11月8日到上海治疗脑玻经中共中央军委批准，在治病期间，由副院长陈伯钧、副政委钟期光分别代理院长、政委职务。
1957年65岁
2月上旬彭德怀和副总参谋长陈赓、总政治部副主任谭政到军事学院检查工作。彭德怀在检查工作后肯定了军事学院的成绩，同时指出“教学工作中的教条主义相当严重”。
2月底在铁道兵司令员王震、中共广东省委书记陶铸陪同下，视察了海南岛榆林舰艇部队。
3月6日中共军事学院委员会召开扩大会议，学习、贯彻彭德怀的指示，决定全体学员停课一周，开展反对“教条主义”的运动。
3月30日中共军事学院委员会向中共中央军委发出《关于深入开展反对教条主义的决定》，肯定了学院创办以来的基本成绩，检讨了对教条主义的严重性、危害性认识不足，但认为问题的性质只是“学习马列主义和外国经验中的教条主义倾向”。
7月9日国防部发出通知，以军事学院炮兵系为基础，在河北宣化成立中国人民解放军炮兵学院。
7月30日在《解放军报》上发表题为《继承和发扬我军光荣传统》的谈话，强调“学以致用是我们的原则”，用历史的和现实的事例说明教条主义的涵义和表现。
8月6日致函毛泽东和彭德怀，因健康原因请免任高等军事学院院长兼政委职务。
8月22日国防部命令，以军事学院战役系、战史系为基础，在北京成立中国人民解放军高等军事学院。
9月27日奉国务院总理周恩来的命令，改任中国人民解放军高等军事学院院长兼政委。
9月20日至10月9日在北京出席中共八届三中全会。全会听取中共中央总书记邓小平和陈云、周恩来关于开展整风运动、改进国家行政管理体制和劳动工资等的报告，并作出了相应的决议。
9月23日经国防部批准，以军事学院海军系为基础，在南京成立中国人民解放军海军军事学院。
10月31日在《解放军报》上发表《苏联军队是世界各国人民军队的榜样》一文。
1958年66岁
1月15日在《解放军报》上发表关于红与专问题的谈话，阐明了红与专的辩证关系。
4月17日武装力量监察部部长叶剑英到军事学院视察。在全院人员大会上讲话，高度评价了刘伯承历史和现实的功绩。
5月26日国防部命令，以军事学院装甲系为基础，在山西大同成立中国人民解放军装甲兵学院。
5月27日至7月22日中共中央军委在北京召开扩大会议。会议对军事训练工作中的所谓“教条主义”，进行了不适当的过火批判。
7月10日抱病在军委扩大会议上作检讨发言。
8月13日中共高等军事学院和军事科学院委员会联合召开扩大会议，贯彻中共中央军委扩大会议精神，进一步开展反对教条主义运动。
9月12日国防部命令，以军事学院空军系为基础，在北京成立中国人民解放军空军学院。至此，军事学院分建为高等军事学院、军事学院和海军、空军、炮兵、装甲兵学院等六所高级军事指挥学院。11月17日奉国务院总理周恩来命令，被免去高等军事学院院长兼政委职务。
11月28日至12月10日在武昌出席中共八届六中全会。会议通过《关于人民公社若干问题的决议》等决议。
1959年67岁
1月19日携家眷由南京迁到北京。
3月17日在成都与杨闇公弟弟杨尚仑等人谈1926年至1927年的四川泸顺起义及重庆“三·一”惨案。
4月2日至5日在上海出席中共八届七中全会。会议听取毛泽东关于工作方法的谈话，通过了1959年国民经济计划草案等决议。
4月18日至29日在北京出席第二届人大第一次会议。会议听取周恩来的政府工作报告及其他相应的报告。会议选举刘少奇为中华人民共和国主席，朱德为全国人大常委会委员长，决定周恩来为国务院总理。在会上当选为人大常委会副委员长，并被任命为国防委员会副主席。
8月2日至16日在庐山出席中共八届八中全会。会议决定反击所谓“右倾机会主义”，批判彭德怀为首的“反党集团”。在会上作书面发言。
9月任中共中央军委战略小组组长。
10月22日在《八一杂志》第20期上发表《回顾长征》一文。11月9日出席中共中央军委战略小组会议，并讲了话。
1960年68岁
1月22日至2月27日在广州出席中共中央军委扩大会议，在会上就战略方针和国防建设问题作了发言。
3月30日至4月10日在北京出席第二届人大第二次会议。会议听取周恩来、李富春、李先念、谭震林等的报告，讨论通过了《1956年到1967年全国农业发展纲要》。
10月28日与副总参谋长张爱萍谈动员工作问题。
1961年69岁
1月14日至18日在北京出席中共八届九中全会。会议听取邓小平关于1960年11月在莫斯科举行的各国共产党和工人党代表会议的报告，并通过了相应的决议。会议决定对国民经济实行“调整、巩固、充实、提高”的方针。
3月陈赓逝世。任陈赓治丧委员会委员，参加追悼会。5月19日在南京接见军事学院各部、系以上领导干部。6月12日至7月14日在北京出席中共中央军委扩大会议。会议着重研究了应付突然事变和军队建设中的一些问题，并讨论通过了若干条例和规定。
7月10日对总参谋部有关人员谈拟制作战计划问题。
1962年70岁
1月11日至2月7日在北京参加中共中央扩大的工作会议，即七千人大会。会议总结了建国12年来的工作经验，进行了一定程度的自我批评，对纠正“大跃进”和“反右倾”的错误起了积极作用。
3月27日至4月16日出席第二届人大第三次会议。会议听取周恩来的政府工作报告，并作出了有关的决议。
6月21日在《人民日报》上发表《我们在太行山上》一文。本月对东南沿海的战备工作，向中共中央军委、总参谋部提出了一系列重要建议。
10月20日至11月21日参与指导中国边防部队进行中印边界自卫还击作战。正确地分析了印军防御配置“铜头、锡尾、背紧、腹松”的特点，提出了正面攻击和翼侧迂回相结合的作战指导意见，并对部队的开进、运动、协同动作以及后勤保障等作了一系列的指示，对自卫还击作战的胜利起到了十分重要的作用。
1963年71岁
4月10日在《人民日报》上发表《千里跃进大别山》一文。10月13日对总参谋部有关人员谈战争动员问题。11月2日对总参谋部有关人员谈编制装备问题。
11月17日至12月在北京出席第二届人大第二次会议。会议听取了有关国民经济计划和国家预算的报告，作出了相应的决议。
12月罗荣桓逝世。任罗荣桓治丧委员会委员，参加追悼会。
1964年72岁
1月14日跟总参谋部有关人员谈战场准备问题。2月10日至11日对总参谋部和中共中央军委战略小组办公室有关人员谈东南沿海战备问题。
4月17日到安徽六安地区及设在该地的军诫库视察。5月14日听取总参领导汇报全军比武情况，随即作了指示，肯定这种群众性的练兵运动。
7月至8月到东北各地视察，对未来反侵略作战的指导原则。军事、交通、工事构筑及边防建设等，提出了重要的建议和意见。
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