1902年，由冯自由介绍，曼殊由横滨来到东京，同时在早稻田大学政治系和成城学校学习。
这两所学校对曼殊来讲，他当时似乎更爱成城。因为成城学校可以实现他心中的梦，可以为他的梦幻插上翅膀。
其实，成城学校是一所军事学校，其中，中国留学生占有很大比例。当时，有抱负有志向的中国青年，为了学到最实在的本领，报效国家，都在这里学习钻研军事知识。每日里，他们出操、习武、锻炼体魄，为的是将来一旦国家需要，民族需要，而奔赴疆场，做一个戎马倥偬叱咤风云的军人。因此，这里的生活紧张、丰富，同时也很浪漫、生动，具有青年人的特点。我国近代史上不少军事家，都曾在这里学习过，生活过。革命大侠——刘三，当时正在这里学习，他就是曼殊很为仰慕的一人。
刘三，原名刘宗和，字季平，因排行老三，故自称江南刘三。此君性格豪放侠义，同时代的人评论他是“早怀伟抱，任侠好义，出自性成”。国民党元老于右任在一首诗中曾纪录了刘三侠肝义胆，不怕风险，为瘐死清廷狱中的烈士邹容收葬遗骨的事。光绪二十九年，邹容因“苏报案”与章太炎一齐被捕入狱，不幸即死於狱中。当时清廷对革命者防范严密，迫害酷烈，邹容的许多好友都避之唯恐不速。年轻的刘三，不避风险，费尽周折，将烈士遗体暗暗运回故里，并为之营葬。因此事由刘三一身独任，事前没有同任何人商量，因而事后也无人知道。刘三自己更为不屑以夸耀于人。直到辛亥起义，民国建立，政府追赠邹容为大将军，并决定为之修墓表旌，由章太炎撰写“邹大将军墓志铭”，这才调查得知当年的这段侠义行为。
曼殊的到来，使刘三欣喜过望。他们的性格区别很大，但有一点是极其相似的：那就是二人感情都热情、奔放，无拘无束，自由自在。因此，他们攀谈起来，是那么相投、相慕、相亲，彼此都有一见如故，相见恨晚之感。至此，他们很快成了知己。
与刘三的交往，使曼殊的情感的另一方面，也得到补偿。刘三长于饮酒，有“小刘伶”之称。饮罢，便赋诗，诗虽为即兴之作，却充满豪气、才情。这使曼殊无法不折服，他觉得和刘三饮酒本身就是一种享受。酒，可以滋润着他的心田；诗，可以润浸着他的灵魂。每每这时，他都产生一种冲动，似乎浑身的血液都燃烧起来，每根血管都在膨胀起来，体内也仿佛有千言万语要向外迸发……
一次，他和刘三饮酒，刘三酒过三巡又咏起诗来，曼殊听着他的诗，心潮便跟着起伏着……最后他激动地说：
“刘兄，教我作诗吧？”
“哈哈！”刘三听了大笑起来，指着自己的鼻子：“我教？
哈哈！”跟着又大笑起来。
“怎么？”曼殊正经起来：“刘兄，不肯教我？”
“不是不肯教，而是我……”
“你怎么？”
“我只是半瓶子醋，怎么能好为人师！随便胡诌几句倒无妨，只是教授他人……”刘三晃了晃脑袋。
“那……”曼殊有些沮丧，一口将酒抿了进去。
“兄弟，别急，你若真想学诗，我到有一办法！”
“什么办法！”曼殊眸子又有些亮色。
“去找真正的先生。”
“谁？”
“章太炎！”
第二日，苏曼殊便敲开了章太炎寓所的房门。
章先生一见苏曼殊，心里非常高兴。忙让座，又给他泡了杯热腾腾的茶。两人寒暄了一阵之后，曼殊便直直地说：“章先生，我今天来，有一事相商，不知先生能否应允？”
“什么事？曼殊。说吧！”章太炎又将扇子拿在手中，轻轻地舞动着。
“章先生，我想拜您为师，不知能否接纳？”
“拜师，你想学什么？”
章太炎问得并不多余，因为他是集经学家、佛学家、文字学家、考据家、诗人于一身的大学问家。
“章先生，我想跟你学诗！”
“怎么，想当诗人？”章先生甚为惊奇。他深知曼殊的汉文水平，凭着那点根基，离作诗还有着一段距离！刚开始，他满以为曼殊是向他讨教佛学奥旨的。太炎先生酷嗜佛典，自己早有个念头，希望能找个对象，共同切磋佛教经义。他见曼殊颇具悟性，又有异常经历，是个尚好人选。但一听曼殊并无意于此，很觉失望，于是，他故意放慢了语调说：“学作诗，谈何容易啊！”
曼殊面颊红润了一下：“章先生，看来，我学不成啦……”
“不不！”章太炎一边给曼殊续着茶水，一边说道：“曼殊不要误解我的意思，应该这样讲，按着你的天分、气质，与作诗最为相邻，不过……”说到这儿，他停了下来：“这样吧，曼殊，我这有几册古诗的精品，你先拿去翻翻吧！待你看完了，看透了，咱们再谈怎么样？”
“也好！”曼殊从章先生手中接过诗集，悄悄走了。
看着曼殊的背影，章太炎心里有一种说不出的滋味。
这之后的二个月时间里，人们惊奇地感到，苏曼殊失踪了。碰面都禁不住相互问询：
“看见曼殊了么？”
“没有！”
“曼殊干什么去了呐？”
“不知晓！”
“有曼殊的音讯么？”
“没有啊！”
……
曼殊的失踪，几乎成了东京学子中的一个不解之谜。
与曼殊关系最为密切的刘三，在那段日子里，既焦急又担心，他整日在东京四处寻觅着、探问道：从繁华的大街，到僻静的小巷，从高耸的大楼，到低矮的木屋，都留有他的足迹……终于在S街168号，找到了苏曼殊的住所：那是一间低矮的木屋，墙壁的油漆已经剥落，现着斑斑驳驳的裂痕，黄纸糊裱的窗棂上结满了黑糊糊的蜘蛛网，破旧的木门上落得一层厚厚的灰尘。这会儿，房门从里面反锁着，惹得刘三心中疑惑，他很慌恐地将房屋主人找来，问：
“请问你的房客哪去了？”
“房客？”房东也是一阵疑惑：“是啊，这个房客自住进这屋，我就没见他出来过！”
“真的？”
“真的。”
于是，刘三就快捷地来到门前，抡圆了拳头，猛劲击门，哐哐哐！开初，屋里没有一丝声息，过了好一会儿，房门徐徐打开。他抬眼向里看去，禁不住一阵惊讶：只见曼殊胡须满脸，面呈黑色，半尺长脏兮兮的长发，披在肩上，污浊浊的衣服几乎无法辨别颜色，只有那双晶亮的眸子，似乎比以往更加明亮了，熠熠闪亮的深处，仿佛有波光在荡漾。
“曼殊！”刘三叫一声。
曼殊手扶门框，怔怔地看着他。
“曼殊，不认识我了！”刘三又叫一声。
曼殊眸子转了一转，嘴唇微动了几下，似乎在自言自语叨咕着什么。
“曼殊，你这究竟是怎么啦？”刘三高喊起来。
“啊！”曼殊啊啊两声，似乎刚从恍惚的梦幻中惊醒过来，他一把握住刘三的手，脸上露出了笑意，随之将刘三拉进屋中。
“曼殊，你怎么住在这里，让我好找啊！”
“刘三，啥也别说了，你先看看这个吧。”曼殊说着，就从桌上的乱纸中，拿出几页稿纸，递给了刘三。
刘三接过稿纸，扫了一眼，说：“诗，这是你写的？”
“对，是我写的，你看像不像那么回事。”
随后，刘三就坐到床上，一字一行地看着纸上的诗。开初看的时候，他还平平静静表情淡然，渐渐地，两眼就熠熠生出光泽，面颊生动起来，读到诗眼高潮的地方，他几乎激动得不知怎么好，忽地从床上跃起，双手一下抓住曼殊的肩头，惊异地问：
“真是你写的，曼殊？”
曼殊点点头。
“好家伙！”刘三兴奋得一把抱住了曼殊：“诗写得好极了，好极了，你真是个奇才呀！”
刘三说得不错，曼殊写诗，在中国文学史上也称得上一个奇迹：他本来汉文基础并不雄厚，又没有师承，就凭着几部诗集，关起门来苦读、冥想，之后就挥起笔来自己操练，而且在极短的时间内就写出一批清新、婉约、绝妙的诗来，于常人来说，真是不可思议。从另外的角度看，曼殊写诗，又极好理解，因为他本身就是一首诗。他的性情、气质、人格都带有诗的神韵。情绪高涨时，如喧嚣的海浪；情绪低落时，又似阴悒的月光。看着落叶，他伤感得啜泣流泪；望着春花，他激动得脸颊绯红……
“刘三兄，这，这，这就是诗么？”曼殊问。
“是是，这是绝好的诗！”刘三兴奋得眸子里依旧闪着光泽。
“可是刘三兄，我觉得作诗并没有什么好处，它和作画一样，若真心去作，就得用眼泪去作啊！”曼殊说罢神情有些黯然，声音有些嘶哑。
同为诗人的刘三，对此也有同感。但他不愿曼殊在情感的泥沼里陷得太深。因此，故意装出一副不以为然的样子，说：
“快跟我走吧，朋友们都想见你呐！”
“见朋友来得及，我得先去见见章太炎先生。”
“这……”
“我得先去见他！”曼殊又犯了牛脾气。
“也好，”刘三说：“不过，你得先去洗个澡，否则不把章先生熏迷糊才怪，你闻闻你身上的味道。”于是，刘三拉曼殊在附近的浴室洗了澡，他又给曼殊买了一身新衣服，之后才来见章先生。
章先生也已是几个月未见曼殊，如今见他这般消瘦，便也很奇怪，惊讶地问：“曼殊，怎么瘦成这个样子，气色又不好，莫非……”
刘三忍不住笑了起来：“章先生，你不要问了，曼殊今天来是找你有事的！”
“什么事？”章太炎认真地问。
这时，苏曼殊将诗稿，恭恭敬敬的递到章先生面前：“章先生，这是我近日写的一些诗，请你指教指教！”
“诗？”章先生疑惑地接过诗稿，轻轻地翻阅着，第一首《感时题自作画一首》：
蹈海鲁连不帝秦，
茫茫烟水着浮身。
国民孤愤英雄泪，
洒上鲛绡赠故人。
“好诗，好诗，真是好诗！”章太炎先生情不自禁地赞扬起来，随之又迫不急待看着第二首《忆过平户郑成功诞生处》：
行人遥指郑公石，
沙白松青夕照边。
极目神州余子尽，
袈裟和泪伏碑前。
“好一个‘袈裟和泪伏碑前’！把一个有情有义的和尚写活了，妙！妙！”
太炎先生念一首赞一首。曼殊在如此短时间内，能把握住诗的三昧，实出他意外。“看来，世间事尽有不能以常理度之者啊，曼殊与诗，可谓前生有缘，慧眼夙具，非如此，岂能有这等奇事出现！”章先生深为叹服。
刘三便把他闭门作诗的情形，绘声绘色叙述了一番。章先生听了更是惊叹不已。随之目光又落在了整齐的诗稿上：
收拾禅心侍镜台，
沾泥残絮有沉哀。
湘弦洒遍胭脂泪，
香火重生劫后灰。
禅心一任娥眉妒，
佛说原来怨是亲。
雨笠烟蓑归去也，
与人无爱亦无嗔。
几年面壁成空相，
持锡归来悔晤卿。
我本负人今已矣，
任他人作乐中筝。
生憎花发柳含烟，
四海飘零二十年。
忏尽情禅空色相，
琵琶湖畔枕经眠。
章太炎看到这里，再也奈不住心中的激动，一把握住曼殊的双手，兴奋地说：“曼殊，你真是艮古未见的希世之才！”
“章先生，您过奖了！”曼殊眼里有些湿润。
“不，”章先生愉悦地挥舞着手臂：“可以这样说，在炎黄子孙中，今天又诞生出一位不朽诗人，他就是苏曼殊。”
“看来，我也得和这位不朽的诗人握握手啦！”刘三开着玩笑说。
苏曼殊不好意思地笑了。
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