唐武德元年十二月二日，李世民因平薛仁杲之功而被授太尉、使持节、陕东道大行台，蒲州、河北诸府兵马并受节度。这样，关中以东的军政大权，就由李世民全权掌握。李世民的军事实力，也因此日益增强。
武德二年正月初三，高祖命秦王世民出镇长春宫，守御关中大门。
李密败亡后，其旧将秦叔宝、程知节被迫降于王世充。王世充得了这两员猛将，十分高兴，封叔宝为龙骧大将军，知节为将军，待以厚礼。然而，叔宝、知节都鄙薄王世充的为人。
武德二年闰二月十九日，王世充率叔宝、知节二人攻打唐的谷州，与李世民部将、骠骑将军张孝珉战于九曲。
战前，程知节对秦叔宝说：“王世充为人，器度浅狭，好讲假话，还爱装神弄鬼。这简直是老巫婆的把戏，哪像拨乱反正的明主！你我兄弟二人，宜早作打算。”于是，密议一同归顺唐朝。
当王世充命他二人与唐军对阵时，二人率领贴身侍卫几十名，向西行了百余步，下马向王世充拜谢说：“我等受郑公厚礼，常思报效。然而郑公性多猜忌，听信谗言，不是我二人的托身之主，现在无法再为您效力！请允许我们与您告辞！”说完，跨上战马，就奔向唐军。
唐将报入长安，李渊命二人入秦王府听调。李世民久闻二人忠义勇猛之名，以厚礼相待，任命秦叔宝为马军总管，程知节为左三统军。
王世充的猛将，骠骑将军李君羡、征南将军田留安也鄙薄王世充的为人，索性率领部下投奔李世民。李世民将李君羡留在身边作幕僚，任命田留安为右四统军。
从此，李世民的秦王府，成为天下名臣猛将向往的地方。
在李世民东征西讨、收罗天下豪杰的同时，太原留守、齐王李元吉却过着声色犬马的太平日子。
元吉生性骄纵侈靡，门客、家丁、婢妾达数百人，爱使枪弄棒，常常命家客奴婢们披戴盔甲，互相攻战，令他取乐。前后死伤许多人，元吉本人也曾被打伤。其乳母陈善意劝谏，正逢元吉喝酒，醉后大怒，命侍从将乳母打死。元吉生性又好狩猎，每出行时，总有三十余骑跟随。他曾很得意地对部下说：“我宁可三日不吃饭，也不能一天不打猎！”
李渊派殿内监窦诞、右卫将军宇文歆辅佐并州总管齐王元吉守御太原。
元吉常令窦诞随自己出去狩猎，纵马奔驰，肆意践踏百姓庄稼。在城内，又放纵自己的下属，抢夺百姓财物，当街箭射行人，看行人如何避箭。到了晚上，大开府门，出去奸淫他人的妻室。
元吉这些恶行，令太原百姓苦不堪言，怨愤无比。宇文歆多次劝谏，都不被采纳，便将元吉恶行上表奏报李渊。
武德二年闰二月二十二日，元吉因此被罢官。但元吉并不想离开太原赴京城，便暗示并州的父老长者，让他们上书挽留自己。
三月十五日，李渊恢复了元吉的官职，仍令他为并州总管。
四月初，刘武周率突厥兵攻打唐军，驻扎在榆次以北的黄蛇岭，兵锋很盛。齐王元吉派车骑将军张达，率领步兵去试探敌军实力。张达认为我军兵少，不宜轻进，元吉强迫张达硬去迎敌，结果刚一接战，便全军覆没。张达被迫投降刘武周后，恨李元吉不听自己劝告，便于四月初二，带着刘武周的兵马攻克了榆次城。
四月十八日，刘武周率兵围攻太原，齐王元吉将其打退。
警报传入长安，四月二十日，李渊令太常卿李仲文率兵救援太原。
五月十三日，唐臣安兴贵诈降河西李轨，与其弟、李轨之大将安修仁里迎外合，擒获李轨，平定河西。兄弟二人因此被唐帝分别封为左、右武侯大将军，申国公、段国公。
五月十五日，李渊命秦王世民为左武侯大将军、使持节、凉甘等九州诸军事、凉州总管，节制河西诸军事，其太尉、尚书令、雍州牧、陕东道行台如故。
五月十九日，刘武周攻下平遥。易州贼帅宋金刚善用兵，为窦建德所败，遂率残部西降刘武周。刘武周委以重任，封其为宋王，将妹妹嫁于他，以结其心。宋金刚也倾心相向，劝刘武周图谋太原，南向争夺天下。刘武周大喜，命宋金刚为西南道大行台，率精兵三万攻打并州。
六月初，刘武周兵进介州，和尚道澄用旗幡为绳，跃入城中，介州城破。
李渊诏命左武卫大将军姜宝谊、行军总管李仲文率兵攻击刘武周。武周部将黄子英以疑兵出没于雀鼠谷，多次以少量兵马来引诱挑战。双方刚一交战，黄子英佯装败退，接连三次都是如此。姜宝谊、李仲文不知是计，率全军尽力追赶。待深入雀鼠谷，黄子英伏兵齐出，唐军大败，姜宝谊、李仲文均被生擒。不久，二人趁守卫松懈，逃出敌营。李渊并未责罚他们，仍命他二人率兵攻打刘武周。
面对刘武周凌厉的攻势，李渊深为起家的根基太原担忧。右仆射裴寂请命，愿往河东讨伐刘武周。李渊大喜，六月十六日，命裴寂为晋州道行军部管，讨伐刘武周，可全权处理军政事务，有先斩后奏之权。
七月二十五日，宋金刚又率部攻打浩州，十日后又撤军。
河东军情未缓，朝中又出纠纷。民部尚书、鲁国公刘文静，自认为才略功绩均在裴寂之上，而官爵职位却在裴寂之下，内心颇为不平。每逢朝会，裴寂说是，文静偏要说非，多次戏辱裴寂，二人因此产生嫌隙。
有一次文静，与弟弟通直散骑常侍文起一同饮酒，喝到有几份醉意时，抱怨朝廷待他不公，并拔刀击柱说：“我一定要杀掉裴寂这老贼！”文静家多次闹鬼，文起私下曾请巫人在夜间披发衔刀，口念咒术，擒妖除鬼。这在当时是违法的。文静有一侍妾不得宠，就密告兄长，请他向朝廷告发刘文静。
李渊将刘文静拘押，派裴寂、萧瑀审问。
刘文静辩解说：“起义之初，有幸被任命为司马，和长史裴寂的地位大致相同。如今裴寂贵为仆射，拥有甲等府第；而我的官爵，和一般人差不多。多年来东征西讨，老母留在京城，无人照应，内心确实有些怨气。偶因醉后失言，难以自保。”
李渊得知后，对群臣说：“以刘文静这些话来看，其谋反之状已明白无疑了。”
李纲、萧瑀都极力保举刘文静并非谋反，秦王李世民诚恳地替刘文静求情道：“从前在太原起兵时，文静首先定下举义的非常之策，然后才告知裴寂。等攻克长安，他二人官职待遇悬殊。文静对此心存怨望，确是实情，但绝对不是谋反。还望父皇念他昔日首义之功，免他死罪！”
裴寂巴不得借机除掉这个政敌，便火上浇油道：“刘文静才具胆略，超出众人，性格又粗暴阴险。如今天下未定，留下他，必定后患无穷！”
李渊向来与裴寂私交深厚，又讨厌刘文静恃才傲物，顶撞自己，沉思了许久。最后还是听信了裴寂的谗言，决定处死刘文静。
九月初六，刘文静与弟刘文起被斩首，抄没其家。
文静临刑前，长叹道：“‘高鸟尽，良弓藏；狡兔死，走狗烹。’韩信说的真没有错啊！”时年仅五十二岁。
李世民见未能救下自己的得力助手，内心十分悲伤。联想起几天前自己保举的李靖，在峡州被萧铣兵马阻挡。父亲暗下诏书，命峡州刺史许绍将其斩首。幸亏许绍爱惜李靖之才，极力担保，才免了李靖死罪。世民觉得，父亲于有意无意之间，在削弱自己的力量，越发伤感。只好等待时机，再求父亲信任。
其实，这一切，都是李渊为维护太子建成权威而费的苦心。
九月十二日，裴寂率兵至介休，宋金刚据城相抗。裴寂将大军驻扎在介山之旁的度索原，大军饮水，全靠山下涧水。宋金刚派兵切断水源，唐军饥渴难耐。裴寂将军营移到有水处，途中被宋金刚出奇兵攻击，裴寂兵马几乎伤亡殆尽。裴寂只身，一日一夜逃回晋州。
此前，刘武周曾多次派兵攻打西河，被浩州刺史刘赡打退。李仲文兵败后，率部投奔刘赡，二人共守西河。
等到裴寂兵败，自晋州以北，所有城镇都被刘武周攻破，惟有西河城独存。姜宝谊再次与刘武周作战，又被俘虏。私下图谋逃走时，被宋金刚杀死。裴寂上表请罪，李渊并未降罪，安慰他继续领兵镇守河东。
刘武周乘胜向太原进兵，来势凶猛。
齐王李元吉内心十分害怕，却哄骗自己的司马刘德威说：“足下率领老弱士兵坚守太原城，我率精锐之兵出城，与刘武周决战。”安排已毕，九月十六日夜，元吉率兵出城，保护着妻妾财物，丢下太原城，逃回长安。元吉刚刚离去，刘武周大军已到太原城下。太原土豪薛深，打开城门，将太原献给刘武周。
消息传到京城，李渊大怒，对礼部尚书李纲说：“元吉年轻，不熟悉军政事务，这才派窦诞、宇文歆去辅佐他。太原有精兵数万，粮草供应可支十年。这一重要的王业兴起之地，竟然在须臾间就被抛弃。听说宇文歆首先出此下策，我定要将他斩首！”
李纲说：“齐王年少，骄逸放纵。窦诞不仅未曾规劝，而且不替他遮掩，致使百姓怨愤。今日太原之败，实是窦诞之罪。宇文歆多次劝谏齐王，齐王不思悔改，宇文歆马上就将情况上奏朝廷。这是忠臣之举啊，怎能杀他呢！”
李渊不再做声。
第二天，李渊召见李纲，把他让上御座说：“我有了阁下，避免了滥用刑罚。元吉自己作恶，不是窦诞、宇文歆二人所能制止的！”于是，将窦诞、宇文歆一并赦免。
卫尉少卿刘政会曾在太原公干，也被刘武周俘虏。他向朝廷密奏刘武周军中情形。
刘武周占据太原后，派宋金刚攻下晋州，俘虏了唐右骁卫大将军刘弘基。刘弘基伺机逃回长安，宋金刚随即兵发绛州，又攻下龙门。河东之地，一大半已落入刘武周之手。
面对发家之地的危境，李渊本已一筹莫展。偏是自己宠爱的太子建成和四子元吉又不争气，屡给自己添乱，更令他心绪烦乱。
建成自立为太子后，李渊就处处树立他的权威，又派了最贤能的大臣去辅佐他。这年夏天，安兴贵擒获李轨，平定河西后，李渊为了增益他的声望，派他前往原州去迎接安兴贵。既显示朝廷对安兴贵的尊崇，又可使太子借机结交人心，本是一举两得的事，可建成极不自重。
当时正值酷暑，可建成居然忘了迎接降臣的大事，竟与部下田猎无度，令士兵不堪其劳，逃亡过半。本是个皆大欢喜的好事，却让他办砸了。
回到长安，李渊虽未严责，却窝了一肚子火，更担心他不务正业，难当太子重任。思之再三，打算让他通过处理一些朝廷的日常事务而得到锻炼。因此，除了经常训诫他外，还让他参与朝政处理。只要不是有关军国大事，朝中的日常事务都交由他决断。可时间一长，他又懈怠起来。
李渊无奈，诏民部尚书郑善果兼东宫之官辅导他。李渊觉得分量还不够，又下诏书，命德高望重的隋室名臣李纲以礼部尚书兼太子詹事，去帮助他提高德行学问。
刚开始时，太子建成还比较礼敬李纲，也听他劝谏。可时间一长，太子渐渐亲近小人，听自己手下的谗言，妒忌秦王李世民功高，对秦王颇为猜疑。李纲多次劝太子胸怀天下，兄弟友爱，可建成不听，李纲便上书辞官退休。
李渊见李纲不愿辅佐太子，便顾不得皇上威严，对李纲破口大骂道：“你连盗贼何潘仁的长史都愿意做，难道耻于做我的礼部尚书吗？况且刚让你辅佐建成，你却要辞职退休，你到底是什么居心？”
李纲叩头辩解道：“潘仁当时是做盗贼，每每想随便杀人时，我一劝谏他就接受。所以，做他的长史，我是称职的，可以无愧我心。陛下是创业明主，老臣无用，劝谏太子的话语如同俗语所说的‘往石头上泼水──不入’，对太子不起任何作用。老臣怎敢长时间玷污尚书省，有辱东宫呢！”
李渊明知是太子的过失，一听李纲这样说，便转而安慰李纲说：“我也知道你是忠忱耿直之士，正因为如此，才极力挽留你好好辅佐我儿啊！”
九月二十三日，李渊又加李纲为太子少保，礼部尚书、太子詹事一并兼着。李纲无奈，只好又不断上书，劝谏太子远离小人，批评他饮酒无度、听信谗言、离间骨肉。太子一看，列了自己这么多过错，心中很不高兴，但又不敢发作，生怕李纲禀告父亲，便左耳进，右耳出，任由李纲唠叨，自己依然我行我素。李纲见太子毫无悔改诚意，纯粹是在应付他，心中十分伤感，整日郁郁寡欢。不久，便向李渊坚决辞职。李渊无法再挽留，只好下诏，免了他的礼部尚书之职，仍为太子少保。
李世民的日子也不好过。
他虽然官职如旧，但李渊并不完全信任他，担心他力量的膨胀，会影响到太子建成的地位。加之他经常出征在外，与朝臣来往也不够密切；而太子又参与处理朝政日常事务，与朝臣相处自然要融洽得多。
李渊本来就听信建成的话，内心又时时偏袒齐王元吉。世民议政时，经常反驳李渊的意见，而建成、元吉则沆瀣一气，总是顺着李渊说话，时常告诉李渊一些不利于世民的话。朝臣也随声附和，所以李渊对次子世民总是存有戒心。或者说是一种矛盾心态，一方面离不开李世民为他扫平天下，另一方面又担心世民因此坐大，难以驾驭。因而，李世民就随父亲的这种矛盾心态而一会儿得宠，一会儿失宠，苦不堪言。
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