陈毅积极了解情况，参与意见，和刘伯承的交往日多。据陈毅回忆：他们曾研究在起义发动后把分驻于沪州、合川、顺庆等地的8个旅北移顺庆，创建革命根据地，由刘伯承任总指挥，陈毅任政治部主任。
沪州、顺庆驻军于12月初提前发难。但驻沪州的袁品文、皮光泽、陈兰亭3个旅贪恋膏腴之地沪州的大量税收，不愿向顺庆转移。据沪州市图书馆副馆长吴孟辉1980年4月谈，陈毅曾到沪州，在万吹楼分别找各旅领导人进行劝说，未奏效。
在中共重庆地委的会议上，合川共产党的负责人请求派人到驻合川的川军二十八军第三师做改造的工作。合川扼嘉陵江、涪江、渠江三江之口，为沪州到顺庆的必经之地，在地理上对起义有枢纽作用。陈毅乃向中共川东负责人刘愿安提出愿去三师工作。刘愿安原来的公开身份就是合川三师政治部的宣传科长，调离不久，深知合川地理和驻军的重要性，表示赞同。
合川三师师长陈书农，兼该师政治部主任。政治部副主任陈梦云，是陈书农的叔父。陈梦云已于两年前和陈毅好友胡兰畦结婚，深知陈毅的胆识才华。陈毅与合川三师驻渝办事处联系，有刘愿安介绍，又有陈梦云的推重，很快被陈书农任命为三师政治部组织科长。12月25日陈毅到合川时，陈梦云及宣传科新任科长范英士等到码头欢迎。陈书农当晚设宴接风。陈书农此后对陈毅的工作始终支持。在陈毅的影响下，陈书农多次表示既已接受国民革命军的名义，一定顺应潮流，沪州的部队着北移顺庆路过合川，他保证不加拦阻，严守中立。30年后的1956年，解放前夕去香港的陈书农表示愿意回内地参加建设。国务院副总理陈毅表示赞同。陈书农抵沪，陈毅在锦江饭店宴请他一家，并说：“以前我到合川，你请我吃饭。今天我们也请你吃饭。这不止是我个人的意思，我是代表周恩来总理请你吃饭的。”
1927年元旦刚过，陈毅在政治部部务会上提出了改进政治部石印刊物《武力与民众》的建议，立即受陈梦云和该刊主编范英士支持。该刊由不定期改为周刊。陈毅积极写稿。该刊在合川军民中有力地宣传了革命的三民主义和国民革命运动。陈毅的工作范围逐步扩大到三师所属各旅和军事教育团，宣传三大政策，并发展中共秘密党员。
身为组织科长的陈毅有责有权开展工会工作和学生工作，他迅速团结了一批工运骨干和学运骨干。3月12日孙中山逝世两周年，各界民众1000余人在城内瑞山公园举行纪念大会。陈毅组织并主持了这次大会，还作了很富鼓动性的演说。
1927年3月，国民革命的形势发生明显逆转，北伐军总司令蒋介石的新军阀气息越来越为政治嗅觉灵敏的旧军阀们所察觉。各地的军阀，包括四川的杨森、刘湘等在内，和蒋介石勾结起来了。
3月24日，英、美兵舰炮击南京下关，对蒋介石示威，造成和平居民死伤2000余人的大惨案。蒋介石妥协求和。全国各地爆发了抗议英、美暴行的群众斗争。重庆人民也在打枪坝召开抗议大会。当时已占领重庆的刘湘接奉蒋介石的旨意要镇压共产党和革命群众。此时便集中军警，预先埋伏，突然开火，制造了死伤近千人的“三·三一”惨案。刘湘随即大肆捕杀共产党人和革命群众。重庆地委书记杨闇公被捕牺牲。
陈毅在合川的活动当然早已为反动分子所注意。此时，师长陈书农正在成都邓锡侯那里开会，一向反对“联俄容共”而且为人阴毒的旅长王学姜代理师长。王学姜忽然亲自邀约，要宴请陈毅，以示团结。陈毅考虑，非但不能赴宴，合川也不宜再留，决心紧急撤离。
陈梦云、范英士关心陈毅的安全，决定二人一同护送陈毅直到重庆。在当时的严酷形势下，和陈毅这样的人一同出走，干系不小，情谊殊深。范英士在1980年4月说：后来查明，王学姜确实准备于宴请时下毒手。而陈梦云和范英士也没有再回三师工作。
为了减小目标，他们在重庆附近的江北县分手，陈毅只身去重庆找新任旅长的郭勋祺。
郭勋祺是陈毅少年时代的同学和球友，陈毅出现在他面前，使他吃惊不校此时的重庆全被白色恐怖笼罩。中共重庆地委和莲花池国民党左派省党部尽被破坏。到处是搜捕、枪杀；一部分人自首叛变。车站、码头全部戒严，向东往武汉去的船只检查尤其严格。郭勋祺把陈毅留在自己司令部掩护了几天，随即亲自布置陪送陈毅前往码头，送上去武汉的江轮。
第二节 武汉军校
陈毅来到武汉，暂住武昌蛇山脚下的小旅馆里。和重庆相比，武汉是另一个世界，到处是标语、旗帜、横幅的革命的世界。但是标语的内容急遽地变化着，一夜之间，到处是声讨新军阀蒋介石的怒吼。“四·一二”事变发生了！
接着又是李大钊在北京遇害的噩耗！
革命的怒潮和革命的危机交织。
陈毅急于找党，急于投入斗争。
可是他既无介绍信，又无介绍人，到处碰壁。终于他在街上遇到了留法勤工俭学的同学、他的入党介绍人颜昌颐。颜昌颐是“四·一二”事变后从上海撤到武汉来的，在中共中央军事委员会工作。5月，中共中央军事委员会正式分配陈毅到武汉中央军事政治学校任党委书记。
武汉中央军事政治学校的前身就是原来在广州的黄埔军校。此时，国民党中央撤消了蒋介石的校长职务，改校长制为委员制，校务委员有国民党方面的邓演达、谭延闿、顾孟余、徐谦，共产党方面的恽代英等5人，以邓、谭、恽3人为常委。国民党方面的常委不肯管学校的实际工作，校政实际上由恽代英政治总教官负总责。据聂荣臻1980年9月说：在共产党内，陈毅到任后由恽代英、施存统、陈毅组成校党委，陈毅任书记。但是陈毅的公开身份要利于隐蔽，他的公开职务是校政治部的准尉文书。
军校共产党的组织是不公开的，但是健全，每个大队和队都有党、团的支部和小组。专职的党委书记陈毅到任后，即到各大队各支部了解情况，秘密开展工作。当时政局动荡，湖南发生了“马日事变”，不久夏斗寅叛乱，武汉吃紧，军校奉命改编为独立师开赴前线和叶挺部队一起平定了叛乱。接着，汪精卫撕下伪装，于7月15日宣布“分共”，白色恐怖笼罩武汉城乡。在这些剧变中，军校大多数教职员工和学生都紧紧地团结在国民革命的旗帜下，无论在公开论战中或在战场上，都敢于和新老军阀及国民党右派斗争。在平叛作战时，陈毅在党内作了有力的动员，保障了作战部队的高昂士气；还布置了对一些考验合格的发展对象举行火线入党。当时在军校工作的徐向前、郭化若都记得陈毅在党内工作很活跃。
工作活跃，言行之中不免会流露出不象个准尉文书之处。当时施存统的秘书，后来曾为蒋介石代笔写《中国之命运》的陶希圣，就对陈毅说过：“共产党真正的领导人是站在幕后的，我看你就是。”施存统告诉陈毅，政治部组织科长叶镛是国民党员，专门监视共产党人。叶镛找陈毅，说“你在我们四川是有名的，怎么来当文书呢？你一定是C、P（共产党）。”并表示了革命的愿望。陈毅见他诚恳，承认自己是共产党，并对他做工作。后来，通过组织发展叶镛加入了中国共产党。这使陈毅的工作多了一层保护和支助。叶镛后来参加了广州起义，担任工农革命军的师长，在战斗中英勇牺牲。
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