孟德尔从豌豆杂交的实验中，在大量的事实面前，总结出极为重要的显性原理和遗传因子（遗传单位）的理论。那么，亲代的相对性状是怎样传递给后代的呢？他继续实验，从中得出了很重要的遗传规律。
什么遗传规律呢？
一个是分离规律，这是最基本的遗传规律。
什么是分离规律呢？
这讲的是隐性的性状从杂种中分离出来的规律，孟德尔是从杂种所产生的后代（子2）中看到的。
在豌豆杂交的实验中，孟德尔对杂种（子1）自交所产生的不同性状的后代（子2）的比例特别重视，并且还详细地做了记录。
孟德尔一共研究了豌豆7个相对性状的杂交实验。他得到的杂种性状是这样的：
性状 亲本 后代
种子形状 圆×皱 圆
子叶颜色 黄×绿 黄
花冠颜色 红×白 红
豆荚形状 饱满×不饱满 饱满
未成熟豆荚颜色 绿×黄 绿
花的位置 叶腋×顶端 叶腋
茎的高度 高×矮 高
这表明种子圆对皱是显性，子叶黄色对绿色是显性，植株高茎对矮茎是显性，等等。
杂种（子1）自交所产生的后代（子2）是什么样的呢？具体的比例又如何呢？
我们先看一下孟德尔实验中的一些统计记录。
（一）杂种后代：5474个种子是圆形的
1850个种子是皱皮的
它们的比例是5474：1850＝2.96：1，接近3：1。
（二）杂种后代：6022个黄色的子叶
2001个绿色的子叶
它们的比例是6022：2001＝3.01：1，接近3：1。
其他相对性状在杂种后代中也都表现出接近3：1的比例。
这是偶然的巧合呢，还是一种规律？
如果只有一两对性状表现出3：1的比例，那么我们有理由认为那是偶然的巧合。可是孟德尔所实验的七对性状，结果都表现出3：1，这就应该看做是有规律的事情了。
怎样解释这样的现象呢？
前面提到，孟德尔曾经推想过，性状是由遗传因子（基因）决定的。他又假定基因在体细胞里是成双存在，而在生殖细胞里是成单存在的。并且，在杂种的体细胞里，存在着隐性的基因，在杂种产生后代的过程中，显性和隐性的相对基因彼此分开，以后才能出现隐性的性状。
如果用符号表示，就更容易说明白了。例如，用R代表显性的红花基因，用r代表其相对的隐性的白花基因，那么基因传递的过程就变成这样了：
亲代 RR × rr
(红花）（白花）
↓ ↓
成单的生殖细胞 R r
／
子1代 Rr
（红花）
/ |（自交）
R r
子2代 R RR红 Rr红
r Rr红 rr白
也就是说，子1代自交所产生的子2代，从表现出来的花色有3/4是显性性状的红花，1/34是隐性性状的白花。其他相对性状的杂交实验，在子2代中也出现了这样规律性的分离，孟德尔把这种规律叫做一对相对基因的分离规律，也叫分离定律。
分离规律是不是有充分根据呢？
具有数学头脑的孟德尔立即想到做数学题时，常用验算的方法去检查是否正确。那么，植物的杂交实验能不能用验证的方法呢？
于是他想，如果杂种第一代的遗传因子果真是Rr组成的，那么它所产生的生殖细胞就应该有比例相等的两种生殖细胞：也就是一半R和一半r。
如果用隐性的白花植株来跟子1代杂交，那么所产生的子2代应该是有一半是红花（Rr），一半是白花（rr）。
实验的结果跟预期的一致，说明了分离规律是站得住脚的。孟德尔把这种验证方法叫做测交，也叫回交，后来，他又用其他相对性状的杂种进行测交，也得到了相似的结果。
这样，测交就成为遗传学研究中的一种很有用的方法。比方说，如果遇到一种生物品种，不知道它是杂种还是纯种，就可以用测交的方法来进行验证。如果测交的后代只有一个类型，这个品种就是比较纯的；如果测交的后代出现许多类型，那就说明这个品种是杂种。
以后，有许多遗传学者对许多不同的植物和动物进行了相对性状的杂交遗传实验和测交验证，都得到了和孟德尔相同的结果，从而支持了孟德尔所提出的分离规律。
经过科学实验的充分证明，可以说分离规律是普遍的、最基本的遗传规律。
那么，分离规律是不是一定表现出3：1呢？
孟德尔这样分析：得到3：1是有条件的，即相对性状当中有完全的显性。例如，在杂种第一代的红花Rr中，有了显性基因R的存在，r得不到表现，这才出现了3：1。
如果显性是不完全的，或者根本彼此没有显性和隐性的关系，那么比例就不同了。前面谈到皮肤透明金鱼的遗传，子2代是1：2：1。粉红色紫茉莉的遗传，子2代也是1：2：1。这些也都是分离规律。你能说明为什么出现1：2：1的分离现象吗？
前边所介绍的都是一对相对性状在杂种第二代中发生的分离，那么不同对的性状或两对性状（例如豌豆的高和矮、红花和白花）在杂种第二代中会表现出什么规律呢？
孟德尔对这个问题非常感兴趣，经过继续实验，他终于得到了明确的答案。
红花这个性状可以跟高茎这个性状在一起，也可以自由地跟矮茎这个性状在一起。于是出现了如下的组合：高、红；高、白；矮、红；矮、白。这些不同的性状，在杂交后代中是自由组合的。这也是个普遍规律，孟德尔发现的又一个遗传规律，叫做自由组合规律，又叫自由组合定律。
这个遗传规律有很重要的实践意义。
比方说，我们要培育出高产而又能抗倒伏的小麦品种或水稻品种，怎样进行良种培育呢？
按照自由组合规律，可以这样进行：搜集一些高产的品种和矮秆抗倒伏的品种，让它们杂交，得到了杂种。让杂种再自交，再产生后代，后代就会出现分离和自由组合的现象。这时候，选用符合要求的抗倒伏又高产的植株进行自交，在后代中继续进行选择，这样有目的地优中选优，直到获得稳定的品种为止。
由此可知，通过杂交，可以把双亲的优良性状结合在一起，通过自交，可以进一步提纯。这样就能达到育种的目标。
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