第一节 樱田门之变
１８６０年３月２４日上午８时，江户城雨雪霏霏。
幕府大老(特殊时期设置的幕府最高职务、高于老中)井伊直弼在６０名卫队的护送下，向江户的樱田门行进。就在队伍到达樱田门的时候，楼上的鼓声响了。此时，１８名刺客从路边杀出，直扑井伊的座驾，卫队惊异地看着眼前发生的一切。
这帮刺客在众目睽睽之下，砍下了井伊的首级。
这就是日本历史上著名的“樱田门之变”。这１８人中有１７人是水户藩的武士，１人是萨摩藩的武士。这是一次具有标志性的政治暗杀，它标志着下级武士为代表的倒幕运动开始进入到武装对抗时期。
刺杀井伊是一系列政治事件的必然结果。事件的直接起因是《美日条约》。
１８５６年８月２１日，第一任美国主人总领事哈里斯来到日本下田，住在下田的玉泉寺。他的目的是把佩里签订的亲善条约再推前一步，迅速缔结通商条约。他以武力相威胁，软硬兼施，幕府迫于美国的压力，在１８６７年６月１７日，在下田签订了《日本美利坚合众国条约》。但是哈里斯并不以这个条约为满足，下定决心要缔结通商条约。从１８５８年１月２５日开始，与日本代表举行了１３次谈判，此时正值英法借口亚罗号事件，对中国进行了第二次鸦片战争。幕府畏惧西方势力，７月２９日，在美国军舰“波瓦坦号”上签订了《日美友好通商条约》。其中包括１４条和贸易章程７条。其中最不平等的条款是美国在日本享有领事裁判权和租界权，享有协定税率和贸易最惠国待遇。
按照最惠国待遇的规定，荷兰、俄国、英国、法国在同年也迫使日本签订了与此类似的条约，这一年日本的年号是“安政”，因此这些条约也称为“安政五国条约”。这一系列条约的签订，进一步损害了日本的独立主权，日本陷入了半殖民地的危机。
与五国签订的条约，都没有经过天皇的敕许。幕府不断的签约，也激起了有实力的大名和雄藩和幕府的矛盾。藩幕领主阶级发生公开的矛盾，攘夷论者和开国论者的对立日益激化。以德川齐昭为首的21位大名，警告幕府停止签订条约。希望将这些事情交给大名公议，然后再交天皇批准，攘夷和尊王这两种主张就在此时结合起来了，幕府和雄藩都把目光集中到京都的天皇身上。
远离权力中心，实际上近乎被幽禁在京都200多年的天皇和公卿，在这个时候忽然发现自己成了主角，他们不仅得到了众多大名和志士的拥护，在签约问题上也忽然得到了发言权，于是，宫廷的势力也想借机会东山再起。
就在这个时候，发生了另外一件事情。那就是幕府将军的继承人问题。幕府的将军德川家定是一个白痴。早在阿部正弘担任首席老中的时候，就已经选定德川齐昭的儿子一桥庆喜为将军的继承人，但是家定母子讨厌德川齐昭和庆喜，这件事情就耽误了下来。到1858年，这件事情再度成为雄藩改革派和幕府保守派之间的斗争，雄藩大名拥立庆喜，幕府保守派希望拥立家茂，两派都希望拥立对自己有利的将军继承人。其实只是继续保持幕府的独裁，还是让雄藩大名参与幕政。
就在这个时候，谱代大名中实力强大的彦根藩藩主井伊直弼登上政治舞台，担任了幕府中最具有权力的大老，这个职位在老中之上。他是一个偏执的幕府中心主义者，他上台后，不仅罢免了倾向一桥派的幕府官员，更废止了开国派的一切改革。在没有得到天皇敕许的情况下，他不仅与美国签订了条约，还选定家福为将军继承人。
孝明天皇得知幕府违敕签约的报告后，大为震怒，打算让位表明自己的不满。激进派公卿请天皇下诏指责幕府拒奉朝廷命令，并给水户藩发了密旨，要求水户藩消灭井伊直弼，将权力夺回来。但是水户藩缺乏勇气和实力。
但此刻井伊却采取了恐怖的政策，希望将政敌一网打尽。从1858年10月开始，他兴起“安政大狱”，反对幕府的公卿和大名或被幽囚，或被免职，或被迫剃发为僧。这些雄藩的家老或判死刑，或令其切腹，或流放远岛。爱国志士也不例外，西乡隆盛投海自尽，被救后流放大岛。吉田松阴被判斩首，尸首由伊藤博文等人偷偷安葬。这场大冤狱，有百余人入狱，其中四分之一被处死。
井伊的恐怖统治最终导致了樱田门之变。
第二节 幕府的对外开放
井伊被暗杀后，幕府为了维持统治，不得不借助于天皇传统的精神和神的权威，调和幕府与天皇宫廷之间的对立情绪，开始执行朝廷与幕府合作的公武合体的政策。而雄藩大名既希望能登上政治舞台，又希望与幕府形成联合，共同面对内外危机，维护封建统治。其中最为突出的是长州藩和萨摩藩。
临海的长州藩和萨摩藩在幕府末期这段时间里，看到幕府的衰弱无能，首先在本藩进行改革，增强军事和经济实力。长州藩扶植豪农村吏阶层，鼓励农民生产。同时征募农民，改革军制。1855年，长州藩设置了西学所，研究西方技术，其讲授的内容也围绕着兵制与战术展开。在工业方面，长州藩设立造船所，着手建造大船。还选派伊藤博文、井上馨等到英国留学。而萨摩藩以军事工业为主，从1856年起，学习英国海军建设了水兵队，洋式炮台，装备了有线电信。这两个藩以及土佐藩和肥前藩都在这一过程中成为有实力的稳定政治的雄藩。
长州藩的长井雅乐向藩主提出开国航海的主张，承认幕府是皇国之政府。而在1862年萨摩藩的藩主忠义的父亲岛津久光奉朝廷敕命，率兵入京都。而此时的幕府政权也着手进行了一些改革，以建立与开国条约相适应的开国体制。
为了适应开国需要，幕府在江户设立了蕃书调所，作为传授知识和培养人才的需要，1860年，设置了英、法、德、俄语言学科，将正课从荷兰语改为英语。同年设置了精炼方，专门研究军事化学和冶金技术，1年后又设置物产学科。这个学校对专门人才的培养，有着明确的军事目的，为了造船，幕府在长崎曾经建立炼铁厂。
1862年1月，幕府派出遣欧使节，其中有福地源一郎、福泽谕吉等年轻人，后来，又派出第一批15名留学生前往荷兰。这其中就有后来在明治时代大放异彩的（木厦）本武扬、津田真道、西周。厦本武扬学习海军，津田真道和西周学习社会科学和人文科学。几十年后，已经成为日本启蒙思想家的福泽谕吉回忆当时的情景时说：“文久元年冬天，幕府决定向欧洲各国派遣使节，我也受命随行。第二年春天，先到法国，然后又周游英、荷、普、俄、葡等国，文明的文物无不使人耳目为之一新。如医院、贫民院、盲哑院、精神病院、博物馆、博览会等，眼之所见，没有不新奇的，一听到它的作用，没有不为之心醉的，我们这一行日本人不只停留在吃惊上，而是一面感到吃惊，同时又加以羡慕，想在日本国也把这些实行起来。这种雄心当然禁也禁不住。这就是我逗留欧洲一年的到处笔录的情况，回国后加以整理，并参考了一些西方著作写成了书，这就是《西洋事情》”。据福泽谕吉后来说，这本书算上伪版的发行量，达到了25万册。这部和当时日本人见解完全不同的西洋见闻记，是具有全新观点的启蒙主义纪念碑式的著作。
也正是在这一年，幕府派出了“千岁丸”前往中国上海，其目的是调查当时中国的真实情况，同时对贸易情况作考察。许多强藩也派出了本藩文武超群的武士随行。长州藩的高杉晋作和萨摩藩的五代友厚也在这艘船上。这次到上海，这些武士发现中国远非日本人想象的那样，而是蕴藏着许多严重的社会问题，为西方殖民者所奴役的国家。这在他们心中升起了一股对中国的蔑视，形成了后来“征服亚洲”思想。
长州藩的高杉晋作是吉田松阴的学生，也是此时攘夷派的大将，他关注的是中国的海防和衰落的原因。后来他写道：“考虑其如此衰弱的原因，乃在彼不知防夷于海外之道。证据为，彼不能造闯过万里波涛之军舰，不能造防敌数十里外之大炮等，彼国志士所译之《海国图志》等亦均绝版，徒然提倡僻见，因循苟且，空度岁月，不采取对策断然改变太平之心，不制造军舰大炮防敌于敌国之外，故由此而至于衰微也，因此，我日本如不欲蹈其覆辙，宜速造蒸汽船。”
就在幕府逐步实行开国体制和公武合体的时候，由草莽志士为主的尊王攘夷运动却蓬勃开展起来。与高杉晋作一起被誉为吉田松阴门下双璧的久坂玄瑞提出著名的草莽联合论，认为藩于藩的合体万万不可行，必须先将藩政府置之度外，实现各藩有志之士的相互联合。为此他们联络尊王攘夷派的志士，将摆脱民族危机的爱国力量联合起来。
第三节 尊王攘夷
此时，整个日本激荡着对外国人的仇恨，反抗外国人的行动时有发生。
１８６２年９月１４日，向幕府传达朝廷攘夷旨意的萨摩藩藩主的监护人岛津久光离开江户，７００多人的队伍缓缓前进，走到横滨附近的生麦村的时候，四名外国人骑马对面迎过来，这是横滨的英国出口商理查森和店员克拉克、一对香港的英国商人夫妇。岛津的队伍站满了整个道路，这四位外国人驻马等待。此时，夫人的马突然受惊冲入岛津的队伍，岛津卫队的奈良原喜立刻拔出刀来，砍伤了理查森，紧跟上来的卫士杀死了他，重伤了其他两位。事后，萨摩藩拒绝引渡凶手。
这种攘夷的态度是挑衅性的，但是代表了当时日本所有人的心情。1863幕府迫于国内的压力，开始进行攘夷。
１８６３年１月，高杉晋作和伊藤博文等人烧毁了正在江户建造的英国公使馆。在长州组织了由下级武士，农民、市民组成的奇兵队。５月１０日傍晚，久坂玄瑞率领长州攘夷派突然炮击了通过下关海峡的美国商船，紧接着又炮击了法国、荷兰的军舰。美法两国的舰队紧接着采取了报复性的措施。７月１６日，美国军舰撞沉了长州藩的３艘舰只，猛烈轰击了长州藩的炮台。７月２０日，法国军舰前来报复，有２５０名陆战队登陆，占领了前田、等多处炮台，焚烧民宅。参战的长州藩兵每人发射了７０多颗子弹，却没有打上一名法军，自己却遭到很大损失。
长州的事件发生不久，英国借口生麦村事件，派出由７艘军舰组成的舰队进入鹿儿岛，与萨摩藩展开激战，英国方面死亡６０多人，萨摩方死亡２０多人，英国军队摧毁了萨摩藩的几乎所有炮台，鹿儿岛街道多半被毁坏。“萨英战争”以萨摩失败而告结束。
攘夷派的行动让幕府陷入困境，他们和雄藩大名的矛盾再次激化。天皇成为他们互相争取的“宝玉”。长州藩在１８６４年策划以长州藩兵为主力，进入京都。８月１８日，久坂玄瑞率领２０００多名长州藩兵进攻京都，此时幕府和萨摩等藩兵有７、８万人，双方展开了炮战，京都２万多家房屋被毁。一队长州藩兵冲进了皇宫的哈御门，与幕府士兵进行激战。由于兵力过少，长州兵败于幕萨联军。久坂玄瑞兵败自杀。这是日本历史上著名的“禁门之变”。
这次行动不仅使长州的尊攘派受到沉重的打击，也给了幕府第一次征长战争的借口。
长州藩处在困境之中，就在这时，英、美、荷、法四国又组成联合舰队，在９月５日发动了下关战争，这是为了打击长州的爱国势力。联合舰队顷刻之间就摧毁了长州的各个炮台，迅速占领了海峡。三天后，长州藩决定屈服。与四国联合舰队签署了《下关条约》，答应优待外国船只，不再修复炮台，赔偿３００万美元的军费，这笔赔款要由幕府承担。这导致了１８６６年日本与列强签订改税条约，规定主要商品的进口税率降低到百分之五。这进一步破坏了日本经济。
在联合舰队攻击长州的情势下，幕府征伐长州采取了“以长制长”的战略，长州的恭顺派压制了激进派。接受了幕府的命令，处罚了禁门之变中起决定作用的几位家老，毁掉山口的新城，引渡逃亡至长州的５名公卿。
长州藩的失败使高杉晋作等人思想发生了根本的变化，就在四国联合舰队进攻的时候，正在英国留学的伊藤博文和井上馨立刻返回长州，劝说高杉晋作停止盲目攘夷，“由于进行这样无把握的暴战，恐怕要有连续失败的后果，如果不迅速废除幕府，还政于朝廷，在谋求我国统一的同时，打破攘夷的谬见而执行开国的方针，则一定没有希望维持国家的前途。”从那以后，木户孝允明确提出割据的必要性。长州藩确立了讨幕为主要目标，首先采取武装割据的政策，实现本藩的“富国强兵”。
１８６５年１月，高杉晋作在下关起义，打败保守派的镇抚军。藩主毛利父子派人通知高杉晋作，愿意协同抗拒幕府。这次讨幕派在长州建立割据政权，是全国规模的讨幕运动的一次预演。
在经过英萨战争后，萨摩藩的大久保利通和西乡隆盛也发生了转变。在第一次征长战争后，萨摩藩感受到反对幕府已是民心所向，也开始转变对长州的政策。大久保利通和西乡隆盛控制了萨摩藩的藩政，也采取武装割据的政策，转向倒幕和开国进取，挟天皇作为自己的政治工具，推翻幕府２５０多年的统治。
１８６６年４月，京都的萨摩藩邸，来自长州藩的木户孝允和萨摩藩的西乡隆盛、大久保利通开始谈判，这是在土佐藩坂本龙马和中冈慎太郎的斡旋下两个强藩进行联合的开始，长州藩面对的是幕府的第二次征伐长州的战争，而此次幕府获得了法国的支持，而长州藩获得了英国的支持。在这次谈判中，萨摩藩保证在长州藩面临失败的时候全力援助长州。
７月１８日，幕府发动了第二次征长战争，而萨摩藩拒绝出兵征长。当其他３０个藩从四个方向杀奔长州后，很快占据长州中部腹地大岛郡。此时，高杉晋作亲临前线指挥。２３日，高杉晋作突然偷袭海上的四艘幕府军舰，大获全胜后乘胜追击。初战告捷的消息激励了其他方面的长州军队。井上馨率军击溃幕军主力。大村益次郎指挥长州兵攻下滨田城。高杉晋作和山县有朋率领奇兵队占领小仓。征长军已无力再打下去。就在攻下小仓的时候，恰好２１岁的将军家茂去世，幕府遂以“将军之丧”的名义退了兵。
第二次征长战争以失败告终。
第四节 王政复古
１８６７年１月３０日，孝明天皇突然去世，２月１３日，年幼的睦仁亲王即位。由于孝明天皇一直赞成公武合体，所以他的死为讨幕扫清了障碍。
１８６７年８月，是名古屋伊势神宫天降神符的日子，在这一天里，谁拾到丰年的祥符，谁就会得到幸福。在这一天，人们穿上华丽的衣服，男扮女装，唱着“还不好吗？”叠句歌曲，发狂般地又舞又跳。群众闯入富商家里，强迫他摆出酒席，征收富人的财富，散发给过路的居民，这种不愁吃不愁喝的日子好像神仙。但是，这一年的狂欢却席卷了全国。无论幕府和各藩如何严禁，都无法让这场狂欢停止下来，一直到１８６８年的春天，幕府的军事和警察机构完全陷入瘫痪。
这一年的年１１月１日，大久保利通与长州藩代表品川弥二郎和公卿岩仓具视在京都秘密商讨王政复古。２天后，讨幕派秘密商议从各藩抽调兵力组成联合军，并奏请朝廷颁发讨幕密旨。８日，在岩仓具视的活动下，朝廷降旨恢复长州藩主的官职，并赐旨入朝。同时朝廷将讨幕密旨交给大久保和西乡隆盛。
但就在下达密诏的当天，德川将军庆喜向天皇提出“奉还大政”和辞去“征夷大将军”职位的请求，其目的是使讨幕派失去举兵的理由，自己仍然可以通过列藩会议掌握实权。果然，第二天将军就得到天皇的敕书：天皇收回最高权力；迅速召开诸侯会议，决定一切政务；在诸侯会议召开之前，仍由将军统治领地领民。
长州藩和萨摩藩的讨幕派立刻意识到，他们必须紧紧护住“天皇”这块“玉”，因为此时江户的幕府官吏对德川庆喜的“奉还大政”非常不满。如果召开诸侯会议，幕府的势力很大，很难推翻幕府。在军事上，幕府已经在京都和大阪集结军事力量。于是这两个藩加速向京都增兵，大久保甚至给一些公卿发了护身的手枪。
时间紧迫，大久保利通和岩仓具视等五个藩的藩士商议，决定在１８６８年１月３日发动“王政复古”的宫廷政变，强迫德川庆喜辞官纳地，通过武力夺取政权。１月２日，大久保利通和西乡隆盛在写给岩仓具视的《关于王政复古的建议书》写道：“此次皇上英断，下令奠定王政复古之基础，发生混乱，在所难免。但二百余年太平之旧习污染人心，一旦动起干戈，却必能一新天下之耳目，成为奠定中原之盛举，故实行决战，死中求生，乃当前之急务。”
３日清晨，朝廷以天皇的名义颁布一道命令：解除德川氏亲藩会津和桑名两个藩的藩兵担任宫廷诸门警卫的职务，在西乡隆盛的指挥下，由萨、土、艺、尾、越五藩兵力，先以守护皇宫的名义保卫了朝廷，然后发动“王政复古”的政变，颁布了《王政复古大号令》，废除了朝廷的摄政、关白制度与幕府的征夷大将军。因为要王政复古，是要回到神武天皇创业之时，所以这三项制度一起废除。规定“当前暂设总裁、议定、参与三职。”这就是最初的天皇政府。确定了“一洗旧弊”、“百事一新”的施政方针。
当晚，在小御所（皇宫中皇室与幕府官员会见的殿堂）召开了第一次政府三职会议。讨论的主要议题是德川庆喜要辞官纳地，辞去得自朝廷的内大臣的职务，从四百万石领地中拨出二百万石献给朝廷。这意味着彻底消灭统治日本２６０多年的德川幕府。
朝廷和幕府之间的战争不可避免地摆在了面前。
第二天，就在京都西部的二条城，德川庆喜接到了要他辞官纳地的旨意。从昨天清晨他的亲藩卫兵被朝廷撤离，他就已经感到政变来临。此时他的手中还有一万人马，消息传开后，他的属下人心不安，个个身穿铠甲，全副武装，各位谱代大名率军守候城下，城中人声鼎沸。士兵狂暴不已。他向传递圣旨的尾张藩主德川庆胜和越前藩主松平庆永表示，不能接受圣旨。６日傍晚6时，庆喜徒步从二条城后门出走，７日到达大阪。
在大阪，庆喜向法国公使说，代表日本仍然是他自己，谴责王政复古政府是“挟持幼主，假托圣虑，以行私心。”
此时，大久保利通让寺岛宗则起草了有天皇署名的诏书，朝廷向外国宣布新政府的建立，
在江户，幕府阁员与东北诸藩大名，强烈要求以武力维持自己的权力，主战派极力主张外援。扩充军备。就在这个时候，江户城里的萨摩藩邸突然燃起大火，这是西乡隆盛派人放的，目的是迫使幕府挑起战端。在大阪，德川庆喜一面宣布遵守与外国签订的条约；一面向朝廷提出武力讨伐萨摩藩，以清君侧。
１８６８年１月２６日，幕府军舰在兵库海面炮击萨摩藩的船只，戊辰战争爆发。
当天，幕府军从大阪北上，向京都进攻。幕府军有１５０００人，气势嚣张。讨幕派军队只有５０００人，但是武器先进，训练有素。
１月２７日黄昏，在京都附近的鸟羽、伏见一带守卫的萨摩军向幕府军开了炮。当时宫廷已经按照过去的计划准备了天皇亲征，已经秘密命令１９岁公卿西园寺公望负责天皇的沿途保卫工作。但是，３天后，讨幕军完全取得了胜利。庆喜从大阪逃往江户。
３月，讨幕军组成东征军，立即向江户进发。原定于４月７日攻打江户城，但后来西乡隆盛与幕府主管军事的胜海舟达成协议，保留德川庆喜的性命，幕府方面交出江户城。
１８６８年５月３日，德川庆喜不战而降，献出江户城。新政府宣布德川庆喜辞官纳地，立即启程前往流放地水户隐居。德川庆喜身着黑色棉衣，下穿小条纹布白裤，足踏麻底草鞋，神色憔悴地离开上野宽永寺，几十个卫士流着眼泪随着他前往水户。
德川幕府２６０多年统治结束了，新政府在以后的一年多时间里扫除了幕府的残余，开始了使日本走向近代化的明治维新。
１８６８年１１月２６日，天皇“巡幸”到达江户，改江户为“东京”。１０月２３日，新政府为天皇举行继位仪式，２３日，改元明治，并确定一世一元制。
１８６９年４月５日，天皇迁都至东京。
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