但是，二月来信要求分散游击，却使红四军中一部分主张分兵游击的人增加了争论的借口。
4月8日，红四军主力和红五军由瑞金进抵于都城。前委召开会议继续讨论红军行动的策略问题，通过了抓紧蒋桂战争时机分兵发动群众、在赣南创造群众割据局面的决定。
在于都东门外河滩上召开了红四军、红五军第二次会师庆祝大会，毛、朱、彭、陈都讲了话。其后，彭德怀率红五军回湘赣边区，毛泽东率三纵队，朱德率一、二纵队与军部，在赣南分兵活动。
此时，中共中央派来红四军工作的刘安恭从上海辗转来到宁都。刘安恭四川人，早年留学德国，回国在四川省当过邮政局长，后来加入了共产党，南昌起义后，到苏联学过军事，在军事理论上有一套。由于他是中央派来、苏联回来的，一到红四军就受到推崇。前委通过任命他为红四军政治部主任。
后来，在红军再次入闽，于5月23日一举攻克龙岩城之后，由于地方工作一度繁忙，前委决定成立临时军委，并决定由刘安恭任临时军委书记。
刘安恭回国不久，才到苏区，不了解中国红军的发展历史和斗争实况，就主张搬用苏联红军的一些做法。尤其是他主持了一次临时军委的会议，竟作出决定：前委只讨论行动问题，不要管军队的其他事。下级党委作决定限制上级党委的领导权，这显然是错误的。于是就以军委的问题为焦点，加剧了红四军党内本已存在的有关当时军队的领导、单纯军事观点和流寇思想等问题的争论。
5月底，永定守敌省防军第二混成旅黄月波团弃城而逃。红四军开赴永定的湖雷、金丰等处游击。前委与军部驻湖雷。
在湖雷的前委会上，有些人对前委领导提出很多意见，并要求恢复正式的军委。会议对党的工作范围、党的组织指导的原则展开了争论。
主张设立军委的意见是：既有四军，就要有军委；建立军委是完成党的组织系统。这些意见指责前委“管的太多”，“权力太集中”、“包办了下级党部的工作”、“代替了群众组织”，甚至指责前委是“书记专政”，有“家长制”的倾向。
反对设立军委的意见是：赣南、闽西的苏区尚未发展，地方工作不多，领导工作的重心还在军队，“军队指挥需要集中而敏捷”，由前委直接领导和指挥更有利于作战，不必要重叠的机构。这些意见批评了硬要成立军委实际上是“分权主义”。
争论结果，意见未能统一，相反地，争论扩大起来。
问题的症结在于：当时的红四军，虽然坚决走工农革命的道路，走武装斗争的道路，英勇善战，百折不挠，但的确存在着不少非无产阶级的错误思想。由于官兵中许多人是从旧军队脱胎出来的，必然带着旧思想、旧习性。
他们习惯于“军官权威”，不习惯党的领导；他们乐意“流动游击”、“走州过府”，不乐意做艰苦的根据地群众工作。另一方面，由于红军的大部分是农民出身，自由散漫、无组织无纪律的作风也随而来。因而，在当时部队中，单纯军事观点、流寇思想、极端民主化等等错误思想确实是存在的。
问题在于党和军队的领导人如何对待。
红四军的主要领导干部，在总路线上是一致的（见毛泽东在1944年3月15日致华中局电）他们之间的争论，在于党怎样领导军队，军队的农村武装斗争怎样进行。
充分重视部队政治建设和农村革命根据地建设的领导干部，对部队的各种非无产阶级思想采取从严纠正的态度，主张加强党对军队的领导，加强思想教育，加强组织纪律性，主张在敌情缓和时分兵发动群众。
有的领导干部侧重于军事斗争，主张在敌情缓和时分兵远出游击，对于部队中“军队只管打仗”的观点、流寇思想、军阀残余，以及破坏政策纪律的现象就采取从宽对待的态度；有的领导干部对新型革命军队的民主主义有误解，主张实行“自下而上的民主集中制”，反对所谓“自上而下的家长制”，更容易助长部队的极端民主化思想。
毛泽东在1929年6月14日的一封信中，对争论的问题作了充分的阐述，大部分在后来古田会议决议中得到红四军全党的重视和认可。
但是在1929年6月，争论的双方各持己见。临时军委坚持要搞偏于军事观点的一套，因而坚持要“分权”。这就使前委无法统一领导，不好工作。
前委6月8日在白砂召开了前委扩大会，讨论了成立正式军委的意见，以及相反的意见——目前不要设立军委一级党部、临时军委应撤销。表决时，41人参加的前委扩大会，以36票对5票的压倒多数通过了取消临时军委的决定。这样，刘安恭担任的临时军委书记一职自然免去。政治部主任一职后来也由陈毅接替。
前委扩大会议决定召开中国共产党红军第四军第七次代表大会（简称“七大”）。大会原定计划是通过总结过去斗争的经验、统一思想认识，解决红军建设中存在的各种问题，以进一步提高红军的政治素质和战斗力，更好地担负起创建发展农村根据地的伟大革命斗争任务。这无疑是必要的，当时集体决定召开“七大”，目的和愿望无疑是好的，是想统一认识，解决分歧，结束争论，加强团结，以利革命。但是在当时，解决问题的条件不成熟，指导思想也存在着缺点，前委把各方面的争论意见原文印发给各党支部，并号召“同志们努力来争论吧”，就有“自己不先提办法，而交下级自由讨论”、“公开提到群众中没有指导的任意批评”（中共中央“九月来信”）的倾向。前委还决定由陈毅代理前委书记（陈毅：1929年8月29日向中央政治局汇报记录稿）。这样，陈毅势必担负起主持筹备“七大”的重任，要统一党内意见，起草前委工作报告，并保证大会能够顺利进行不致分裂。对于28岁的陈毅来说真是十分艰巨的任务。
前委成员们每天交换意见，陈毅日夜工作。
由于蒋介石令福建的陈国辉、张贞、广东的蒋光鼐和江西的金汉鼎务必于半个月内向闽粤赣3省边界地区集结兵力合力剿灭闽西红军，红四军便先行动作，乘陈国辉旅返回龙岩喘息未定，在闽西群众支援下于6月19日三打龙岩，攻占县城，歼敌约2000人。陈国辉混入乱军中才得以逃命，从此一蹶不振。
环境又暂得稳定。6月20日、21日，前委扩大会在陈毅主持下讨论修改并通过了准备在“七大”作的工作报告。
6月22日，中共红四军第七次代表大会在龙岩城一所中学内召开。
出席这次大会的除了前委委员及大队（相当于连）以上党代表外，还有部分军事干部和士兵代表，约四五十人。
陈毅为大会主持人之一。他代表上届前委作了工作报告。据大会的参加者傅柏翠、江华、肖克等回忆：会场空气紧张热烈，有什么意见都可以讲。
代表们对几位领导人提出很多意见。有些意见是中肯的，但有些意见偏激夸大。
代表大会开了一天，其成果集中表现为大会通过的《红军第四军党的第七次代表大会决议案》。这是红四军党的集体创作，也在一定程度上反映了陈毅当时的政治思想水平。
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