中苏关于签订新条约谈判出现的戏剧性变化在于，同苏联改变其谈判方针一样，中国提出的条约方案也完全背离了谈判开始时本身提出的方针。中方原先提出在形式上必须以新条约取代1945年的条约，而在实际上可以保留旧条约的具体内容。但在确定了要签订一个新条约的原则以后，中方最初提出的协定文本却与旧条约的内容大相径庭。
正是在涉及双方实际经济利益的谈判中，中苏之间的矛盾和冲突便暴露出来了。
1950年1月20日，周恩来率领庞大的中国政府代表团来到莫斯科，并于22日参加了斯大林与毛泽东的第三次正式会谈。在这次会谈中，毛泽东与斯大林就几个原则问题达成了一致意见：第一，对中苏条约应当修改，重新签订。第二，宣布在签订对日和约以前旅顺口协定依然有效，此后苏军撤出旅顺。第三，把在法律上保留中长铁路协定有效的原则作为基础，而实际上进行适当的修改。第四，苏联放弃在大连港的权利，由中方决定大连的问题。第五，中方原主张中长铁路管理委员会主席和局长的职务由中方担任，后同意采取轮换制。第六，周恩来提出修改双方对中长铁路的投资比例，把中方的投资比例增加到51%，后同意从保障双方利益的角度再研究一下。此外，还讨论了贷款协定、新疆贸易等问题，并决定委托米高扬、维辛斯基、周恩来、李富春进行具体谈判。
1月23日，中苏双方代表进行会谈，并首先讨论了苏方提出的条约草案。1月24日，毛泽东、周恩来等研究苏方的草案，并拟定了中方修改后的文本。1月24日23时，由中国大使馆参赞戈宝权将中方修改后的《中苏友好同盟互助条约》草案递交给苏方谈判人员库尔久科夫。
把双方的草案进行仔细对比可以发现，中方的修订草案除调整了一下段落安排和增加了个别修饰词以外，从名称到内容与苏方的草案没有任何实质性的区别。这一点与中国方面有关回忆录和研究著作中的说法完全不同，按照以前中国方面的说法，1950年中苏条约的最初文本是周恩来起草的，或苏方按周恩来的意思起草的，现在看来这种说法是缺乏依据的。
无论如何，就条约本身而言中苏双方没有什么分歧。尽管后来双方又有两次对条约文本的修改，但都是个别文字的改动或调整。对这一点并不难理解，因为条约所述的防止日本及其盟国的侵略、加强双边的协商与合作等内容都是中苏双方的共同愿望和要求。真正涉及双方利害冲突的是在中长铁路、旅顺和大连等实际问题上。
经过双方接触以后，苏方在上述提交给中方的草案的基础上，于1月26日又提出了一个关于大连港协定的草案，其内容主要是：(1)中国政府同意从大连港内划拨出一些码头和仓库转租给苏联；(2)凡经大连港的苏联的进出口货物，或苏联为港口设施提供的材料和设备，均免征关税；(3)大连的行政管理机关隶属中国，但港口主任和副主任的职务则由中苏两国人员轮换担任；(4)在缔结对日和约前，大连港实行同旅顺海军基地一样的军事管制；(5)该协定将在对日和约生效后重新审议。看来，苏方对于涉及实际利益的关键问题的确是有周密考虑的，他们在中方尚未提出对应方案之前提出超出原协定内容的要求，不外是为下一步谈判留出让步的余地。
然而，莫斯科万万没有想到，中方却提出了与苏方设想根本不同的一套完整方案。
经过两天的研究和讨论，1月26日中方提出了由周恩来主持起草的《关于旅顺口、大连和中国长春铁路的协定》的草案。该草案首先在形式上与苏方草案不同，即将几个利益攸关的重大问题放在一个统一的协定中解决，这实际上等于否定了苏方关于在签署对日和约后再重新审议有关协定的意见，而是要求立即一揽子解决所有协定的重新审议问题。在内容上，双方设想的差距就更大了。关于旅顺口、大连港和中长铁路领导职务采取轮换制的问题，中方没有异议。针对斯大林与毛泽东会谈中本来已经确定的苏军在对日和约签订后撤出旅顺口的原则，中方草案增加了补充条件：如果“由于某些原因阻碍了对日和约的签订，而本协定生效已超过三年期限且未再缔结相应的条约，则苏军将立即撤出旅顺口地区。”最要害的问题是中方提出了苏方草案完全未曾想到的问题，这主要是：第一，苏联放弃租用旅顺口作为海军基地的权利，放弃在大连和中长铁路的一切权利和利益，同时声明将上述所有权利和义务归还中华人民共和国。第二，目前由苏联临时代管或租用的在大连和旅顺口地区的一切财产，均由中国政府接收。第三，对日和约签订或本协定生效三年后，苏联政府立即将中长铁路及其所属全部财产无偿地移交中国所有。
除旅顺撤军问题外，中方的草案几乎完全推翻了苏方的原有设想，这是苏联方面感到非常意外的，以至收到周恩来的草案后苏方进行了紧张研究和反复修改。笔者在俄国档案文献中发现了对中方这一草案的四份不同的修改稿，尽管字迹潦草，不易辨认，但可以看出是不同人分别修改的，而且删改之处非常多，特别是斯大林本人批阅的一份文本，几乎把中方草案的内容全部勾划掉了，其字里行间透露了斯大林的恼怒和愤慨。
然而，在经过冷静商讨和慎重考虑之后，斯大林还是决定做出让步。苏方于1月28日交给师哲的协定修改稿已经很接近中方的草案文本了。在苏方的这个协定草案中，没有提苏联放弃在旅顺、大连和中长铁路的一切权利和利益的问题，并增加了由中国“偿还苏联自1945年以来用于旅顺口修复和建设工程的费用”的条款。除此以外，苏方接受了关于旅顺口的条款(不包括移交财产)，也接受了大连的行政完全隶属中国管辖、立即由中国政府接收大连(不包括旅顺口)的一切财产的条款。特别值得注意的是，苏方还接受了在对日和约签订后或不迟于1952年末无偿地向中国移交中长铁路的权利及全部财产的条款。不过，苏方在同时提交的该协定的议定书中又增加了三条：对于苏联运入、调出旅顺口的物资和原料免征一切税收；上述物资和原料免受中国海关检查；苏联军队和军用物资可以沿中长铁路自由调运，其运费按中国军队调运的现行价格计算。
1月31日，中方又提出了根据苏方草案相应修改的关于旅顺口、大连和中长铁路协定及议定书草案。对于协定本身中方几乎没作改动，但在议定书中，针对苏军沿中长铁路调运的问题，中方提出增加一项条款，即中国的军队和军用物资也可以自由地沿苏联境内的铁路调运。对此，苏方不能再容忍了。于是，中苏双方在谈判中发生了激烈争论。
1月31日至2月2日，米高扬、维辛斯基与周恩来连续进行了三天会谈，会谈涉及到中苏双方提出的所有问题。维辛斯基关于会谈情况给斯大林的报告显示，中苏双方对条约文本只作了一些文字修改，关于旅顺口、大连和中长铁路的协定以及贷款、航空、贸易、派专家等协定也没有原则性的分歧，争论发生在关于旅顺口、大连和中长铁路协定的议定书上。对于中方提出的增加中国军队和军用物资沿苏联铁路调运的条款，苏方表示坚决反对。一方面，作为让步，苏方在修改议定书时根据中方的愿望对第一条作了改动，规定只有在远东地区出现针对苏联的战争威胁的情况下才能沿中长铁路调动部队。但另一方面，苏方认为中国军队从满洲沿苏联铁路向新疆调动没有任何实际意义和合理性，中方的建议实质上是对苏联建议的“反提案”，是“隐讳地反对苏联这一建议的一种特殊方式”，因此“没有任何必要，也绝对不会被接受”。周恩来对此做了详细的解释，说明中方提出这一条款是因为苏方首先提出了这个问题，并坚持必须在议定书中列入这一条款。米高扬随即指出，如果这样，那么就取消苏方的这一建议，而把议定书中已经缩短的中长铁路协定有效期再保留十年。显然，苏方是在以取消已经形成的谈判结果相要挟。周恩来无法再表示反对，但提出要向毛泽东报告。在第二天的会谈中，周恩来接受了苏方的条款，只是要求苏联口头承诺，在必要的情况下中国可以沿西伯利亚大铁路调运军队。米高扬对此表示可以接受，但是再次对中方在这一问题上的立场表示惊讶。他气愤地说：“作为同盟者，苏联无偿地转让了巨额财产，包括中长铁路、大连、旅顺口以及在这些地区我们拥有的一切权利，而中国却连苏联在一条铁路上调动军队都不愿意同意。如果连这样的让步中方都不能做出，那我们还算什么同盟者呢？”周恩来没有再发表不同意见，因为做出重大让步的的确是苏联方面。
2月5日，毛泽东致电刘少奇，将已经定稿的关于中长铁路、旅顺口及大连的协定和议定书、贷款协定和议定书以及关于外蒙古独立和废除1945年中苏条约的照会等文件发回，要求中共中央和中国政府进行讨论并通过。
现在，毛泽东和周恩来已经有时间和闲心在莫斯科参观工厂和集体农庄了。
根据俄国档案材料，2月11-13日双方代表进入了一轮新的谈判，又举行了三次会谈。2月10日，中国代表团收到莫洛托夫转交的一个新协定草案，其中规定在苏联远东地区和各中亚共和国的领土上以及在中国的满洲和新疆境内不得向外国人提供租让，并不允许有第三国的资本或这些国家的公民以直接或间接的方式参与的工业的、财政的、商业的及其他的企业、机关、公司和团体的经营活动。这就是所谓的《补充协定》。会谈中周恩来说，毛泽东同志同意这个协定的草案，只是在文字方面有几处不大的意见。比如，将“协议如下”改为“双方达成本补充协定”，将“租让”改为“租让权”。周恩来还提出，中国准备采取经济措施逐步减少外国公司和组织在东北和新疆境内从事的经济活动。会谈还涉及有关条约和协定的签字和公布问题。周恩来要求签字仪式在2月14日18时举行，并提出贸易协定、航空协定以及石油和有色金属股份公司的协定不能签字，因为关于这些协定的文本尚需进一步协商和明确。周恩来还说，他和毛泽东商议的意见是，即将在莫斯科签字的所有协定都应公开发表。这显然是针对《补充协定》而给苏方出的一个难题。维辛斯基表示这样的问题必须加以讨论，并答应向苏联政府汇报。
2月14日，刘少奇致电毛泽东通知说，中国政府和政协负责人的联席会议同意就有关条约和协定签字。当天晚上，斯大林和毛泽东出席了在克里姆林宫举行的中苏条约签字仪式。不久以后，中苏两国的报纸上刊登了有关的条约和协定。当然，如众所周知的，双方都没有公布关于旅顺口、大连和中长铁路的议定书和那个《补充协定》。
至此，中苏结盟谈判中经济利益的冲突总算化解了，做出让步的实际上是苏联方面。这里，人们不禁要问，斯大林为什么会在涉及苏联远东战略利益的问题上做出如此重大的让步？
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