太南区，地处太行山南部，跨山西、河南两省，共辖十七个县，晋东南六个，豫北十一个，全区人口达三百万之多。
遵照上级有关建立巩固的抗日根据地的指示，黄克诚全面分析了太南区的情况后，认为晋东南一带局面已经打开，豫北则开辟得较晚一些，国民党仍在那里活动频繁，并且历史上豫北土匪、联庄会、会道门较多。虽然抗战以来，许多士匪、联庄会改编为抗日部队，但对他们的改造、巩固决不能有丝毫的忽视。
因此，他同太南特委同志商议后，确定了巩固晋东南、加强豫北的工作方针，并在全区展开。
黄克诚不仅关注太南区革命形势的发展，还注重立足全局考虑问题。
经过三四四旅干部战士的艰苦努力，三四四旅不仅巩固、发展了抗日根据地，而且扩大了自己的队伍，组建了很多地方武装，三四四旅活动区域日益扩大。
黄克诚经过慎重思考，向总部建议，将三四四旅分成两部分开展活动，他和杨得志，一人留守旅部，一人过平汉路向东开辟新区。
总部采纳了黄克诚的建议，回电要黄克诚留守旅部，杨得志率一部过平汉路东。
1939年初，杨得志遂带领一部分干部和部队来到冀鲁豫交界地区，组建冀鲁豫支队，在那里开展敌后游击战争。杨得志率一部离开太南区后，黄克诚肩挑军政重担，将各团分散，展开活动。
过了一段时间，黄克诚发觉部队由于分散活动，队伍都有扩大，因而山头主义倾向有所抬头，甚至有点不大听指挥了。于是，黄克诚凭着政工干部特有的敏锐感与责任感，果断将所有部队集中到太行山区进行整训。
他把各团主要干部都召集来，召开党委扩大会议，批判山头主义，加强党的领导。
起初，党委扩大会议召开时，有些干部不来参加会议。黄克诚本着高度负责的精神，无论来人齐与不齐，每次都按时开会，该怎么讲就怎么讲，该批评就批评，不讲情面，他相信那些没来开会的同志总会听得到。
有时，个别干部不服气，黄克诚就耐心讲道理，做说服工作。
朱德总司令也经常来参加会议，一再要求大家克服山头主义的不良倾向。
连续十几天，黄克诚几乎累垮了，以至于会议结束之后很长时间，他还没有从疲劳中恢复过来。
黄克诚扎实而细致的工作，终于取得了一定成效，这使得他倍感欣慰。
1939年12月，三四四旅配合一二九师，对日军进行的冀鲁豫、晋冀豫等抗日根据地大“扫荡”予以坚决反击，取得了辉煌战果。
正当我抗日军民深入敌后开展游击战争，八路军奋勇杀敌，力量日益发展壮大之时，1939年底，国民党顽固派开始了消极抗日、积极反共的活动，接连制造反共磨擦事件。1940年初，国民党反共磨擦活动达到高峰。
正在太南区活动的黄克诚得知彭德怀来到晋东南，十分高兴，急忙打电报询问是否派部队接他。
彭德怀回电，不用派部队专门迎接，他只带了少数几个警卫和电台，走山路，进入太南区。
黄克诚闻讯，立即赶往平顺迎接。
黄克诚知道，近一个时期以来，国民党不断进犯抗日根据地，制造反共磨擦。他生怕彭德怀有所闪失，因而亲自去迎接。这时，蒋介石正调集十几万军队进犯太行、太岳、冀南、冀鲁豫等抗日根据地。
军情紧急，两人相见，还来不及叙旧，黄克诚就向彭德怀汇报了国民党军队向三四四旅及太南区“磨擦”进攻的情况，他还告诉彭德怀，国民党顽军石友三、朱怀冰等部反共最为卖力，妄图袭击八路军总部。
两人边走边谈，不知不觉来到了三四四旅旅部。
刚到旅部，彭德怀反“磨擦”方案已经成竹在胸，部署所部七个旅准备反“磨擦”战役，调动部队先打朱怀冰部。
坚定果断，说干就干，彭老总还是这种脾气，黄克诚心想。不过，国民党军队已经与八路军建立了统战关系，这个仗有必要打，又是个大仗，非同小可，应该慎重从事。
想到这里，黄克诚对彭德怀说道：“老总，这么大的事，你不先请示延安就动手，怎么能呢？”
彭德怀看了黄克诚一眼，半晌无语，若有所思。对于这位耿直敢于直言的老部下，彭德怀还是很赏识与敬佩的。黄克诚一心为党，一心为公，从不轻易苟同，放弃自己的正确立场，甚至面临个人危难，也不畏惧。黄克诚的建议让彭德怀陷入沉思。
“让我再考虑考虑。”彭德怀向黄克诚说。
不一会儿，彭德怀打定了主意：“克诚，时间紧迫，请示中央已经来不及了。先打再说。”
于是，彭德怀一面报告延安，一面指挥调动部队迎击磨擦进犯之敌。
反磨擦战役很快打了起来。
黄克诚率三四四旅在林县回击迸犯的国民党军队，一举活捉了国民党河北省主席鹿钟麟。
为了不与国民党闹僵，尽可能保持统战关系，黄克诚下令放了鹿钟麟回去。
这样，第一次反共高潮很快被击退了。
平顺县西沟村，八路军第二纵队机关驻地。
第二纵队司令员左权、政委黄克诚运筹帷幄，指挥太南、豫北的八路军进行反顽战斗。
不久前，三四四旅奉命扩编为八路军第二纵队，统一指挥活动于太南地区的三四四旅、晋豫支队、独立游击队、山西青年抗敌决死第三纵队、河北民军第四团、冀鲁豫支队等。
本来，八路军总部有意任命黄克诚为纵队司令员兼政委，但是，黄克诚本着对党高度负责的精神，认为自己体质弱，又是高度近视，自身条件作为一个军事指挥员是不方便的；同时，黄克诚认为，自己性格偏于谨慎，在选择战机时，对可能造成较大牺牲的作战行动，有时不够果断，这对于一名高级军事指挥员指挥大兵团作战，是十分不利的。基于以上考虑，黄克诚向总部提出请求：另行考虑纵队司令员人选，我只适宜政委一职。
于是，总部任命八路军副总参谋长左权兼任第二纵队司令员。
第二纵队刚刚组建起来，国民党集中陈诚的第十四军、范汉杰的二十七军、庞炳勋的四十军、孙殿英的新五军等部进逼八路军二纵队周围。
左权统一指挥一二九师和二纵队，准备痛击顽军，挫败国民党军队的军事进攻。
顽军此次吸取了朱怀冰等部被歼的教训，采用修筑堡垒，小心翼翼，渐次推进的战术，集结兵力，向八路军逼进。
黄克诚分析了敌情后，认为敌人采用的战术不利于我军相机吃掉一部，而且敌军兵力庞大，我军与之对抗十多天，并未抓住合适战机，这样持久对抗下去，于我军甚为不利，不能与敌展开决战态势。
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