中苏结成同盟关系的重要基础是在政治和军事上对付美国的威胁。中国共产党在夺取政权和巩固政权的斗争中需要苏联的支持和援助，遏制美国干涉中国内战和颠覆新中国的企图，而苏联在与美国处于冷战状态的国际背景下，也需要借助中国在亚洲牵制和打击美国的势力。正如韦斯塔教授认为的，中苏友谊的内容首先是作为一种反美联合，或者说是一种在全球范围内反资本主义制度的联合，它将矛头直接对准了战后美国在亚洲的出现，以及以美国为首的世界资本主义制度。在这一点上，中苏双方的需求是共同的，相互的。
但中共要求与苏联结成同盟还有一个经济上的原因，即在恢复经济、发展生产、在一个新生国家进行建设和管理方面需要苏联的大量援助。这种要求在新中国成立后显得尤其迫切。虽然中国共产党在内战中取得了军事上的最后胜利，但是面对满目疮痍、百废待兴的经济状况，新中国领导人确是心急如焚。当时，中国与西方国家正处于对立状态，唯一的希望是得到苏联的援助。中国领导人不断向苏联方面反映这种状况。
1949年10月28日，政务院副总理兼财经委员会主任陈云在接见苏联大使罗申时向他指出，中国经济形势的特点是“复杂和困难”的，对外贸易由于国民党封锁海岸已陷于瘫痪，新政权控制的所有港口只有天津还有进出口业务，其贸易额不超过300万美元。缺乏专业技术干部也是经济恢复的一个最严重的难题，陈云在谈话中指出：“缺少忠实于人民政府的技术干部，严重制约着国家经济的恢复。我们从国民党手里接收的工程师和专业技术人员总共才两万人，按其政治信仰，大多数是反动分子和亲美分子。在最大的鞍山钢铁联合企业里，70位工程师中62位是日本人，一般都对中国人尤其是对共产党人怀有敌意。”而大多数中共党员的普通教育和文化程度很低。根据1950年3月中共中央组织部长陆定一接见苏联驻华代办谢巴耶夫时通报的材料，当时华北有150万党员，其中130万是文盲或半文盲。在领导人员中(区委和区委以上)，将近50%的人没有文化或文化不多。
苏联驻华大使馆参赞齐赫文斯基(Tikhvickii)在他的题为《人民民主在中国的胜利和1949年的国民经济》的报告中指出了下述事实：在天津、上海、重庆、广州这样一些重要工业中心解放时，那里75%以上的工业企业已经瘫痪。国民党军队撤退时留下了一片废墟——炸毁了堤坝，践踏了几万公顷农田，带走或炸毁了火车机车和车厢，毁坏了发电站和仓库，破坏了交通、电报和无线电通讯设施，凿沉了船只。国民党撤离上海时毁坏了国际无线电台，炸毁了江南造船厂的主要车间和江湾机场的油库，凿沉了4艘油船和10艘轮船。从无锡逃跑时焚烧了1000多辆满载从上海送来的工业设备的卡车。从武汉到广州的100多座铁路桥被炸掉了90多座。在汉口毁坏了30多只船，炸毁了连接武汉三镇的所有铁路桥梁。
此外，1949年12月19日由周恩来签发的《政务院关于生产救灾的指示》说：今年各地灾情异常严重，全国被淹耕地约1亿亩，粮食减产约120亿斤，灾民约4000万。
正是出于对国内经济状况和发展趋势的担忧，中国领导人更加坚定了与苏联结成同盟的信念。用刘少奇的话说，中华人民共和国建立以后，“联合苏联”就是“立国的基本政策”。
然而，毛泽东明白决不能靠乞求援助来达到与苏联结盟的目的，必须向斯大林说明，中苏同盟不仅有利于中国，从根本上讲也是有利于苏联的。毛泽东的确传递了这样的信息，他的出发点是要让莫斯科知道，为了在政治上共同对付美国，苏联也需要中国在经济上强大起来。
作为中国共产党情报部门负责人及当时毛泽东与苏联大使的联络人，李克农于1949年11月17日在苏联大使馆的一次谈话中指出，美国有一个“策划中国共产党响应铁托集团的计划”，并且扩大他们“在中国的影响，以破坏中苏之间的友谊”。按照李克农的说法，帝国主义者宣传的重点是指责苏联正在“窃取中国的食物和资源，并且攻击1945年的中苏条约是一个不平等的帝国主义条约，其结果导致中国丧失了东北及在满洲的所有工业设备”。
美国是否有一个“策划中国共产党响应铁托集团的计划”，以及中共如何了解到这一情况，目前还不得而知，但李克农传递这样的信息，无疑是提醒莫斯科，在苏联与美国的对抗中中国的地位也是不可忽视的。因为斯大林一直担心毛泽东会走铁托式的道路，特别是对新中国与美国关系的发展不放心，对此，毛泽东是有感受的，他曾对中国民主人士罗隆基说中国“不能接受美国的援助”，因为这将引起苏联的怀疑。当然，毛泽东需要在这个问题上表明中国的立场，所以中国领导人还向苏联透露，美国仍然企图颠覆中国新生的革命政权，他们不但对国民党在台湾的残余势力提供援助，而且更重要的是他们在大陆组织和建立反革命组织。总之，毛泽东一方面是要表明中国对美国和苏联关系的不同立场，另一方面也是强调密切中苏之间关系的必要性。同时，从李克农的信息中还可以体会到的言外之意，就是新中国领导人对1945年的中苏条约是不满的。
除了寻求经济援助，毛泽东去莫斯科的另一个主要目的就是签订新的中苏同盟条约。随同毛泽东访苏的翻译人员师哲有一段广为传播的回忆，他认为中苏领导人在会谈初期遇到难题或产生隔阂的原因，是“斯大林和毛泽东都没有猜透对方的心理和意图，因而发生了某种误会”，特别是斯大林不理解毛泽东想要的“既好看又好吃”的东西是什么。而一些俄国学者的看法不同，他们(如列多夫斯基、库利克等)在接受笔者采访或进行学术交流时说，毛泽东来莫斯科的主要目的就是养病，所以毛泽东后来抱怨他在莫斯科受到冷遇是没有道理的。这些看法都是错误的，因为目前已经披露的档案文献充分表明，毛泽东早在离开北京之前已经把他苏联之行的主要目的说得非常清楚，即希望与苏联签订一个新的中苏同盟条约。
毛泽东访问苏联的准备工作在10月就开始了，最初打算出访3个月，第一个月在苏联，并要签订中苏友好条约，第二个月去东欧国家访问，第三个月在索契疗养。根据科瓦廖夫的建议，这次访问将秘密进行。在11月5日的谈话中，科瓦廖夫转达了斯大林的意见，表示欢迎毛泽东访苏。毛泽东则提出他想于12月在莫斯科拜会斯大林，并亲自向斯大林祝寿。因有许多国家将派代表团出席斯大林的寿辰庆典，所以毛泽东的莫斯科之行也带有完全公开的性质。随后，11月8日，毛泽东专为此事向莫斯科发了电报。11月10日，毛泽东又委托周恩来再次向罗申大使表达了毛泽东要访苏的愿望，并说明在访问期间要提出中苏条约问题。周恩来在会谈中补充说，如果要签订条约，他将亲自前往莫斯科谈判。中共中央11月9日给中国驻苏大使王稼祥的电报证明了上述说法，电报称：已请科瓦廖夫通知斯大林请他决定毛主席去莫斯科的时间，“至于恩来同志是否应随毛主席一道去莫斯科，或于毛主席到莫斯后再定恩来是否去及何时去，此点亦请斯大林酌定”。王稼祥立即向苏共中央转达了这个意思。对此，葛罗米柯(Gromyko)向斯大林建议，既然中国人谈到担心毛泽东和周恩来同时出访可能影响工作，苏联可以表示尊重中共自己的选择。这实际上是暗示只要毛泽东一人来访。上述情况说明，毛泽东将要与斯大林进行的对话的主要内容双方事前已经说得一清二楚，根本不存在误会的问题。
总之，毛泽东去莫斯科的目的，一是要尽量争取苏联的经济援助，二是要与苏联结成同盟，并以一个新条约的形式表现这种同盟关系。
然而，毛泽东对于这次访苏的结果却完全没有把握，因为斯大林没有给予明确的答复，他只好只身前往，一方面给斯大林祝寿，一方面了解莫斯科的底牌。为了强调这次访问的重要性，引起斯大林的注意，毛泽东在12月3日召见科瓦廖夫，特意告诉他，对于毛泽东访苏中共是有压力的。毛泽东说，中国的民主党派在一次会议上反对这次出访，因为按照传统，一向是“外夷”来朝拜中国皇帝，而不是相反。他们还认为，毛泽东访苏会使中国同西方国家的关系复杂化，并失去这些国家的经济援助。毛泽东的担心是有道理的，他的访问的确是很不顺利的。有俄国学者认为，斯大林与毛泽东从一开始“就彼此理解对方了”，关于条约的谈判“平静地达成了一致意见，没有什么分歧”。而事实恰恰相反，毛泽东与斯大林的对话在一开始便遇到了障碍。
毛泽东于1949年12月16日到达莫斯科，6个小时之后便与斯大林举行了正式会谈。根据俄国档案中的会议记录，毛泽东与斯大林的第一次对话便在两个重要问题——即中苏条约和解放台湾的问题——上发生了分歧。在中苏条约问题上，双方虽然都表示可以让步，但实际上并没有真正取得一致意见。在解放台湾问题上，苏联则拒绝直接向中国提供援助。
当毛泽东刚讲到中共中央在刘少奇访苏后研究了中苏友好同盟条约的问题时，斯大林立即接过来说：“这个问题可以讨论和解决”。但他强调：“苏中之间是根据雅尔塔协定缔结这个条约的，该协议规定了条约中最重要的几项条款(有关千岛群岛、南库页岛、旅顺问题等等)。这就意味着，上述条约的缔结应该说是得到美国和英国同意的。鉴于这一情况，我们在小范围内决定暂时不改动这项条约的任何条款，因为哪怕改动一款，都可能给美国和英国提出修改条约中涉及千岛群岛、南库页岛等等条款的问题提供法律上的借口，因此要寻求一种可行的办法，在形式上保留，而在实际上修改现行条约，即形式上保留苏联在旅顺驻军的权利，但按照中国政府的建议，撤出那里的苏联军队。”“至于长春铁路，在此情况下，考虑中方的愿望，可以在形式上保留，而实际上修改协议的有关条款。”
既然斯大林已经抢先说出了苏联决定暂时不改动条约任何条款的意向，毛泽东也只得表示可以保留“长春铁路和旅顺的现有状况”，“眼下不必修改条约”，但同时指出“在中国讨论条约时，我们没有考虑到美国和英国在雅尔塔协定中的立场。我们应该按如何对共同的事业有利来行事，这个问题必须考虑周到。”毛泽东接着便提出“是否需要周恩来前来莫斯科解决条约问题”，因为毛泽东在此前给莫斯科的电报中讲明周恩来到莫斯科的任务就是签订条约，所以提出这个问题实际上还是坚持要签订一个新的中苏条约。对此，斯大林显然不高兴地回答说：“这个问题您必须自己决定。可能需要周来解决其他一些问题。”
会谈记录表明，在中苏条约的问题上虽然双方都表示可以做出让步，但苏联希望维持旧条约而中国坚持签订新条约，这一分歧是明显的，只是双方都没有把话说透，都想保留外交上的回旋余地而已。
在谈到建立海军的问题时，毛泽东并非无意地顺便提到：“国民党人在台湾岛上建立了海军基地和空军基地。我们没有海军和空军，使人民解放军难以占领台湾。鉴于这一点，我们的一些将领主张呼吁苏联援助，苏联可以派遣志愿飞行员或秘密部队以便尽快拿下台湾。”毛泽东说这番话是经过认真考虑的。鉴于斯大林在与刘少奇会谈时表明了苏联不愿因援助中国解放台湾而与美国发生公开冲突的态度，毛泽东才提到“志愿飞行员或秘密部队”这种既可避免苏联公开出面，又能在实际上得到苏联援助的办法。对此，斯大林不便再予以直接拒绝，便提出“援助形式需要考虑周到”，“主要的问题是不给美国人干预提供借口”。但斯大林接着又说，苏联可以提供“参谋和教官”，“其他问题我们要仔细考虑”，这实际上等于在提供军事援助以帮助中共解放台湾的问题上封住了毛泽东的嘴。
毛泽东对第一次会谈的结果很不满意。按照科瓦廖夫的观察，那几天毛泽东“闷闷不乐地呆在别墅里”，“情绪不好，心神不安”。为了进一步表明中国方面的态度，他在参加过斯大林70寿辰的庆祝活动后，于12月22日邀请科瓦廖夫去谈话，并要求把谈话记录转给斯大林。根据谈话记录，毛泽东讲到，已经把12月16日会谈内容报告给中共中央，并在等待中共中央对会谈中所涉及问题的意见。毛泽东提出下一次会见希望安排在12月23日或24日，并向斯大林提交了下一步谈判的两种方案。第一种方案是解决中苏条约、贷款协定、贸易条约、航空协定等问题，其中包括缅甸承认中国的问题。按照这个方案，需要周恩来前来莫斯科履行协议签字手续。第二种方案是对第一方案中的各种问题从多方面进行磋商，但暂不履行相应的签字手续。这样，周恩来就不必马上来莫斯科。毛泽东在交谈中不止一次地强调，所有这些问题均由斯大林定夺。
然而，在12月24日举行的第二次会谈中斯大林根本就没提中苏条约的问题，毛泽东对此感到十分失望。毛泽东本人后来同苏联大使尤金(Yudin)谈起这一情况，毛泽东认为这是斯大林对中共不信任的表现：“我们访问莫斯科的主要目的之一是签订中苏友好合作互助条约。中国人民问我们苏联会不会同新中国签订条约，为什么同国民党签订的条约至今在法律上仍然有效，等等。关于签订条约的问题当时对我们来说事关重大，将决定中华人民共和国今后发展的前景。”“我在同斯大林第一次会谈时就提议签订条约，但是斯大林却避而不答。我在第二次会谈时又重提这一问题，把中共中央关于签订条约这一请求的电报给他看了。我建议把周恩来召到莫斯科来签订条约，因为他是外交部长。斯大林则利用这个建议作为拒绝的借口，说‘这样做不合适，因为资产阶级报刊会说整个中国政府都到了莫斯科’。后来斯大林避而不见我。我曾给他的住所打过电话，但得到的答复是斯大林不在家，建议我去见米高扬。”毛泽东说“这种做法使我很生气，我决定呆在别墅里，什么也不干”。毛泽东还拒绝了科瓦廖夫和费德林(Fedorenko)关于去苏联全国游览的建议，而宁可“在别墅里睡大觉”。
斯大林不愿签订一个新的中苏条约，从根本上讲，一方面是担心失去苏联在1945年从蒋介石手中得到的在中国东北的经济利益，一方面是担心如果由此引起西方对整个雅尔塔体系提出异议，苏联则将在国际上陷入极为被动的境地。如果说与米高扬访华和刘少奇访苏时相比斯大林在这一问题上的主张有所改变，那就是现在苏联更加明确地提出对中苏条约在实际上进行修改，而在形式上仍然保留。这样做至少不会因中苏条约的改变而在国际关系方面给苏联引出更多的麻烦。
斯大林显然认为苏联已经做出了巨大的让步，但他不知道毛泽东在某种程度上恰恰更加注重问题的形式方面。毛泽东坚持要废除原有的中苏条约，一方面是考虑到新中国领导人在国内的威信，另一方面也是为了以此对西方国家施加压力，从而扫除一切不平等条约。正如他本人所说：“中苏关系在新的条约上固定下来，中国工人、农民、知识分子及民族资产阶级左翼都将感觉兴奋，可以孤立民族资产阶级右翼；在国际上我们可以有更大的政治资本去对付帝国主义国家，去审查过去中国和各帝国主义国家所订的条约。”签订新的中苏友好同盟条约“将使人民共和国处于更有利的地位，使资本主义各国不能不就我范围，有利于迫使各国无条件承认中国，废除旧约，重订新约，使各资本主义国家不敢妄动。”
此时，斯大林在等待毛泽东做出相应的让步，毛泽东则提出准备静心休养，并要提前打道回府，以示对在莫斯科受到的冷遇的不满和抗议。
1950年元旦这一天，罗申奉外交部长维辛斯基之命拜访了毛泽东。毛泽东向他声明，因身体不适“准备完全静养一周，彻底恢复正常的睡眠”。毛泽东还提出，在以后一周的休息期间他想会见什维尔尼克(Shvernik)、莫洛托夫、伏罗希洛夫(Voroshilov)、贝利亚(Beria)、马林科夫(Malenkov)、华西列夫斯基和维辛斯基，“这些会见应当只具有简单的座谈性质。他不想就这些会见提出任何专门的题目，或者说是不讨论实质性问题。会见应当每天安排一次，时间不要太长，他认为最好是在晚上5-6点钟之后。”“在这段时间里，他想与斯大林本人讨论实质性问题。”毛泽东还强调他“不想参观工厂，不想作报告，也不想发表公开演讲。从他的健康考虑，这些事是令人疲倦的，而且会再次破坏他的睡眠习惯，并引起头晕复发。以前他曾打算到苏联各地去看看，现在，由于健康情况，而且回国时还要进行长途跋涉，所以他不想在苏联各地旅行了”。最后，毛泽东提出，他原计划在苏联逗留三个月，但现在他想提前一个月，即在1月底离开莫斯科回国。看来，除了“讨论实质性问题”，毛泽东不想做任何事情了。
面对毫不退让的毛泽东，斯大林必须做出选择。
首先使斯大林受到刺激的是西方的报纸。由于自斯大林寿辰庆典后毛泽东一直没有在苏联的媒体上出现过，各国驻莫斯科使馆都议论纷纷，到处打听毛泽东的行踪，在西方媒体也引起了种种猜测，甚至有消息说毛泽东被软禁起来了。对此，中苏双方都感到不妥。王稼祥大使提出以毛泽东答记者问的方式解脱困境，并公开说明毛泽东访苏的目的。第二天，即1月2日，《真理报》刊登了毛泽东答塔斯社记者问的消息。毛泽东向外界声明，他来莫斯科的目的首先是要解决中苏友好同盟条约等问题，并表示逗留苏联的时间“部分地取决于解决中华人民共和国利益的各项问题所需的时间”。毛泽东还说“打算访问苏联的几个地方和城市”。毛泽东在私下和公开场合表示出来的这两种完全不同的态度，无非是想给斯大林施加压力，迫使他讨论新条约的问题。实际上，斯大林同意毛泽东在报纸公开发表这样的谈话已经表示出苏联的让步倾向。毛泽东后来承认，在《真理报》发表讲话这件事“是一个很大的进步”。
与此同时，还发生了另一件影响斯大林决策的事情。毛泽东在1月1日与罗申会谈时告诉他，最近几天“收到北京的报告，说缅甸和印度政府表示他们愿意承认中华人民共和国。中国政府在这一问题上的立场是：通知缅甸和印度政府，如果他们确实希望改善与中华人民共和国的关系，那么他们必须首先完全断绝与蒋介石的联系，并发表官方声明，无条件地拒绝向蒋介石政权提供任何支持和援助。在印度和缅甸政府接受中国政府的上述建议的条件下，他们可以派代表到北京进行谈判。”毛泽东还告诉罗申一个消息：“不久英国和其他英联邦国家也将在承认中华人民共和国的问题上采取明显步骤。”
实际情况是，早在1949年12月16日周恩来主持政务院会议时就透露，“英国政府倾向于承认我国”。12月18日周恩来已复电缅甸外交部长，同意在缅甸政府与国民党残余力量断绝关系的基础上建立中缅外交关系。12月30日印度总理尼赫鲁(Nehru)致电周恩来，表示印度政府决定承认中华人民共和国，同时宣布撤销对国民党政府的承认。
毛泽东在这个时候把缅甸、印度、英国及英联邦国家将与中国建交的信息告诉苏联方面看来不是没有用意的。毛泽东本人后来谈到这个问题时说：“斯大林的立场发生变化，也许是印度人和英国人帮了我们的忙。他们在1950年1月承认了中华人民共和国。”冈察洛夫等人则认为，英国承认中国一事对斯大林的震动很大，他感到这是中美关系缓和的先兆。无论如何，当中苏谈判陷入僵局时，中国与其他国家特别是西方国家的关系出现转机，无疑对苏联是一个刺激。看来，斯大林需要考虑再次做出让步了。
此外，韦斯塔教授根据俄国档案材料，还提出了另外一个令人感兴趣的促使斯大林改变主意的原因。当中国领导人新年期间在莫斯科逗留时，毛泽东不断地向莫洛托夫、米高扬和罗申等人做工作，结果，大多数苏联领导人都认为，如果毛泽东没有签订一项新条约就离开莫斯科，会损害他本人及他的政党在中国的地位。他们觉得苏联有责任保证这个新的共产主义邻国的安全。于是，在这些领导人当中由米高扬出面向斯大林提出建议，在不给苏联带来不利影响的前提下，可以采取一些措施来签订一项新的条约。
总之，到1月2日这种僵持局面开始打破了，做出让步的是斯大林。1950年1月2日晚8点，莫洛托夫和米高扬来到毛泽东下榻的别墅，询问他对签订中苏条约等事的意见。毛泽东讲了三个意见：(1)签订新的中苏条约；(2)由两国通讯社发表一个简单公报，说明两国对旧的中苏友好同盟条约交换了意见，而实际上把这个问题拖下来；(3)签订一个声明，内容是讲两国关系的要点。莫洛托夫马上表示同意第一方案。毛泽东又追问：“是否以新条约代替旧条约？”莫洛托夫明确回答：“是的。”毛泽东当即说出了他的安排：“我的电报1月3日到北京，恩来准备5天，1月9日从北京动身，坐火车11天，1月19日到莫斯科，1月20日至月底约10天时间谈判及签订各项条约，2月初我和周一道回国。”
笼罩在莫斯科上空的乌云终于散开了。
在后来的一段时间里，毛泽东和斯大林都努力表现出友好合作的姿态，尽力弥缝中苏关系中可能出现的裂痕。1月6日，维辛斯基拜访毛泽东，并进行了正式会谈，参加会谈的还有科瓦廖夫、费德林、王稼祥和师哲。维辛斯基告诉毛泽东，鉴于中华人民共和国中央人民政府要求帮助恢复吉林水电站，苏联政府已经决定，在五天之内派四名苏联专家去中国。他们将在一个月内写出关于水利枢纽设备状况的报告，并拟定恢复吉林水电站所必须采取的措施。毛泽东“对苏联政府提供的所需帮助表示感谢，并说苏联政府为此所提供的帮助对中国的整个民族经济具有非常重大的意义”。
维辛斯基还告诉毛泽东，鉴于刘少奇来电提到为了进行航空训练要求苏联供应燃料，苏联方面根据专家的计算，决定按苏联空军的标准从1月开始即向中国提供所需数量的燃料。至于中国为这批燃料进行支付的方式和条件，可以在1950年的贸易谈判中再解决。毛泽东再次表达他对苏联援助的感激之情。
苏联方面还提出了一个令毛泽东十分感兴趣的建议，即由中国发表一个关于中华人民共和国在联合国席位的声明，其内容是国民党代表留在联合国安理会是非法的，必须把他们驱逐出去。苏联将支持这个声明，同时也要求安理会将国民党代表团驱逐出安理会，而“在国民党代表仍然留在安理会的情况下，苏联代表将宣布，只要有国民党代表存在，苏联代表就不参加安理会的工作”。毛泽东当即表示“百分之百地同意这个建议”。
随后，毛泽东又进一步对中国的立场做了解释，并表示在具体签约时要考虑苏联的利益。毛泽东说，“我们之间签订一个新条约，反映了在人民革命胜利后中华人民共和国与苏联之间出现的完全新型的关系。对现存条约进行重新审查是完全必要的，因为这个条约的两个重要组成部分——日本和国民党已经发生了重大变化：日本已经不再是一种武装力量，而国民党已经垮台。此外，众所周知，中国人民当中有相当一些人对现存的中苏条约不满，所以，签订一个新的中苏友好同盟条约对双方都是有利的。”维辛斯基也为斯大林最初的立场做了解释，他说：“新条约问题很复杂，因为签订新条约或修改现有条约可能会被美国人和英国人利用，成为他们要求重新审理和修改条约其他部分的借口，而修改这些部分可能会给苏联和中国利益带来损害。这是我们不乐意看到的也是不能允许的。”毛泽东立即回答：“这种情况，无疑在确定解决这一问题的方式时应受到重视。”
在1月9日与科瓦廖夫谈话时，毛泽东又表示中国将遵守苏联在德黑兰、雅尔塔和波茨坦会议所签署的协议。谈到具体的签约谈判时，毛泽东再次强调：中国民主政府将依据包括蒋介石与资本主义国家签订的条约在内的一切现存条约为起点，重新进行谈判。
为了表示中国与苏联立场的一致，1月13日，毛泽东通知在国内主持工作的刘少奇：同意征用包括美国在内的外国兵营，并准备着让美国将其所有在华的旧领馆全部撤走；同意由上海军事管制委员会直接接收或征用美国经济合作总署的留沪物资。1月17日，毛泽东将此事通知了苏联方面，并说明其目的是要“把美国的领事代表驱逐出中国”。毛泽东还向莫洛托夫等人表示，中国“将努力拖延美国承认中国的时间”，因为“美国在中国得到合法权利越晚，对中华人民共和国越有利”。
此外，共产党和工人党情报局刊物1月6日发表文章，强烈批评日本共产党中央政治局委员野坂参三主张和平夺取政权的道路，以及认为驻日美军对于日本民主化有利的观点。关于这个问题，还在刘少奇访苏时斯大林就曾向中共代表团提出过，当时中共没有对此做出反应。战争期间，野坂参三一直在延安参加中国的抗日斗争，回国后也与中共保持着密切关系，尽管如此，为了保持与苏联观点的一致性，毛泽东还是在1月14日指示胡乔木应在《人民日报》发表社论，支持共产党情报局的立场。后来，毛泽东还特意指示将这篇文章译成俄文交给斯大林看。
不过，在这期间也发生了一件不愉快的事，即在中苏两国商定共同发表驳斥艾奇逊(Acheson)1月12日演说的声明这件事上，毛泽东与斯大林之间产生了矛盾。
据毛泽东的翻译师哲回忆，对于艾奇逊在演说中发表的挑拨中苏关系的言论，斯大林要求中国和苏、蒙同时以官方名义发表声明进行反驳，但毛泽东“没有进一步弄清楚什么叫‘官方’的声明”，结果，苏联和蒙古以外交部长的名义发表了声明，而中国则是以新闻总署署长的名义发表声明的。对此，斯大林十分不满，责备毛泽东“没有按原定计划做，乱了步伐，给敌人留下了可钻的空子”，还说“我们都应该信守诺言，紧密配合，步调一致，这样才会更有力量”。毛泽东为此憋了一肚子气，始终一言不发。
在师哲看来这是又一场“误会”，但从现有文字材料看，这种说法也不能成立。根据俄国的档案文件，在1月17日莫洛托夫与毛泽东会谈时苏联方面就明确提出要以中国政府的名义发表声明，毛泽东同意发表声明，但又特意问到：“由新华社发表这样的声明不是更好吗？”莫洛托夫立即回答说：“既然事情关系到美国国务卿的讲话这样一个重要问题，那么，声明就不应该由通讯社发表，而应由中华人民共和国外交部发表。”毛泽东当时对此表示同意，并具体谈到“明天就起草中华人民共和国外交部声明稿”，经苏联研究和修改后“用电报发往北京，由代行外交部长职务的副部长发表这个声明”。显然，这里是无法用“误会”来解释的。毛泽东为什么坚持要以新闻总署的名义发表声明现在还不得而知，不过，毛泽东坚持己见并对斯大林的指责颇为不满却是事实。这至少说明中苏领导人之间当时还是缺乏理解和谅解的。
总的说来，中苏关于新条约的谈判还是在友好融洽的气氛中开始的。周恩来于1月20日抵达莫斯科后，1月22日斯大林与毛泽东的第三次会谈开始讨论到如何修改中苏条约的问题。会谈开始前，苏联方面已经将有关新条约的12个文件起草好，并于会谈当天交给了斯大林，所以，斯大林已经做好了充分的准备，而毛泽东和周恩来在会谈中却显得有点被动。
关于新条约的内容，毛泽东只是强调“新条约应当包括政治、经济、文化和军事合作的各项问题，最重要的问题是经济合作”，但没有说出具体意见。关于旅顺问题，按照苏方的意见，宣布在签订对日和约以前旅顺港协定依然有效，此后苏军撤出旅顺。关于大连问题，斯大林表示苏联“不打算在大连保留苏联的任何权利”，但指出如果大连继续作为自由港，则是符合美英“门户开放”的政策的。毛泽东表示同意，并提出旅顺口可以作为我们军事合作的基地，而大连可以作为中苏经济合作的基地。关于长春铁路，毛泽东的基本想法是，在新协定中要写明共同运营和管理今后还要继续下去，但是中方在管理中应起主要作用，同时要研究缩短协定的有效期问题和规定双方的投资规模。对此，莫洛托夫指出：“在涉及两国合作和共同管理某项企业的情况下，通常规定双方平等参与以及轮流代理领导职务的办法。在旧协定里，铁路管理归苏方，但今后我们认为必须规定轮流执行管理的职能。例如，可以每隔2－3年轮流一次。”周恩来接过来说：“我们的同志认为，现有的长春铁路局和局长职务必须撤销，并建立管理委员会代替它，而且要规定，委员会主席和局长职务要由中方代理。但是，鉴于莫洛托夫同志的建议，这个问题必须再考虑一下。”斯大林支持莫洛托夫的意见，表示：“如果是说共同管理，那么，领导职务的代理就必须更换。这样做更合理一些。至于协定的有效期，我们不反对缩短。”莫洛托夫还认为，周恩来提出的要把中方投资比例增加到51％的要求“与现行的双方均等原则相抵触”。斯大林也表示：“既然是共同管理，那么就要平等参与。”毛泽东则出来调解说：“对这个问题要从保障双方利益的角度再研究一下。”在后来的谈判中，主要障碍就出在中国长春铁路的问题上。
这次会谈确定了关于条约谈判的基本原则，经过一番讨价还价，双方终于达成协议。从后来公布的有关条约和协定看，与1945年的条约相对照，改动主要在于：缩短了归还旅顺港和长春铁路的时间，即由过去的30年改为对日和约签订后但不迟于1952年底以前；大连的行政权力过去受到苏方制约，现在则完全直属中国管辖；长春铁路局局长和理事会主席及旅顺基地联合军事委员会主席的职务过去由苏方担任，现在则采取轮换制。在具体问题上，特别是对中国长春铁路的所有权和管理权方面，总的来看，苏方倾向于较多地保留1945年协定的内容，而中国的草案却基本上要推倒重来。争执的结果是斯大林再次做出让步，即大体上接受了1月26日周恩来提出的修改草案。
在莫斯科达成的协议和协定中还有一些文本没有公布，对这些问题中苏之间也是存在着分歧和矛盾的。周恩来在2月13日与维辛斯基会谈时说，根据他同毛泽东商议的意见，即将在莫斯科签字的中苏间的所有协议都应公开发表。周恩来说明，这些协议的中文本已寄给北京，并将向中华人民共和国政务院汇报，“如果签字的协议中有什么不能公布的，必须向政务院成员做专门的解释”。周恩来还强调说：“按照我们的意见，公布所有签字的协议，无论是对中苏两国还是对其他民主国家都是有利的，因为这可以更加提高他们在全世界的威信。”维辛斯基表示，尽管周恩来表述的意见非常明确，但双方之间没有约定要将所有的协议和其他文件公布，因此，公布这些文件的问题必须进行讨论，这个问题将向斯大林汇报。
没有看到有关这一问题继续讨论的文献，但最后的结果是确有一些协定没有公布。在这些没有公布的协定中，根据俄国目前解密的档案材料，有两个问题值得引起研究者的注意：
其一，关于苏联军队使用长春铁路的问题。
苏方同意提前归还长春铁路后曾建议，苏联军队应可以沿满洲里到海参崴这条线路进行调动。在1月31日至2月2日的会谈中，中苏双方就这一问题阐述了不同的立场。针对苏联的建议，周恩来提出苏联军队使用长春铁路应以受到战争威胁为条件，并要求在协定中加上：中国的军队和军用物资也可以沿满洲里车站，经赤塔-新西伯利亚-阿拉木图到新疆省的伊宁一线进行运输和调动，运价按现行苏联军队的运输标准。2月1日，米高扬答复说这个问题根据中方的愿望做如下改动：“规定沿中国长春铁路调动部队只能是在苏联的远东地区受到战争威胁的情况下进行。”苏方解释说，沿满洲里到海参崴这条线路调动军队可以缩短一半距离，并且在战时可以提供两条调动军队的路线。这是很自然的，也是有说服力的，对此无须任何证明，这里所指的就是当苏联在远东受到战争威胁已经成为现实的时候。同时，米高扬表示“中方关于其有权沿满洲里到新疆的铁路调动军队和军用物资的建议是不正确的”，“苏方认为这个建议完全不能接受，并不是因为我们反对沿我们的铁路调动中国部队，而是因为我们认为这个建议是针对苏方关于沿中国长春铁路在满洲里和绥芬河之间调动苏方部队的建议的反提案，是反对苏联建议的一种特殊的隐蔽形式”。米高扬和维辛斯基还抱怨说，苏方“对提出这样的问题感到很惊讶，因为正是周恩来本人确认的如果苏联将长春铁路转交给中国，那么中国政府同意苏联可以沿长春铁路向任何方向调动军队”，“现在，当我们同意将长春铁路交给中国时，中国人的意见又变了，他们反对我们沿长春铁路甚至在满洲里和绥芬河之间调运部队。”周恩来详细地解释了中方的建议，并“竭力想证明这完全不是反建议或对抗性建议”。他指出，最初中国代表团并没想到在议定书中规定双方调动军队的条款。周恩来说，从逻辑上讲，这种调动是从友好同盟互助条约中自然得出的结论。关于这个问题，在必要的情况下随时都很容易达成协议。如果在协定草案中规定苏军可以使用中国的长春铁路调遣部队，而同时中方没有得到可以在苏联国土调动自己军队的权利，那么，中国就无法理解这一条款的内容了。因此，中方代表团认为必须在这一条中补充这样的规定：中方可以沿苏联铁路在东北和新疆之间调动部队。此外，周恩来还说，中国政府建议使用这些铁路从东北调运粮食和其他货物供给驻新疆的部队，这大概能节省很多时间和开支。
由于双方争执不下，米高扬最后指出：如果中方反对苏方的建议，那么，可以取消苏方的这一建议，但要保留现有的协议书，而只把有效期从原来的30年缩短到10年。这就意味着苏联与中国共同占有长春铁路的期限，在已经商定的1952年结束的基础上再延长三年。周恩来当然不能同意重新讨论关于长春铁路协定有效期的问题，于是只得同意苏方的修改意见，即当苏联远东地区受到战争威胁时，苏军可以使用长春铁路调动部队，而不提中方使用苏联铁路的问题。不过，周恩来又退一步提出，尽管在文件中可以不做出规定，但中方是否有可能在必要的情况下沿西伯利亚大铁路从东北向新疆调运军队。米高扬说，中国关于有权经苏联领土调运军队的建议被拒绝，并不排除在实际必要的情况下按照同盟国之间的条约利用苏联铁路调运中国军队的可能性。争论至此结束。
不过，苏联方面在这一问题上的感受是强烈的。按米高扬的话说：“作为同盟者，苏联无偿地转让了巨额财产：长春铁路、大连、旅顺口以及在这些地区我们拥有的一切权利，而苏联仅仅在一条线路上调动军队中方还不想同意。如果中方连做出这样的让步都不能，那我们还算什么同盟者呢？”尽管事实如此，苏联方面的感受也有一定道理，但中方出于对等原则的考虑提出这样的修改意见也是无可厚非的。况且应该看到，中国领导人对于苏联军队有权在中国领土上调动的建议，从长远考虑，显然是有顾虑的。
其二，关于秘密《补充协定》的问题。
根据中国现有的材料，苏联方面在谈判中坚持，在中苏新条约之外要签订一个秘密的《补充协定》，其中规定在苏联的远东和中亚地区、中国的东北和新疆“不给予外国人以租让权利，并不准许第三国的资本或其公民以直接或间接形式所参加之工业的、财政的、商业的及其他的企业、机关、会社与团体活动”。毛泽东对此极为不满，但最后还是不得不让步。中国的材料还显示，毛泽东曾在1月22日的谈判中对此建议提出疑问，后来也不肯签署这个协定，只是在斯大林的一再坚持下，“为了照顾中苏团结的大局，只好让步”。但是根据俄国的文献材料，当时毛泽东对这一补充协定并没有表示反对，而只是“在文字方面”提出了小小的修改意见，即将“租让”改为“租让权”。俄国档案中关于1月22日会谈的记录也没有提到《补充协定》的问题。
这里值得注意的是，中国现有的关于这一问题的材料并非档案文献的记载。看来要搞清这一问题，只能有待于中国方面档案文献的公布了。不过，毛泽东后来对这个秘密的《补充协定》非常不满，确是事实，他曾在多次讲话中把东北和新疆称为苏联的两个“殖民地”或势力范围。客观地讲，中国领导人对此表示不满是有道理的，这个《补充协定》从表面上看是公平的，但实际上只是限制了中国一方在东北和新疆这两个地区行使自己的主权，因为当时在苏联的远东和中亚地区并不存在“第三国”的资本和公民的问题。
至于毛泽东后来同样表示强烈不满的另外几个合营公司的协定，即所谓“合作社”问题，其实怪不到苏联人头上，因为如前文所说，早在1949年初米高扬访问西柏坡时中共领导人就提出了请苏联来中国办合营公司或租让公司的建议，而且在毛泽东访苏期间，在新疆建立合股公司的问题也是中国主动提出来的。
中苏同盟的建立，在政治和军事上对于中苏双方无疑都是有利的，但是从经济和外交的角度观察，中苏两国各自的理解就有所不同了。应该说，2月14日正式签订的《中苏友好同盟互助条约》总体上讲还是符合中国的愿望的，尽管有些条款不能令人满意，但中国在1945年失去的主权和利益在不久的将来就可以完全收回了。而对于斯大林来说，这意味着苏联在战后通过雅尔塔协定和中苏条约实现的远东战略目标——太平洋出海口和不冻港，至迟到1952年底将不复存在了。或许正是因为如此，为了尽可能地弥补这一损失，斯大林才要坚持签署秘密的《补充协定》，其目的就是要通过消除美国、英国和日本势力在这两个与苏联接壤地区的渗透和影响，保证苏联东亚地区的安全。
然而，斯大林并不认为这样就可以满足苏联在东亚地区的要求。斯大林所制定并于1945年实现的苏联在这一地区的战略目标是完全符合俄国历史上传统的远东战略的。斯大林曾经把苏联在对日作战中所获得的成果与沙皇俄国在日俄战争中的失败做了对比，他说：1904年的失败是俄国历史上的污点，为了清洗这个污点，“我们这些老一辈的人等待这一天，已经等了40年”。因此，当斯大林通过与毛泽东的对话看到苏联被迫在不久的将来就要失去其在太平洋的出海口和不冻港时，他必定要寻求一种补救措施来保证或维持俄国这一传统战略的实现。于是，朝鲜的问题便提到了莫斯科的议事日程上——在斯大林的地图上，当时只有朝鲜半岛可以在某种程度上满足苏联对东亚地区的要求，即为苏联的太平洋舰队寻找一个合适的基地，并以尽可能短的铁路线把苏联欧洲部分与这个在太平洋的出海口连接起来。因此，恰恰在这个时候，斯大林完全改变了他对朝鲜半岛的政策，即从莫斯科一直坚持的防守的战略突然转变为一种进攻性战略。
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