终明之世，对于建文帝未死而出亡，殆成定论，而钱牧斋于此在官史中显有牾的一大事，更煞费苦心，于不悖事实的原则下，为成祖开脱。他替山东赵士喆的《建文年谱》作序，说“唯是文皇帝之心事，与让皇帝之至德，三百年臣子，未有能揄扬万一者”，因而他表而出之。“让皇帝”为南明对建文所上的尊号，肯定其“逊国”，他的“至德”不需赘述。所谓“文皇帝之心事”，照钱牧斋的说法：“明知孺子之不焚也，明知亡人之在外也，明知其朝于黔而夕于楚也。胡之访张邋遢，舍人而求诸仙，迂其词以宽之也；郑和之下西洋，舍近而求诸远，广其途以安之也。”这就是说建文帝的行踪在成祖掌握之中，特意放他一条生路，而又唯恐建文帝不明他的“心事”，徒事仓皇，未能安居，所以特派胡和郑和“舍人求仙”、“舍近就远”，作为暗示。成祖有那么仁厚吗？当然不！不过钱牧斋是明朝的臣子，不如此调停其间，又如何说法？其人虽晚节有亏，在这些上面，不失史实之真，不暴君父之恶，立言得体，应该要佩服他。
谁知这已有定论的一重公案，到清修《明史》时，忽起争论。因为康熙初年有“朱三太子”一案，以清朝的立场而言，“朱三太子”真也是假、假也是假，才可以绝明朝的遗民志士之望，而安定人心，用意与成祖之对建文相同，所以在修《明史》时，主张建文焚死之说。其时明史馆曾为此事集议辩论，大部分迫于现实，主张“存疑”，作为对新朝的让步，小部分坚持出亡之说，而认定“焚死”者，大概绝无仅有只一个王鸿绪。王是江苏松江人，康熙进士，官至户部尚书，曾进呈《明史稿》，即为今《明史》的蓝本；《明史稿》原为一代大史笔万季野的原作，但在王鸿绪进呈时，为阿附清廷的意旨，改动原稿，成为建文焚死，并自撰《史例议》，力辟出亡之说为妄。钱大昕撰《万先生传》，不知其中有此一番偷天换日的伎俩，误以为万季野主焚死之说，而《清史稿·儒林传》，又采钱说入传，于是而成为对万的厚诬。
到了乾隆年间，“朱三太子”一案早成陈迹，既无顾忌，遂复其真，乾隆四十二年诏改《明史》“本纪”，建文的“书法”，重定为“棣（按：成祖名棣）遣中使出后尸于火，诡云帝尸”，数百年之谜，至此始正式揭出谜底。但修改过的《明史》未有通行本，目前听见，仍为乾隆四十二年的殿本。此亦是研究明史所不能不知的一番曲折。
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