孟森在他的《明清史讲义》内称神宗晚期为"醉梦之期"，并说此期神宗的特点是"怠于临朝，勇于敛财，不郊不庙不朝者三十年，与外廷隔绝"。那么，神宗是什么时候从一个立志有为的皇帝变成一个荒怠的皇帝呢？又是什么东西让皇帝堕落得如此厉害呢？虽然，按照晚明的一位名士夏允彝的说法，神宗怠于临朝的原因，先是因为宠幸郑贵妃，后是因为厌定陵出土的金冠
恶大臣之间的朋党斗争。但是，学者们也以为，神宗之怠于临朝，还因为他的身体虚弱的原因。当然，身体虚弱的背后，是酒色财气的过度。
万历十七年（1589）十二月，大理寺左评事雒于仁上了一疏，疏中批评神宗纵情于酒、色、财、气，并献"四箴"。对皇帝私生活这样干涉，使神宗非常恼怒。幸好首辅大学士申时行婉转开导，说皇帝如果要处置雒于仁，无疑是承认雒于仁的批评是确有其事，外面的臣民会信以为真的。最后，雒于仁被革职为民。在处理这件事的过程中，神宗曾召见申时行等人于毓德宫中，"自辨甚悉"。神宗对内阁大学士们说："他说朕好酒，谁人不饮酒？……又说朕好色，偏宠贵妃郑氏。朕只因郑氏勤劳，朕每至一宫，她必相随。朝夕间她独小心侍奉，委的勤劳。……朕为天子，富有四海之内，普天之下，莫非王土，天下之财皆朕之财。……人孰无气，且如先生每也有僮仆家人，难道更不责治？"看来，神宗根本不承认雒于仁的批评。的确，明末社会好酒成风。清初的学者张履祥记载了明代晚期朝廷上下好酒之习："朝廷不榷酒酤，民得自造。又无群饮之禁，至于今日，流滥已极。……饮者率数升，定陵出土的皇后凤冠
能者无量。……饮酒或终日夜。朝野上下，恒舞酣歌。"意思是说，明代后期对于酒不实行专卖制度，所以民间可以自己制造酒，又不禁止群饮，饮酒成风。喝酒少的能喝几升，多的无限量，日夜不止，朝野上下都是如此。神宗的好酒，不过是这种饮酒之风的体现罢了。神宗在17岁的时候，曾经因为醉酒杖责冯保的义子，差点被慈圣太后废掉帝位。这件事他倒是承认。至于说到好色，神宗虽然似乎不及他的祖父，但却一点也不逊色于他的父亲。他在万历十年（1582）的三月，就曾效仿他的祖父世宗的做法，在民间大选嫔妃，一天就娶了"九嫔"。而且，神宗竟然还玩起同性恋的勾当，即玩弄女色的同时，还玩弄小太监。当时宫中有10个长得很俊定陵出土的刺绣百子女夹衣秀的太监，就是专门"给事御前，或承恩与上同卧起"，号称"十俊"。所以，雒于仁的奏疏中有"幸十俊以开骗门"的批评。这一点，神宗与当初荒唐的武宗有一点类似。至于贪财一事，神宗在明代诸帝中可谓最有名了。他在亲政以后，查抄了冯保、张居正的家产，就让太监张诚全部搬入宫中，归自己支配。为了掠夺钱财，他派出矿监、税监，到各地四处搜括。
酒色的过度，使神宗的身体极为虚弱。万历十四年（1586），24岁的神宗传谕内阁，说自己"一时头昏眼黑，力乏不兴"。礼部主事卢洪春为此特地上疏，指出"肝虚则头晕目眩，肾虚则腰痛精泄"。万历十八年（1590）正月初一，神宗自称"腰痛脚软，行立不便"。万历三十年（1602），神宗曾因为病情加剧，召首辅沈一贯入阁嘱托后事。从这些现象看来，神宗的身体状况实是每况愈下。因此，神宗亲政期间，几乎很少上朝。他处理政事的主要方法是通过谕旨的形式向下面传递。万历三大征中边疆大事的处理，都是通过谕旨的形式，而不是大臣们所希望的"召对"形式。在三大征结束之后，神宗对于大臣们的奏章的批复，似乎更不感兴趣了。所以，神宗荒怠的情形，还真有前后两个阶段：前一阶段是不愿意上朝听政；后一阶段是连大臣们的奏章也不批复，直接"留中"不发。但是，按照明朝的制定陵宝城度，皇帝是政府的惟一决策者。一旦皇帝不愿处置但又不轻易授权于太监或大臣，整个文官政府的运转就可能陷于停顿。到十七世纪初期，由于神宗不理朝政，官员空缺的现象非常严重。万历三十年（1602），南、北两京共缺尚书3名、侍郎10名；各地缺巡抚3名，布政使、按察使等官66名、知府25名。按正常的编制，南、北二京六部应当有尚书12名，侍郎24名，这时总共缺了近三分之一。到万历四十一年（1613）十一月，南北两京缺定陵方城明楼
尚书、侍郎14名。地方的行政管理，有时必须由一个县的知县兼任邻县的知县。由这样的情形，我们可以想见万历后期政府运作的效率。神宗委顿于上，百官党争于下，这就是万历朝后期的官场大势。官僚队伍中党派林立，门户之争日盛一日，互相倾轧。东林党、宣党、昆党、齐党、浙党，名目众多。整个政府陷于半瘫痪状态。正如梁启超说，明末的党争，就好像两群冬烘先生打架，打到明朝亡了，便一起拉倒。这样的恶果，未尝不是由神宗的荒怠造成的。所以，《明史》对于明神宗的盖棺论定是这样表述的："论者谓：明之亡，实定陵地宫亡于神宗。"
万历四十八年（1620）七月二十一日，神宗朱翊钧病逝，十月葬于定陵。300多年以后，他的坟墓定陵被发掘。1958年，在考古学大师夏鼐的指挥下，神宗的梓宫（棺椁）被开启。在厚厚的龙袍下面，掩藏着神宗的尸骨。尸骨复原后的结论是："万历帝生前体形上部为驼背。从骨骼测量，头顶至左脚长164米。"1966年8月24日下午，"地主阶级的总头目"神宗的尸骨被砸烂、焚烧。这位曾经统治中国48年的驼背皇帝，终于化作一缕青烟远去。
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