陈毅于1948年7月24日电粟、陈（士榘）并报中央，在肯定成绩和良好反映的同时，鲜明地批评了这些情况，“在雨季整训中希望注意上述问题的检讨。”
粟、陈（士榘）、唐（亮）很快于7月28日电复“陈军长，并报军委”，表示“完全接受并进行检讨。”并向刘、邓以及各兄弟部队表示歉意。陈士榘也表示“讲后当时自己也有体会”，“是有毛病的”。并且步炮协同在华野来说“缺点甚至错误是很多的，希望各方多加指示”。粟、陈、唐还具体地分析了步炮协同的不少值得注意的问题，作了研究和解释。
陈毅的这种在野战军之间开展批评的做法，只有处于他的地位才能顺理成章地做好，也只有他这种光明磊落的人物才能做好。这样做了，对于防止骄傲，增强团结，深入研究战术均有好处。特别是对华野领导，他们是在敌军云集、军委考虑“目前打很大规模的歼灭战主客观条件都不成熟故须避免”的指示下（军委1948年6月22日电）主动提出歼灭区寿年兵团方案的，更需要适时提醒：千万要戒骄戒躁。
陈毅到中原，当然远不止“传檄”，也远不止协调，而是有大量工作要做的。首先，5月21日中央催他“尽可能迅速偕同子恢及大批干部去豫西和刘、邓会面”，就是要他们“建立中原军区及中原局经常工作”的。
原来刘邓大军千里跃进大别山，斗争尖锐艰苦，后来又分兵作战，再后会合豫西，军情紧急，游动不定，中原局及中原军区的机构及经常工作都来不及建设。此次粟裕原准备南下，华北与山东集中了1.4万干部，本拟渡江南下，沿途建立地委县委分区武装的。现今一分为二，粟裕带7000人到豫皖苏和淮南，陈毅、邓子恢带7000人到中原局和中原军区。中原幅员辽阔，人口4500万，要从上而下建立地方与军区的各级党组织、建立地方武装，7000人远远不够，何况经过精简，后来实有的只剩4700人。中原局领导研究决定成立两所培训干部的学校：一是中原军政大学，由刘伯承任校长兼政委，培养军队干部；一是中原大学，由陈毅任筹备委员会主任。
这个中原大学也很有水平。河南省会开封解放，河南省的一些高等学府如河南大学、中原工学院、焦作工学院及开封部分学校的进步师生便在蒋军尚未重占开封之时投奔解放区。到达豫西的有300余人，其中包括河南大学文学院院长兼历史系主任嵇文甫、经济系主任王毅斋、教授罗继武等。接待他们，做他们的工作，投笔从戎的刘、陈、邓当然都是工作的能手。
7月份是忙碌的。陈毅回到宝丰，就接待这批学界朋友，还给大家作了《来解放区的学习与工作问题》的报告。那4700多干部从黄河北走了两个月终于到达。他们中不少人思想问题复杂，有的是被作为“地富分子”清出来的，包袱更重。陈毅是“带”他们同来的，义不容辞，现身说法，在中原局欢迎外来干部大会上以中原局第二书记兼外来干部的意味深长的身份给他们讲话。
7月份还有另一种团结工作。襄樊战斗俘虏的国民党十五绥靖区副司令写信一纸，逞称“伯承、仲弘兄”，要求见面，参谋们不知“仲弘”是谁，陈毅说“是鄙人”，接过一看，正是川军者友、成都同学郭勋祺。于是刘、陈两次宴请，郭勋祺表示愧悔，晤谈甚为相得。这是布置川军联络工作的好渠道，陈毅当然也要化些精力，直到送郭勋祺登上归途。
7月份忙碌，8月份陈毅的担子更重了，因为第一书记邓小平于7月25日启程去河北平山，向中央汇报中原详细情况和经验，参加中央政治局九月会议。中原局的日常工作，就由第二书记陈毅来主持。8月1日至8日，陈毅、刘伯承、邓子恢、张际春等组织领导了中原局暨中原军区县团以上干部的整风整党运动；由陈毅向到会干部传达了中共中央和毛泽东主席自1947年12月以来的一系列的方针、政策和指示，还谈了中原新区建设诸问题。陈毅还专门向军队干部作了《部队党在整训中的任务》的报告。会议结束时，陈毅作了总结性发言。
陈毅还有他军事工作方面的具体分工，主管中原军区的工作。中原军区新建不久，各级机构不全，人员缺乏，而要担负起广大中原维护政权、发展地方武装、剿灭匪特、扩充新兵等任务。鄂豫皖3省地主武装和散匪很多，河南尤甚。陈毅是共产党最老的省军区司令之一，对付反动匪恃是行家。中原野战军司令部驻皂角树村，为了防空，刘、陈、邓住在村边上，屋后便是旷野，当然设有哨兵。没想到这一哨岗还两次黑夜遭袭击，抢枪支，第三次竟枪击哨兵，打碎膝盖骨。当时陈毅已到，亲自调查，限令7天破案。在军民协同下，第4天即将首恶捉获，判处枪决。自此当地即告平靖。
方城县县长被匪特绑到南阳杀害。陈毅立即和刘伯承研究决定，令二纵对方城一带的土顽进剿。二纵彻底消灭了保安旅及敌第九师一部，当地政情很快好转。
陈毅用很大精力组建和加强各地的军区地方部队。鄂豫、皖西、豫皖苏、豫西、江汉、桐柏、陕南等各军区都进行了组建和整顿。军区地方部队迅速发展，对中原解放区的开拓与巩固起了很大作用。
9月12日陈毅写给毛泽东的中原综合报告，原该由邓小平写。“小平7月北去，我们托其面达”。7月份的报告没有写。此次9月份的综合报告，就汇报了5、6、7、8四个月中原的情况和政策转变。陈毅代替邓小平主持中原局日常工作。虽然繁忙，但事情是顺利的。因为经过中央十二月会议的贯彻，全解放区的“左”的偏向日益纠正。中原局在中央指示下，总结进入新区以来的工作，得到了许多新的收获。特别是邓小平主持写成的《六六指示》，明确了新区暂不搞土改，而是实行减租减息和合理负担等新政策，使工作的局面明显好转。许多个广阔无敌的中心区在中原大地上出现了。豫西20县无敌踪；豫皖苏的恢复尤为重要，因为这是津浦、陇海、平汉3大干线之间的中心地区，又靠近蒋介石军事主于所在的徐州、蚌埠、南京之线，是我军进行大战役用武之地。一年前的打土豪、分浮财，开仓放粮，走马点火，以粮换菜等做法，无论在大别山或在豫皖苏都严重影响了生产，而现在农民已纷纷回来买牲口，积极生产；知识分子开始接近共产党，逃亡地主也开始回家。
豫皖一带，历来军阀混战，兵匪如毛，抗战时“水旱蝗汤（恩伯）”，民不聊生。群众反映：20年来从未如此安定。
陈毅在报告中对今后的工作方针，野战军状况，地方建设，财经、文教等工作，都作了分析，指出了问题，提出了解决办法。
报告结尾概括的话则是一个共产党的领导干部兼军事家在伟大决战前夕最切中时局的判断：“中原局面，已具备了初步根据地，正走向足以应付大规模作战的条件。”
8月16日，刘、陈接到中央军委来电：“9月华野攻济打援是一次严重作战，需要你们有力的配合”。其所以严重，是粟裕计划，既攻城，又打援。
历来兵家多攻城阻援，或围城打援。攻城打援则须用不足总兵力一半来攻克城市，而以超过一半的兵力来歼灭援军。何况所“攻”的是王耀武统兵10万固守的坚城：而要“打”的援敌是五大主力之一第五军为骨干的17万国民党正规军。
刘、陈积极寻觅战机，陈兵宛（南阳）确（确山）之线，准备以6个纵队出击，致使中原南部的国民党军不敢行动。
在豫东大捷的声威之下，以五军为主力的邱清泉兵团，竟连日在陇海路商邱一带逡巡不前，眼望着北方津浦路两侧华野的8个打援纵队，不敢冒然进击。济南战役于9月16日至24日以实现“扫开济南府，活捉王耀武”，全歼守敌10万的大胜结束。
在济南战地，粟裕与张震等研究下一步的行动方向。9月24日，粟裕报中央军委、华东局、中原局：建议进行淮海战役。
军委和刘、陈都很快复电同意。后来，毛泽东所拟《关于淮海战役的作战方针》中非常符合实际情况地指出：“你们第一个作战，应以歼灭黄（百韬）兵团于新安镇、运河之线为目标”。但此时的方案，还是“小淮海战役”的方案，目标只是两淮与海州一带之敌。
而两大野战军密切配合的指挥机构的组成，两大野战军负责人求歼更大重兵集团早日解放全国的战略意愿，以及他们之间的信任和友爱，都在促成“大淮海”。
军委10月11日在《关于淮海战役的作战方针》中指示的“望刘伯承、陈毅、邓小平即速部署攻击郑徐线，牵制孙元良兵团”初步为组成更大战役准备了条件。而刘、陈、邓（邓当时已回中原）协同打大仗的态度更积极。
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