日本人这一次长脸了，最终于1905年6月逼得俄国人没法，在美国人的调停下，在美国议和，于9月5日，签订《朴次茅斯条约》，俄国人输了，但输掉的却不是他自己兜里的东西，无非是把大清帝国的满洲倒了道手，赌输了，就让给日本去吧！12月，日本人又强迫清政府订立《中日会议东三省事宜》，承认日本人赢到的筹码——满洲三省的利益。
一直注视着战争进程的辜鸿铭也没有闲着，谈判之余，辜鸿铭一方面潜心于向世界各国介绍中国文化，同时拣起笔对日俄战争大抒己见。在日本横滨的《日本邮报》上发表了一系列文章。在1904年10月发表的第一篇文章中，即于开首表明自己的看法：……使得现代半开化、半教育的欧洲人坚持来到中国和日本，那些崇拜暴力及其更露骨的形式——金钱——的欧洲人，他们心底说的是我不信神，政治的世界没有义理，对道德律不顾不惧。——为了使那些现代欧洲人（如果他们非来中国、日本不可的话）以道德律所要求的所有顾虑和尊重来对待日本和所有他们称之为亚洲的人，遵照人之为人的内在道德品质，而非依据他们面孔和皮肤的颜色——。
辜鸿铭与鲁迅看到的不同，他看到的是肤色、种族、文化，他心灵深处隐藏着羞辱。早年在爱丁堡时，以唯一的亚洲人的身份，成了仅有的种族歧视的对象。现在在日俄战争之中，不能不激起他对肤色、种族、文化的敏感。他对那些半开化的欧洲人，特别是那些坚持到中国和日本的通商口岸来的欧洲人，更是他狠狠痛击的对象。这些人不了解伟大的东方文化，自视过高，看不起东方文化，尽是些道德败坏的低劣的欧洲人。日俄战争结束后，1906 年初，辜鸿铭在《日本邮报》上发表了题为《当今，帝王们，请深思！论俄日战争道义上的原因》，对此次战争作一反思，特别强调道德问题。
日俄战争对辜鸿铭来说，重要的不是大清的无能，也不是国人的麻木。而是在西方人对亚洲种族主义的侮慢后，成了赢得欧洲人对亚洲文明尊重的圣战。尤为重要的是，在这个日益以欧洲人强权为中心的世界上，辜鸿铭在日本人的胜利中，为自己的自信自尊找到一个寄托，中国文化是有希望的。远不是那么令人沮丧的，因为日本是“真正、原出的中国文明——真正儒家文明”的守护者。
不仅是辜鸿铭，此时所有的亚洲民族主义者几乎都有类似的看法。泰戈尔在纪念日本战胜帝俄时，作了一首赞颂日本胜利的日本体诗，引起了当时印度文化大学所在地学生的胜利游行。在他们眼里，日本的胜利为黄皮肤、为亚洲赢得了自尊自信，欧洲人不再是主宰世界的唯一强者。
多年以后，辜鸿铭还记得起义和团运动留在他心中的伤疤“（义和团）对外国人的反抗……是因为他们看不起我们。”
同时，辜鸿铭还在《日本邮报》上连载他译成英文的《中庸》，1906 年印成单行本，在斥责西方的同时，向他们宣扬中国的真理，连同1898 年出版的英译《论语》，辜鸿铭表达了他要向西方人介绍的中国文化：孔子在世界上是独一无二的，他建立了一个不是宗教的宗教，儒家是纯粹的道德体系，不是崇拜上帝或诸神的宗教，与西方的宗教近似，也与西方的法律近似，但它是道德的律令而非法律。儒家强调义利之分，此乃中国文化之核心与根本原则。而欧洲人不过是现代的自动机械的怪物，既无道德责任。亦无道德权利，是一群庸俗、粗陋、物质、机械的……以及其他二分概念中不利的东西。
但是辜鸿铭并非在抹杀西方文化，他强调的是中国文化同西方真正的文化——如阿诺德、卡莱尔——是同等的，他是在为中国文化争地位，在他的心中最美好的是东西方文化的融合。
另外，从1901—1905 年辜鸿铭分五次发表了一百七十二则《中国札记》，反复强调清帝国与西方列强的冲突乃是西洋现代文明对伟大的东方文明的打击，东方文明真正体现了自由、平等、博爱。同真正的西方文化一样。具有不可否认的价值。同时还将《大学》译成英文，本打算与《中甫》合为一册出版，但觉得《大学》译文还不理想而放弃。
1905年9月27日，经清政府派员与各国磋商，签订《改订修治黄浦河道条款》，对《辛丑和约》中关于浚治黄浦江的条款作了些修订，主要是强调主权问题。大致内容是：
一、所有改善及保全黄浦河道并吴淞内外沙滩各工统由江海关道暨税务司管理。其黄浦江面之巡捕及卫生、检疫、灯塔、浮标、引水等事，仍照旧章办理。
二、此项议定章程画押后三个月内，中国自行选择热悉河工之工程师，经辛丑公约画押之各国使臣大半以为合式，中国即可派委其承办工程。
……
九、河工全费，中国国家一律承出，并不向沿江各地及来往船货征收税捐。……
十二、此条议定画押后，即将辛丑和约第十一款之第二及附件第十七暂停施行，惟中国如不照此新章每年筹拨足用之款，以致有误工程需要，或有遗漏不照本章他项要端，则辛丑和约条款及附件十七即复施行。
据此，清政府正式收回浚治黄浦江的主权，而早在1905年初，浚浦工程局就已在九江路东口洋房租地挂牌，取代1879年巡道刘瑞芬设立的水利局。按照辛丑和约，由中国与各国干涉者各半出资，定期二十年，年支银四十六万两，请荷兰河工工程师奈格办理修浚工程。
收回主权后，上海道即聘请辜鸿铭为督办，继续聘请奈格为工程师，浚浦工程局隶属于上海巡道与税务司，奈格认为此工程在四年内即可完工，费用九百二十万两白银亦应在四年之内付清。
辜鸿铭来到地处九江路东口洋房的浚浦工程局，首先要办的就是掌握年初开办以来的工程局状况，人员和经费状况，了解实情，放手发挥自己的决断权力。因此吩咐下去，让财务主管将这一段时间的帐目清理出来，呈报与他，同时命人将这一段时间的工程计划、进展状况详细报告与他。
吩咐完后，辜鸿铭松弛下来，派人到武昌将爱妾贞子的棺木移来上海，安葬于万国公墓，不时前往祭扫。
财务主管这边将帐目详细清理一遍，不由心中倒吸一口凉气，天呀，开始才不到一年，即有十六万多两银子来无影去无踪，财务主管的额上冒出一层细细的冷汗，以为自己眼花了，忙扶端眼镜，认认真真重新核对了一遍，不错，是少了十六万多两银子，而且恰恰出在两位洋员的身上，非同小可。财务主管当即拿起帐本，急忙忙赶到辜鸿铭的办公室，进门不等辜鸿铭发言，即气喘嘘嘘结结巴巴地说：“不得了，有许多钱找不到踪影！”
随即打开帐簿，一页页指给辜鸿铭详细过目，只见两个洋员的名下，有许多不明不白的款子，总下来，竟有十六万多两白银。
顿时一股怒火直冲辜鸿铭脑门，询问财务主管：“你觉得当如何处置二人？”
“依小人之见，这洋人的事，最好大事化小，小事化了。不好说，不知督办大人有何主意？”
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