在占领的第一年，麦克阿瑟十分倚重参加过这场战争的那班人马。总司令部内仍然存在一个所谓的老“巴丹帮”的核心集团，还有一个吹毛求疵的、嫉妒眼红的外围集团跟他们在老头子面前争宠。然而到了1946年，随着陆军缩编，麦克阿瑟的很多参加过这场战争的亲密战友失去了他们的星徽。那些已然当上了将军的军官一下子退回到他们先前佩戴过很久的军衔——一般为上校——他们发现一旦失去了将军的威风，再服现役就太痛苦了。
这帮老战友离开了部队，他们的岗位由一些麦克阿瑟所不熟悉的，而且注定永远都不会熟悉的军官取而代之。麦克阿瑟将那些老参谋人员看作一个大家庭，而不把这些新人放在眼里。威洛比的副手，詹姆斯·H·波尔克上校注意到：“这些参谋一向不违背麦克阿瑟的意见，从不提出不同看法……他对待自己身边那些老参谋就像对待他的子女一样，而对这些新人则视而不见”。
1945年秋，美国在日本有2个集团军，一是克鲁格率领的第6集团军，一是由艾克尔伯格担任司令官的第8集团军。美国战时陆军大规模复员意味着必须撤消这两个军中的一个，到1946年1月，克鲁格已满美国陆军的强制性退休年龄，因而撤消第6集团军就成为合乎逻辑的选择。
麦克阿瑟深知艾克尔伯格在这场战争期间并没有什么名气。然而现在不同了。那年秋天《时代与生活》杂志以艾克尔伯格的一幅瞪大了眼睛、似乎正凝视着前方的照片作为封面。这种令人眩目的宣传配谄媚的文字对人们的看法起着很坏的影响。艾克尔伯格是个好人，但他还不够老练，他被名誉弄得眼花缭乱，以至于断定这意味着他已“加入这个伟大的或近乎伟大的行列”。麦克阿瑟感到他可以趁此机会亲自出面对艾克尔伯格大加称赞，并送给他一张有他亲笔签名的照片，照片上的题词是：“在这场战争中，任何一个集团军的光荣与功勋都比不上第8集团军”。艾克尔伯格如此陶醉于溢美之辞，他如饥似渴地把这段题词读了一遍又一遍。他对他的妻子说，这是“我的一生中最伟大的时刻之一”。然而这类题词只不过是麦克阿瑟惯用的夸张手法而已。不要对人说他干得很出色；要对他说他是天才，让他乖乖地吃掉你放在手心上的东西。
艾克尔伯格从默默无闻一跃成为显赫人物。他1926年在利文沃斯的学友、新任陆军参谋长德怀特·艾森豪威尔给他了一个令他意想不到的晋升机会。艾克提议让他出任陆军副参谋长一职。如果接受这项任命，他几乎可以肯定地得到那梦寐以求的四星上将头衔。艾森豪威尔在这场战争期间常常盼望着退休，这已不是什么秘密。但他不得不中途改弦易辙，出任陆军参谋长。他之所以答应杜鲁门的要求，仅仅是因为他知道总统会在2年内找到接替他的人。因此可想而知，艾克尔伯格会成为陆军参谋长。
麦克阿瑟不愿意放他走，这也许是担心一旦让艾克尔伯格在五角大楼的大办公室里坐住了，他就会成为他的一个劲敌。尽管自从麦克阿瑟命令他宁死攻克布纳后，艾克尔伯格就满腹的委屈；此后这种倒霉事还与日俱增。尽管如此，断然拒绝艾森豪威尔的提名可能还是不明智的。他与艾克的关系并非完全融洽，而艾克会很容易对他认为遭到麦克阿瑟冷落的人表示同情。没有理由去唤起对这类事件的不愉快的回忆。麦克阿瑟还煞有介事地告诉艾克，他准备放艾克尔伯格走人。他还补充说，要是艾克尔伯格离开日本，克鲁格就得留下来，要撤销的会是第8集团军，而不是第6集团军。
正当艾森豪威尔反复琢磨这封电文时，麦克阿瑟也向艾克尔伯格谈起此事，并指出此事的某些用意。麦克阿瑟说，如果将第8集团军撤销，克鲁格肯定会要求将他需要的第8集团军的一些军官留下来参加第6集团军的工作。他确切地知道该按哪个按钮。艾克尔伯格刚愎自用，野心勃勃，但毕竟好感情用事。他一想到那些曾忠心耿耿为他效力3年多的人现在必须接受克鲁格命令就无法忍受，他根本就看不起克鲁格。他拒绝了艾克的提议。这种富于浪漫主义色彩的姿态让他的性格焕发出玫瑰色的光彩……却为他的理智抹上了一片迷雾。
只要艾克尔伯格能有麦克阿瑟一半的精明，他就会说：“将军，我必须接受这项职务”。本来，一旦他出任副参谋长，他就可以拥有绰绰有余的势力把他的原参谋人员安排到他们想去的地方，安插在那些可能得到晋升的职位上去。如果选择前去赴命，那他能为他们做的事要比选择留下来所能做到的多得多。
如果这样，他们在克鲁格手下工作必须忍受的一切不适本可以是短暂的、尔后还能得到充分的回报。然而无论是在和平时期还是在战争时期，艾克尔伯格总是毋庸置疑地会放弃那些已经到手而大多数军人梦寐以求的机遇。他曾两次通过幕后活动由西南太平洋战区调到欧洲战区，尽管两次都有机会来临，但他两次都错过了。他本来是有机会解放马尼拉的，但又畏缩不前。
麦克阿瑟非但不感谢艾克尔伯格决定留在日本，还对他表现出的那种感情脆弱姿态嗤之以鼻，尽管艾克尔伯格的这种姿态是他自己促成的。在一个凉风阵阵的岩洞的那一边，是他曾构思贺词并在照片上题字的地方，这里有个冰窟，大得能让一个人走进去，正是在这里，他对其他人的温暖感觉荡然无存。他就在这里对他人的能力作出冷酷无情的判断。在随后的2年中，他视艾克尔伯格如粪土。
鲍勃对麦克阿瑟耿耿于怀。他断定麦克阿瑟不仅骗取了那一颗本该由他获得的星徽，而且还骗取了他的部分荣誉。为了让自己恢复心理平衡，他叫自己手下的一名军长绕开麦克阿瑟，并直接向陆军部推荐他去接受各种奖章，其中包括铜星奖章与空军奖章。在获得颁发奖章的授权之后，他便在自己的办公室秘密举行的一次仪式上，把奖章别在自己身上。
艾克尔伯格决定留在日本后能从中得到的推一安慰就是克鲁格必须离职。说来也巧，克鲁格与麦克阿瑟的生日都是1月26日；1946年这一天他去第一大厦向麦克阿瑟道别。
麦克阿瑟让他的参谋在与其办公室相毗连的接待室中靠墙站成一排。他把右手放在一个大扶手椅的靠背上，心事重重地凝视着克鲁格。这是一种品特派风格（品特，英国荒诞派戏剧代表人物，其剧作以对话含糊其辞、简练幽默、事件老有若无，似是而非等著称，主要作品有《看房者》《归家》等——译者注）的定格——一种饱含感情、意味深长、令人难以忍受的戏剧化的紧张场面。他终于开口讲话了，声音缓慢而洪亮：“在撰写第二次世界大战史的最后篇章时，任何集团军司令官都无法与沃尔特·克鲁格媲美。为了表彰他在我亲眼所见的很多场合所表现出来的英勇行为，我将不胜荣幸地向他授予服役优异十字勋章。”他还向他授予了他所获得的第3放服役优异勋章。
麦克阿瑟迈步上前，把这枚服役优异十字勋章别在克鲁格将军胸前那4排他已经获得的勋带的上方，这是克鲁格所获得的首枚也是唯一的一枚十字勋章。接着他伸出双臂抓住克鲁格的双肩，用极戏剧化的声调说：“你不愧为盖世无双的指挥官”。他将握紧的手松开片刻，又再次拥抱克鲁格。“您是一名了不起的军人”。他第3次将克鲁格松开，又拖住，凝视着克鲁格的双眼说：“您是一位忠诚不渝的朋友”。
克鲁格僵直地立正站着，他想说点什么，但喉咙却哽咽住了，不禁潸然泪下。泪水不断地流进他脸上沟壑纵横般的深深的皱纹里，好像要找地方藏起来似的。泪水太多了。他低下头，伸出手来轻轻拍了拍麦克阿瑟的胳膊。接着，麦克阿瑟将他带到大使馆去参加琼为他们俩人准备的生日午宴。
长期担任麦克阿瑟的参谋长的理查德·K·萨瑟兰中将特地从美国赶了回来；他去美国休假，对外称他去美国筹划投降仪式。很难相信在麦克阿瑟定下这一仪式的基调后，总司令部的参谋们还不能拟定出这一重大事件的技术性细节。笔者认为，真正的原因是麦克阿瑟认为，让萨瑟兰留在“密苏里”号战列舰上才最合适。尽管他有种种过失，但他在麦克阿瑟抗击日本的战争中发挥了重要作用。此外，他的缺席会引起别人的注意，而且可能会引起人们对他们之间的关系产生不良的好奇心；麦克阿瑟一直想向马歇尔与史汀生表明这种关系十分密切而融洽。
开始占领日本之后，麦克阿瑟实际上并没有将萨瑟兰放在眼里，而萨瑟兰被自己的高血压搞得心神不定，好像高血压判了他死刑似的。显而易见，麦克阿瑟想沿用战时的模式继续管理他的这班人马。他仍然希望他们从上午7点到下午9点上班，每周工作7天。他们根本没有自己的生活。他们的存在只是麦克阿瑟的存在的扩展而已。
这种生活作息制度对一个整日忧心忡忡的病人来说已不像从前那般有吸引力了。在1945年圣诞节即将到来之际，萨瑟兰对麦克阿瑟说，他想回国看病。如果他的健康状况允许，他会继续留在陆军，但不返回日本；要不然他就会申请退休。麦克阿瑟急不可耐地对他说，这可是个好主意。萨瑟兰，这个自视造就了麦克阿瑟的伟大，并一向珍视自己的这个神话的人被击垮了。几周后当他启程时，通常会在道别时情感洋溢的麦克阿瑟，显然克制住了向他致谢的念头。他向萨瑟兰告别的样子就像一个人刮去自己鞋上令人讨厌的东西似的。
尽管麦克阿瑟是同盟国的最高司令，而且在代表盟国改造日本方面几乎投入了他的全部精力，他仍然负责掌管大量地面部队。他的美国军事司令部，即所谓的太平洋陆军司令部，掌管着夏威夷与亚洲大陆之间的陆军官兵（不含朝鲜）。掌管太平洋陆军部队是他有兴趣承担的最后一项使命。他让他的参谋长分管这项工作。
解除日本的武装是太平洋陆军部队的首要任务。在日本投降后1个月，麦克阿瑟对麻省理工学院院长卡尔·康普顿说，他希望在随后的30天内解除整个日军的武装。他说，不然日本军队中的负隅顽抗分子会上山拿起武器打游击。
结果事实证明根本找不到任何游击队。有些日本人确实将他们的武器藏了起来，20年后那些几乎被遗忘的武器贮藏处被不断挖掘出来，然而在日本投降与克鲁格启程之间的4个半月期间，日本已几乎完全被解除军事武装。这支700万人的军队被遣散，其海军被废除，420艘海军舰只被拆毁。美军部队夺取并摧毁了数百万件武器，将近150万吨弹药，8000架作战飞机，2500辆坦克，将近20万门火炮与海岸炮。实是没有日本政府的合作，日本非军事化的速度不可能这样快，效率不可能这样高，日本非军事化是对日本在多大程度上愿意执行麦克阿瑟命令的首次检验。成功地完成这项任务是搞好占领日本的良好开端。
当日本被拔掉毒牙的时候，美国陆军第8集团军的大部分参加过战斗的老兵已经离开或准备离开部队。在占领军的成员中，满脸雅气的，到日本来寻欢作乐的年轻人越来越多。太平洋陆军部队（后来改名远东司令部）变得比一支警察部队强不到哪儿去。它的作战能力低下，训练计划松散，而且他们与日本妇女的关系令人伤透脑筋。如果什么时候这支部队不得不去打仗的话，很可能会发现他们已经把最佳表现都留在床上了。
身为盟军最高司令的麦克阿瑟显然有权采取他认为“可取而适当的”任何措施来实施他从华盛顿得到的政策指令。因此，他对他的指示作出解释的自由度甚至多于战争期间。美军的传统自格兰特以来，就允许野战指挥官对其指示作出解释时有很大的自由空，而主张对其采取的每一步措施进行微观管理。1945年以后，参谋长联席会议进一步发扬了美军的传统——麦克阿瑟认为这种传统是绝对正确的——比在战争期间有过之而无不及。他拥有象潘兴曾被授予的那种在解释其指示方面的自由度，可以追溯到1917年。
当时，那些批评麦克阿瑟的人将他在解释其指示方面所拥有的自由度大肆夸张，他们将麦克阿瑟刻划成一个要把占领日本变成他个人的独角戏的刚愎自用的家伙。有意思的是，这一点正如考特尼·惠特尼所描述的那样：“没有一位总督、征服者、大元帅对其臣民所拥有的权力能超过麦克阿瑟对日本人民所拥有的权力。他的权力是至高无上的。”
尽管麦克阿瑟还没达到惠特尼所说的这种程度，但他自己似乎为惠特尼的说法提供了佐证：“从我被任命为最高司令官的那个时刻起，我就制订了我打算遵循的政策。”这种说法相当言过其实。麦克阿瑟制定的只是一些具体措施，制定大政方针的是华盛顿。正如詹姆斯教授所说的那样，“对他的限制是很多的。”
即便如此，麦克阿瑟还是以全面的思想观念来迎接这场新挑战。早在日本投降前6个月他就对罗斯福身边最亲近的顾问之一罗伯特·舍伍德说，实施严厉的占领政策只会带来种种问题，如果美国以公平、慷慨大度的态度对待日本人，“我们会在将来赢得亚洲人民的友谊与合作。”
麦克阿瑟在日本采取的每一重大举措都是根据参谋长联席会议的指示办的。将战败的日本视为战争中的日本——把日本问题当作军事问题。占领政策是五角大楼制订的。尽管作出由自己统管一切的样子很符合麦克阿瑟的虚荣心，但他绝不是完全自主的，在绝大部分时间里，他都像其他军官一样，只不过在执行有关指示而已。
事实上他还受到艾森豪威尔、布雷德利和斯帕兹等欧洲战区司令官们的制约，此时他们都处于五角大楼的主要领导岗位。当出现结束这场战争的一线希望时，杰克·斯维尔德鲁普回国休假，并应召赴华盛顿与杜鲁门会晤；史汀生热切地希望这场战争一结束即辞去陆军部长职务。近20年来，杜鲁门对斯维尔德鲁普一直很了解，很喜欢，很信任。甚至有一种说法称，在杜鲁门的缝纫用品业破产时，是斯维尔德鲁普替他还清了拖欠的债务。正因为如此，在杜鲁门看来，作为美国中西部地区最大的建筑公司之一的创业股东之一，并在这场战争中晋升到二星级（少将级）军衔的斯维尔德鲁普，是担任下一任陆军部长的最恰当人选。
斯维尔德鲁听了杜鲁门的意见，但又想与麦克阿瑟商量一下。当他返回太平洋战区时，麦克阿瑟花了一个多钟头劝说他接受这项任命。他对斯维尔德鲁普说，他十分需要“一位在政府机关工作的朋友”，而斯维尔德鲁普多少有点倾向于拒绝杜鲁门的提议。由于这场战争，很多工程项目已被搁置起来。美国商界与政府拥有大量未能花掉的现金。总部设在圣路易斯的斯维尔德鲁普与帕斯尔公司要作出一种抉择：要么成为真正财力雄厚的大公司，要么眼睁睁地让其竞争对手，从自个儿的鼻子底下把肥得流油的合同拿走。斯维尔德鲁普越想这件事，就越想回到自己的公司，他要引导公司在这激动人心的时代勇往直前。尽管麦克阿瑟那么能言善辩，但他有自身的局限性。尽管斯维尔德鲁普那么忠心耿耿，但这也是有局限性的。他到达日本时，麦克阿瑟就知道他在政府机关将木会有朋友，无论是在五角大楼或是白宫都木会朋友严
麦克阿瑟与新总统杜鲁门实际上并无直接交往，他与他的关系木同于他与胡佛和罗斯福的关系。他们两个—一个是心中早有敌意，另一个极其谨小慎微——开始交往时起点就很糟。在“密苏里”号战列舰上举行的日本投降仪式向美国作了实况转播。这项仪式的正式程序在甲板上结束之后，麦克阿瑟走了下来，坐在扩音器旁，作了20分钟的广播，时而穿插着向美国人民发表充满激情的演说。他用缓慢的声调说：“今天，炮火声已平息了……一场巨大的悲剧已告结束，一次伟大的胜利已经到来……”他谈到历史上世界各国为解决彼此间分歧而诉诸战争的方式。但现代武器的破坏性力量意味着这样的岁月已经结束。“我们拥有最后的机会。如果我们现在尚未发明某种威力更大、更有效的系统，一场大规模战争会很快摆在我们眼前。”解决问题的惟一希望就是人类向更高阶段发展。“如果我们要拯救人类，那就必须本着这一精神去做”。
麦克阿瑟曾为这篇讲话反复斟酌，他预料听众会有千百万。而他始料不及的是杜鲁门居然要在他前面先讲。日本投降仪式结束时，总统通过广播发表了一篇总统的炉边谈话。他讲完之后，麦克阿瑟接着讲，他那热情洋溢的讲话失去了感染力，听众心不在焉，并没有在听他的演讲，也没有掌声，令他感到丢脸。
这时候，美国政府正设法遣散这支庞大的主要是由义务兵组成的战时陆军。但美国政府又不打算解除美国的武装，他们设法说服国会继续执行选征兵役制，即便已经赢得胜利。当时政府发言人提出的理由是美国要在未来不确定的时间内在德国和日本驻扎大量部队。
美国陆军部和白宫中没有任何人就当时发生的事向麦克阿瑟提出建议，或者在将日本作为范例之前设法让他了解情况。即便如此，麦克阿瑟还是十分了解当时发生的事情。不相信国会将继续执行征兵制（事实上它的确没有执行）。没有任何人找他商量，他看不出有什么理由能让他代表那些他料定会失败的方方面面去给自己惹麻烦。相反，他迫切地想离这些事远远的。麦克阿瑟宣布，在未来6个月内他只需要20万人，而不是象现在这样，他的司令部掌管着50万人。
杜鲁门认为那些企图破坏他要在和平时期确保征兵制实施的种种努力是不可宽恕的，对此他怒不可遏。他生气地对他人说“我要整整这个家伙”。几天后，代理国务卿迪安·艾奇逊公开批评了麦克阿瑟。他承认征兵是个军事问题，确实不在国务院的主管权限之内。然而，他没有就此作罢，而是接着宣布“占领军是执行政策的工具，而不决定政策……为执行这项政策所采取的任何措施都将付诸实施。”
记者或政治家中有一种看法，认为艾奇逊公开指责这位将军无异于俎代庖。这样一来便激怒了国会中麦克阿瑟的崇拜者们，而这位将军既伤心又吃惊。自从1901年陆军部长伊莱休·鲁特批评陆军将级司令纳尔逊·迈尔斯以来，这种事还未发生在任何一位美国军官身上。而且在上述例子中，是迈尔斯挑起事端，在国会的一个小组委员会上直言不讳地攻击鲁特引起的。麦克阿瑟的报告也许有些失礼，但他十分谨慎地没有直接或间接地攻击任何个人。
艾奇逊的指责使他怒不可遏。他确信，像艾奇逊那样既冷静又聪明的人绝不会这样攻击他，除非是总统命令他这样做，因此他感到更加痛苦。麦克阿瑟在给陆军部发的电文中写道，根据他目前所了解的，他“将尽快采取措施与陆军部所宣布的遣散军队的政策取得完全一致。”关于这一点，他说的是真话，美国政府将日本作为继续进行征兵的理由之前，并没有取得他的支持，是美国政府疏忽了
杜鲁门确信是该让麦克阿瑟回老家看看了。这位将军似乎对自己的国家处于什么样的情绪与状况已不甚了解。就像其他获胜的司令一样，麦克阿瑟无论如何也会欣然接受这个国家对他在战争中的功绩表示出的感激之情。马歇尔正式给麦克阿瑟拍电报，建议他回美国看看，并表示，既然战争业已结束，陆军需要他在国会上就军事需求作证。麦克阿瑟断定这份电报不是出自马歇尔之手，而是杜鲁门。
总统的要求并没有以命令的形式提出。电报上说，“我建议您回祖国看看，”然而任何一个在军队服过役的人都知道，尽管电报的文字彬彬有礼，但由指挥官提出的建议就是一项命令。麦克阿瑟本人也不喜欢直接下达命令。无论是对一个勤务兵还是对一位集团军司令，他通常都是表示他认为某种想法不错，要么就问对方采取诸如此类的行动是否可行，要么就提出一个建议。他对这份电报的回电是不可宽恕的。他在拍给马歇尔（不言而喻是拍给总统）的电报中直截了当地表示不回去。他说，日本的当前局势“极其危险”，然而又不拿出任何证据来证实这种说法。
在第二次世界大战期间，马歇尔与罗斯福经常离开华盛顿。他们不在首都期间，战争照样进行。在诺曼底登陆的兵力集结阶段，艾森豪威尔回美国10天，大反攻照样取得了成功。如果麦克阿瑟离开日本2周，占领日本就会陷入混乱，这种说法不仅站不住脚，而且十分荒唐可笑。
的确，麦克阿瑟认为他掌握着日本的命运。他也许还担心，要是他离开日本2一3周，而在这期间并未出现任何麻烦，那么杜鲁门就会认为没有麦克阿瑟也能行使占领。如此一来，便有可能是要他退休的前奏曲。
还有其他的原因。一则，他仍然不喜欢坐飞机，而去华盛顿要用3天，多数时间都在飞机上。他开玩笑说，要是坐飞机12个小时能到华盛顿，他就很乐意去。
然而他之所以拒绝杜鲁门的邀请，最有说服力的原因是他害怕与杜鲁门直接交锋，而不是怕坐飞机。麦克阿瑟郁闷地对艾克尔伯格说，“他可能恨我”。随着年纪的增长，麦克阿瑟像多数人一样，不喜欢小题大做、不喜欢紧张气氛和公开争论。他仍然一如既往地把荣誉与权力看得很重，而对宁静生活的乐趣也愈来愈欣赏。此外，如今他与皇室成员以及吉田茂等文化修养很高的人交往很密切，与之相比，奎松那一班人就像山野村夫似的。随着自己步入老年，麦克阿瑟渐渐养成一种自我意识，把自己看作美国南北战争前的那种南方绅士：有着良好的教养，无可挑剔的端庄举止，就像一个没有受封的贵族。他制定的一些制度是有意要造成一种平静详和的气氛，把军事效率和情趣高尚的安宁融合到一起。他不想与杜鲁门会晤是因为那有可能会冒着要坦率交换看法的风险。谁知道这种坦率会导致什么结果呢？
杜鲁门不得木派陆军部长助理约翰·麦克洛伊去向麦克阿瑟个人汇报，说明政府对日本和战后美国陆军的想法。在战争期间为史汀生解决了许多棘手问题的麦克洛伊可不是麦克阿瑟的崇拜者，然而要是杜鲁门指望麦克洛伊能让麦克阿瑟完全安分守己，那他肯定会失望的。麦克洛伊是华尔街的律师出身，他坚韧不拔、顽强不屈，打动他很不容易。他看不起麦克阿瑟那帮人，而且5年间他不断地听到马歇尔和史汀生谈起麦克阿瑟的种种缺点。1942年，他还亲自反对向麦克阿瑟授予荣誉奖章产然而历时11小时的讨论似乎让麦克洛伊的观点来了个彻底转变。他们为麦克阿瑟未让苏联人在制订占领日本的政策中发挥作用的事争论得热火朝天，而麦克洛伊离开麦克阿瑟的办公室时心里十分惊讶。他费劲地穿上大衣时哝道：“上帝啊！这是怎么搞的？他的健康状况比我在战前见到他时还要好。他比出任参谋长时更光彩照人了。真了不起！真了不起”一年后，杜鲁门再次劝麦克阿瑟回国看看。这次，他让他的军事顾问哈里·H·沃恩少将给麦克阿瑟写信，请他回国做一次简短访问。沃恩在澳大利亚时曾在麦克阿瑟手下任布里斯班陆军宪兵司令，杜鲁门也许认为个人关系会起点作用。此外，当时对日本实施占领已历时一年多，日本的局势也比较稳定了。沃思在信中写道：“总统要我劝劝您，他认为（回国）既十分适宜又很适时”。麦克阿瑟再次声称目前形势不允许他离开日本。这一次，杜鲁门本应直接下令让他回国，可是他没有这样做。他再次放弃自己的初衷，这只会使麦克阿瑟更加瞧不起他。
在这其间，麦克阿瑟不得不统管占领日本的工作，而他知道他不可能指望总统的公开支持。他继续担任盟军最高司令这一职位的唯一机会是把占领工作做好，让杜鲁门找不出解除他职务的借口，如果杜鲁门硬这么做的话就可能在公共关系方面出大乱子。
尽管麦克阿瑟与总统的关系越来越坏，然而当艾森豪威尔接替马歇尔出任参谋长时，麦克阿瑟与陆军部长的关系有了改善。艾克的晋升使他们重修旧好，这是1939年他们在马尼拉码头上分手时都未曾想到的。
尽管麦克阿瑟经常忍不住奚落艾克几句，而艾森豪威尔也讲过麦克阿瑟的坏话，但事实说明他们之间仍存在着一条感情的纽带，尽管两人有摩擦，但这种感情始终维系着。艾森豪威尔担任参谋长以来，还是经常给麦克阿瑟写信或发电报征求他对各方面的建议——诸如授奖政策、在菲律宾是否值得保留永久性基地、哪些战斗指挥官应当得到五角大楼的高级职位，如何向陆军部人员证明他们到海外战区的访问是值得的、陆军的规模和如何努力保持自身效率等等。
尽管艾克一直对麦克阿瑟实施的巴丹战役颇有微辞，但他对新几内亚战役和菲律宾战役则十分欣赏。他对鲁修斯·R·霍尔布鲁克少将说这些战役在“历史上是无与伦比的”。在日本投降一周年时，艾森豪威尔亲自致电麦克阿瑟：“在战争的黑暗岁月里，尽管困难重重，您的军事领导才能还是一再得到事实的证明，它鼓舞着全世界自由的人民……在这一值得纪念的日子里，我及陆军全体官兵向您致敬。”o他还发过一些私人电文，比如在下面这封落款日期为1946年2月8日的电文中写道：“刚才有个人到我的办公室来，提议参加2月21日的一次活动。我即刻想起，这一天是年青的亚瑟的生日，于是我匆匆提笔，希望这张便条能及时地送到他那儿，道一声‘生日快乐’。”
麦克阿瑟作出了友善的回应。他在国会那一股主张和平时期要削减预算的热潮中支持艾森豪威尔为保护陆军做出的种种努力。他说，“您现在面临着陆军缩编的局面令30年代初那些往事历历在目，那时我们为了拯救陆军的残存的力量和核心部分一起奋斗。尽管现在物是人非，但不要因此气馁，不要为在这众多的小摩擦中失利而耽心。”1946年，他在给艾森豪威尔的生日贺信中写道：“亲爱的艾克，愿你获得无数快乐的回报。愿你年年事业有成，称心如意。”
1946年5月，艾森豪威尔决定在远东之行期间对日本作一次短暂的访问。当麦克阿瑟的日语译员福拜昂·鲍尔斯少校把宣布艾克赴日的电报放到麦克阿瑟的桌子上时，这位将军当时的反应是替艾克担心，他说：“简直糟糕透了！他会自找麻烦的，但愿他能不遇到什么麻烦。到时候这小子就会被喧闹的人群包围着，没法静静地坐下来干他的工作，还得四处赴宴。”但他在给艾克拍发的一份电报中写道：“我带着十分欣喜的心情和期盼等待您的到来。”
艾森豪威尔是对不止一次宴会作出良好评价的为数不多的来宾之一。琼与这位将军为他主持了一次正式宴会。宴会一结束，麦克阿瑟便将其他客人送走，把艾森豪威尔带到大使馆的书房。他们在那里叙旧谈心。他们亲热地争论着两个人中哪一个该人主白宫，为此谈了一个多小时。艾森豪威尔对麦克阿瑟说，他绝对要争取1948年共和党提名。麦克阿瑟则坚持说，“我年事已高”，他鼓励艾克竞选总统。他们围绕着这个主题一直谈到了凌晨1点。竞选总统的想法对两人都颇有吸引力，然而他们都不打算在对方面前承认这一点
两年后，当艾森豪威尔的参谋长任期即将期满时，他再度想到麦克阿瑟。这位陆军首脑在即将卸任并准备退休之前所做的最后一件事就是给他过去的恩师写了一封信，他在信中写道：“再过20分钟我就要离开参谋长？职了。在这一时刻，我写信给你一是因为我突然意识到在我的陆军生涯中，我在你直接领导下的时间比任何人都长。二是因为有些记者一直在设法证明你我是不共戴天的仇敌…·。·”接着他向麦克阿瑟保证，他尽力纠正记者们的误解。“我告诉他们，我希望你像我一样珍惜我们过去的友谊。”
几乎可以肯定麦克阿瑟是珍惜这份友谊的，然而他是否像艾克那么珍惜却值得怀疑。对其他军人，如果他的经历中没有加入火药的气味与惨死的景象，那么麦克阿瑟对他的尊重就决不会是完全的。艾森豪威尔从未上前线打过仗，从来没有向任何人射击过，也从未被别人击中过。这一直是艾克本人的痛处，他看起来也羡慕其他打过仗的军人。因此，麦克阿瑟尽管喜欢艾森豪威尔这个人，并承认他的参谋工作干得很出色，但作为？个军人无法打心眼里全面地钦佩他。艾森豪威尔知道这一点。如果他看不透麦克阿瑟的心思，他就决不可能与麦克阿瑟如此亲近、如此长久地共事。他们的关系从来就不是真正平等，这倒不是因为艾克一度在麦克阿瑟手下工作，而是因为艾克从未能佩戴上一枚因为英勇杀敌而被授予的奖章。麦克阿瑟对鲍尔斯说，“他绝没有在欧洲打过伏，他让手下的将军们在战场上为他打仗……幸好他有巴顿将军”。
在日本时，考特尼·惠特尼是与麦克阿瑟关系最密切的军官，他接近麦克阿瑟的机会比其他参谋接近他的机会加在一起还要多。惠特尼有预备役军衔，他就像大多数预备役军人那样，他服现役的历史随着战争的结束而结束了。但麦克阿瑟很快将他召回，委任他为现役军官，并给他晋了一颗星。他五短身材，面似满月，有人曾把他的模样描绘成“活像一头长着小胡子的猪。”惠特尼为麦一克阿瑟倾注了全部心血，任何人无法与之相比。他对麦克阿瑟的崇拜无论从深度上还是从广度上说都令人感动，甚至有那么，一点点奴颜婢膝。他与麦克阿瑟关系无论多么亲近，他都还想更亲近一些。他甚至虚构了一些两人共同经历的往事。
例如，惠特尼说，麦克阿瑟在莱特湾登陆时曾把惠特尼的怀表装在他的衬衣口袋里。而仔细研究麦克阿瑟那张涉水上岸的照片，不难发现在他左胸部的口袋里的确有一样东西——他的烟盒。惠特尼没有参加林加延湾登陆，这是一个令他痛苦的事实。他弥补这一缺憾的办法就是将一张麦克阿瑟在林加延湾涉水上岸的照片加以修改。把自己的头粘在了麦克阿瑟的一位副官拉里·莱尔巴斯的苗条身体上。他喜欢在客人面前展示他的这张假照片，并回顾那段伴随在麦克阿瑟身边涉水上岸打回吕宋的情景。他知道麦克阿瑟十分珍重打过仗的军人，因此他甚至声称有人提名授予他荣誉勋章。这是一种臆想，就像大多数欲望导致的臆想一样，有点可悲。
1945年底，当莱尔巴斯回美国重新开始自己的记者生涯后，劳伦斯·E·邦克上校接替了他的职位，邦克上校高大英俊，举止优雅，曾获得哈佛大学法学学位，持极端右翼的观点，这使他后来成为约翰·伯奇协会（美国一极右政治组织，成立于1958年——译者注）的副会长。邦克到达盟军最高司令总司令部后不久，为了显示自己的权力，他决定对麦克阿瑟会见外人的安然严加控制。他通知总部全体人员，任何人未经批准不得与“将军”见面。邦克的备忘录还墨迹未干，惠特尼就来敲麦克阿瑟办公室的门了。他手里拿着一张纸，上面写道：“本人辞去总司令部内的职务。考特尼·惠特尼。”麦克阿瑟伸手去取火柴，好像是要点烟斗似的，他琢磨着怎样应付这一事态。结果他接过这份辞呈，把擦着的火柴放在纸的底边，这张纸顿时燃烧起来，他把它扔到办公桌边的钢质废纸篓内。“考特，这个门随时都为你敞开着。”只有惠特尼一个人可以在任何时候直接见麦克阿瑟，其他参谋对他享有的这种特权十分嫉恨。
麦克阿瑟让惠特尼掌管整个占领机构中的最重要的部门，即政府处。惠特尼精明而勤奋。他的最大天赋是能够了解麦克阿瑟的思路，从他的上司有时作出的精辟话语中透彻了解他的真正需要。麦克阿瑟周围的人都对他很有感情，十分忠诚。惠特尼与众不同之处并不是他十分忠心耿耿，而是他对这位将军的思想有深刻的洞察力。他可从这位将军的自言自语中了解他的真正想法，从那些不确定的措词中了解包含在其中的他已作出的决策。
惠特尼接受过律师训练，并且也很想当律师，他喜欢踉人辩论。他曾对一位民事官员说：“我盼着能有一个中尉闯进我的办公室，敲着我的桌子说，真要命，将军，如此这般的指示真是荒唐透顶，您打算让麦克阿瑟将军批准这种指示简直是脑子有毛病了！”这位民事官员对此惊诧不已。
1946年1月，查尔斯·E·卡迪斯中校到来时，他基本上如愿以偿了。在战争后期，美国陆军在一些一流大学培训了成千上万人来管理美军当时正在解放的大片地区的事务。给麦克阿瑟分配了数百名这类民事官员，然而麦克阿瑟却决定几乎完全由日本政府来实施占领政策，从而显著降低了民事官员的重要性月他们所受的培训本来是要他们在管理占领事务方面发挥主要作用的，结果却发现，与在第一大厦办公的军事人员相比，他们的作用也就跟门卫一样。只有少数民事官员被允许处理一些重要一点的事务，而在这些少数走运的人中，卡迪斯显然是位使者。
卡迪斯也是哈佛大学法律系毕业生，第二次世界大战前他在财政部当了5年法律总顾问助理，战争期间从步兵学校与利文沃斯毕业，后来参加了进入法国南部的军事行动，最后成为民事官员。他期待并希望在欧洲找到一个职务。他所听到的关于麦克阿瑟工作班子的一切似乎令人作呕——一伙庸才对他们那位名不副实的上司极谄媚之能事，他们互相倾轧就为的是在这位上司的宝座腿周围找个更利于卑躬屈膝的好位置。卡迪斯对盟军最高司令总司令部看透了：活像“一个错综复杂的拜占庭式大院”。
尽管他很不愿意，他还是被派到了日本。卡迪斯终身都是民主党人，然而事实证明他的坚定不屈正是惠特尼苦苦寻觅的，他要把他培养成一个守口如瓶的人。麦克阿瑟与吉田茂等保守派有很多共同之处；吉田那时是日本的统治者，掌管着日本很多事务，而卡迪斯则带着自由主义者的偏见看待他们。他了解统治阶级这种社会产物，他们是大财阀和反动分子的结合体，他们的主要兴趣就是以牺牲日本普通百姓的利益为代价，保存自身的权力与特权。
麦克阿瑟与惠特尼不但没有因卡迪斯信奉新政而恼怒，反而对此十分高兴。他们已经发现，并认为拟订占领政策需要一种基本的平衡力，这种平衡力既不硬又不软，既不是太自由主义的，也不是太保守的。
将日本那样的一个非西方的军国主义的极其保守而又恐外的国家变为反军国主义的议会民主国家尚无先例。在最初大举推行现代化的过程中，日本人同时吸收了西方文明的很多最糟糕的东西，其中包括战争的工具、帝国主义的专横态度、政治宣传机器，而把精华撇在一边。麦克阿瑟的责任是迫使他们或说服他们接受下述观点，即日本未必要靠掠夺邻国而成为富国，日本未必要武装到牙齿才能确保安全。
在将日本解除武装之后，麦克阿瑟着手在日本实现民主。吉田茂等日本政治家极力向他说第一次世界大战之后，日本已成了一个民主国家，只是由于大萧条才导致军人执政。吉田茂还告诉他为什么从本质上说日本是一个民主国家。
然而事实表明，日本并不是像美国与英国所了解的那样的民主国家。20世纪初，日本仿效了西方民主国家的一些皮毛，但在日本仍然没有新闻自由，没有各类自愿组成的协会来进行社会变革的游说话动，人权和公民自由得不到保证。妇女的选举权也只是一纸空文，政治压力与社会压力阻碍着妇女们参加选举。
如果日本确实是一个民主国家，军方在任何情况下都不可能掌管政府。麦克阿瑟想向日本引进一些日本所缺乏的政治与经济因素。让妇女不仅获得选举权，而且能运用选举权。日本的男性成年人口有将近70％是佃农，他们完全依赖于肆无忌惮、狂妄自大的地主阶级。他想实行土地改革。有组织的劳力由政府统管。他打算改变这种局面。此外他还打算实行新闻自由。
明治宪法是麦克阿瑟实现这些目标的道路上的拦路虎。明治宪法是1889年通过的，它是那些主张改革与西化的人制定的，然而日本的三朝政治家与军人都利用了这部宪法固有的缺陷。在麦克阿瑟决定依靠现有政府时，他或多或少承认明治宪法下的政府的合法性，然而数周内他意识到至少要在两个方面对这部宪法加以修改：政府的权力基础必须是人民权力至上论，而不是神的意志；天皇必须从天赋皇权的神转变为立宪制君主。
1945年7月同盟国的领导人在波茨坦会晤时颁布了一项宣言，对作为战败国之一的日本详细规定了各种要求。这些要求的意思是要求日本建立一个现代的、能可靠地实现民主的政府制度。日本政府已接受改革宪法的要求，并于1945年10月设立一个委员会来提出有关建议。经过3个月的研究之后，委员会主席打算出台一份报告。从报告看，天皇的现状未受到任何触动，而且基本上没有采取任何措施来承认人民的权利。麦克阿瑟所代表的同盟国的大多数政府向他施加压力，要他对日本人采取较为强硬的路线。美国国务院也在对他施加压力要他实施更深入的变革。他派人去叫惠待尼，问道：“那么，我有极修改成文的宪法吗？”
卡迪斯写出一份研究报告，其结论是，麦克阿瑟不仅能够修改明治宪法，而且可以摒弃明治宪法，并采纳新宪法。1946年2月，惠特尼领导的政府处用了10天时间将该处变为未经选举的立宪组织户由此产生的文件与明治宪法有很大的区别。麦克阿瑟让惠特尼与卡迪斯撰写大部分文字，并告诉他们，他们必须列入以下3项基本条款，即天皇必须服从人民的意志，必须放弃将战争作为解决争端的手段，必须废除诸如贵族等封建主义的一切表现形式。
后来，麦克阿瑟说，明确地将放弃采用战争手段列入条款的想法并非始自他本人，而是日本首相币原喜重郎的主张。然而，无法想像，麦克阿瑟会允许任何宪法为日本重新军事化创造条件。吉田确信，麦克阿瑟已向币原暗示了拟定这一条款的可能性，而币原为人精明，后来他将这一内容作为一种日本人所需要的东西反过来提交给麦克阿瑟。还有什么比这更好的办法让日本人接受这一条款并且将来也世代遵守呢。
由此产生的文件满足了麦克阿瑟提出的3项基本要求。惠特尼和卡迪斯把美国体制下的行政权力和英国议会制度结合起来。日本将成为一个议会民主制国家，天皇变为有名无实的首脑，公民自由得到保证，行政机关对立法机关负责。写出一份美国人与日本人都能同意的文件是对政府处的语言能力与哲学能力的一次几乎极其严峻的考验。诸如主权等西方的概念在日文中尚无确切的意义对等的概念。之所以能达成一致，推一原因就是很多基本用语固有的模糊性，因而麦克阿瑟以为一些关键性措词指的是这个，而日本人则认为指的是那个。
吉田与日本内阁多数成员都对新宪法草案很愤慨。其内容远远超出他们准备接受的范围。然而麦克阿瑟知道怎样说服他们：他提议将这一草案直接送交人民进行全民公决。让日本数百万老百姓在诸如宪法之类重大问题拥有直接发言权是保守派无法接受的。他们立刻软了下来，国会在通过这部新宪法时，只对其内容只作了小小的修改。
后来，麦克阿瑟谈到，日本这部新宪法只是对原有的明治宪法作了修改而已产麦克阿瑟一直设法使这部宪法尽量迎合日本人的口味，然而事实上他推出的宪法仍然与过去完全决裂。这是占领的一项最重要的成就。这部新宪法让日本走上了成为真正自由与民主国家的道路，而在世界的这一地区，以前从来没有自由与民主。这部宪法帮助日本成了东亚地区一个令人羡慕的国家，而不是东亚的灾难。
让杜鲁门直接感兴趣的占领问题为数很少，起诉战犯问题是其中之一。在日本投降后才4天，总统就通知参谋长联席会议要麦克阿瑟立即将战犯送交法院审理，“不得延误”。6周后麦克洛伊访问日本时提醒麦克阿瑟，总统需要的是行动。
多数人被起诉的罪名是违反人道罪或破坏和平罪，它们都是战争史上的新罪行。这些罪行是向同盟国设在纽伦堡和东京的法庭起诉的。还在这些法庭的建立期间，麦克阿瑟就应杜鲁门的要求，利用自己作为太平洋陆军部队司令官的权力，以战争罪的罪名将山下奉文将军送到位于马尼拉的法庭。山下被指控未能制止对菲律宾平民的大屠杀和恣意破坏马尼拉。
无论是在当时还是以后，人们始终认为麦克阿瑟对山下奉文的起诉纯属报复。最近出版的一本著作中对此事的评论很有代表性。该著作认为，麦克阿瑟审判自己以往的敌人致使“他极大的丧失信誉”。D·克莱顿·詹姆斯教授撰写的麦克阿瑟传记中也持有类似的看法。
在马尼拉遭到破坏时山下奉文并不在那儿，他也未曾下令将这座城市变为战场。当这些恐怖事件发生时，他在距马尼拉150英里的吕宋北部的山区。尽管这样，他仍然被起诉，其理由是他身为在菲律宾的所有日军力量的司令官，有责任了解当时正在发生的事态，阻止犯下暴行。
在设立审讯山下的特别军事法庭时，麦克阿瑟并没有随心所欲地采取对被告木利的行动。他依据战争罪行办公室、哈里·杜鲁门和约翰·麦克洛伊提出的建议以及伦敦会议的诉讼程序指导自己的行动；在伦敦会议上，讨论了应如何处理战争罪行。当审讯涉及证据规则时他采纳那些已列入可用权威性行文中列出的规则，英国政府的《战犯审讯条例》，并增补了认定自证其罪非法的条款。在某些方面，山下受审讯的诉讼程序比在纽伦堡所采用的诉讼程序更公允些。
由美国军官组成的一个专家小组将对山下进行审讯。山下所面对的审讯显然近乎于军事法庭审讯，而不是民事审讯，而军事法庭因不能做到十分公正而恶名昭着。但是山下的确受到了他的主要辩护律师a·弗兰克·里尔的不利影响。例如，里尔提出抗议称，他的当事人未能受到公正的审讯是因为他未能得到足够的时间为辩护做准备。而正是里尔本人要求只用2周的时间作准备，这使审讯这一案件的特别军事法庭大吃一惊。特别军事法庭表示会给他更多的时间，然而他拒不接受这一好意。特别军事法庭还多次敦促里尔接纳更多的律师来帮助工作量显然太大的辩护小组，然而他又拒绝了这项建议。
山下一案最麻烦的一个方面就是历史上还没有这种先例——战斗指挥官由于未能控制他的部队就要对他们犯下的罪行承担责任。山下辩护小组中有一位会讲日语的海军中尉缪尔·S·斯特拉顿曾亲自到东京，想让麦克阿瑟相信山下曾阻止他的部下实施残暴的行为，麦克阿瑟不为所动，说道：“让历史作出裁决”。
指挥官对其部下控制究竟应该达到什么程度在法律中尚无明文规定，但麦克阿瑟对此早有自己明确的看法。他父亲曾教导他，作为一名军官应汲取很多重要教训。其一便是要“始终关心你的部下”。另一点便是“只有在自己确信一项命令得以遵守时才下达命令。”如果山下确实设法制止暴行，这意味着他知道部下在实施暴行，但未能阻止他们。有禁不止并不能推卸掉指挥官应负的责任。
山下被宣判有罪并处以死刑，被告立刻向最高法庭上诉。法官们以6票对2票之差作出决定，法庭没有裁决权，投多数票的包括美国历史上最受尊敬的3名法官：费利克斯·弗兰克福特，威廉·O·道格拉斯和雨果·L·布莱克，投反对票的两个人是法官弗兰克·墨菲和威廉·拉特利奇。他们将这次审判称作“合法的私刑”。
麦克阿瑟有权审查判罪并予以减刑。他在向新闻界宣布的一项声明中承认，“对在军事战役中被打败的对手作出刑事判决对我来说并不容易”，“我审查了诉讼程序，想替他寻找一些可减轻处罚的情况，但一无所获。我根本找不到……”1946年2月23日山下被处以绞刑。
创造了山下一案的先例，便注定了本间雅晴的命运；他于1942年征服菲律宾，迫使麦克阿瑟乘坐鱼雷快艇逃跑，迫使温赖特投降。对他的主要指控是他在声名狼藉的的巴丹“死亡行军”中因未能防止对美国人和菲律宾人施以恐怖行径而负有责任。本间被定有罪，但并没有被处以绞刑，而是采用了对军人来说更能接受些的处罚方式：“以步枪射击处死”。他的妻子找到麦克阿瑟。她谈到她对丈夫的感情，极为动人，她请求麦克阿瑟饶他一命。麦克阿瑟说：“这是我的一生中最难受的时刻之一。”
无论他个人多么同情本间夫人，他还是无法淡忘本间强迫温赖特让菲律宾所有部队投降所采用的那种方式。他威胁说要杀害他在科雷吉多尔能抓到的每个美国人，除非温赖特让菲律宾其它地方的司令官命令自己人投降。麦克阿瑟在向美国驻苏联大使艾夫里尔·哈里曼谈起这些事件时，禁不住泪流满面。1946年4月，本间被处决。
与此同时，远东国际军事法庭起诉28名日本人，其中包括让日本陷入战争的军事团伙的原头目东条英机将军。麦克阿瑟将这个案子交他的反间谍部长伊里奥特·索普准将取证，并确定应受审人员名单。麦克阿瑟亲自把东条英机列在该名单的首位，剩下的由索普提供。整个这项工作搞得索普心神不定。
他向麦克阿瑟建议采用他父亲在菲律宾实现和平时的做法。亚瑟·麦克阿瑟少将并没有审讯判乱者头目，而是将他们流放到关岛，然后一直留在那里直到判乱平息之后很长时间。索普劝他围捕日本战争头目，但不允许给任何人判处死刑。而那些犯有十分严重的罪行的战犯则应被无限期地关押在很远的小笠原群岛等荒岛上。麦克阿瑟说：“这是个好主意，但我不能这样做，我们的盟国需要的是血，我们的人民需要的是血，他们要血债血还，这是我不能阻止的。”他想指控那些被告是暴力犯罪，要按刑法来定罪，而不像纽伦堡审讯那样，被告指控多数犯有“破坏和平罪”和“反人道罪”。然而，他发现全部工作很难办，只能按命令行事，自身尽量少介入。
麦克阿瑟任命法庭的法官，并有权减刑或修改判刑（而不是加刑）。审判工作持续了2年。到1948年11月审讯结束时，2名被告已死亡，另1名被告精神失常。25名幸存的被告均被宣判有罪。东条和其他6名被告被判处死刑；其他被告被判处长期监禁。麦克阿瑟允许死刑保持有效，但又说对这些判决进行审查是他做过的工作中“最令人厌恶的”工作。
麦克阿瑟的父亲既是一位将军又是一位律师。他的祖父是当时最成功的律师之一。麦克阿瑟虽然没进过法律学校，却具有法律至上的世界观。几乎从日军部队在吕宋登陆那一时刻起，他就预测到这种行动的结局。他扬言日本司令官会因其罪行而受到惩罚。然而在当时，这对日本人来说，是不可想像的；而对他来说，这是明摆着的事。他似乎从一开始就听到了刽子手操刀的拍击声，看到了绞索，并预见到最后凡发子弹不是在战场上打的。射出这些子弹的是板着面孔的行刑队举枪瞄准的步枪，他们瞄准的目标是面对着监狱的大墙，低垂着头站着的可怜的、穿着破烂不堪的工作服的罪犯。
点击收藏 小提示：按键盘CTRL+D也能收藏哦！