1928年10月4日至6日，中共湘赣边界第二次代表大会在宁冈茅坪召开。这是一次坚持原则、坚持团结的会议，通过了《政治问题和边界党的任务》等决议，对“八月失败”作出了相应的结论。陈毅在这大会上与毛泽东、朱德、谭震林、何挺颖、袁文才、王佐农、陈正人、杨开明等一起当选为第二届特委委员。11月2日，四军收到中共中央6月4日来信。尽管时隔5个月，这对长期得不到中央指示的湘赣边界和红四军来说，是破天荒的大事。
11月6日，特地推迟向遂川出动的日期，召集特委、军委和地方负责人30多人参加的中共湘赣边界特委扩大会讨论贯彻。陈毅参加了讨论。来信涉及边界党和红军在割据地区的军事、土地、政权和党的组织等许多重大问题。
中央指定朱德为军委书记。中央更指示特委与军委统辖于前委，指定由毛泽东、朱德、地方党部书记、一工人同志、一农民同志5人组成中共红四军前委，毛泽东为书记。前委当即在11月6日成立，除毛泽东、朱德外，推选谭震林（特委书记）、宋乔生（工人）、毛科文（农民）为前委委员。11月14日至15日，在宁冈新城召开了红四军第六次代表大会。陈毅作为上届军委书记和现任前委秘书长，直接参与了提案审查和决议起草工作。11月初，周浑元旅再次来犯。朱德率部下山迎击。陈毅同去。11月9日，红军击破周旅1个团于宁冈城与龙源口；10日再占永新城。因为敌增援部队向侧后迂回，红军主动撤回宁冈。这时，南自遂川的井冈山南麓，北至莲花边界，包括宁冈全县，遂川、酃县、永新各一部，成了南北狭长的整块。各级政府、群众武装又恢复，按人口分配土地的工作蓬勃展开。井冈山进入了复兴和发展时期。
陈毅先是担任前委秘书长，后调任红四军士兵委员会秘书长。当时敌人的军事进攻与经济封锁给红军的物质生活造成很大的困难。陈毅跟随着朱德，和大家一样穿单衣单裤，吃红米南瓜，并和朱德一样经常加入运粮的行列背粮上山。陈毅不用扁担，他使用的工具是自己的裤子，裤脚一扎，粮食灌在裤管里，然后扛在肩上。那时的裤管肥大，一次能装上七八十斤。
不久，彭德怀、膝代远率领平江起义的红五军一部来到井冈山。12月12日，在宁冈新城召开了红四军、红五军会师庆祝大会。井冈山革命根据地的声威更大了。
中国共产党第六次代表大会的决议给井冈山的革命实践者们注入了新的血液，引发了许多人对理论的兴趣。
“六大”决议是中共中央派专人从上海送来的。毛泽东主持召开前委扩大会学习，并以对马克思主义和中国实际的深刻认识作了精心的传达，引导与会者把理论和当前的斗争实践结合起来。陈毅怀着浓厚的兴趣参加了学习，从对中国革命的性质、任务、特点、策略的研讨中深感自己跟着朱德、毛泽东走着的是一条正确的道路。他们紧紧把握住了中国革命必须进行武装斗争的重要特点，坚持反帝反封建的民主革命，把武装斗争和土地革命紧密结合起来。通过学习，他们更有决心沿着这条道路走下去。陈毅从南昌赶队开始，走这条路是比较自觉的，粤、闽、赣、湘千里转战、湘南暴动、八月失败、重上井冈山，成功和失误的丰富经验教训如今得到理论的提高，他更加坚定也更为清醒了。这在他1951年《学习毛主席的马克思列宁主义的创造作风》一文中表达得很明确：“因为毛主席的领导是以井冈山的革命实践为基础，很自然地在许多问题上又超过‘六大’决议而更深入实际地去解决问题。”
但是，虽然身在井冈山，身在红军，有一些极为重要的理论和实践问题在陈毅思想上以及其他领导人的思想上并没有得到很好的解决。其中最突出的是共产党对军队的领导问题和建军的政治路线问题。这需要在新的实践中思考、争论、总结，共同探索，来确立和认清正确的路线。
第三节 “败军气犹壮”
1928年入冬以来，井冈山地区连下大雪，奇寒。国民党的军事压力和经济封锁也步步加紧。正值红四军前委召集会议传达中共“六大”决议期间，传来湘、赣、粤3省国民党军准备对井冈山发动第三次“会剿”的消息。井冈山地区出现了他们18个团级番号。军事形势严峻。
更为严峻的是：在国民党军的严密封锁下，井冈山经济极度困难。陈毅后来（1929年9月1日）在写给中共中央的报告中反映了当时的情况：“井冈山红军衣服饮食非常困难，又因敌人封锁，红军未能到远地游击，以致经济没有出路。”在1928年9月至12月4个月中，红军要不要派主力打出去扩展游击区域，在红四军内部是有争论的。因有7月湘南远行的失败，远出游击的主张当然不可能实现。至此，全军守在山上难以维持。毛泽东在1929年3月20日写给中央的报告中明确表达：“……离开井冈山，主因是经济无出路。”
1929年1月4日至7日，红四军前委在宁冈柏露村召开四军、五军军委，湘赣边界特委及边界各县党组织负责人联席会议。陈毅出席了这一决定战略方针的会议。
会议经过充分讨论决定：由彭德怀，膝代远率原红五军的部队（此时编为红四军第三十团，彭德怀任红四军副军长）及红四军的第三十二团留守井冈山，坚持内线作战；由朱德、毛泽东率红四军主力出击赣南实施外线机动作战，寻机歼敌，打破敌之经济封锁。这种将主力用于远出机动作战的思想，已含有崭新的军事因素，已突破以前不离开井冈山地区，只作较近距离机动的常规。但此次远距离迂回的目的，还是为了调动围山的敌军，以坚持井冈山。
这就说明：经过新的实践，红四军的领导人对于坚持和扩大农村革命根据地必须创造必要的经济条件，对于开创和巩固农村革命根据地可以有更多的作战方法，已有了新的感受。
1月14日黎明，朱德、毛泽东率红四军军部、二十八团、三十一团和特务营共约3600人，由井冈山小荇州等地下山。陈毅作为红四军士兵委员会秘书长随军部行动。
当晚红军一举歼灭大汾守敌一个营，突破封锁线，乃日夜兼程，向大余前进。大余城无敌军设防，红军下费一弹占领大余城。
出敌不意所取得的胜利却带来了自己的“不意”。红四军前委在城内天主堂召开的连以上干部会上，确定以二十八团（团长林彪、党代表何挺颖）配置于城东北一带山地担任警戒，军部、三十一团、特务营和独立营在城里和近郊开展群众工作。
并规定：如遇紧急情况，部队到广东境内南雄的乌径集合。据肖克等亲历者回忆，这次会议对出现敌情时应予坚决回击虽已举手通过了决议，但行动上未严格贯彻。二十八团进入警戒位置后即各管一段，没有组织营连主官看地形，也没有研究各种战况下的协同配合。
陈毅以主要精力从事宣传群众的工作。他亲自上街向群众讲解刚刚张贴的四言92句的《红军第四军司令部布告》，并联系他和朱德在1927年秋天经过大余和此次红军入城的种种事实，说明红军的宗旨和革命的前途。
陈毅主持召开了大余城的群众大会。会场选在章江畔大路边的广阔沙滩上。人们从四面八方涌到会常毛泽东、朱德先后讲话。大会后，当场把打土豪得来的财物分发给贫苦群众，群情沸腾。
但是，大余县毕竟是没有共产党的组织、没有群众革命斗争基础的地方，赣敌李文彬旅悄悄逼近大余城时，就没有人来向红军急报。李文彬旅突然发起猛烈攻击，二十八团在城东的警戒阵地被突破。部队的急速后撤在城内引起惊乱，很快，城北街区出现敌军，军部被迫向南转移。
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