潘汉年在长期从事情报战线斗争中所掌握的拿手好戏。这里有两件事情是必须要交代清楚的，因为这两件事不仅为当时的政法公安工作，尤其是为顺利开展肃反运动起了特殊的作用；但后来却成了潘汉年的两大罪责，并且还殃及了许多无辜者。
第一件事是利用所谓“逆用台”。上海解放前夕，国民党特务系统留下了大批的潜伏电台，仅国民党军统“三凶”之一、保密局头头毛人凤及电讯处处长杨振裔就在上海附近潜伏了10部电台。他们利用密码和台湾特务机关频繁联络，发送情报。在潘汉年直接领导下，上海市公安局组织力量进行侦破。经过一番周折，终于通过地下党内线，了解到杭州台国民党中校台长黎明与江南工委武振平是亲戚，通过武的工作，黎明终于弃暗投明，并协助公安局一举破获了毛人凤的潜伏电台，同时被破获的还有国民党国防情报组无锡独立台、苏州潜伏台等10余部电台，逮捕了一大批特务分子。
在这种情况下，潘汉年决定“逆用”敌人的电台，并报请华东局及上海市委转呈中共中央情报部，获得批准。据扬帆回忆，共“逆用”了其中两部，“保留国民党的番号、呼号、人员、密码，甚至发报手法，以达到接收他们的情报为我所用，并将我们编造的假情报，通过这两部电台发送到敌人手中，迷惑敌人，扰乱他们的阵线”。“逆用”电台由潘汉年直接指挥。1950年8月，潘汉年将其中一台交给扬帆，让公安局“逆用”。果然，这两部“逆用电台”对于公安机关掌握敌情，进行防范措施，有效地和敌人作斗争，起了无可替代的作用。另一件事情，是在上海市公安局社会处，设立了所属外围组织——情报委员会，并以胡均鹤为该委员会的主任委员。对胡的处理，也由潘汉年所经办。1949年2月间，原汪伪特工人员刘毅（徐汉光）到香港找到潘汉年，说他和胡均鹤现在都在上海“闲赋”，胡表示要为上海的解放尽一点微薄之力，有一点“军事关系”报告潘汉年，想请潘汉年介绍他们去江北同人民解放军取得联系。
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