但是，随着国民党三中全会的召开和北伐战争向长江下游发展，蒋介石的反革命活动也愈来愈猖獗。三中全会三月七日开预备会议，九日蒋介石就指使其爪牙惨杀了赣州总工会委员长、共产党员陈赞贤。十二日，蒋在江西省党部与ＡＢ团联合举行的总理逝世二周年纪念会上，又公开提出我们“就是拥护江西省党部，反对江西省党部的应打倒”。十五、十六两日，他又指使段锡朋等封闭了南昌《贯彻日报》，解散由共产党人和国民党左派主持的南昌市党部。因自武汉跑回的李烈钧向蒋报告了三中全会的情况，请他“速作移节之计”，十七日，蒋从南昌到了九江，又命令其爪牙，纠集流氓地痞，捣毁了九江的国民党市党部、总工会和农民协会，查封了《国民新闻》，打死打伤多人，逮捕数十人。二十日蒋介石抵达安庆（当时安徽省会），二十三日，又指使流氓地痞捣毁设在安庆的国民党省、市党部，和省总工会及江右军政治部，打伤六人。
蒋介石这些反革命活动，大得帝国主义的喝采。为了促使蒋介石公开叛变革命，三月二十四日，英、美、日等帝国主义炮轰南京，打死打伤中国军队和居民二千多人。蒋介石对于帝国主义的暴行不但不予揭露，反而卑躬屈膝地向它们表示歉意，污蔑“南京事件”是共产党人林祖涵、李富春欲使列强干涉中国革命，故意煽动少数士兵及暴徒肆行抢劫造成的。
对于蒋介石这些摧残革命运动、反对中共、侮辱国民党中央、勾结帝国主义的反革命活动，林伯渠非常愤慨。在武汉政治委员会讨论蒋介石在南昌、九江的反革命活动时，他坚决主张改组江西省党部，惩办凶手，开除段锡朋党籍，恢复南昌、九江国民党市党部和其他群众团体。当时，吴玉章也坚决主张对蒋介石的反革命活动加以制裁。由于林、吴等人的努力，三月二十六日，武汉国民党中央执行委员会作出决议，否认段锡朋、程天放、周利生、王锡礼等江西省党部执行委员的资格。决定改组江西省党部，派刘一峰、方志敏、邓鹤鸣、王枕心、李松风、黄实、傅惠忠、李尚庸八人（一半以上是中共党员）为江西省党部改组委员，并决定在正式党部成立之前，由改组委员代行省党部职权，筹设正式省党部。三月二十八日，林伯渠赴南京途经九江时，通过朱培德、唐蟒（原六军参谋长，时任九江卫戍司令）等人，进一步了解了江西情况之后，二十九日又致电武汉国民党中央，建议改组江西省政府。根据林伯渠的来电，三十日，武汉国民党中央作出改组江西省政府的决议，免掉李烈钧江西省主席职务，任命朱培德为主席，黄实、王钧、刘棻、张国焘、刘一峰等十一人为政府委员。
武汉国民党中央的决议，对江西革命群众和国民党左派是个很大的支持。免除李烈钧职务的决议四月二日到达南昌后，朱德、郭沫若、傅惠忠等，当日就发动南昌学生、工人占领了江西省党部和省政府，逮捕段锡朋、程天放、洪轨等十余人，迫使李烈钧等逃往上饶。因有了“四·二运动”和朱培德任江西省长，朱德才得以出任南昌市公安局长。此事不仅对当时而且对后来发动八一起义也有着重要意义。
在反对蒋介石阴谋叛变的斗争中，林伯渠直接参与了武汉方面打算逮捕蒋介石的谋划，并亲往南京与程潜进行接洽。由于蒋介石的反革命活动愈来愈猖獗，亟欲取武汉国民党中央和国民政府而代之。一九二七年三月下旬，武汉国民党中央军事委员会便制定了一个俟机逮捕蒋介石的计划。关于此事，张国焘在《我的回忆》中曾这样写道：
三中全会结束后的一两天，林祖涵告诉我，国民政府已有一个俟机逮捕蒋介石的秘密命令，交给程潜执行。
他向我说明连日少数要人集议的结果，决定责成二、六两军控制南京地区，不使蒋氏在南京另建中心的阴谋得逞。如蒋氏违抗，江右军总指挥程潜便可根据国民政府的密令，将蒋氏逮捕起来。
林祖涵还说到这个重要措施，似是鲍罗廷所授意。为各主要人物所一致同意的。①
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①张国焘：《我的回忆》第2册，第192页。
三月二十五日，程潜来电报告江右军已经占领南京，二十六日早六时，林伯渠便带密令赶往南京。因为事关重大，行前他还“访各友谈事”，邓演达、顾孟余、张发奎亦赶至林的寓所送行。
林伯渠这次赴宁，公开的名义是代表国民党军事委员会慰问前线将士。同行的，还有许甦魂、唐生明及随员多人。郭沫若本来也是慰问代表之一，因有事羁留南昌，未能同行。林伯渠对蒋的倒行逆施早就义愤填膺，这次肩此重任赴宁，其兴奋心情当然是可想而知的。但实际上，这时已经根本不可能实现这一密令了。
第一，“此项密令系武汉国民政府主席谭延闿亲笔写在绸料上，交由第六军党代表林伯渠缝在衣缝内”，带到南京转交给程潜的。①但是，就在武汉决定逮捕蒋介石的当天，谭延闿却要陈果夫给蒋带口信，表示一定要追随蒋，同蒋进行暗中勾结。后来，陈果夫在《十五年至十七年间从事党务工作的回忆》中即说到此事。他说：
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①《湖南文史资料选辑》第2集，湖南人民出版社1981年版，第32页。
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