这是潘汉年第三次到延安。报到后，潘被安排在杨家岭，和许多中央领导人住在一起，董慧则分配到枣园中社部工作。此时，延安中枢机关正在杨家岭召开六届七中全会。这次会议的主要任务是在整风运动的基础上，对党的历史经验作出全面的总结，讨论通过党的《关于若干历史问题的决议》，并为党的“七大”的召开做好准备。由于会议采取会内会外相结合的办法，时开时停，因此从1944年5月21日开幕后，至潘汉年到达此地时，这次会议尚在进行之中。潘汉年一到延安，就参与了对党的《决议》的座谈讨论，特别是对会议讨论的城市工作问题和会议通过的《组织城市工作委员会的决定》提出了许多建设性意见。潘汉年作为党的全会的一名正式代表，应邀出席“七大”，理应感到高兴，但无论是参加讨论，还是参加什么别的工作，甚至在与董慧单独相处时，潘汉年总是心事重重，情绪忧郁，这其中原因，除对饶漱石的小报告有所耳闻之外，主要还是在南京会见汪精卫一事所留下的心病。这件两年前发生的原本可以说清楚，并且可以力争组织上正确处理的事情，一直被他隐瞒了下来，甚至一误再误。
还在赴延安之前，潘汉年是有心要向党中央，特别是当面向毛泽东说清楚这件事情的。“行吟延水须无悲”，就表达了他当时的心情。但到了延安之后，“他又没有迅速抓住时机，痛痛快快一吐了事，而是瞻前顾后，察言观色，犹豫等待，欲说还休。”结果，又错过了最后一次根治自己心病的机会。那是潘汉年住到杨家岭之后不久，有一天他去看望毛泽东。毛泽东正在看文件，见潘汉年进来，高兴地离开座位，与潘亲切握手，并从旁边的书架上拿了一瓶酒，倒了一杯给潘，他自己也举起一杯祝贺潘汉年工作的胜利。潘知道毛泽东向来烟不离手，但无喝酒的嗜好，与他举杯同饮，足见毛泽东当时是何等的高兴！毛泽东还一再强调对潘是信任的，对潘的工作是了解和肯定的，并嘱他不要受流言蜚语的影响。看到毛泽东对自己如此亲切而热情，又如此信任和关怀，潘汉年把说到嘴边的话又咽了下去。据唐瑜回忆，1963年潘假释后在唐瑜家谈及此事时，潘汉年直率地告诉他，是自己的小资产阶级爱面子和个人英雄主义使他痛失了这样一次坦露心迹的机会，他深深感到后悔。
事实上，毛泽东当时对潘汉年所说的话是有所指的。毛针对饶漱石的小报告，暗示中央对此是不信任的。饶根据敌占区传来的风言风语，认为潘在上海与袁殊、李士群等打交道可能有问题，加之潘在根据地搞所谓“自由主义”、“小广播”等，借此给中央打“小报告”，以便借中央之手整一整潘汉年。但中央在分析了饶漱石的告状材料后，不仅没有对潘汉年有所怀疑，相反认为这是饶漱石不了解情况所致。同时，中央又得到了从重庆方面传来的情报，国民党特务机关宣传延安派李富春到南京与日伪勾结；宣传华中局派了潘汉年到南京谈判并见过汪精卫等。中央审查了这些情报，认为这是国民党特务机关为他们在政治上攻击共产党所制造的谣言。因为延安派李富春去南京与日伪勾结，这纯属子虚乌有；至于潘汉年与汪精卫会见之说，中央既未得到潘本人的报告，因此断定这也是国民党特务的造谣诬蔑。毛泽东嘱他不要受流言蜚语的影响，就是指这件事。
1945年2月23日，就在潘汉年与毛泽东谈话之后不久，中央向华中局饶漱石本人发去一封由毛泽东批发，由刘少奇和康生共同署名的电报，全文如下：
“饶：
（一）汉年1939年自延安出去时，中社部曾要他设法争取和利用李士群在敌伪特务机关内为我方作情报工作。香港沦陷汉年到沪后，潘曾经过袁殊关系与李士群在上海会面一次，进行过争取工作。此事在事先事后潘均电告了延安中社部，而且当时上海党负责同志刘晓也知道的。以后潘由沪撤至华中时，华中局决定派遣他到南京与李第二次会面，此事你们都晓得。至于敌伪及国民党各特务机关说汉年到南京与日方谈判并见过汪精卫等等，完全是造谣污蔑。在利用李士群的过程中，汉年也绝无可怀疑之处，相反的还得到了许多成绩。这类工作今后还要放手去作，此次汉年来延安，毛主席向他解释清楚。
（二）刘晓、汉年由沪撤退至华中时，确系利用李士群、徐汉光（即刘毅）的关系作过掩护，当刘晓到延安后即向中央讲了敌后交通工作常常利用敌伪关系，许多华中干部由彰德至集总，也是如此。
（三）国民党中统局经常制造谣言说延安派李富春、华中局派潘汉年到南京与敌伪勾结，又常造谣说汉年已被华中局扣押，极尽造谣挑拨之技，望告情报系统的同志千万勿听信此种谣言致中敌人奸计。”
中央的认真解释，国民党特务机关的大肆宣传，饶漱石的背后指控，而潘汉年自己又好像真的心里有鬼似的“秘而不宣”、“守口如瓶”，于是，事情显然变得复杂化了。潘汉年“心病”未除，反倒增添了新的烦恼。他怀着极为复杂的心情参加了“七大”。
“七大”是在一个特定的历史背景下召开的。1945年春，世界反法西斯战争的最后胜利已经不再有人怀疑了。德、意法西斯正面临着投降还是灭亡的选择；日本侵略者也已走进了回天乏术的死胡同。中国人民在中国共产党的领导下，经过近8年的艰苦奋斗，终于送走了“黎明前的黑夜”，迎来了抗战胜利的曙光。在这样的形势之下，为了迎接抗战的胜利，并且使这一胜利变为人民的胜利，为了进一步动员和领导全国人民最后打败日本侵略者，建设一个光明的新中国，中国共产党于1945年4月23日至6月11日，在延安杨家岭召开了这次大会。会议有正式代表547人，候补代表208人，代表着121万党员。这是中共历史上最圆满最盛大的一次全会，是一次团结的大会、胜利的大会。大会制定了党夺取抗战胜利的政治路线，决定了党在抗战胜利后的中心任务和斗争策略，修改了党的章程，选举了党的领导机关。
潘汉年自始至终参加了会议。他聆听了毛泽东《两个中国之命运》的开幕词和《愚公移山》的闭幕词，特别是毛泽东《论联合政府》的政治报告、刘少奇《关于修改党章的报告》的组织报告、朱德的《论解放区战场》的军事报告以及周恩来的《论统一战线》的重要讲话，受了一次全面而深刻的马克思主义理论教育。他为会议团结、胜利的气氛所感染、所鼓舞，也为党制定的正确路线、方针、政策所激励，他似乎忘却了自己的心病，将自己的烦恼暂时丢到了一旁。
“七大”之后，潘汉年因未能当选为中央委员，因此不能不离开中社部的核心领导岗位。他仅仅被推举为由周恩来任主任的中国解放区人民代表会议筹备委员会常务委员。他除了参与该会几次活动外，还在中社部作过港沪工作的专题报告。这几个月，对潘汉年来说，似乎是一个“闲职”人员。剧烈变动的时局，使得潘汉年来不及过多地考虑自己的荣辱得失，又投入了一场新的战斗。
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