基于这些想法，他就决心来到这所偏僻的、日本乡间的医学专门学校来学习了。这些都反映了鲁迅对祖国深厚的爱和浓郁的担忧。他的一首七言绝句正是他心灵的写照：
灵台无计逃神矢，风雨如磐黯故园。
寄意寒星荃不察，我以我血荐轩辕！
因为在仙台医学专门学校里学医的中国留学生不多，所以鲁迅在生活上受到学校的优待。例如，学校不但不收学费，职员还为他的食宿操心。鲁迅起先是在监狱旁边的一个客店里，虽然已入冬，但蚊子却还很多，便就用被子盖了全身，用衣服包了头脸，只留两个鼻孔呼吸，蚊子无从插嘴，居然也睡安稳了。因为鲁迅住的是监狱旁，所以有一位先生觉得这客店也包囚人的伙食，对鲁迅是不相宜的，多次劝鲁迅搬走。
盛情难却，鲁迅只好搬到离监狱很远的地方，可惜饭食却大不如前，每天总要喝难以下咽的芋梗汤。
在这个学校里，鲁迅不但接触了许多陌生的教师；听到许多新鲜的课程，还认识了一位藤野先生。藤野先生黑黑瘦瘦，戴着眼镜，留着八字胡，穿衣服很不讲究，有时竟忘记打领结；冬天一件旧外套，寒颤颤的，据说有一次在火车上，被管车的怀疑为扒手，叫乘客小心。藤野先生少年时代曾跟他的老师野坂先生学过汉文，所以对中国古代先贤极为尊敬，对于中国学生也就十分亲切和蔼。他起先教骨学，上讲堂就将挟着的一迭大大小小的书放在讲台上，用缓慢而又很有顿挫的声音，向学生们介绍自己：“我是叫作藤野严九郎的”。接着，他便讲述解剖学在日本发展的历史，那些大大小小的书，便是从最初起到那时止的关于这一门学问的著作。
过了一星期，大概是星期六，藤野先生将鲁迅叫到他的研究室，他坐在人骨和许多单独的头骨中间问：“我的讲义你能抄下来么？”
“可以抄一点。”鲁迅回答说。
“拿来我看！”
藤野先生收下了鲁迅的讲义，过两三天就还给了鲁迅。可能因为鲁迅在当时入学不久，还不能充分听懂他所讲的日语，在笔记上会有一些错误。于是他就吩咐此后每一星期要把所作的笔记送给他看一回。
鲁迅感到感激和不安。藤野先生不但定期收他的讲义，而且每次都将鲁迅所抄的讲义从头至尾用红笔添改过。不但增加了许多脱漏的地方，还订正文法上的错误。这样一直继续到教完了他所担任的功课：骨学，血管学，神经学。
有一回，藤野先生将鲁迅叫到他的研究室，翻出他所抄的讲义上的一个图来，是下臂的血管，指着它，和蔼地对鲁迅说道：“你看，你将这条血管移了一点位置了。——自然，这样一移，的确比较的好看些，可是解剖图不是美术，实物是那样的，我们没有法改换它。现在我替你改好了，以后你要全照着黑板上那样的画。”
这更增加了鲁迅对于老师的尊敬和感激。
在鲁迅的勤奋和藤野先生的帮助下，在仙台的两个学期中，他在学校的成绩居中，没有落第。
后来藤野先生担任解剖实习和局部解剖学的功课。
上解剖实习大约一星期后，他又派人叫鲁迅了，很高兴地用着抑扬的声调对鲁迅说道：“因为听说中国人很敬鬼的，所以很担心，怕你不肯解剖尸体。现在总算放心了，没有这回事。”
鲁迅受到藤野先生如此的重视，因此也就遭到一部分学生的歧视，侮辱无端的飞来。虽然当时距中日甲午战争已有10年，但是，在学校军国主义教育培养下，在一些抱着狭隘的民族思想的日本学生眼中，中国人的地位依然是低下的。他们把中国留学生叫“清国奴”。
有一天，鲁迅的同级学生会干事来到他的寓所，借鲁迅的笔记看了看后就当场还给了他。他走后不久，鲁迅收到了一封很厚的匿名信，拆开来看，第一句是：“你改悔罢！”这是《新约》上的句子，但新近托尔斯泰曾经引用过，所以也就新鲜了。（当时，正是日俄战争之后，托尔斯泰曾写信给俄国沙皇和日本天皇，开头便是这一句。）其次的话，大略是说上年的解剖学试验的题目，是藤野先生在讲义上做了记号，鲁迅预先知道了，所以才能有那样的成绩。鲁迅这才想起几天前的一件事：因为要开级会，干事便在黑板上写通告，末一句是“请全数到会勿漏为要”，而且在“漏”字旁加了一个圈。鲁迅当时并未介意，还觉得圈的可笑，现在，他才悟出那个“漏”字是讥刺他的，就是说他得了教员泄漏出来的题目。但是，鲁迅是不可侮的，他首先把这件事告诉了藤野先生，然后就向学生会干事提出强硬的抗议。有几个和鲁迅相熟的日本同学也抱不平，一同去诘责干事托辞检查无理，并要求他们把检查的结果发表出来。最后，流言终于被消灭了，学生会干事又竭力运动，要求收回匿名信，鲁迅于是就把这封托尔斯泰式的信退还了他们。
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