在学习中，联防军政治部还要求各级组织与政治机关抽调干部，深入连队，调查研究，帮助指导工作。谭政又组织了各团政治处的干部相互检查、交流、取长补短，促进了联军政治工作的开展，对提高联军政治素质、克服各种错误倾向，加强军政关系、军民关系都有很重要的意义。
1942年春，中国共产党在全党范围内开展了一次整风运动。中心任务是反对主观主义以整顿学风、反对宗派主义以整顿党风、反对党八股以整顿文风。党的高级干部集中在延安，学习毛泽东、刘少奇等领导同志为整风而作的文件、文章，对照自己的实践，找出思想上和实践上的缺点与问题，开展批评与自我批评，以达到统一思想、统一认识、提高水平、加强团结的目的。
1942年12月的一天，延安凤凰山麓，陕甘宁边区参议会大礼堂。
冬天的陕北，寒风刺骨，凤凰山上银装素裹。参议会的礼堂，也披上了银色的服装。礼堂内，中共中央西北局高干会议，正紧张而热烈地进行。中央军委总政治部副主任、联防军政治部主任谭政正在作关于克服军阀主义倾向的报告。谭政沉稳、有理有据，有分析、铿锵有力的报告，震撼了整个礼堂，激动着每个与会者的心扉。台下有西北局党政机关县团级以上干部二百六十六人，在中央党校学习的高干二百零九人。会议就整党、整军、整政、整财、整党政军民关系进行了热烈的讨论。谭政从留守兵团的政治工作实际情况出发，分析与检讨了兵团的政治工作。
自1942年谭政接手留守兵团即联防军政治工作以来，他就敏锐地觉察到，留守兵团即后来的联防军中的军阀主义、分裂主义、山头主义等各种非无产阶级思想残余还相当严重，特别是由此而造成的边区中紧张的军政关系、军民关系等不良倾向，深深地困惑着专做军队政治工作的谭政的头脑。问题迭起，迫在眉睫。在军政关系上，留守兵团与地方政府的关系主流基本是融洽的，但留守兵团出现了不尊重陕甘宁边区地方政府的现象，对西北局的领导，留守兵团的领导未能经常向他们汇报、请示工作，有关领导间关系紧张，不团结，部队中也存在一些不尊重地方政府，和地方政府闹纠纷的事情。
对此，毛泽东曾多次指示留守兵团有关领导，要尊重西北局，尊重地方政府，搞好军政关系。他指出：“军政关系出了问题，军队首先要做检查。军队和地方闹矛盾，军队首先做自我批评，事情就比较好办了。这要作为一个原则定下来。”毛泽东还对留守兵团司令肖劲光说：“要尊重西北局领导，连我们中央的事都要通过一下西北局，你留守兵团决定的事怎么能不通过一下西北局呢？部队在哪里住，也就应当尊重哪里的地方政府。”
在军民关系上，从总体上看，抗日战争时期八路军留守兵团与陕甘宁边区政府和广大人民群众结成了革命的战斗的友谊，关系是很密切的。但在抗战初期，在边区困难日益加重的情况下，由于部队中军阀主义等非无产阶级思想的作怪，军民之间也出现了一些矛盾和纠纷。因为生产，去定边运盐，部队是公家骡马运的，费用少；老百姓是自己的骡马运的，费用多；开骡马大店，部队的人吃公家饭，老百姓吃自己的饭，因此部队的店收费少，老百姓的店收费多，造成了与民争利现象等等。为了占荒山，部队也与老百姓发生纠葛。
有少数人不能正确对待，相互埋怨。军队中违犯群众纪律的事情也增多了。
如女子大学的一个女生在石坎下洗衣服，留守兵团的一个战士踢了一块石头，打了她的头，双方争执起来，造成了不好的影响。驻在延长的三五九旅的两个连排长因做生意与县大队发生了冲突，开了枪，闹出了很大的风波。
同时，部队中还出现了因恋爱纠纷枪杀女学生的“黄克功（抗大队长）事件”等等。对于这些问题，部队袒护自己，处理不利，造成恶性循环。同时，国民党顽固派千方百计利用这些矛盾，制造谣言，扩大冲突，搞阴谋事件，来破坏我留守兵团、人民军队与人民群众的鱼水关系。同时，部队内部官兵关系也出现了一些问题。对于这些问题，谭政听在耳里，看在眼里，急在心里。
多少天来，谭政饭吃不下，觉睡不好。见此情景，夫人王长德十分焦急，她曾劝说谭政：“你可不能太性急呀！问题的出现是有原因的，原因又是多方面的，你需要慢慢仔细地调查分析才能解决，可熬垮了身体就什么也不能解决！”
谭政回答道：“这道理我明白，可照此下去，不立即解决问题，改善军政、军民关系，这还了得！”
王长德有些激动地用川北方言说道：“那你也不能眉毛胡子一把抓，一口吃个胖子啊！”
夫人的这句话突然提醒了他，他猛然醒悟过来：不能就事论事，陷入抓鸡毛蒜皮具体事务的被动局面中去，应该从抓克服军阀主义等非无产阶级思想入手，抓病根，驱百病。他想起了毛泽东不久前给他与莫文骅关于部队要学习古田会议决议的指示信。他顿时领悟了毛泽东的良苦用意，他暗自佩服毛泽东的英明。这样，谭政决心从解决军政、军民关系入手，以古田会议决议精神为指针，从清除、克服军阀主义等非无产阶级思想为突破口，借“五整”的东风，开始了他政治治军的活动。才有今天在礼堂演讲席上的这篇报告。
这个报告，博得与会者的热烈欢迎，也受到了毛泽东的高度重视，认为谭政的讲话内容实在、诚恳，找出了原因，提出了措施，能解决问题。
1942年12月，延安杨家岭，中央军委总政治部。
虽然西北局高干会议紧张进行，距高干会议十华里的军委总政办公室，也是格外忙碌。谭政在制定《关于整顿政治工作中的三风不正给各级政治机关的指示》。《指示》认为：军队中的三风主流是好的，这是必须要肯定的，但决不能因此自满自足，认为尽善尽美。三风不正在各方面都有具体表现，如军政关系，军民关系存在的问题等等。谭政要求全军各级政治机关拿起批评与自我批评的武器，进行认真的检查，从思想上、政治上、组织上切实整顿我们的军队、提高干部的政治索质和战斗力。各部队要密切联系实际学好文件，找出自己存在的问题，认真加以改正。
这一期间，谭政虽然直接抓了留守兵团即联防军的政治工作，但军委总政治部副主任的工作并未免去。实际上，军委总政治部的工作还是由他主抓。这点面结合、一身多职的政治工作，使他的工作经验更为丰富。为了配合全党全军的整风工作，以谭政为主的军委总政治部在此期间，针对全军的情况，发出了一系列指示。
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