但是，他的这一建议并未被采纳，他只好服从命令，率部投入攻打赣州城的战斗。
遵照军团首长的命令，黄克诚在抓紧进行政治动员的同时，和师长侯中英一起进行了战斗编组，组成了爆彼队、冲锋队、政治侦察队。
爆破队由二十名战士组成，担负挖坑道，选爆点，安装炸药、爆破城墙的任务。
冲锋队由七十名作的勇敢、身强力壮的战士组成，全副武装，在爆破成功后，他们负责突击入城。
政治侦察队虽然人员少，只有十二人，但任务艰巨，他们随突击队人城后，将负责侦破敌人的反动团体和特务组织，确保入城后指挥机关和部队的安全。
一切布置就绪，攻城战斗开始了。
爆破队冒着敌人的密集炮火，在狭窄的作业面上，三人一组轮番昼夜操作，一口气将坑道挖到了赣州城下。
2月中旬，红三军团组织红七军和红二师先后实施爆破攻城。红七军一度炸开了东门月城的城门洞，但敌人火力封锁严密，两支主攻部队均突击受挫。
这时，苏区中央局和红军总政治部发出了《关于赣州工作给三军团政治部的指示信》，力促三军团抓紧攻城。
2月23日，红三军团发动了第一次总攻。
上午九时许，主攻南门的红二师组织突击队，由第五团团长叶长庚指挥，预先埋伏在城墙下，准备伺机出击。
爆破队点燃了埋好的炸药，只听“轰然”一声巨响，气浪将砖石泥土掀起足有一百米高。但是，意外变故发生了：城墙猛然向外倒塌了，二百多人的突击队被压在了城墙下，全部遇难！
城墙被炸开了一道口子，然而红军一时派不出队伍。等到重新组织后续部队攻城时，敌人已经作了兵力调整，突破口处加强了守备力量，因而红军战机已失，进攻受挫。主攻东门的红七军，一度爆破成功，突入城门，攻上了城楼，与敌人展开激烈争夺战。但在敌人的疯狂反扑下，激战四小时，红军大部壮烈牺牲，被迫撤回阵地。
黄克诚所率领的红一师也是曾经炸塌了西门月城的城墙，突入城内，与敌激战一小时后，在敌人的强大火力面前，无功而返。
总攻受挫当晚，彭德怀立即致电中央革命军事委员会：攻城希望很小。
攻城接连受挫，黄克诚再次向军团首长提出了撤围赣州的建议，指出屯兵坚城之下，不宜再度围攻，否则伤亡会越来越大，但他的建议未获批准。
这时，为缓解赣州之围，蒋介石命令陈诚率其精锐第十一师、十四师约两万人增援赣州。
赣州守敌也连夜备战，在东门突破口处将城内整条铁匠街拆毁，强迫城内居民用沙包修筑起第二道街垒。
正在组织攻城作战的黄克诚接到消息：增援之敌罗卓英第十一师已经占领赣州西南的杨梅渡、南桥，准备在赣州城北门外架设浮桥，进入城内。军团首长命令红一师派兵阻击。北城门外，一场渡江与反渡江的战斗打响了。
红一师为阻止敌人架设浮桥，集中火力以吸引敌军注意力，同时，派出“炸桥队”，用“火般”去焚烧敌人的浮桥和渡船。炸桥队员们驾驶小木船直冲敌阵，临近敌人浮桥、渡船时，队员们迅速点燃小木船，纵身跳迸江水，小木船乘势冲向敌阵敌人的火力太强大了，炸桥队员们往往来不及点燃小船，就纷纷中弹，跌落水中，鲜血染红了江水。
即使“火船”漂过来，敌人也会划开渡船，让过去。因而，红一师阻击井未成功，增援之敌仍然顺利渡江，潜入赣州城。
敌人另一支援军正向红军侧后包抄而来。
黄克诚顿感形势严峻，增援之敌正形成对红军分割包围之态势！
黄克诚又一次向彭德怀提出了撤围建议，甚至指责彭德怀，说他是“半立三路线”，但彭德怀依然置之不理。3月1日，中革军委总部移至赣州前线，直接指挥作战，并发出了《关于坚决夺取赣州乘胜消灭来援之敌的训令》。
4日，红军总政治部发布《告红军战士书》，号召红军“下大决心进行持久战争拿下赣州”。
接着，第二次总攻开始了。
在敌人强大而密集的火力下，红军付出较大伤亡之后，被迫后撤。
3月7日凌晨。红一师指挥所。夜色朦胧，晨星闪烁。黄克诚辗转反侧，一点也睡不着，于是索性披衣坐了起来。黄克诚有个习惯，一到仗打得不顺的时候，就睡不着觉，心里总放心不下。特别是这些天来，红军攻城屡次受挫，伤亡日多，敌人援兵又有对红军分割包围之企图，黄克诚有一种不祥的预感：此次部队要遭受大的损失。因而，几天来他夜里睡觉都不安稳，时刻提防有什么险情出现，以便及时采取应变措施。突然间，枪声大作，撕裂夜空。
敌人乘夜出击了！黄克诚心里骤然一惊。连日来的围攻，使大家对敌人稍有松懈，哪里会想到敌人敢在夜里出击。黄克诚暗叫不好，赶紧去唤醒旁边的候中英：“喂，醒一醒！敌人好像向我们进攻了，快起来！”
候中英刚刚睡醒，还有点搞不清发生了什么事。黄克诚一把将他拖了起来。
枪声更加密集。
候中英这才被惊醒，急急忙忙跑出师部，去指挥部队应战。黄克诚待侯中英走后，稍加思索，立即命令通讯班转移，在另外一个比较隐蔽的地方架线，设立新的师指挥所。电线刚架好，黄克诚一把抓住电话筒，向军团部报告情况，并且建议：“情况十分紧急，应当下令立即撤退突围。”话筒那边立刻传来了邓萍参谋长的命令：“不准撤退！”黄克诚心中十分焦急，放眼望去，四周漆黑一片，枪声却越来越近了。
黄克诚判定红一师已经被敌人切割开来，处在十分危险的境地。
于是，他不顾上级不准撤退的命令，断然采取机动措施：命令师直属部队后撤南门外，同时派人通知特务连做好一切应急准备。
黄克诚随即带领通讯班离开临时指挥所，摸黑前进，寻找红一师的队伍。
行至中途，一个连政委率部慌慌张张跑了过来。“政委，敌人太多了，我们已经不行了。”那个连政委面露仓惶之色，向黄克诚报告。
黄克诚看到他这副样子，忍不住心头火起，严厉地训斥了他一顿。
“就地抵抗，掩护指挥机关先撤！”黄克诚最后下令道。那个连政委这才收敛了惊慌失措之色，带领队伍就地展开，阻击敌人。
后来，黄克诚得知，那个连政委表现英勇，率领全连奋力阻击蜂拥而来的敌人，最后全连干部战士壮烈牺牲。
又摸索向前走了一段路后，黄克诚碰见了军团所属特务团的一个营。简短交谈过后，黄克诚才知道他们原本负责红二师与红三师之间的联络，一直守护在这里。黄克诚告诉营长姚喆，赶快后退，要不然只有白白送死。
姚喆面露难色：“我们没有接到军团部撤退命令，如果……”黄克诚断然应道：“你赶快带部队撤退，一切后果由我负责！”姚喆这才带领队伍撤退。
天色正黑，黄克诚带领通讯班径直前行，寻找被打散的部队。
这时，他们早已搞不清方向。走着走着，一个战士眼尖，看见前面是一大片开阔地，隐约间有灯光闪烁，还有几个奇形怪状的东西。
他把情况告诉了黄克诚。黄克诚手扶眼镜框，仔细一看，原来是敌人的飞机场！
黄克诚这才知道，他们误人了南门外敌人的飞机场，那几个奇形怪状的东西是飞机。
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