在第二阶段，他总结为“军民结合，一面是对敌进行十次大的反‘扫荡’与不断的交通斗争，另一面是对反共派进行多样反磨擦。正如前门拒虎，后门进狼一样，局势十分严重”。但由于根据地党、政、军、民共同奋斗，打开了虎狼夹击的严重局面，抑平了反共高潮，举行了百团大战，还进行了建军建政建党工作，坚持和巩固了抗日民主根据地。
在第三阶段，他的结论是，坚持执行了中共中央、北方局关于着重发展地方部队与人民武装的正确武装政策和对敌斗争策略；逐次执行了十大政策，尤其是土地政策，发动了基本群众；精兵简政，开展大生产运动，减轻了人民负担。在对敌斗争上，以武工队深入敌占区，保护群众利益，推行革命的两面派政策，合法与非法斗争相结合，发动政治攻势，瓦解和争取日伪势力，繁殖了敌占区内的游击根据地，有力地配合了根据地的反“扫荡”、反蚕食斗争。通过这些，“将根据地退缩局面转为开展局面，而在敌占区、游击区的工作也开展起来”。
报告既肯定了成绩，也毫不隐讳地指出了缺点。他认为在百团大战前后，由于对“从内战转到抗日游击战之舵掌握不紧，过分强调正规军，犯了编并与放任地方武装的错误”，一度影响了根据地的建设。此外，本着从严要求自己的原则，对减租减息、敌占区工作等方面也作了检讨。他这种勇于自我批评的精神，深为与会的部属和其他方面人员所称道，也促进了整风中那种实事求是、严于律己作风的发扬光大。
1944年5月21日至次年4月20日，分8次召开了中共六届七中全会，主要讨论和通过党的《关于若干历史问题的决议》，以及讨论关于召开“七大”的准备工作等问题。刘伯承以晋冀鲁豫根据地负责人的身份列席了会议。
在讨论和通过上述“决议”的过程中，刘伯承联系自己的切身经历和体验，回顾了党内历次右的和“左”的错误，尤其是以王明为代表的第三次“左”倾错误，对中国革命所造成的巨大危害；畅谈了毛泽东从井冈山斗争开始，特别是长征中的遵义会议以后，对中国革命的胜利发展所作出的巨大贡献。
对于“决议”肯定以毛泽东为代表的把马克思列宁主义普遍真理与中国革命实践相结合的方向和路线，确定毛泽东思想作为全党的指导思想，他感到由衷的高兴和鼓舞。他深信，在以毛泽东为首的党中央的正确领导下，不但抗日战争将很快取得胜利，而且人民革命事业也将出现光辉灿烂的美好前景。
1945年4月23日至6月11日，中国共产党在延安召开了具有重大历史意义的第七次全国代表大会。刘伯承出席了大会，任晋冀鲁豫区代表团团长。
会议的主要内容，是由毛泽东、朱德、周恩来、刘少奇分别作了政治、军事、统战和修改党章的报告，中共中央有关方面负责人和各解放区的领导人进行大会发言。5月10日，刘伯承作大会发言。他主要讲述了晋冀鲁豫根据地的发展，其中着量讲的是军事斗争。在斗争阶段划分上，他仍然一分为三，但与4月30日的报告略有不同，把第二、三阶段的分界时间定在1942年5月。
他提出，第一阶段是开辟发展时期，第二阶段是巩固、退缩时期，第三阶段是重新发展时期。在第一阶段，打法上是配合友军作战，打击敌人的侧背，并且就势转到敌后去，繁殖游击战争。在第二阶段，反“扫荡”是以部分兵力坚持内线，主力转到外线，打击敌人的侧翼并切断补给线；反蚕食是正面坚持，敌后尾击与繁殖游击。在第三阶段，“进入敌后之敌后”，“以武工队的组织形式到敌占区去活动”，把军事斗争和群众斗争紧密结合起来，改变了以往正面大打、硬打的局面，真正实现了在敌后开展群众性游击战争的预想结果。
关于军事工作中的教训.除继续检讨了过分编并地方武装的错误外，他主要讲了百团大战中的问题。他认为作战中轻视了日军的技术一铁路技术和技术装备：“我们把正太路摧毁了以后，以为敌人3个月不能修复，可是它20天就通车了”；“其次就是轻视了它的装甲火车，轻视了它的新式武器”。
因此，表现在战术指导上，较多地采用阵地战甚至是阵地防御战的形式，脱离了八路军当时的条件，招致了不必要的损失。他认为这一个教训是应该记取的。
他还以整风精神严格地解剖了自己在军事工作和军事思想上的偏差。一个是关于“运动游击战”问题。他说：“在我自己认识说来，我是不了解毛主席讲的，基本上应以游击战为主，而不放松有利条件下的运动战这个方针。
我的错误就在于不了解游击战为主，运动战为辅。后来军分会那个小册子①，又把运动战放在前头，游击战放在后头，叫作‘运动游击战’。所以说对于毛主席的思想的了解是不清楚的，说把运动战放在前头就放在前头。……可以说没有从战略眼光来分析问题，而是单纯的从战术上来看事”。尽管他在这个问题上没有造成什么过失，正如他自己一再总结的，抗战以来一贯坚决贯彻执行毛泽东提出的以游击战为主导地位的战略方针，即使是抗战初期处在敌、友、己3方混杂的复杂情况下，他恰当地运用运动战配合国民党正面战场作战，并及时分遣部队，深入敌后繁殖游击战争，又正确地利用统战成果合法地发展抗日力量，迅速创建了晋冀豫根据地。而且在他一系列的战术报告和军事沦文中，已经充分论述过游击战的战略地位，以及游击战与运动战的辩证关系。尽管如此，他并不放过那怕只是认识上的一时偏差，主动暴露出来进行自我批评，这充分说明他对党的忠诚和磊落的人品。
①指1937年10月8日中共中央军委华北分会发出的《对目前华北战争形势与我军任务的指示》。
再一个是关于1932年10月宁都会议上错误的表态。他说：“从我本身上来说，我自己反省我的历史，我自入党那天起，就叫我‘听招呼’。因为我是从旧军队里出来的，我自己晓得，我不是‘既不能令，又不能受命’的这样一种人。……我在党内将近20年了，犯了一次严重的错误，就是宁都会议（四次‘围剿’前中央召集的）。由于我政治上落后，单纯军事观点，从战术上看问题，所以对于当时的中央局的负责同志起了支援作用……这个错误促使我自己反剩”反省的结果，他很快认识到“左”倾教条主义的危害，转而不满和反对李德等的错误指挥，在中央苏区第五次反“围剿”中提出了深入敌人后方打破“围剿”的方针，站到了以毛泽东为代表的正确路线和正确思想的一边。可他并没有因为后来的彻底转变而原谅自己所犯过的错误，这次在庄严的党代表大会上自我揭短，再次作深刻的检讨，真可谓达到了“责己也重以周”的崇高境界。
在中共“七大”上，刘伯承当选为中共中央委员。
这年7月，发生了一件使刘伯承十分痛心的事，他在延安中央保育院里的二女儿华北被坏人暗害致死。面对劝慰他的部属和保育院的工作人员，他坚定地说，同志们，不要太为我难过了。敌人以为暗杀我刘伯承的女儿，我就会五心不定对他们手软，这是痴心妄想！孩子的惨死是有贡献的。它要我们永远不能麻痹，不能忘记阶级斗争，只要敌人不投降，就坚决把他们彻底消灭！他的坚强意志和坚定的革命信念，使在场的人异常感动。
7月上旬，邓小平来到延安。刘伯承跟邓小平一起，研究和部署夺取晋冀鲁豫区抗战的全面胜利，以及开展抗战胜利后新的斗争。8月20日，中共中央决定，正式成立晋冀鲁豫军区，由刘伯承任司令员，邓小平任政治委员，滕代远、王宏坤任副司令员，薄一波任副政治委员，张际春任副政治委员兼政治部主任，李达任参谋长。下辖太行、太岳、冀南、冀鲁豫4个军区。这样，以太行根据地为开端的晋冀鲁豫解放区终于正式形成，地域北起正太路与德石路，南至黄河.西迄同蒲路，东抵津浦路，面积达18万多平方公里，拥有人口2400余万，军队近30万，民兵40余万，成为全国7大抗日根据地之一。依托着这块强大的根据地，刘伯承与邓小平挥师投入了伟大的人民解放战争。
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