奥地利著名作家斯蒂芬·茨威格曾说：“第一批从特茹河口启航驶往神秘远方的葡萄牙舰船，仅仅是想发现新的土地，而第二批舰船还想同新发现的国家进行和平贸易，到了第三批就已经是全副武装。”
1.葡萄牙的舰船统治印度洋。
当达·伽马第一次到达印度的时候，他就敏锐地注意到，葡萄牙乃至欧洲当时根本生产不出东方感兴趣的东西。一件在葡萄牙能卖300里尔的欧洲衬衫，在印度只值30里尔。在达·伽马离开印度时，卡利卡特国王让他转交一封给葡萄牙国王的信，信中说：“我国盛产肉桂、生姜、胡椒和宝石。我请求您用来交换这些东西的是黄金、白银、珊瑚和鲜红的布。”
当时亚洲印度洋贸易，是在一个区域之间以物物交换的方式进行的，它构成了一个复杂的商业网络。印度用纺织品换取东非的黄金和象牙，并向印度尼西亚人换取香料。除了欧洲的铜和非洲的黄金，葡萄牙人没有任何有价值的贸易商品在这个体系内交换，他们要想打入亚洲贸易世界，只有运用武力。
在达·伽马来到印度的舰船上，配备了20门先进的大炮，而军舰就是流动炮台，舰艇编队布阵的实力使他们在印度洋上可以轻易击败阿拉伯海军。但葡萄牙自己很清楚，一个蕞尔小国不可能占据幅员辽阔的东方世界，既然最终目的是垄断香料贸易，他们必须控制海上交通线。这些手段也被后来的殖民者延续了几个世纪：首先是建立海外的商站；紧接着建立保卫商站的城堡；先同当地土著以货易货，等大军一到，就将当地人的土地劫为己有。
1505年3月25日，葡萄牙的一支武装舰队驶离里斯本港，这是一支有20艘舰船的庞大舰队。船上至少有1500名士兵和200名炮手。海军上将阿尔梅达被授予印度总督一职，在临行之前，葡萄牙著名的航海家瓦斯科·达·伽马亲自检查了舰队的装备。葡萄牙给阿尔梅达的命令是：攻击印度和非洲所有伊斯兰的商业城市，并且在每个据点上建立堡垒，设防驻军。不仅要在商业城市站稳脚跟，而且要封锁从直布罗陀到新加坡的一切海峡，禁止别国通商。从1505年夏季开始，不悬挂葡萄牙国旗的舰船，不得运载一粒香料。葡萄牙国王亲自授予阿尔梅达新制作的绣有十字架的白色缎旗，阿尔梅达跪下宣誓：他们一定在海外确立上帝的统治。
1506年，卡利卡特的统治者发现这些装备精良的葡萄牙海盗已经卷土重来，他们的目的也更加明确。印度洋边的船只不敢贸然出海，商船队不敢开往埃及，香料贸易骤然中断。埃及苏丹威胁教皇说，如果葡萄牙人仍然在印度洋上逞凶，他将毁坏耶路撒冷的圣城。但是没有人能制止葡萄牙人的行径。他们只得在葡萄牙人脚跟未稳之际，联合所有的力量准备向葡萄牙人进攻。埃及苏丹、威尼斯共和国暗中向卡利卡特运送枪支大炮。3月16日，就在200艘卡利卡特的军舰准备袭击11艘葡萄牙军舰的时候，一个意大利人将消息告诉葡萄牙人。在这一天的科纳诺尔战役中，葡萄牙人损失了80人，受伤200人，但葡萄牙胜利了。这次胜利巩固了葡萄牙对整个印度的海洋统治权。在受伤的200人中，有一位水手后来成为永载史册的历史人物，他就是麦哲伦。
2.从马六甲到长崎——阿尔布克尔克的远东战略。
阿尔布克尔克，1509年到1515年担任葡萄牙印度殖民地的第二任总督，正是他创造了新的策略。他首先攻占了控制红海的索科特拉岛，控制了波斯湾的霍尔木兹。在印度，他一开始打算攻占卡利卡特，失败后占领了果阿，作为葡萄牙的海军基地和大本营。
在东部，他将目光放到了具有巨大战略意义的马六甲。在此之前葡萄牙宫廷已经得知要到达香料群岛，必须经过马六甲海峡，葡萄牙没有派遣舰队，而是派了由谢凯拉率领的4艘侦察船离开印度的科钦港，悄悄地探查马六甲的虚实。
经过3个星期的航行，这些侦察船进入马六甲港。这是一个喧闹的、充斥着许多商品的港口。葡萄牙人用惊奇的眼光看着这个东方的直布罗陀，它优越的地理位置，正好扼住了马鲁古群岛的香料咽喉。苏丹已经得到情报，知道这批强盗已经觊觎马六甲，他假装热情地迎接这些葡萄牙人，又许诺为他们装满大批香料。第二天，当舰艇上的所有小船和船员都登岸的时候，另外一位船长警觉地发现越来越多赤身露体的马来人借口送货登上了军舰。他发出了警报，一阵猛烈的炮火将围攻上来的马来小船打散，但是在岸上的葡萄牙人多数被打死。
1511年7月，阿尔布克尔克亲率19艘军舰开到马六甲港口，同苏丹展开了一场决战，6个星期后，马六甲陷落。葡萄牙终于控制了整个东方世界的贸易，切断了伊斯兰贸易的主要交通命脉。仅仅几周时间，伊斯兰商业便一蹶不振，从直布罗陀到新加坡海峡，所有战略交通据点都被葡萄牙控制，教皇在众多信徒前面为葡萄牙的丰功伟业祈祷，因为葡萄牙把半个地球献给了基督教的统治。罗马为此专门举行了庆典。
后来，葡萄牙在马六甲建立了总部，隶属于果阿政府，他们拆除了当地国王的陵墓和各种宗教建筑，1513年在这里建立了一座西方式的城堡和5座教堂。惟一不幸的是，这里的气候并不适合于葡萄牙人，他们在这里的死亡率一直很高。
在获取马六甲之后，葡萄牙人继续向前进军，因为马六甲只不过是通往香料群岛的咽喉。现在的目标是香料群岛了。他们紧接着占领了巽他群岛上的香料之岛：安汶岛、班达岛、德纳底岛和蒂多尔岛。
阿尔布克尔克将果阿当作在东方进行殖民活动的大本营，在这里，他修建了许多文艺复兴式样的大楼，将印度的城市变成了一座欧化城市。在这里，总督鼓励葡萄牙人和果阿妇女通婚，通婚的结果，造就了一批性格独特的人，他们讲葡萄牙语，有的信奉天主教，有的信奉印度教。葡萄牙的作家喜欢将这里比作罗马，葡萄牙的天主教会，尤其是耶稣会在果阿兴办了中学和高等学校。不仅如此，果阿成了葡萄牙传播基督教的大本营，派出的传教士走遍了亚洲。虽然中国的明朝皇帝和清朝皇帝在一定程度上任用了他们，但是总体来说还是限制他们的行动。耶稣会在传播中国的文化方面做了一定的贡献。当时欧洲对中国的了解，多数的是依靠了这些耶稣会教士的介绍。葡萄牙人对果阿的占领一直持续到1961年。
到15世纪，中国对葡萄牙人来说那里还是一个谜。以往的贸易要通过丝绸之路进行。葡萄牙国王曾经计划开辟一条海上航线代替丝绸之路，从那里把中国的商品运往里斯本。马六甲当时是和中国港口进行贸易的中转站。葡萄牙国王曾经派出一个贵族德·赛克伊拉到马六甲询问。但是马六甲人并不欢迎葡萄牙人，这个贵族的任务没有完成。就在葡萄牙人围攻马六甲的时候，马六甲的统治者曾经向明朝皇帝求救，但是明朝武宗皇帝仅仅是发了一通谴责的谕旨。
1513年，一位名叫若尔热·阿尔瓦的冒险家搞到1艘中国帆船，开始了中国和马六甲之间的贸易，在中国广东的一个海滩上，他建起一座草棚，供葡萄牙船员落脚。1552年，著名的传教士沙勿略就是在这里被背进这个草棚，并在这里与世长辞的。
16世纪中叶，葡萄牙借口晒鱼，正式在中国的澳门定居。
在日本，葡萄牙人在长崎建立了商业网点，在整个东方，从长崎、澳门一直到马六甲和印度，葡萄牙人成了沟通东方和西方的主要贸易力量。
葡萄牙人在印度洋实行“通行证制度”。当地的船只，必须由葡萄牙海港官员签发的通行证才能在特定的海上航线航行。葡萄牙人以此垄断了香料贸易，这个凭借武力建立起来的势力范围，在16世纪前50年中逐步稳定下来。
葡萄牙在亚洲占领的领土微不足道，但其战略据点却实际控制了半个地球的商船航线，使东西方贸易原有格局发生了改变：15世纪90年代，威尼斯商人平均每年进口300万英镑的香料。10年之后，他们只能获得100万英镑的货。而葡萄牙的香料却从1501年的22万英镑上升到1503年到1506年的230万英镑。
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