上述晋末政争的五个阶段，是江左的太原王氏由极盛到覆灭的过程，是严格意义的门阀政治最终结束的过程，也是司马氏的东晋政权彻底败落的过程。东晋末年政局，由主相相持演变为两藩对立，再变为孝武帝死后两藩联合以抗中枢，再变为一藩失败一藩成功，再变为桓玄暂得独揽权力而成篡局。在这十余年瞬息变化的政局中，不论是皇帝，是相王，是权臣，是藩镇，是士族，没有一个人得以成为时局的重心。百年门阀政治的格局破坏了，而皇权政治并没有真正树立起来。中枢既昏乱，又虚弱。如果说有什么势力在这十余年中真正起了作用，那就是上下游两强藩所倚恃的军队：上游是以杨佺期雍州兵为主的军队，下游是刘牢之的北府兵。
上下游这两支军队，都是由边境地区的北来流民为主体而组成的。军队的统领，刘牢之是出自将门的次等士族；杨佺期虽出弘农杨氏高门①，亦因晚渡及婚宦失类而不得预于胜流，实际地位与刘牢之相近，只能算作次等士族。北府兵和雍州兵，军队由次等士族的武将率领，而武将则由门阀士族指挥，武将和门阀士族之间一直存在矛盾。王恭轻视刘牢之，桓玄以寒士裁抑杨佺期，都是同样的性质。所以这两支军队都有脱离士族统治的倾向，实际上是走着与士族相对独立的但却是迂回曲折的发展道路。
在门阀政治无法继续，皇权政治不得复兴的条件下，只有刘牢之、杨佺期的军队具有澄清局势、恢复安定的潜在作用。但是这些伧荒武将并不理解自己能起的作用和自己的历史使命，不具备使自己的军队完全脱离门阀士族附庸地位的意识。他们没有一定的方向，始终只是在百年门阀政治造成的迷宫里跌跌撞撞。
以下游武将刘牢之论，他虽然握有一支决定建康命运的军队，但他一叛王恭而降司马道子，二叛司马道子而降桓玄，三叛桓玄而走上绝路。他始终只是为了自存，而又终于无法自存。《谢安传》谢安疑刘牢之“不可独任”，《刘牢之传》牢之参军刘袭谓“一人而三反，岂得立也！”刘牢之的行动并不只是个人晕头转向、进退失宜问题，而是反映了本来是门阀士族的工具的伦荒武将转化为社会统治力量时必然出现的曲折。居间行计以促成刘牢之的反复的，一次是司马道子派出的高素，一次是司马元显派出的何穆之，这二人都是北府旧人，但也都不明白北府兵的历史作用。不过，也还应当看到，刘牢之几次倒戈后，北府兵既未真正归于司马道子父子，也未真正归于桓玄。桓玄蓄意剥夺刘牢之兵权，先是自己兼领徐州，后来又以桓修出镇京口，并徒刘牢之于会稽，以北府兵配诸桓。尽管如此，北府兵并不为桓玄所用。当刘裕进攻桓玄时，桓玄以桓谦等人拒战，“谦等士卒多北府人，素慑伏裕，莫敢出斗，……谦等诸军一时奔散”，事见《晋书》卷八五《刘毅传》。甚至在刘牢之自杀以后，北府势力还能重建，并团聚在刘裕周围，成为刘裕驱逐桓玄，压平卢循，进行北伐，废晋立宋的主要力量。
至于上游杨佺期的武力，与刘牢之的北府兵相比，性质上很相像而结局却又不同。杨氏的兵力是上游荆州的决定力量，没有它，殷仲堪和桓玄很难有所作为。而杨氏兄弟始终只是依违于门阀士族势力之间，没有独立发展的打算，与刘牢之所统北府兵相似。不过，杨氏兄弟的武力被桓玄兼并后，就成为门阀士族桓氏的工具，成为桓玄入京代晋的垫脚石，这又与北府兵完全不同。桓玄兼并杨佺期，这是局部问题；桓玄终于被北府将刘裕所灭，这是全局问题。从局部看来，门阀士族可以吃掉强大的伦荒武将；从全局看来，门阀士族的统治地位终将要被伧荒武将所取代。
还有，即令是荆州这一局部，桓玄兼并杨佺期，也没有长期地改变荆州地区门阀士族与伧荒武将的关系。《梁书》卷一○《萧颖达传》：“江陵素畏襄阳人”。陈寅恪先生《述东晋王导之功业》①一文据此立论曰：“此点不独涉及梁武帝之霸业，即前此之桓玄、刘毅、沈攸之，后此之梁元帝、萧詧诸人之兴亡成败，皆与之有关也。”东晋以来，特别是桓温居江陵以来，上游侨人门第较高者常居江陵，门第较低而有武力者大率居襄阳附近，与下游侨人门第较高者居建康，门第较低而有武力者大率居京口附近相类似。《南齐书》卷一五《州郡志》（下）：襄阳、江陵“步道五百，势同唇齿。”江陵必须用襄阳的武力，始能维持上游的统治；襄阳的武力总是在关键时刻，影响甚至决定江陵的政局。这就是“江陵素畏襄阳人”的历史背景。杨佺期之后有鲁宗之。据《宋书》卷七四《鲁爽传》，太元末鲁宗之自扶风至襄阳，开始以其武力影响江陵政局。他在以后的关键时刻三入江陵，一是支援刘道规灭桓氏余党，一是助刘裕灭刘毅，一是抗拒刘裕而未成功。入刘宋后，门阀政治的格局不存在了，但襄阳武力对江陵政局的举足轻重作用，大体如旧。此点越出本题范围，无庸细究。
这里再顺便谈一下与其时政局关系密切的孙恩问题。《魏书》卷九六《司马睿传》曰：“德宗（司马德宗，即晋安帝）以来，内外乖贰，石头之外，皆专之于荆、江；自江以西，则受命于豫州；京口及于江北，皆兖州刺史刘牢之等所制，德宗政令所行，唯三吴而已。”上下游的藩镇兵皆不在司马道子父子之手，道子父子欲补充京师兵力以求自保，只有从三吴一隅徵发，于是而有发东土诸郡“免奴为客者”，号之曰“乐属”，移置京师以充军役之事，终于激发三吴农民起义。所以从导火线说来，东晋的农民起义正是东晋统治者长期内争的直接结果。徵发“免奴为客者”为兵，其事同晋元帝太兴四年（321年）“免中州良民遭难为扬州诸郡僮客者以备征役”，性质是一样的，但时机迥异，所以后果各不相同。
孙恩家族，在西晋时已跻入社会高层；卢循更是出于北方门阀士族。他们南渡均晚，在江左不得预于胜流，没有方便的、良好的仕进机会，与杨佺期、刘牢之、刘裕属于同一社会阶层，即次等士族。这些同属于江左侨姓次等士族等级的人物，却具有各自不同的面貌，在晋宋之际，以各种不同的方式，宗教的和世俗的，政治的和军事的，来显示自己的存在，以求代替门阀士族的政治作用。这是晋宋之际政局发展的显著趋势和重要内涵。
在门阀政治终场的过程中出现了桓玄的兴废，这只能视为门阀政治的回光反照，已如前论。桓玄终于被刘裕击败，这可以视为次等士族对于主宰东晋政治百年之久的门阀士族的决定性的胜利，在此以后，刘裕还有一个经营过程。不过刘裕在这个过程中的竞争对手已不再是门阀士族，而是以道教面貌出现而与他角逐的另一次等士族人物，即卢循。这就是说，次等士族的各种成分之中，究竟该由哪一种成分占据统治地位，还须由历史来选择。结果是历史选择了北府将刘裕。
次等士族代替门阀士族的统治地位，终于要导致朝代易姓和易制。易制才能保证易姓的成功。所谓易制，就是刘裕把东晋孝武帝企图恢复而未成功的皇权政治真正付诸实现。《孝武帝纪》记谶曰：“晋祚尽昌明”。东晋门阀政治，到孝武帝时确实将结束了，但是代替东晋门阀政治的刘宋皇权政治，却是在实现着东晋孝武帝的遗志。刘裕在建宋以前的活动，正是在为实现孝武帝的遗志作多方面的准备。
回顾谢安死后东晋的这一段历史，无论是主是相，还是其它内外当权士族，人物均甚鄙陋，活动均具皇朝末代特徵。但是这些人物活动所具有的客观意义，都可以从时代背景上加以解释。不过鄙陋人物毕竟不可以当大任，成大事，所以晋末政局琐碎不堪，史家多不屑于探究。这一阶段由依附于主、相的太原王氏交织其间的、由门阀政治过渡到皇权政治的历史内容，遂因其纷坛杂乱而隐晦不显，只有刘裕个人，近年来稍被史家注意，作出肯定的评价，但大多也不过是限于个人才能运用方面而已。
东晋百年的门阀政治中，曾经居于权力中心的士族只有几家。其中颍川庾氏受桓温诛戮；谯郡桓氏在桓玄败后死绝；太原王氏世称华胄，它的两支也都在政争中覆灭。只有琅邪王氏和陈郡谢氏，在长时间的复杂冲突中，没有受到集中的毁灭性的打击①。所以王、谢家族人物就成为替新朝奉玺缓的工具而受到特别的重视，家族发展得以延绵久长，至于南朝之末。后代所称五朝门第，遂以王、谢为其代表。这种情况是由东晋的政局造成的，而不是说魏晋以来的门阀士族中，本来就以王、谢的门第最高。
① 杨佺期，东汉杨震十世孙。祖杨林，没胡。父杨亮，仕于姚襄，永和十二 年（356年）桓温北伐时奔于温。杨亮累任东晋梁州刺史，杨佺期也长期 为边将。事见《晋书》卷一一六《姚襄载记》，卷八四《杨佺期传》。 ·
① 见《金明馆丛稿初编》。
① 晋末宋初陈郡谢氏人物被杀者比琅邪王氏为多，参本书第二三○页。但谢 安兄弟辈子孙众多，迭有人物，其门户元气还未大丧。
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