粤桂军出师援湘后，湘南战局陷于胶着状态。这时直系军阀代总统冯国璋和江苏督军李纯等，在英美帝国主义的策动下，因主张和平解决南方战事，而与受日本帝国主义扶掖的皖系军阀国务总理段祺瑞矛盾日深。在湘南前线作战的北军王汝贤、范国璋本属直系，见战局失利，不愿为傅良佐火中取栗，将所率部队从前线撤至株洲，企图借居间调停与南军和好，取傅良佐湘督而代之。因此，王、范于十一月十四日通电停战，声称“自零陵发生事变，力主和平解决，……此次湘南自主，以护法为名，否认内阁。但现内阁虽非依法成立，实为事实上临时不得已之办法。即有不合，亦未始无磋商之余地。……自应双方停战”①。
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①《湖南省志》第1卷，湖南人民出版社1959年第1版，第365页。
通电发出后，吓得傅良佐汗流浃背，连夜与省长周肇祥等新任官员，由长沙逃往岳阳，而由王汝贤代行督军职务。当北军后撤时，起义军乘势进攻，北军溃不成军，不过几天，王汝贤、范国璋只好继傅良佐之后，亦逃往岳阳。国务总理段祺瑞也因此而再次被迫下台。
十一月二十日，程潜率起义军进入长沙。湖南省议会、商会、教育会等召开各界代表会议，推举谭浩明为湖南省督军，程潜为省长，林伯渠为省署财政厅长，易象为政务厅长。时谭浩明仍逗留衡阳，不愿就职。不到一月，程潜即被桂系及谭延闿派排挤，辞去省长职务，专任湖南护法军总司令，出驻湘阴新市。十二月中旬，谭浩明来到长沙，以联军总司令名义兼摄军、民两政，决定不再设督军、省长，改行三厅制（军务、民政、财政），以桂系参谋长陈继祖为军务厅长，前国民党湖南支部长、亲桂系的刘岳峙为民政厅长，林伯渠仍任财政厅长。林伯渠在谭延闿督湘时，曾筹画全省财务，湘南起义之初，又协助湘南政务处长林支宇筹措军费，由商会发行一元、五元、十元货币，暂不兑换，军民一律通行，不得低折；通令部队保护商贾正常贸易，不准随意扣留非关军事物资。这些措施，得到商民的拥护，保障了市场的稳定和战争的供给。谭浩明原先想委任林支宇为财政厅长，借此分化湖南革命势力，因林支宇坚不接受，才留任林伯渠为财政厅长，林伯渠为顾全西南护法大局，终于勉为其难。
这时，湖南形势复杂，财政十分支绌。除岳阳以北的湘鄂边境，仍为数万北军占据外，南军又有湘南护法军、桂军、粤军以及湘西等地各种杂牌军之分，总数不下五万余人。虽号称联军，实则各自为政，除林修梅旅等少数护法部队纪律较好外，其余大部均自行就地收捐截税，强提银行、厘局存款，甚或勒索商民，打家劫舍。北军所过的战区，更是奸淫烧杀，十室九空，尸横道路，臭气熏腾，有些村镇不见人烟。在这种战争环境下，筹办财政，自然十分艰难。林伯渠在初任财政厅长时，曾写过一份呈文给省长程潜，充分反映了当时的困难情况。文中说：
缘军兴以来，人心惶恐，厘金则税源枯涩，田赋及各项杂税，商民亦观望不前；且各路军饷，往往随地取求，其间假借名义，勒索款项者，遂所不免，甚至地方痞徒，乘机肆抢，正供所入，损失弥多。近如益阳、安化、宁乡、石门、桃源等县知事公署，及益阳三汊矶、靖港、靳江河、塱、南华、澧、安各厘金征收局，并湖南银行之常德、益阳、安化等处分行支店，或被勒提，或遭劫掠，损失公款，警报纷来，其中由军队迳赴县局提用者有之，由县局已解银行支店或起解在途被兵提去者亦有之。似此情形，各县局即能多所征收，亦无补公家之毫末。如分行支店受此打击，多至不能营业，金融停滞，更觉险象环生。况查各县局相距银行支店较远之处，征存赋税，因道途不靖，未能起解者，尚复不少。加以各水警署向泊各厘局护卡巡船，近亦因故，纷离汛局，款尤旦夕可危。坐此各种原因，以至总行实收之款，日益寥寥，应付奇难，几等无源之水①。
林伯渠同情劳动人民，关心百姓疾苦，生活朴素，廉洁奉公。他的女儿后来回忆说：“听母亲提到父亲当财政厅长，就是给她买过一匹省青布，此外什么也没有。”送礼物来的客人准会倒霉，总是受到她父亲训斥一通，然后要听差抱着礼物随客人一起送回去。
在桂系谭浩明的干预下，财政厅长更不好做。当时报纸曾有这样的记载：“林君目睹湘省财政如沧海横流，沛然莫能御，光洋每元竟涨至五千左右，汉汇汉银一千两需湘纸一万一千两，现货来源断绝，货币愈发愈多，以至百货腾贵，农泣于野，商呼于市，补救乏术，坐视不忍，诚难乎其财政厅长矣，故亦提出辞职书，联帅亦予慰留。”②
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①《湖南大公报》，1917年12月7日第7版。
②上海《民国日报》，1918年1月16日第6版。
一九一七年底，湖南战场南北两军虽然暂时停止了战斗，但却没有达成协议。一九一八年初，皖系军阀张敬尧通电主战；军政府孙中山和湘军将领也力主进兵，把北军逐出湖南省境。一月二十七日，湖南护法军攻克岳阳名城。北军在撤退时，纵火烧城，死伤居民二、三千人，大部分店铺民房化为灰烬。
这期间，段祺瑞已向日本借得巨额款项，直系也不甘心于他们的部下王汝贤、范国璋在湘被逐，直皖两系再度合伙，段祺瑞复任国务总理，部署四路兵马，大举进攻湖南。一路由曹锟率领吴佩孚的第三师等居中统筹；一路由张敬尧所部第七师进攻岳阳；一路由张怀芝率领杂牌军从江西侧攻湘东；一路由吴光新率领卢金山师和冯玉祥旅由沙市进袭湘西。四路北军号称四十余万人，而湘、桂、粤联军合计不过五万余人，众寡悬殊，势难抵敌。三月间，岳阳、长沙相继为北军占领。程潜、林修梅等退守衡阳，力图固守衡州，挡住北军精锐吴佩孚部队的进攻，而以赵恒惕、刘建藩部从右翼袭击北军的薄弱环节张怀芝部。
三月二十五日清晨，林伯渠随同联军总司令谭浩明、军务、民政厅长等乘船撤离长沙，经湘潭抵衡阳。在衡阳，他和民政处长林支宇、衡阳道尹陈焕南、前政务厅长易象，国会议员王恒等一道为部队筹措粮饷，策划守城工作。王恒是江西人，久羡衡州名胜和南岳山水，几次邀约林伯渠同游，终因军务倥偬，未能成行。四月二十一日，吴佩孚兵临衡阳城下，林伯渠等又撤往耒阳、郴州。
正当衡阳失守的时候，刘建藩部在攸县向张怀芝部发动攻势，连克攸县、醴陵、株州，前锋直薄易家湾，离长沙仅数十里。北军望风披靡，长沙旦夕可下。五月一日，刘建藩夜雨抢渡白石港，不幸落水身亡。起义军遽然失去大将，一时军心混乱，遂转胜为败。北军复陷株州、醴陵。醴陵经北军轮番烧掠，疮痍遍地，血肉成丘，湖南善后协会一九一九年编纂的《湘灾纪略》称：全县战事结束后“仅遗二十八人”，虽或言过其实，但也可见兵灾之惨重。
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