孟德尔从豌豆杂交实验结果，得出了相对性状中存在着显性和隐性的原理。虽然还有不少例外，但它仍然是一个原理。
孟德尔根据自己在实验中发现的原理，进一步做了推想。他认为决定豌豆花色的物质一定是存在于细胞里的颗粒性的遗传单位，也就是具有稳定性的遗传因子。他设想在身体细胞里，遗传因子是成双存在的；在生殖细胞里，遗传因子是成单存在的。例如，豌豆的花粉是一种雄性生殖细胞，遗传因子是成单存在的。在豌豆的根、茎、叶等身体细胞里，遗传因子是成双存在的。
这就是说，孟德尔认为可以观察到的花的颜色是由有关的遗传因子决定的。
如果用R代表红花的遗传因子，它是显性；用r代表白花的遗传因子，它是隐性。这样，豌豆花色的杂交实验，就可以这样解释：
红花×白花
（纯种） RR rr（身体细胞，遗传因子成双存在）
↓ ↓
R r（生殖细胞，遗传因子成单存在）
＼ ／
Rr
（杂种） 红花
因为杂种的遗传基础物质是由R和r组成的，因此，它的后代（子2）就可能出现白花（rr）了。
这就是说，隐性的遗传因子在从亲代到后代的传递中，它可以不表现。但是它是稳定的，并没有消失。
现在，遗传学上把这个遗传因子或遗传单位，叫做基因。研究基因的科学就是遗传学。基因学说就是现代遗传学的中心理论。
很清楚，基因概念是孟德尔在推想中提出来的，虽然当时他并没有提出“基因”这个科学名词。
孟德尔认为遗传单位（基因）具有高度的稳定性。一个显性基因和它相对的隐性基因在一起的时候，彼此都具有稳定性，不会改变性质。
例如，豌豆的红花基因R和白花基因r在一起，彼此不会因为相对基因在一起而发生变化，在一代一代的传递中，R和r都能长期保持自己的颜色特征。
孟德尔的结论正好跟长期流传的融合遗传理论相对立。
融合遗传理论是怎么回事儿呢？它的基本论点是：遗传因子或遗传物质相遇的时候，彼此会相互混合，相互融化，而成为中间类型的东西。
根据融合理论来推理，甲和乙杂交，就会产生出混血儿，甲的遗传因子和乙的遗传因子，都变成了中间类型的东西。好比两种液体混合在一起似的，亲代的遗传因子都因为融合而消失了。
根据融合理论来推理，豌豆的红花遗传因子R跟白花遗传因子r在一起的时候也就会融合成为新的东西，R和r都不再存在了。
显然，融合理论是错误的，因为它没有科学事实的支持。它只是一种推测和猜想，不能解释所有的表现不同的遗传现象。
中间类型是有的。这是相对的基因相互作用而产生的性状，基因本身并没有改变。例如，红花的紫茉莉和白花的紫茉莉杂交，子一代的花是粉红色的。可是子二代，这些粉红色茉莉的后代，却有三种不同的性状：粉红花、红花和白花。
从这里也可以看到，现象和本质虽然有着密切的关系，但是它们之间是有区别的，不能简单地把现象和本质等同起来。
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