在炮火封锁金门后，如果只能夺取金、马而不能同时解决台湾问题，那么国共之间在地理上的距离将由不足10公里扩大到100多公里，对话、接触将更为不便。而且蒋介石失去象征其在大陆沿海存在的最后据点，将使得美国更便于制造“两个中国”或支持“台独”。反之，将金门、马祖留在蒋介石手中，不但有可能促进今后两岸关系的改善，也会使蒋介石有资本去抵制“台湾独立”的活动，同时能扩大美蒋矛盾，争取台湾广大军民，建立更广泛的反美统一战线。另外，当时毛泽东还考虑实行牵制美国战略力量的“绞索政策”，留下金门、马祖，可能套住美国，使它在战略上难以脱身。
10月5日8时，毛泽东指示福建前线部队：“不管有无美机、美舰护航，10月6、7两日我军一炮不发，敌方向我炮击也一炮不还。偃旗息鼓，观察两天，再作道理。”
根据毛泽东的决定，中央军委确定了“打而不登，封而不死”的决策。为了向党内军内解释作出这一决策的原因，10月5日晚中央军委发出关于金门、马祖等沿海岛屿军事斗争的指示。
指示中说：我们目前以收复金马还是仍由蒋军占据金马，两者对今后斗争孰较有利，是我们当前必须考虑和决定的问题。当然，早日收复金门、马祖，对解除福建沿海地区的直接威胁，对打开海上交通，发展福建沿海的经济建设，对于鼓舞全国人民和我军的士气有很大好处，如果做到这一点，应该说对我们是一个巨大的胜利。但是，把这个胜利和暂时利用金马把敌人套在绞索上，把解放金马和解放台湾统一来解决的长远利益比较起来，则不如把金马暂缓解放仍由蒋军占领似乎较为有利。
军委的指示还要求福建前线部队：在目前，宜减轻对金马的军事压力，使金马蒋军能够生存下去，是必要的。同时又要求仍要使其处于紧张的状态，拖住美国不得拖身。为了打破美国的停火的阴谋，在必要时，我仍可组织像过去那样的大打。总之，临机应变，主动在我。
10月6日凌晨2时，由毛泽东起草、以中华人民共和国国防部部长彭德怀的名义发表的《告台湾同胞书》发表，公开声明暂以7天为期，停止炮击，并向台湾当局建议举行谈判，实行和平解决。
这份《告台湾同胞书》不仅据理说明了炮击金门的理由，而且划清了台湾问题上内政和对外交涉的界限。这一公告发表后，在海内外引起了不小的震动。台湾当局虽然对此不公布，但是台、澎、金、马的军民从暂停炮击的行动、收听广播和口头传闻中也大体知道了中国共产党的态度。金门岛上的气氛也马上缓和下来。岛上十多万军民从躲藏了40多天的阴暗潮湿的坑道和防炮洞中走出，见到了阳光，都为眼前的危险消除而感到高兴。岛上国民党军的炮兵在解放军的停止炮击期间也一炮不打，台湾军方则抓紧这7天大力运输，不仅运上几十天的补给品，而且运上了美国供给的8英寸（203毫米）重炮，准备长期固守。
对于彭德怀元帅的文告，台湾国民党当局随即表示“这完全是骗局”，对此“不予理会”，但是蒋介石也十分担心这一文告会影响美国对他的支持，因而强调“宁可冒继续炮击封锁的危险，亦不愿美国盟邦退出护航。”可是美国对这一文告的反应却是表示“欢迎”，并宣布从8日起暂停护航。不过美方同时又歪曲这一文告，把中国政府基于民族大义所宣布的暂停炮击和它鼓吹的所谓“停火”混为一谈，并要求实行“永久停火”，即承认它人为制造的海峡两岸分裂的事实。
台湾当局在金门虽然不敢破坏为时7天的事实上的休战，但是为显示自己尚有战斗能力，于10月10日“双十节”这天又出动飞机到大陆上空挑衅，当天，国民党空军共起飞44批共182架作战飞机，至大陆沿海岸线地区，其中有6架窜入福建龙田上空。解放军空军当即以航空兵第14师二个大队起飞迎战，双方又进行了一场空战。空战中，解放军飞行员杜凤瑞击落F一86战斗机2架，其中一架的飞行员张乃军跳伞后被俘。杜凤瑞的飞机在空战中也被击落，他跳伞后在空中被另一架国民党军飞机击中牺牲，这架国民党军飞机又随即被解放军高炮第105师击落。这次空战，国民党军被击落战斗机3架，解放军被击落歼击机1架，此后，国民党军的战斗机基本上不再进入大陆上空，其活动线退到福建的海岸线以外。从解放军空军7月末入闽至10月，福建上空共进行空战13次，解放军航空兵总共击落国民党军飞机14架，击伤9架；解放军飞机被击落6架（其中空军5架，海军航空兵1架），被击伤5架。
10月12日午夜，《告台湾同胞书》宣布的7天暂停炮击的期限已满，金门国民党军和当地居民又全部进入坑道和掩体。可是解放军一炮未发。13日凌晨，福建前线广播站又播送了国防部长彭德怀对福建前线人民解放军的命令。
对毛泽东的写作风格有所了解的人，一看就知道这个命令也出自毛泽东的手笔，命令全文如下：福建前线人民解放军同志们：金门炮击，从本日起，再停两星期，借以观察敌方动态，并使金门军民同胞得到充分补给，包括粮食和军事装备在内，以利他们固守。兵不厌诈，这不是诈。这是为了对付美国人的。这是民族大义，必须把中美界限分得清清楚楚。我们这样做，就全局说来，无损于己，有益于人。有益于什么人呢？有益于台、澎、金、马一千万中国人，有益于全民族六亿五千万人，就是不利于美国人。有些共产党人可能暂时还不理解这个道理。怎么打出这样一个主意呢？不懂，不懂！同志们，过一会儿，你们会懂的。呆在台湾和台湾海峡的美国人，必须滚回去。他们赖在那里是没有理由的，不走是不行的。台、澎、金、马的中国人中，爱国的多，卖国的少。
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