毛泽东还与肖劲光在天安门城楼上合影。李作鹏、王宏坤等人在毛泽东那里碰了钉子之后，才稍有收敛。
后来，林彪等人又多次向毛泽东告状，要罢肖劲光的官。毛泽东始终没让步。有一次，毛泽东嫌他们说烦了，干脆讲：“海军司令还是要肖劲光当，肖劲光是终身海军司令。”
因此，林彪一伙多次想打倒肖劲光，又不敢明目张胆地进行，但始终对肖劲光怀恨在心。
后来，肖劲光虽然保留着海军司令员、海军党委第一书记的职务，但无权参与决策。林彪、李作鹏等人对肖劲光搞“一批、二臭、三保”。当然，“保”决不是他们的本意，只是鉴于毛泽东对肖劲光的保护，他们不敢轻举妄动罢了。
在“文革”中，尽管肖劲光天天写检讨而内心十分痛苦，但他对毛泽东依然是忠心耿耿，毛泽东是他一生中最敬重的人。尽管他对“文革”的许多东西不理解，但他从未怀疑过，也从未想过毛泽东会犯错误。他总是虔诚地检讨自己觉悟不高、理解不了。
人们可以把这看成是肖劲光对毛泽东的迷信和崇拜，人们也应该完全可以理解一位将军对他敬爱的领袖的无限忠诚。因为，这些是在长期的革命斗争中形成的，是肖劲光他们这一代人发自内心的拥戴。
粉碎“四人帮”以后，在叶剑英、邓小平、陈云等人的关怀下，全部推倒了林彪、“四人帮”强加在肖劲光身上的一切不实之词。
肖劲光作为中国人民解放军海军司令员依然在这个岗位上发热发光。
1978年12月，肖劲光参加了中共的十一届三中全会，坚决批判了“两个凡是”的错误方针，为党领导拨乱反正，开创改革开放的强国之路贡献了力量。
1979年6月，在五届人大二次会议上，肖劲光当选为人大常委会副委员长。
1980年1月，肖劲光正式告别了他整整战斗了三十年的海军司令员的工作岗位。
中国人民解放军海军第一任司令员退役了。他的光辉业绩永载史册。
从1920年到1980年，肖劲光六十年戎马生涯正好分为前后两个三十年。
前三十年南征北战求解放，后三十年呕心沥血于海军建设。一个花甲岁月的将军阅历，自当为沧海桑田，却又是弹指一挥间……1989年3月29日18时25分，肖劲光将军的心脏停止了跳动。一颗将星陨落了。
中共中央、人大常委会、中央军委在讣告中说：
中国共产党中央委员会、全国人民代表大会常务委员会、中央军事委员会沉痛宣告：
久经考验的忠诚的共产主义战士，国家和军队的优秀领导人，杰出的无产阶级革命家、军事家、我军卓越的军事指挥员，第五届全国人民代表大会常务委员会副委员长，中共中央顾问委员会原常务委员，中国人民解放军原海军司令员肖劲光同志，因病于3月29日18时25分在北京逝世，终年八十六岁。
肖劲光同志是湖南长沙市人，1920年加入社会主义青年团，1921年赴苏联莫斯科东方劳动者共产主义大学学习，1922年转入中国共产党。1924年回国后，历任国民革命军第二军第六师党代表，中央苏区红军学校校长，工农红军第五军团政治委员，建黎泰警备区司令员兼红十一军政治委员，闽赣军区司令员兼红七军团政治委员，红三军团参谋长，陕甘宁省军事部部长、中央革命军事委员会参谋长、八路军后方留守处主任、留守兵团司令员、陕甘宁晋绥联防军副司令员、东北民主联军副司令员兼参谋长、南满军区司令员、第四野战军第十二兵团司令员兼政治委员、湖南军区司令员、海军司令员、国防部副部长。1955年被授予大将军衔。他是中国共产党第七届中央委员会候补委员，第八届至第十一届中央委员。曾任第五届全国人民代表大会常务委员会副委员长，中央顾问委员会常务委员，中央军事委员会委员。肖劲光同志为中国人民的革命和建设事业贡献了毕生的精力，他的逝世是我党我军的重大损失。
肖劲光同志永垂不朽！
＊ ＊ ＊
将星陨落，海内同悲；大将风范，薄海共钦；戎马业绩，千秋彪炳。
肖劲光将军逝世后，全国各地纷纷发来唁电、唁函，打电话表示深切哀悼。在他们中有党和国家领导人和德高望重的老一辈无产阶级革命家，也有朝气蓬勃的青少年学生，有将军生前南征北战的战友，也有在将军领导下长期戍守在祖国万里海疆的水兵……
肖劲光将军永远活在人民心中！
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